A historia de Estonia forma parte da historia de Europa. O primeiro asentamento humano no que hoxe é Estonia produciuse hai entre 13 000 e 11 000 anos, despois de que fundise o xeo da última glaciación, e os sinais da primeira poboación permanente na rexión datan do ano 9000 a. C.
A poboación orixinaria medieval de Estonia foi un dos derradeiros pobos pagáns de Europa en adoptar o cristianismo logo das Cruzadas do Norte no século XIII. Despois de que os cruzados conquistasen a zona en 1227, o norte de Estonia foi gobernado inicialmente polo rei de Dinamarca (ata 1345), e ata 1559 pola Orde Teutónica, e polos estados eclesiásticos do Sacro Imperio Romano Xermánico, que dende 1418 ata 1562 abranguía toda Estonia, formando unha parte da Confederación Livoniana. Despois de 1559, Estonia pasou a formar parte do Reino de Suecia ata 1710, cando o Tsarato ruso conquistou toda a área durante a Gran Guerra do Norte de 1700–1721. Durante todo este período a nobreza local de fala alemá gozou dunha importante autonomía, e o alto alemán (antes tamén baixo alemán e latín) serviu como lingua principal de administración e ensino.
miniatura|Os sistemas de ensino público fundados durante o anterior dominio sueco fixeron de Estonia e Finlandia as dúas áreas máis alfabetizadas do Imperio Ruso (mapa dos datos do censo de 1897 sobre alfabetización). O Período de Ilustración da Estofilia (1750 - 1840) levou ao espertar nacional estoniano a mediados do século XIX. Despois da primeira guerra mundial (1914 - 1918) e das revolucións de 1917 que provocaron o fin do Imperio Ruso, Estonia foi declarada república democrática independente en febreiro de 1918. Na guerra de independencia de Estonia (1918 - 1920) o recentemente proclamado estado loitou con éxito contra a invasión da Rusia bolxevique, e no tratado de Tartu de febreiro de 1920, Rusia recoñeceu a independencia de Estonia a perpetuidade.
Durante a segunda guerra mundial (1939 - 1945) a Unión Soviética invadiu e ocupou Estonia en xuño de 1940 e anexionou ilegalmente o país. Durante a Operación Barbarossa, a Alemaña nazi ocupou Estonia en 1941; o exército soviético volveu ocupar Estonia en 1944. Estonia recuperou a súa independencia en agosto de 1991 e uniuse á Unión Europea e á OTAN en 2004.
Estonia antiga: prehistoria Período mesolítico miniatura|Ferramentas feitas pola cultura de Kunda, no Museo de Historia de Estonia. A rexión estivo poboada dende o final da glaciación do Plistoceno tardío, arredor do 9000 a. C. Os primeiros vestixios de asentamentos humanos en Estonia están relacionados coa cultura de Kunda. O asentamento de Pulli do inicio do Mesolítico está situado á beira do río Pärnu. Foi datado a principios do IX milenio a. C. A cultura Kunda recibiu o seu nome do lugar de asentamento Lammasmäe no norte de Estonia, que data de antes de 8500 a. C. Descubríronse artefactos de ósos e pedra semellantes aos atopados en Kunda noutros lugares de Estonia, así como en Letonia, o norte de Lituania e o sur de Finlandia. Entre os minerais, o sílex e o cuarzo foron os máis utilizados para fabricar ferramentas de corte.
Período neolítico O inicio do Neolítico está marcado pola cerámica da cultura Narva, e aparecen en Estonia a principios do V milenio a. C. Os achados máis antigos datan de arredor do 4900 a. C. A primeira cerámica estaba feita de arxila grosa mesturada con seixos, cunchas ou plantas. A cerámica tipo Narva atópase en case toda a rexión costeira de Estonia e nas illas. As ferramentas de pedra e óso da época teñen unha notable semellanza cos artefactos da cultura de Kunda. miniatura|esquerda|Olería do peite no Museo de Historia de Estonia. Ao redor de principios do IV milenio a. C., a cultura da olería do peite chegou a Estonia. Até comezos da década de 1980 a chegada dos pobos fino-bálticos, os devanceiros dos estonianos, fineses e livonios, ás costas do Mar Báltico estivo asociada coa cultura cerámica do peite. Porén, non se pode probar tal vinculación de entidades culturais definidas arqueoloxicamente coas lingüísticas, e suxeriuse que o aumento dos achados de asentamentos no período é máis probable que se asociase a un boom económico relacionado co quecemento do clima. Algúns investigadores mesmo argumentaron que unha lingua urálica puido ser falada en Estonia e Finlandia dende o final da última glaciación. miniatura|Cerámica cordada e machadas de pedra no Museo de Historia de Estonia. Os costumes funerarios dos artesáns de cerámica de peite incluían figuras de animais, paxaros, serpes e homes tallados en óso e ámbar. Atopáronse antigüidades da cultura da cerámica de peites dende o norte de Finlandia ata o leste de Prusia.
