L'estuaire de la Loire est le dernier parcours de la Loire situé en Loire-Atlantique, allant de Nantes jusqu'à son embouchure sur l'océan Atlantique et constituant une partie de la Basse-Loire.
L'estuaire est le lieu où les eaux marines rencontrent les eaux douces descendant le lit fluvial. L'estuaire de la Loire est constitué de chenaux, parsemé d'îles et bordé de marais. Il forme une zone humide majeure sur la façade océanique atlantique et constitue un maillon important dans l'écosystème estuarien avec le lac de Grand-Lieu, les marais de la Brière et ceux de Guérande.
Les marées L'onde des marées se propage au-delà de Nantes. Les cent derniers kilomètres de la Loire subissent, au rythme des marées, le mélange quotidien de ces deux masses d'eau. La différence de niveau de l'eau entre basse-mer et haute-mer atteint aussi bien à Saint-Nazaire qu'à Nantes, et mesure encore jusqu'à à Ancenis.
Le débit Le débit moyen du fleuve est de /s avec un régime hydraulique irrégulier allant de moins de /s en étiage à plus de /s en crue. La largeur du fleuve peut atteindre près d'un kilomètre entre les deux rives opposées.
La géomorphologie L'estuaire est bordé de part et d'autre par des marais, prairies humides et par des reliefs.
Au nord : le Sillon de Bretagne, formation apparue à l'ère primaire lors de la cassure du socle cristallin et l'apparition de failles. Au sud : les coteaux du pays de Retz, contrecoups du plissement alpin à l'ère tertiaire, soulèvements et affaissements géologiques.
Au cours de l'ère tertiaire, la mer a envahi la région et déposé des sédiments. L'estuaire a évolué au gré des régressions marines.
Lors de la dernière glaciation de Würm, le niveau des océans était une centaine de mètres plus bas. Les côtes étaient plus éloignées. La Loire se jetait dans l'océan Atlantique à la hauteur de l'île de Noirmoutier.
Écologie du paysage vignette|400px|droite|L'estuaire de la Loire avec le pont de Saint-Nazaire et les Chantiers de l'Atlantique. Entre ces deux reliefs s'étendent de part et d'autre du fleuve de vastes zones humides constituées de marais, de vasières découvertes à chaque marée basse, de roselières verdoyantes et de prairies salées inondées quelques jours par an. Selon l'Organisme régional d'étude et d'aménagement de la métropole, ces étendues humides couvraient un territoire de plus de en 1978. Aujourd'hui, on évalue à un peu moins à ce domaine qui constitue une importante richesse écologique pour sa biodiversité. Il s'étend de Couëron - Saint-Herblain à la Brière sur la rive nord et du Pellerin à Saint-Brevin-les-Pins pour la rive sud.
L'eau est l'élément naturel de ce paysage et apporte les ressources nutritives nécessaires à la flore et la faune de cette nature encore sauvage.
Face au rétrécissement de ces zones humides naturelles, leur nécessaire protection fut décidée afin de limiter les extensions industrielles et prévenir les futurs aménagements du Port autonome de Nantes-Saint-Nazaire. Une partie de cette immense zone humide est classée en « zone de protection spéciale » et « zone spéciale de conservation » (directives européennes de 1979 et 1992), elles-mêmes incluses dans une « zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique ». Plusieurs réserves de chasse assurent la tranquillité des zones de reproduction et d'hivernage de l'avifaune : réserve maritime, réserve fluviale, réserve des Baracons, réserve de Pierre-Rouge et surtout les réserves de chasse et de faune sauvage du Massereau et du Migron.. vignette|Parc Régional de Grande Brière Enfin, ont été créés de part et d'autre de l'estuaire : en 1970 : le parc naturel régional de Brière ; en 1982 : la réserve naturelle du lac de Grand-Lieu.
