Mühlhausen on kaupunki Thüringenin osavaltiossa Saksassa. Se on Unstrut-Hainichin alueen pääkaupunki ja sijaitsee Unstrutjoen varrella. Vuonna 2014 kaupungissa oli 33 210 asukasta. Varhaisimmat kirjalliset tiedot kaupungista ovat vuodelta 967. Johann Sebastian Bach toimi kaupungin Divi Blasi -kirkon urkurina vuosilta 1708–1709.
Vuonna 1944 Buchenwaldin keskitysleiri perusti kaupunkiin naisille tarkoitetun alileirin, joka vapautettiin maaliskuussa 1945. Kaupunki kuului Saksan demokraattiseen tasavaltaan vuosina 1949–1989 ja tuolloin kaupunki kantoi nimeä Thomas-Müntzer-Stadt Mühlhausen, jolla viitattiin 1500-luvun radikaaliteologiin Thomas Müntzeriin.
Ystävyyskaupungit thumb|400px|Matthäus Merian, Mühlhausen, kaiverrus noin vuodelta 1630. Mühlhausenilla on neljä ystävyyskaupunkia: Eschwege Kronstadt Münster Tourcoing
Lähteet
Luokka:Saksan kaupungit Luokka:Thüringenin kunnat