Portugalin historia itsenäisenä valtiona juontaa juurensa keskiajalle. Portugali nousi löytöretkien myötä ensimmäiseksi maailmanlaajuiseksi merivallaksi 1400-luvun alusta lähtien. Laajimmillaan portugalilainen imperiumi käsitti alueita kaikista maanosista Pohjois-Amerikkaa lukuun ottamatta. Imperiumin kulta-aika päättyi hallitsijasuvun sammumiseen ja unioniin Espanjan kanssa. Voimakkaammat Länsi-Euroopan valtiot, kuten Alankomaat, Englanti ja Ranska syrjäyttivät 1500-luvulla Portugalin kauppa- ja merimahtina. Intian valtameren alueet menetettiin muslimivaltioille, etupäässä Omanille ja osmannien alusmaille.
Uuden itsenäistymisen vuonna 1640 jälkeen maa eli seuraavan vuosisadan Euroopan unohdettuna syrjäseutuna. Konservatiivinen aatelisto ja katolinen kirkko inkvisitioineen estivät uudistukset. Vuoden 1755 maanjäristyskatastrofi ja sitä seurannut Sebastião José de Carvalho e Melon eli Pombalin markiisin valtakausi valistushenkisine uudistuksineen katkaisivat pitkän pysähtyneisyyden ajan. Ranskalaiset Napoleonin joukot miehittivät Portugalia vuosina 1807–1812. Miehityksen ajaksi kuningashuone siirtyi Brasiliaan.
Ennen Portugalin valtiota Esihistoria Portugalista on löytynyt todisteita asutuksesta noin 30 000 vuoden takaa. Paleoliittiset metsästäjä-keräilijät keskittyivät Douro- ja Tajojokien yläjuoksun laaksoihin ja alkoivat noin 22 000 vuotta sitten tekemään kaiverruksia jokitörmien kallioihin. Tunnetuimmat kalliotaidekohteet löytyvät Vila Nova de Foz Côan kunnan ympäristöstä.Di Luca & Hall & Hancock, s. 497.
Ensimmäiset kiviset rakennelmat pystytettiin Portugaliin noin 6 000 – 7 000 vuotta sitten. Portugalissa on säilynyt useita dolmeneita ja menhireitä. Suurin säilynyt dolmen on Évoran lähellä oleva Anta Grande do Zambujeiro. Neoliittiselta kivikaudelta on säilynyt myös kivikehiä, muun muassa Cromeleque dos Almendres. Noin vuonna 3 000 eaa. ihmiset alkoivat rakentaa myös asumuksia sekä harjoittaa maanviljelyä. Ihmiset harjoittivat esi-isien palvontaa ja rakensivat kivirakennelmia eli dolmeneita. Neoliittisen kivikauden lopulla noin 2 000 eaa. alkoivat Iberian niemimaan kivikautisten kulttuurien alueelliset erot voimistua. Noin vuoden 1 000 eaa. tienoilla Portugalin pohjoisosiin alkoi kehittyä kulttuuri, jonka ihmiset rakensivat kaupunkeja ja kyliä linnavuorten juurelle.
Valloittajat vuorottelevat Foinikialaiset saapuivat 1100-luvulla eaa. Pyreneiden niemimaan länsirannikolle etsimään metalleja ja perustivat kauppa-asemia Cádiziin, Málagaan ja Sevillaan. Foinikialaiset kävivät kauppaa sisämaan asukkaiden kanssa ja vaihtoivat itämaisia kauppatuotteita metalleihin. He asettuivat noin vuonna 900 eaa. myös Portugalin Atlantin rannikolle.