O inicio do Neolítico serodio contra o 2200 a. C. caracterízase pola aparición da cultura da cerámica cordada, cerámica con decoración en cordón e machadas de pedra ben puídas (machadas con forma de barco). A evidencia da agricultura é proporcionada por grans de trigo carbonizados na parede dunha embarcación con cable atopada no asentamento de Iru. As análises osteolóxicas mostran que se intentou domesticar o xabaril.
Os costumes funerarios específicos caracterizáronse porque os mortos eran deitados de costado cos xeonllos apertados contra o peito, cunha man debaixo da cabeza. Os obxectos colocados nas tumbas estaban feitos de ósos de animais domesticados.
Idade de Bronce miniatura|Tumbas de cista de pedra da Idade de Bronce no norte de Estonia. miniatura|Vídeo de dron de tumbas de cistas de pedra en Jõelähtme, Estonia
O comezo da Idade de Bronce en Estonia data de aproximadamente 1800 a. C. O desenvolvemento das fronteiras entre os pobos fínicos e bálticos estaba en marcha. Comezáronse a construír os primeiros asentamentos fortificados, Asva e Ridala na illa de Saaremaa e Iru no norte de Estonia. O desenvolvemento da construción naval facilitou a difusión do bronce. Producíronse cambios nos costumos de enterramento, un novo tipo de cemiterio estendeuse dende as áreas xermánicas ata as de Estonia, e as tumbas de cista de pedra e os enterros por cremación fixéronse cada vez máis comúns, xunto a un pequeno número de tumbas de pedra con forma de barco.
Sobre o século VII a. C., un gran meteorito alcanzou a illa Saaremaa e creou o cráter de Kaali.
Sobre o 325 a. C., o explorador grego Pytheas posiblemente visitou Estonia. A illa de Thule que el describiu foi identificada como Saaremaa por Lennart Meri, aínda que esta identificación non se considera probable, xa que Saaremaa atópase moi ao sur do círculo polar ártico.
Idade de Ferro A Idade de Ferro prerromana comezou en Estonia sobre o ano 500 a. C. e durou ata mediados do século I d. C. Os artigos de ferro máis antigos eran importados, aínda que dende o século I o ferro fundíase a partir do mineral dos pantanos e lagos locais. Os principais lugares de asentamento situáronse maioritariamente en zonas que ofrecían protección natural. Construíronse fortalezas, aínda que utilizadas temporalmente. A aparición dos campos celtas cadrados rodeados de recintos en Estonia data da Idade de Ferro prerromana. A maioría das pedras con fendas feitas polo home, que presuntamente estaban relacionadas coa maxia deseñada para aumentar a fertilidade das colleitas, datan deste período. Comezou a desenvolverse un novo tipo de sepultura, túmulos cuadrangulares. As tradicións funerarias mostran o inicio claro da estratificación social. Neste período, un único haplogrupo de ADN-Y siberiano constituía a metade das liñaxes masculinas de Estonia. A Idade de Ferro romana en Estonia data aproximadamente entre os anos 50 e 450 d. C., época que se viu afectada pola influencia do Imperio Romano. Na cultura material así o reflicten algunhas moedas romanas, algunhas xoias e artefactos. A abundancia de artefactos de ferro no sur de Estonia fala de lazos máis estreitos do continente coas áreas do sur, mentres que as illas do oeste e o norte de Estonia comunicáronse cos seus veciños principalmente por mar. Ao final do período xurdiron tres áreas dialécticas tribais claramente definidas: o norte de Estonia, o sur de Estonia e o oeste de Estonia, incluídas as illas, e a poboación de cada unha formaba a súa propia comprensión da identidade.
