vignette|Vue du jardin Xichun, qui date de la dynastie Qing et est intégré au campus de l’Université Tsinghua. vignette|gauche|Le traditionnel He Tang Yue Se ( étang au clair de lune) fait partie de la résidence et du jardin du prince Yinzhi, qui ont été conservés après la création de l'Université Tsinghua. Ils sont actuellement intégrés aux jardins de l'université. vignette|Construit en 1917, le Grand Auditorium avec son architecture Jeffersonienne est une pièce maîtresse de l'ancien campus. vignette|Qinghua Xuetang, le bâtiment de l'ancien collège Tsinghua.
L'histoire de l'université Tsinghua s’étend sur plus d’un siècle depuis sa fondation en 1911. L’école est située sur le site du jardin Tsinghua de Pékin, qui fut la résidence de Yinzhi, le troisième fils de l’empereur Kangxi de la dynastie Qing. En 1909, l'administration de Theodore Roosevelt réduit le montant de l'indemnité versée aux États-Unis au titre du protocole de paix Boxer. La cour impériale Qing utilise l'argent ainsi économisé pour créer le et fonder le ainsi qu’une école préparatoire. Cette école préparatoire est ensuite rebaptisée école Tsinghua. Après avoir déménagé à Changsha, puis Kunming, durant la seconde guerre sino-japonaise, l'Université de Tsinghua retourne à Pékin en 1946.
Après une série de réformes de la politique de l'éducation débutant en 1952, Tsinghua devient le plus grand institut consacré aux sciences et à la technologie au sein des . Après la fin des troubles de la révolution culturelle en 1976, le rang de l’école est rehaussé grâce au lancement des et 985, qui visent à améliorer le niveau de recherche de l’enseignement supérieur en Chine.
De la fondation à la révolution culturelle vignette|Bon donnant droit a une indemnité après la Révolte des Boxers.
L’histoire de Tsinghua remonte au protocole de paix Boxer, signé en 1901. La dynastie Qing s'engage alors à verser aux membres de l'alliance des huit nations la somme de de dollars US en taels d’argent fin, avec un taux d’intérêt annuel de 4%. Cette somme est versée comme compensation pour les pertes humaines et matérielles subies par les membres de l'alliance lors de la révolte des Boxers. La part des États-Unis dans cette somme s’élève à . Le ministère des Affaires étrangères chinois a du mal à régler cette dette et charge l'ambassadeur de Chine, Liang Cheng, de négocier avec les États-Unis. Le , Liang a sa première réunion avec le Secrétaire d'État des États-Unis, John Hay, au cours de laquelle Hay propose de considérer que les réparations déjà versées dépassent la demande initiale des États-Unis, ce qui règle la question de la réduction du paiement.. Avec l'approbation du Congrès des États-Unis, le président Theodore Roosevelt autorise la réduction du montant des réparations à , la différence entre ce montant et les sommes déjà versées devant être renvoyée en Chine, à partir de . L'accord signé prévoit que cet argent doit servir à financer des programmes d’enseignement et créer des programmes de bourses d’études permettant aux étudiants chinois d’étudier aux États-Unis... Pour honorer Theodore Roosevelt pour sa contribution à la fondation de l'Université Tsinghua, un gymnase situé sur le campus de Tsinghua est baptisé Roosevelt Memorial Gynasium..
gauche|vignette|Le premier groupe d'étudiants chinois à étudier aux États-Unis en 1909.