Keltit saapuivat Keski-Euroopasta Pyreneiden niemimaan länsiosiin 700–500 eaa. Tuohon aikaan kaupungit kehittyivät, ja esimerkiksi Citânia de Briteirosista ja Citânia de Sanfins de Ferreirasta on asunut maanviljelijöitä, käsityöläisiä ja kauppiaita.Di Luca & Hall & Hancock, s. 498. Kelttiläisten ja kelttiläistyneiden heimojen ohella nykyisen Portugalin alueella asui kelttejä edeltäneitä indoeurooppalaisia kieliä puhuneita kansoja, kuten lusitaanit. Kreikkalaiset saapuivat niemimaalle 600-luvulla eaa. ja perustivat alueelle siirtokuntia. Karthagolaiset saapuivat foinikialaisten ja kreikkalaisten jälkeen ja hallitsivat niemimaan eteläisiä osia roomalaisten saapumiseen asti 200-luvulla eaa.
Roomalaiset valloittivat Pyreneiden niemimaan 200-luvun lopulla eaa. Niemimaan länsiosassa nykyisen Portugalin keskiosassa lusitaanit vastustivat roomalaisten hyökkäystä voimakkaasti parin sadan vuoden ajan. Lusitaanien vastarintaa johtaneista sotapäälliköistä kuuluisin oli Viriatus, joka taisteli roomalaisjoukkoja vastaan vuosikymmenten ajan, kunnes hän joutui omien, roomalaisten lahjomien sotilaidensa murhaamaksi. Viriatuksen kuoleman jälkeen roomalaiset pystyivät nopeasti etenemään Portugalin sisämaan ja valloittamaan loputkin Pyreneiden niemimaasta. Valloittaja oli roomalaisten sotapäällikkö Decius Junius Brutus Albanus.
Roomalaisaika ja maurien tulo 150px|thumb|Lusitanian kartta. Valloituksen jälkeen alkoi Portugalin roomalaistaminen. Olisipo (nykyinen Lissabon) oli perustettu vuoteen 60 eaa. mennessä. Muita kaupunkeja olivat muun muassa Évora, Santarém ja Beja. Rooman provinssina Lusitania oli vuodesta 25 eaa. alkaen likimain nykyisen Portugalin ja osittain Espanjan alueilla. Se käsitti Douron eteläpuolisen alueen. Se nimettiin luultavasti alueen alkuperäisten asukkaiden, lusitaanien mukaan. Heidän alkuperänsä on epäselvä, mutta he saattaisivat olla kelttien ja ibereiden jälkeläisiä. Arkeologiset löydöt osoittavat, että roomalaisajan Lusitania oli vauras alue. Olisipo toimi Lusitanian pääkaupunkina, kunnes vuonna 25 jaa. nykyisen Espanjan alueelle perustettiin Emerita Augusta. Roomalaiset kehittivät Lusitanian teollisuutta ja rakensivat monia teitä ja siltoja hallintokaupunkien välille. He pystyttivät myös monia monumentteja, kuten Évoran Dianan temppelin.
Kansainvaellusaikana 400-luvulla Pyreneiden niemimaalle saapui useita germaanisia heimoja. Vandaalit, sveebit ja alaanit tunkeutuivat alueella vuonna 406. Hyökkääjät levittäytyivät länsirannikolle asti muutamassa vuodessa. Vandaalit pitivät alkuun nykyistä Portugalia hallinnassaan, mutta heidän jälkeensä sveebit levittäytyivät sinne Galiciasta. Sveebien kuningaskunnan keskuksena oli nykyinen Braga. Roomalaistuneet visigootit pyrkivät pian palauttamaan roomalaiskauden Pyreneiden niemimaalle. He perustivat sinne Visigoottien valtakunnan, joka kesti muslimihyökkäyksiin asti. Germaanikaudella kristinusko vakiintui Portugaliin.Birmingham, s. 15.