Alta Idade Media miniatura|dereita|Europa no século IX. O nome "Estonia" aparece por vez primeira coa forma Aestii no século I d. C. por Tácito; porén, podería indicar as tribos bálticas que vivían na zona. Nas sagas escandinavas (século IX) o termo comezou a ser usado para referirse aos estonianos.
Claudio Tolomeo na súa Xeografía III a mediados do século II d. C. menciona os osilianos entre outros habitantes da costa báltica.
Segundo o historiador romano Casiodoro do século V, o pobo coñecido por Tácito como Aestii eran os estonianos. A extensión do seu territorio na época medieval temperá está en disputa, mais non o é a natureza da súa relixión. Eran coñecidos polos escandinavos como expertos en maxia do vento, do mesmo xeito que o pobo saami no norte. Casiodoro menciona Estonia no seu libro V. Cartas 1–2 que datan do século VI.
Algúns historiadores coidan que o pobo chud, mencionado nas primeiras crónicas dos rus, a partir da Crónica Primaria, son os estonianos.
miniatura|esquerda|upright=1.2|Mapa de Varbola Stronghold por L. A. Mellin. No século I d. C. comezaron a xurdir subdivisións políticas e administrativas en Estonia. Apareceron dúas subdivisións máis grandes: a parroquia (kihelkond) e a comarca (maakond). A parroquia estaba formada por varias aldeas. Case todas as parroquias tiñan cando menos unha fortaleza. A defensa no eido local estivo dirixida polo máximo responsable, o ancián da parroquia. O concello estaba composto por varias parroquias, tamén encabezadas por un ancián. No século XIII desenvolvéronse en Estonia os seguintes condados principais: Saaremaa (Osilia), Läänemaa (Rotalia ou Maritima), Harjumaa (Harria), Rävala (Revalia), Virumaa (Vironia), Järvamaa (Jervia), Sakala (Saccala) e Ugandi (Ugaunia).
Varbola Stronghold foi unha das maiores fortalezas circulares e centros comerciais construídos en Estonia, no condado de Harju (en ) naquel momento.
No século XI, os escandinavos son frecuentemente narrados como loitadores contra os viquingos dende as costas orientais do mar Báltico. Co ascenso do cristianismo, a autoridade centralizada en Escandinavia e Alemaña levou finalmente ás cruzadas do Norte. O mundo do Báltico oriental foi transformado pola conquista militar: primeiro os livonios, os letóns e os estonianos, logo os prusianos e os fineses sufriron a derrota, o bautismo, a ocupación militar e, ás veces, o exterminio por parte de grupos de alemáns, dinamarqueses e suecos.
Cruzada de Estonia: a Idade Media miniatura|esquerda|Estonia antiga até o 21 de setembro de 1217. miniatura|Dannebrog caendo do ceo durante a batalla de Lyndanisse, en 1219.
Estonia foi un dos últimos recunchos da Europa medieval en ser cristianizado. En 1193 o papa Celestino III chamou a unha cruzada contra os pagáns no norte de Europa. As cruzadas do Norte no norte de Alemaña estabeleceron o bastión de Riga (na moderna Letonia). Coa axuda das tribos locais recentemente convertidas de livonios e letóns, os cruzados iniciaron as incursións en parte da actual Estonia en 1208. As tribos estonianas resistiron ferozmente os ataques de Riga e ocasionalmente saquearon os territorios controlados polos cruzados. En 1217 a orde cruzada alemá dos Irmáns da Espada e os seus aliados recentemente convertidos gañaron unha gran batalla na que morreu o comandante estoniano Lembitu.
Estonia dinamarquesa (1219–1346)
miniatura|dereita|Livonia en 1260. O norte de Estonia foi conquistado por cruzados dinamarqueses dirixidos polo rei Valdemar II, que chegou en 1219 ao lugar da cidade estoninaa de Lindanisse (hoxe Tallín) en (latín) Revelia (en estoniano) Revala ou Rävala, o antigo condado de Estonia adxacente. O exército dinamarqués derrotou os estonianos na batalla de Lyndanisse.