Le , William Woodville Rockhill, l'ambassadeur des États-Unis en Chine, remet à la cour impériale Qing le document relatif à la réduction des réparations. Le prince Yikuang répond au gouvernement des États-Unis comme suit:
La même année, Tang Shaoyi est envoyé aux États-Unis pour remettre au gouvernement la lettre officielle de la cour impériale Qing faisant le point sur l'envoi des étudiants aux États-Unis. Voici le contenu de cette lettre :
Le gouvernement des États-Unis commence à verser l'argent prévu en 1909. En mai de la même année, Tenney Charles Daniel est chargé de représenter le gouvernement des États-Unis au sein de ce programme d’études. La sélection des étudiants est finalisée après une série de discussions en juin et la proposition est approuvée par le gouvernement impérial le . Le bureau du programme d’études a été officiellement mis en place le 有“游美学务处”建立于“6月或7月”、“六月初四日”等说法，但根据《游美学务处为报宣统元年全年经费事致外务部呈文》，应为“六月初一”，即1909年7月17日。.. Le , Zhou Ziqi 周自齐在1909年初授外务部右参议，署（“代理”之意）左参议，5月补任左参议，8月署右丞，不久改为署左丞。8月25日，兼任学部丞参上行走并出任游美学务处总办。此时，其职位有四：外务部署左丞、外务部左参议、学部丞参上行走、游美学务处总办，官品为候补三四品京堂。后于1922年代行中华民国北京政府总统。. et Tang Guo'an sont nommés au conseil d'administration pour gérer les opérations du bureau nouvellement créé.. Le site du jardin Tsinghua, situé à Pékin passe sous la responsabilité du bureau du programme d’études, qui doit y créer l’école préparatoire prévue dans les accords.. vignette|L'inscription sur la plaque du jardin Tsinghua écrite par l'empereur Xianfeng.
Cette école préparatoire, qui n'est encore que le Collège Tsinghua (), ouvre ses portes le .. Les professeurs de sciences du nouveau collège sont recrutés par le YMCA aux États-Unis, et ses diplômés transférés directement au sein des écoles américaines comme élèves en fin de scolarité. La devise de Tsinghua, Self-Discipline and Social Commitment, est tirée d'un discours prononcé en 1914 par Liang Qichao, un éminent universitaire et membre du corps professoral, dans lequel il cite le Yi King pour décrire une notion de l'homme idéal..
En 1925, l'école crée son propre programme de premier cycle de quatre ans et a lancé un institut de recherche sur les études chinoises...En 1928, le collège Tsinghua est officiellement reconnu comme étant une par le gouvernement nationaliste de la République de Chine et devient la National Tsing Hua University (NTHU).
Après le début de la Seconde guerre sino-japonaise, de nombreuses universités chinoises doivent évacuer leurs campus pour éviter l'invasion japonaise. En 1937, l'université Tsinghua est transférée à Changsha avec l'université de Pékin et l'université de Nankai pour former l'Université nationale provisoire de Changsha. Les écoles combinées sont transférées à Kunming en 1938 et renommées université nationale associée du sud-ouest. Après la reddition des forces d'occupation japonaises à la fin de la Seconde Guerre mondiale, l'université Tsinghua retourne à Pékin, dans le site du jardin Tsinghua......
Après la fin de la guerre civile chinoise en 1949, la Chine connait une révolution communiste menant à la création de la République populaire de Chine. Le président de l'université Tsinghua, Mei Yiqi, ainsi que de nombreux professeurs, s'enfuient à Taïwan avec le gouvernement nationaliste en retraite. Là, ils créent en 1955 le National Tsing Hua Institute of Nuclear Technology en 1955, qui est devenu plus tard la . Cette université Tsinghua de Taïwan existe toujours et est une institution totalement indépendante et distincte de son homonyme de Pékin....
En 1952, le Parti communiste chinois regroupe les établissements d'enseignement supérieur du pays, dans le but de mettre en place un système à la soviétique où chaque établissement se spécialise dans un domaine d'études particulier, comme les sciences sociales ou les sciences naturelles.. Dans le cadre de cette réforme, l'Université Tsinghua devient un institut polytechnique axé sur les sciences naturelles et le génie..