Pohjois-Afrikan arabien ja berberien armeija hyökkäsi vuonna 711 nykyisestä Marokosta Pyreneiden niemimaalle. Sisäisten ristiriitojen heikentämä Visigoottien valtakunta kaatui hyökkäyksessä. Portugalissa maurit keskittivät valtansa maan eteläosiin, joka tunnettiin nimellä Gharb Al-Andalus. Sen tärkein kaupunki oli Silves.Di Luca & Hall & Hancock, s. 499. Maurit toivat Portugaliin muslimitieteilijöiden keksintöjä ja toisaalta kehittyneempiä kastelujärjestelmiä.Birmingham, s. 16. Toisten historioitsijoiden mukaan vanhat roomalaiset kastelujärjestelmät säilyivät jotakuinkin entisellään. Arabivallan johdosta muun muassa Lissabon, Santarém ja Évora saivat maurilaisen ilmeensä.
Portugalin perustaminen ja Reconquista Afonso Henriquesin aikainen Portugalin ensimmäinen lippu.|thumb Vaikka maurit olivat käytännössä vallanneet koko Pyreneiden niemimaan, Asturian vuoristoalueille oli jäänyt jonkun verran visigootteja. Niin sanotun reconquistan aloittanut Pelayo kukisti jo 700-luvun alussa muslimit Covadongan taistelussa ja perusti Asturian kuningaskunnan. Hänen seuraajansa laajensivat Asturian–Leónin kuningaskuntaa Portugalin pohjoisosiin Bragaan, Portoon, Viseuun ja Guimarãesiin. Alue säilyi noin 200 vuoden ajan kristittyjen ja muslimien välisenä raja-alueena.
Kreivi Vímara Peres hallitsi vuonna 868 Minho- ja Dourojokien välistä Portucalen kreivikuntaa, jonka keskus oli Portucalen kaupunki (nykyinen Porto). Vuotta 868 pidetäänkin toisinaan Portugalin perustamisvuotena, vaikkakaan täyttä itsenäisyyttä ei vielä ollut. Leónin kuningas Alfonso VI antoi vuonna 1096 Portucalen kreivin tittelin ritari Henrikille. Hän pysyi pitkään uskollisena Alfonsolle, mutta tämän vuonna 1109 tapahtuneen kuoleman jälkeen Henrik ei puolueettomana Leónin kuningaskunnan sisällissodassa eikä tarjonnut tukea millekään osapuolelle. Portugali julistautui sodan aikana itsenäiseksi, Henrikin elinaikana Portugalin itsenäisyyttä ei kuitenkaan tunnustettu.
Afonso VII voitti Leónin sisäisen taistelu, ja hän pakotti vuonna 1127 Portugalin hallitsijan Teresan suostumaan kuuliaisuuteen. Portugalilaiset aateliset vastustivat itsenäisyyden pienenemistä ja liittoutuivat Teresan pojan Afonso Henriquesin (Afonso I) kanssa. Afonso kukisti äitinsä joukot 24. kesäkuuta 1128 São Mameden taistelussa. Hän julistautui vuonna 1139 Portugalin kuninkaaksi ja onnistui vuonna 1147 valtaamaan muslimeilta sekä Santarémin että Lissabonin. Alfonso VII oli tunnustanut vuonna 1143 serkkunsa aseman kuninkaana, ja vuonna 1179 Pyhä istuin tunnusti Portugalin itsenäiseksi.Encyclopædia Britannica. Vaikka Afonson valtakunta levisi aina Alentejoon asti, muslimien valtakeskittymää Algarvea ei saatu vielä useaan vuosikymmeneen vallattua.
Afonson poika Sancho I alkoi jakaa erityisesti maan itä- ja keskiosissa kaupunginoikeuksia ja houkutteli näin uudisasukkaita. Hän käytti huomattavan osan voimavaroistaan maan asuttamiseen ja on saanut näin lempinimen ”Asuttaja” (O Povoador). Tagusin laaksossa ja siitä etelään uudisasuttaminen oli vaarallista, joten sieltä annettiin maita monille uskonnollis-sotilaallisille sääntökunnille. Merkittävin niistä oli Temppeliherrain ritarikunta, joka sai alueita Zêzerejoen varrelta.