Depuis 1971 le schéma directeur de l'aire métropolitaine de Nantes prévoit de maintenir une zone non urbanisée entre les deux agglomérations de Nantes et de Saint-Nazaire, surnommée l'« Écharpe Verte ». Les communes concernées par cette ceinture verte ont classé dans leur Plan d'occupation des sols, des périmètres non constructibles.
La flore thumb|Angélique des estuaires, à Nantes Les vastes zones humides regorgent de nombreuses variétés de plantes. Au moins 600 espèces différentes furent répertoriées. Parmi celles-ci, l'angélique des estuaires, la renoncule, la pulicaria, l'ophioglosse commun, la gratiola officinalis, des roseaux notamment le roseau commun, l'aulne et le saule.
La faune La faune se répartit entre le monde aquatique, les oiseaux et les mammifères.
Les poissons Les espèces les plus courantes dans l'estuaire sont l'alose, l'anguille, la civelle, la crevette grise, la lamproie, le mulet et le saumon atlantique.
Les oiseaux Les échassiers tels que les bécasseaux, les bécassines, les courlis, les échasses, les cigognes, les grues, les hérons et les pluviers. Les Anatidae tels que canards, bernaches nonnettes et sarcelles. Les rapaces tels que les aigles criards, balbuzards et busards. Les passereaux tels que la mésange, le phragmite des joncs et le traquet. Enfin les avocettes, rousserolles, alouettes et barges à queue noire.
Les mammifères Les chauves-souris telles que les barbastelles, les murins, rhinolophes et vespertilions. La loutre.
Les amphibiens Le triton et batraciens.
Histoire Antiquité Dans l'Antiquité, le nord de l'estuaire était constitué par un vaste golfe maritime, parsemé d'îles et fermé par la presqu'île de Guérande, dont la Brière forme aujourd’hui un vestige.
C'est aussi l'époque où les Celtes s'y installent. Peuples gaulois des Namnètes sur la rive nord et des Ambilatres au sud. Les Ambilatres devinrent les alliés des Pictons.
Le port de Rezé appelé à l'époque romaine Portus Ratiatus (« port de Rezé ») ou Ratiatum Pictonum Portus (« port picton de Rezé »), fut un grand port fluvial à l’époque antique.
Moyen Âge L'estuaire voit voguer sur ses flots, de nombreux conquérants, parmi lesquels les Vikings et les Bretons.
Face aux razzias guerrières et aux envahisseurs, la rive sud de l'estuaire se constitue en zone de défense du Bas-Poitou sous le nom de comté d'Herbauges avec Rezé comme chef-lieu. La rive nord devient une marche de Bretagne sous l'autorité franque de Roland, neveu de Charlemagne afin de contenir les velléités bretonnes.
En 845, Nominoë, chef breton repousse les forces franques de Charles le Chauve.
En 851, le Traité d'Angers attribue le comté de Nantes et le Pays de Retz à la Bretagne.
En 919, les Vikings occupent Nantes et s'installent sur les îles situées face à Nantes.
La population franque du Pays de Retz, les Paydrets, furent intégrées au aux Marches de Bretagne et au Comté de Nantes.
Au Moyen Âge se multiplie la construction de nombreuses églises et abbayes autour de l'estuaire.
Renaissance et époque moderne vignette|droite|200px|L'estuaire en 1817 vignette|droite|200px|Carte de la Loire de Cassini vignette|droite|200px|Ancien marégraphe vu de Saint-Brevin Lors de l'Édit de Nantes, le Duc de Mercœur ennemi juré du roi de France Henri IV se rend malgré la présence de stationnés au Pellerin prêts à combattre le roi de France.
Renaissance : développement du commerce maritime avec le reste de l'Europe. Marchands, armateurs et navigateurs espagnols et hollandais débarquent en grand nombre à Nantes.
Le commerce triangulaire active le trafic maritime, mais la Loire devient difficile à remonter. Création des avant-ports de Couëron, du Pellerin et surtout de Paimbœuf sur la rive gauche.