Pendant la révolution culturelle Première partie de la révolution culturelle Le lycée universitaire Tsinghua est le berceau du mouvement de la Garde rouge de la Révolution culturelle.. À partir du début des années 1960, les cadres du lycée promeuvent l’idéologie de la lutte des classes fondée sur l’orgueil familial. Au début du mois de , sous l'influence de la Circulaire 5-16, des étudiants ont affiché un dazibao (une affiche murale) ornée d'un slogan déclarant « participer à cette lutte de classe de la manière la plus positive et la plus consciente de soi ». Cette affiche suscite de la résistance de la part des autorités scolaires. Dans la nuit du , après avoir délibéré en groupe dans les ruines de l’Ancien Palais d'Été, une poignée d’étudiants de la classe supérieure décident de nommer leur mouvement « les gardes rouges»., ce qui signifie en réalité «les gardes rouges de Mao Zedong ». Le , ils placardent un dazibao clamant « Engageons nos vies à défendre la pensée de Mao Zedong, engageons nos vies à défendre la dictature du prolétariat ». Cette nouvelle affiche est une réponse à celle que Nie Yuanzi a placardé sur les murs de l'Université de Pékin, et attire des étudiants de écoles secondaires environnantes, qui inscrivent leurs noms sur ce nouveau dazibao en signe de soutien aux nouveaux gardes rouges..
Entre le et le , ce sont trois dazibao supplémentaires qui sont affichés sur les murs du lycée universitaire de Tsinghua. Ce triptyque est intitulé Vive l'esprit de rébellion révolutionnaire de la classe du prolétariat! Les deux premières parties sont envoyées à Mao Zedong, qui apporte son soutien aux gardes rouges le . Le contenu de ces affiches est repris en intégralité repris par Le Quotidien du Peuple et le magazine Drapeau Rouge.. Mao Zedong rencontre personnellement les gardes rouges à huit reprises, promouvant ainsi ce mouvement au sein du milieu des étudiants et du grand public. Les gardes rouges commencent rapidement à organiser des campagnes telles que la destruction des Quatre Vieilleries et la promotion du « droit de se lier ». Dans l'après-midi du , la porte secondaire historique de l'université est fermée par les gardes rouges afin de symboliser leur opposition au féodalisme et au capitalisme et leur soutien au révisionnisme marxiste-léniniste. Sur le même site, une sculpture géante de Mao Zedong est dressée le ; ce qui est qualifié dans le Quotidien du Peuple d'« événement spectaculaire » et suscite une vague de constructions de sculptures similaires à travers le pays...
Le , un groupe de travail dirigé par Ye Lin et auquel participent Liu Shaoqi et Wang Guangmei entre à l'université Tsinghua., pour attaquer le principal Jiang Nanyu et d'autres cadres, qui sont qualifiés de « révisionnistes engagés sur la voie du capitalisme », « autorités universitaires contre-révolutionnaires » et « vache démons et esprits de serpents ». Ils prennent le contrôle du comité du parti de Tsinghua et critiquent les étudiants rebelles. Des étudiants radicaux comme Peng Dafu, de la faculté de chimie industrielle de l'université, résistent aux attaques du groupes de Ye Lin. Le , dans ce que l’on a appelé depuis « l’incident du », Peng critique le groupe de travail, affirmant qu’il ne représente pas la révolution et demande à prendre le pouvoir. Le groupe de travail critique également Peng, révoque les pouvoirs de son parti et le place en détention pendant dix-juit jours. Au moins cinquante personnes sont condamnées pour sympathie envers Peng, cinq cents personnes sont impliquées et plusieurs tentatives de suicide ont lieu, faisant deux morts... En juillet, Mao Zedong rentre à Pékin, condamne le groupe de travail, soutient les radicaux et laisse entendre qu'il a des différends avec Liu Shaoqi. Fin août, plusieurs Dazibaos condamnant Liu sont placardés dans le jardin Tsinghua. En octobre, un autre dazibao annonçant « la défaite de Liu Shaoqi » est affiché dans le même jardin..
Le , sous le commandement du « quartier général du prolétariat », le Corps Jinggangshan de l'université de Tsinghua, soit la plus grande organisation de gardes rouges de Tsinghua, est créé. Son but principal est de vaincre Liu Shaoqi. Peng Dafu en devient le chef et reçoit le surnom de « commandant Peng »..