Temppeliherrain tuella Sancho valtasi vuonna 1189 Algarven, mutta almohadien joukot tekivät monia vastahyökkäyksiä. Afonso II oli vuonna 1212 tukemassa kastilialaisia Las Navas de Tolosan taistelussa. Hän oli edellisenä vuonna kutsunut kokoon ensimmäisen parlamentin, cortesin, johon kutsuttiin aatelisia ja kirkon edustajia. Portugalin takaisinvaltaus viimeisteltiin vuonna 1249, kun Faro valloitettiin. Portugalin rajat ovat pysyneet tämän jälkeen lähes muuttumattomina. Alfonso III otti tuolloin ensimmäisenä monarkkina tittelikseen ”Portugalin ja Algarven kuningas”.
Dinis I vakiinnutti valtakaudellaan vuosina 1279–1325 Portugalin aseman. Hän muun muassa linnoitti rajakaupunkeja ja uudisti maanviljelystä, mikä toi hänelle lempinimen ”Maanviljelijä” (O Lavrador).Di Luca & Hall & Hancock, s. 500. Hän myös oli perustamassa Portugalin merivaltaa, kun hän toi vuonna 1317 genovalaisen Emanuele Pessagnon johtamaan Portugalin laivastoa. Kaupankäyntiä hän rohkaisi tekemällä vuonna 1303 Englannin Edvard II:n kanssa sopimuksen, joka takasi portugalilaisten kauppiaiden pääsyn englantilaisiin satamiin. Dinis määräsi myös, että kaikki viralliset dokumentit tulisi kirjoittaa portugaliksi, ja perusti tutkimuskeskuksen, josta kehittyi myöhemmin Coimbran yliopisto.
Dinisin seuraajien aikana elämä Portugalissa ei ollut enää yhtä rauhallista. Afonso IV joutui useisiin erimielisyyksiin Kastilian kanssa. Hänen pojanpoikansa Ferdinand I oli vallassa, kun Pietari I ja Henrik II kävivät taistelua Kastilian kruunusta. Kun Pietari murhattiin vuonna 1369, Ferdinand lupautui liittoutumaan useiden Kastilian kaupunkien kanssa. Kastiliassa valtaan noussut Henrik valtasi Portugalin.
Kuningas Ferdinand I kuoli vuonna 1383 ilman miespuolista perillistä. Hänen tyttärensä Beatriz avioitui samana vuonna Kastilian Juhana I:n kanssa, mikä tarkoitti, että Portugali siirtyisi Kastilian vallan alle. Tätä seurasi kahden vuoden mittainen anarkia, eli interregnum jolloin maassa ei ollut varsinaista kuningasta. Portugalilaiset kävivät 6. huhtikuuta 1384 kastilialaisia vastaan Atoleirosin taistelun, mutta vasta Aljubarrotan taistelussa 14. elokuuta 1385 portugalilaiset voittivat kastilialaiset lopullisesti, jolloin Portugali pääsi Kastilian holhouksesta ja valtaistuimelle nousi Portugalin kuningas Juhana I.
Englantilaiset olivat auttaneet portugalilaisia taisteluissa, ja 9. toukokuuta 1386 Englanti ja Portugali tekivät Windsorin sopimuksen. Sopimus synnytti yli 500 vuotta kestäneen yhteistyön. Juhana otti puolisokseen englantilaisen Filippa of Lancasterin, joka oli John of Gentin tytär.
Löytöretkien aika
Afrikan ympäri thumb|350px|Portugalin löytöretket ja imperiumi. Portugalilaisen imperiumin rakentaminen alkoi vuonna 1415, kun portugalilainen armada purjehti kuningas Juhana I:n ja hänen poikiensa Edvardin, Henrikin ja Afonson kanssa kohti Ceutaa Pohjois-Afrikassa. Mukana oli myös Nuno Álvares Pereira. Ceutan rikas islamilainen kauppakaupunki valloitettiin 21. elokuuta 1415.