vignette|Représentation de la fondation légendaire du pays par l'empereur Jinmu.|alt=Estampe couleur montrant l'empereur Jinmu, debout tenant un arc sur un fond représentant le soleil. L’histoire du Japon commence avec l'installation de groupes d'Homo sapiens il y a au moins , qui laissèrent les premières traces d'industrie, des pierres polies, dans l'archipel japonais. Des poteries, parmi les plus anciennes de l'humanité, sont produites vers avant notre ère lors de la période Jōmon, et comprennent les premières formes d'œuvres artistiques : les dogū. avant notre ère, au cours de la période Yayoi, sont introduites des technologies venant de Chine et de Corée comme la riziculture et la fonte du bronze et du fer.
La période Yamato, qui s'étend de 250 à 710, voit l'émergence de la première forme d'État structuré. Lors de sa première partie, de grands tertres funéraires, ou kofun, sont bâtis, et, progressivement, la région du Kansai s'impose en tant que centre politique. Au , le bouddhisme, arrivé au Japon via la Chine et la Corée, bouleverse profondément la vie politique du pays ; une constitution en d'inspiration bouddhique est rédigée en 604 pour encadrer le fonctionnement de l'État. De nombreux immigrés originaires des royaumes coréens façonnent la vie politique et les arts de l'archipel japonais.
Du au , une culture classique portée par une cour impériale se développe. Très influencée par des modèles continentaux dont elle s'émancipe dès le , elle est à l'origine d'œuvres comme le Tōdai-ji ou Le Dit du Genji. C'est aussi à cette époque que la scène politique se divise entre le pouvoir impérial, et celui de chefs de clans. Les clans Fujiwara, Taira, et Minamoto vont tour à tour accaparer la plupart des rouages de l'administration. Des famines sévissent régulièrement dans le pays, et l'insécurité qui s'installe entraîne la création d'une classe sociale de combattants, ou bushi.
Le Moyen Âge japonais s'étend du à la fin du . Après la guerre de Genpei, qui s'achève en 1185, le pays est dirigé pour la première fois par un gouvernement extérieur à la cour impériale : le bakufu, basé dans la région du Kantō. Ce gouvernement guerrier, dirigé par le clan Hōjō marque l’, l'une des 14 subdivisions traditionnelles de l'histoire du Japon. Cette période, qui commence en 1185 et s'achève en 1333, est placée sous l'autorité politique du shogunat de Kamakura et constitue la première partie du « Moyen Âge » de l'histoire japonaise. Le gouvernement guerrier en place est ensuite dirigé par les Ashikaga, qui structurent le pays à partir de 1336. L'époque Sengoku, ou époque des provinces en guerre, clôt ce Moyen Âge, marqué par de grandes turbulences sociales et politiques et un morcellement du pays en plusieurs provinces et potentats. La réunification politique du pays est cependant réalisée sous l'impulsion successive des chefs militaires Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi, puis Tokugawa Ieyasu.
Le shogunat Tokugawa, qui s'ouvre en 1603 et se termine en 1868, correspond à l'époque d'Edo. Promouvant d'abord une politique commerciale active à l'étranger, il met en place une politique d'isolement par l'édit Sakoku de 1635. Le pays connaît une phase d'essor démographique et économique allant de la fin du au début du . Le néo-confucianisme importé de Chine sous-tend l'organisation de la société, et une division sociale en plusieurs classes s'instaure. Dans la culture, des formes artistiques comme le kabuki ou le haïku voient le jour, alors que dans le domaine scientifique, les études hollandaises ou Rangaku continuent de diffuser dans l'archipel les sciences et techniques occidentales.
En 1868, le retour du pouvoir impérial au centre du système politique constitue l'acte de naissance de l'empire du Japon. En compétition avec le colonialisme occidental sur le continent asiatique, le pays se lance dans une politique d'expansion territoriale, qui aboutit à l'annexion de la Corée en 1910, l'invasion de la Mandchourie en 1931, puis l'occupation d'une partie de la Chine à partir de 1937. Au début des années 1940, le pays s'engage dans une guerre contre une coalition internationale. Le conflit prend fin après les bombardements atomiques d'Hiroshima et Nagasaki d' ; l'empire du Japon est contraint à la capitulation. De 1945 à 1952, l'occupant américain impose la démocratisation du pays.
Après la fin de l'occupation, le Japon devient l'une des principales puissances économiques mondiales. Malgré l'opposition récurrente de ses proches voisins, son essor économique lui permet de diffuser dans le monde entier ses productions culturelles, substituant un important à sa domination militaire passée.
Préhistoire Âge de pierre Le Paléolithique
vignette|Le Japon lors de la dernière glaciation (vers ans avant le présent). Les zones en orange étaient au-dessus du niveau de la mer, celles en blanc représentent les territoires couverts de glace.|alt=Carte du Japon, les zones orange incluent le sud du Japon jusqu'à Tōhoku, la péninsule de Corée et la Chine. Le début du peuplement au Japon remonte probablement au début de la dernière période glaciaire il y a au moins Niall P. Cooke, Valeria Mattiangeli ,Ancient genomics reveals tripartite origins of Japanese populations, Science Advances, Vol 7, Numéro 38, 17 septembre 2021, DOI:10.1126/sciadv.abh2419, lorsque l'archipel était en contact avec le reste du continent, mais en raison de la nature acide des sols, aucun squelette n'a été conservé.. Au plus fort de cette période vers - , le niveau des mers est alors inférieur de 130 à au niveau actuel et le territoire est connecté entre Kyūshū et la Corée ainsi qu'entre Hokkaidō, Sakhaline, et la Sibérie.. Les premiers Homo sapiens partagent les terres avec de grands animaux, y compris des mammouths. La partie la plus septentrionale du Japon actuel est occupée par la toundra et des forêts, alors qu'une zone comprenant le Tōhoku et le Kantō est, elle, couverte de résineux. Plus au sud, les conifères cèdent progressivement la place à des arbres à feuilles caduques..