Construction de raffineries de sucre à Nantes.
Pendant la Révolution française et les Guerres de Vendée, les abbayes et prieurés de l'estuaire sont brûlés.
L'industrialisation au L'activité maritime se déplace de Paimbœuf vers la rive droite, avec notamment la prolongation de la voie ferrée vers Saint-Nazaire et la création du port de Saint-Nazaire en 1856. Afin de contrer l'expansion de ce port, creusement du Canal de la Martinière sur la rive sud, pour maintenir l'activité économique à Paimbœuf. Industrialisation à Nantes, Couëron, Indre, construction d'un patrimoine industriel important.
Au Par le chenal sud, les capitaines des navires avaient besoin de connaître la hauteur d'eau navigable pour remonter jusqu'à Paimboeuf ou Nantes. Afin de les aider, un marégraphe en béton est implanté à 300 mètres du rivage de Saint-Brevin afin d'indiquer la hauteur d'eau à un point donné. En 1903, devant l'augmentation de l'activité industrielle, le creusement du nouveau chenal au nord est décidé. De ce fait, la navigabilité de la Loire est modifiée et désormais, les bateaux accostent sur la rive nord. Des dragues maintiennent en permanence une profondeur d'eau d'une quinzaine de mètres. Il ne subsiste plus de trace du chenal sud qui s'est comblé avec le temps et le marégraphe est tombé en désuétudeLe marégraphe: témoin de l'évolution de la navigabilité de la Loire, panneau de présentation réalisé par la commune de Saint-Brevin-les-Pins et le Conseil départemental de la Loire-Atlantique, consulté sur site le 5 mai 2024.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, l'estuaire est un des lieux stratégiques surveillés par l'armée allemande dans le cadre du mur de l'Atlantique. En particulier, la base sous-marine de Saint-Nazaire est construite à son extrémité aval, ce qui explique l'importance de la garnison de cette ville, ce qui conduira à d'importants bombardements alliés, d'une part, et à la présence d'une importante poche de résistance non libérée avant la fin de la guerre, la poche de Saint-Nazaire.
Installation des équipements pétrolier et méthanier à Donges et Montoir.
1965 : Création du Port autonome de Nantes-Saint-Nazaire.
1970 : La centrale thermique de Cordemais est opérationnelle.
1974 : Construction du Pont de Saint-Nazaire.
1976 : Michel d'Ornano, Ministre de l'Industrie, décide d'implanter une centrale nucléaire à la limite des communes du Pellerin et Cheix-en-Retz. À la suite de cette décision, l'opposition au projet va croissant, avec mobilisation populaire et manifestations. Le combat durera cinq ans, ponctué de débats intenses et d'affrontements violents. En 1981, le projet est abandonné, pour être aussitôt ré-implanté plus en aval, au Carnet sur la commune de Frossay. Après de nombreuses manifestations, le projet est définitivement abandonné en 1997.
1991 : Inauguration du Pont de Cheviré. vignette|droite|150px|Un Navibus à Nantes 1993 : Lancement des « Voyages au centre de l'estuaire », croisières pédagogiques de découverte de l'estuaire par le Centre Culturel Maritime de Nantes.
2005 : Après près d'un demi-siècle d’interruption, un service régulier de liaison fluviale entre Nantes et Trentemoult fait sa réapparition sous le nom de Navibus.
2005 : Gratuité des deux lignes de bacs de Loire (entre Couëron (port Launay) et Le Pellerin, et entre Basse-Indre et Indret à Indre). Depuis le , les bacs de Loire ont connu différentes techniques : à rames, à chaînes, à charrières, puis aujourd’hui en amphidrome.
2007 : Lancement de la première édition d'« Estuaire », une biennale d'art contemporain organisée sur le fleuve et ses rives de Nantes à Saint-Nazaire..
Un dragage permanent des fonds de l'estuaire est régulièrement effectué afin de permettre un libre passage entre les bouchons vaseux et hauts-fonds.
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