Les premiers vestiges d'industrie humaine, des pierres polies, remontent à environ ., et constituent les traces du début du Paléolithique postérieur au Japon. Cette période s'étend jusqu'à avant notre ère. Découverts initialement à Iwajuku, mais se retrouvant dans la totalité du territoire japonais, ces artéfacts se présentent sous la forme de haches, des pointes de lances et des couteaux. Il y a , la population est estimée à environ , et vit principalement de la chasse.. La période suivante s'étale de à avant notre ère et se démarque par l'apparition de lames de pierre plus fines dans deux foyers distincts. Au nord-est de Honshū et à Hokkaido, leurs formes de coin s'apparentent à celles retrouvées autour du lac Baïkal, alors qu'à l'ouest leurs formes arrondies s'apparentent à celles retrouvées dans le sud de la Chine.. Les changements climatiques ainsi que la disparition de certains gibiers entraînent un glissement du régime alimentaire de ces premiers habitants vers une alimentation plus riche en végétaux.
Période Jōmon
Les premières traces de poteries, parmi les plus anciennes de l'Histoire de l'humanité, apparaissent vers - avant notre ère, sur le site d'Odai Yamamoto site I dans la préfecture d'Aomori .. Les distinctions régionales apparues au Paléolithique entre un Japon occidental et un Japon oriental s'accentuent. ; entre sept et huit aires culturelles distinctes sont constituées à la fin de la période, vers 300 avant notre ère.. Le développement de la céramique permet un stockage plus efficace des aliments, mais aussi la cuisson, et donc la consommation, de nouveaux aliments comme les glands, les châtaignes et les marrons.. Par ailleurs, des objets en laque comme des peignes ou des bols, ainsi que des étoffes en fibres végétales commencent à apparaître..
vignette|Dogū : statuette en terre cuite.|alt=Photo couleur d'une statuette en terre cuite de couleur brun noir, sur fond beige.
Un mouvement de sédentarisation dans des villages, déjà observable lors de la période précédente, s'accentue. Les habitations font de quatre à cinq mètres de diamètre, avec un sol situé à un mètre de profondeur. On trouve par ailleurs des bâtiments plus grands, jusqu'à de long, notamment dans les régions connaissant des épisodes d'enneigement.. Les pratiques funéraires font apparaître certains objets comme des dogū ainsi que des parures décoratives., mais ne présentent pas de distinctions sociales marquées.. L'alimentation continue d'être constituée du produit de la chasse, auquel s'ajoutent des végétaux en nombre grandissant sur la période, alors que vers la fin de celle-ci l'agriculture commence à se répandre, ainsi qu'une sylviculture du châtaignier, dès les et millénaires avant notre ère.. La pêche et la récolte de coquillages se généralisent le long des côtes, et le chien commence à être domestiqué.. Les réseaux d'échanges de biens touchent l'ensemble de l'archipel, et traversent parfois la mer.. L'abondance de ressources explique sans doute le faible développement de l'agriculture dans le Japon de la période Jōmon, ce qui constitue une variante originale de la néolithisation : sédentarité, céramiques précoces, mais processus de domestication des plantes et des animaux (quasi) inexistant...
La fin de la période est cependant marquée par un effondrement du modèle du chasseur-cueilleur sédentaire, avec une disparition des villages et un retour au nomadisme.. À l'apogée de cette période, les estimations les plus hautes chiffrent à le nombre d'habitants, dont 90 % dans la plaine du Kantō..
Plusieurs études de paléogénétique ont analysé le génome des habitants de la période Jōmon. Leurs résultats soutiennent les preuves archéologiques basées sur l'industrie lithique que les Jomon sont des descendants directs du peuple du Paléolithique supérieur qui a commencé à vivre dans l'archipel japonais il y a Takashi Gakuhari, Shigeki Nakagome, Rasmussen, S. et al., Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations, Communications Biology 3, 437, 2020, doi.org/10.1038/s42003-020-01162-2. Les spécimens étudiés montrent également une forte affinité génétique avec les aborigènes indigènes de Taïwan, ce qui suggère une route côtière de la migration de l'ascendance Jomon. Ces résultats indiquent que ces populations sont génétiquement distinctes des populations vivant aujourd'hui en Eurasie orientale ou même au Japon, à l'exception des Aïnous d'Hokkaido. Ils correspondent à l'hypothèse que les Aïnous et les Jomon partagent une ascendance commune. Une étude suggère ainsi que les Aïnous d'Hokkaido « sont probablement des descendants directs du peuple Jomon ». Enfin, les chercheurs ont observé une mutation pathogène du gène CPT1A chez ces individus. La mutation offre des avantages métaboliques pour la consommation d'un régime alimentaire riche en graisses et sa fréquence d'allèles est supérieure à 70 % dans les populations arctiques, mais est absente ailleurs. Cette variante pourrait être liée, selon les auteurs, au mode de vie du peuple Funadomari Jōmon, qui pêchait et chassait les animaux terrestres et marins Hideaki Kanzawa-Kiriyama et al., Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan, Anthropological Science, juin 2019, .
Protohistoire Période Yayoi
vignette|upright|Dōtaku, type de cloche de bronze de la fin de la période Yayoi.|alt=Photo couleur d'une cloche en bronze de forme cylindrique posée sur un support blanc.