pienoiskuva|350px|Jäätikköön avautui käytävä mannerjään sulaessa. Paleointiaanit saapuivat joko tätä käytävää tai Alaskan ja Kanadan länsirannikkoa pitkin nykyisten Yhdysvaltain alueelle. Intiaanien alkuperä on perinteisen näkemyksen mukaan Itä-Siperiassa. Intiaanit ovat Amerikan mantereen alkuperäiskansa. Joihinkin kiistanalaisiin löytöihin perustuen on intiaanien esi-isien arvioitu tulleen mantereelle 16 000–50 000 vuotta sittenJyrki K. Talvitie, Anneli Ilmonen, Sulkakäärme ja jaguaarijumala, Meksikon ja Guatemalan intiaanit, Tampereen taidemuseon julkaisuja 73, , s. 49–50, mutta tätä ei kyetä pitävästi todistamaan.

Intiaanien esi-isät tulivat mantereelle viimeisimmän jääkauden lopulla Alaskan ja Itä-Siperian välisen Beringian maakannaksen kautta.Jared Diamond: Tykit, taudit ja teräs. Terra Cognita 2003. . Alkuteos Jared Diamond 1997, 1999. Osa I, Luku I, s. 49.Cetram 1973, s. 226, Luku Beringin salmen ylitys

Kun jääkauden mannerjäätikkö alkoi sulaa, Beringian maakannas peittyi asteittain mannerjäätiköistä sulaneeseen veteen. Kanadan peittäneeseen jäätikköön avautui Kalliovuorten länsi- ja itäpuolelle Kanadan jääkäytäväKero 1986, s. 18West 1996, s. 555–556, jota pitkin paleointiaanit saattoivat matkata etelään ja synnyttää paikallisen mammutinmetsästykseen perustuneen Clovis-kulttuurin noin 13 000–13 500 vuotta sitten.

Ennen Kanadan jääkäytävän avautumista aukesi vaihtoehtoinen kulkureitti Kanadan länsirannikkoa pitkin, ja ihmisiä on saattanut tulla mantereelle sitä kautta jo 16 000 vuotta sittenHeather Pringle: The 1st Americans. Scientific American November 2011. s. 36-41. tai ehkä aiemmin ennen jääkauden ankarinta vaihetta.

Ihmiset levittäytyivät nopeasti koko mantereelle. Amerikan mantereen eteläkärjen ihminen saavutti noin 13 000 vuotta sitten.

Yleisesti ajatellaan alkuperäiskansojen tulleen Amerikkaan ainakin kolmessa aallossa: paleointiaanit, na-dene-kansat ja eskimot. Itä-Aasian ja Alaskan vanhoissa arkeologisissa löydöissä näkyy kaksi erityyppistä kulttuuria, joista vanhempi vaikuttaa liittyvän paleointiaaneihin ja myöhempi na-deneen tai eskimoihin. Geenien haplotyypeistä on löydetty viitteitä siitä, että paleointiaanien muuttoaaltoja olisi ollut kaksi. Jotkin asiantuntijat ovat esittäneet ihmisten tulleen jääkauden aikana Atlantin yli Euroopasta.Menneisyyden monet totuudet. Editors Jonathan Bastable Alison Candlin, Project Editor Liz Hitchcock. Suom. toimitus Hannakatri Holmen, suom. artikkelien kirjoittaja Jaana Iso-Markku. Valitut Palat Helsinki 2009. . Suomentaja Jaana Iso-Markku. Alkuteos The Truth About History (2003). s. 30. Geenitutkimusten perusteella eurooppalainen yhteys selittynee yhteisillä pohjoiseuraasialaisilla esi-isillä.

Geneettinen alkuperä 2010-luvulla tehtyjen geenitutkimusten mukaan intiaanien geeniperimästä kaksi kolmasosaa tulee itäaasialaisilta ja yksi kolmasosa pohjoiseuraasialaiselta väestöltä.

Jo aiemmin on esitetty intiaanien sulautuneen ehkä Beringiassa kahdesta eri ryhmästä, joista toinen olisi ollut etelästä tullut mongolinen rotu, toinen pohjoisempaa tullut euraasialainen rotuMistä suomalaiset ovat tulleet, Kalevi Wiik, Pilot-kustannus oy 2007, , s. 49, 148, 155, 158.

pienoiskuva|350px|Intiaanien geeneissä yleisin isälinjan geenityyppi on isälinjan haploryhmä Q, jota tavataan hieman myös Itä-Aasiassa. pienoiskuva|350px|Äitilinjan haploryhmää D esiintyy Itä-Aasiassa ja Siperiassa. D4:ää on löydetty varhaisilta intiaaneilta.

Myös geenitutkimusten mukaan intiaanit ovat sukua keski-, etelä- ja itäaasialaisille kansoille. Tämä näkyy sekä isä- että äitilinjan geeneissä. Geenitutkimukset tukevat ajatusta, että intiaanit olisivat tulleet yhtenä melko pienenä ryhmänä Beringinsalmen yli ennen Clovis-kautta, noin 15 000–23 000 vuotta sitten Intiaanien geeneissä esiintyvät äitilinjan haploryhmän tyypit A2, C2, C, D1 ja harvoin X2a. Isälinjan haploryhmistä intiaaneilla yleisin on haplotyyppi Q, joka on peräisin tyypistä P. Haplotyyppi P:ssä tapahtui Q:n synnyttänyt mutaatio. Keski-Aasiassa eli arviolta 15 000–20 000 vuotta Q-linjan kantaisä, jonka syntymässä ilmeni mutaatio M242. Näin on päätelty, koska tätä ominaista haplotyyppi Q-M242:aa tavataan myös Keski-Aasian keteillä ja selkupeilla. Jossakin paikassa, luultavasti Beringiassa, tapahtui vain intiaaneille yhteinen geenimutaatio M3 ehkä noin 10 000–16 000 vuotta sitten. Niinpä intiaaneilla on yleinen haploryhmä Q1a3. Yllättäen evenkeillä esiintyy hieman "vain intiaaneille ominaista" haplotyyppiä Q-M3, joka on luultavasti tullut Itä-Aasiaan takaisin muuton mukana.

Joitain Siperiasta ja Amerikasta löydettyjen vanhojen ihmisfossiilien geenejä on analysoitu ja todettu niiden muistuttavan nykyisten intiaanien geenejä. Yhdysvalloista löydettyä poikalapsen jäännöstä "Anzick-1" väitetään olevan Clovis-kulttuurin ajalta, mutta varmaa tämä ei ole. Joka tapauksessa ajoitusten mukaan löytö kuuluu varhaiselle paleointiaanille. Anzick-1:n geenit ovat tutkimusten mukaan lähimpänä intiaaneja kuin mitään muuta ihmisryhmää, ehkä enemmän Etelä-Amerikan intiaaneja. Mutta toisaalta Anzick-1 ei vastaa täysin nykyisiä intiaaneja. Anzick-1:n isälinjan Y-DNA on tyyppiä Q1a2a1* (L54), ei nykyisille intiaaneille tyypillinen Q1a2a1a1 (M3). Anzick-1:n äitilinjan geenit ovat tyyppiä D4h3a17Indianen kwamen uit Siberië, verwant met Europeanen, jonka läheistä tyyppiä D4h3a esiintyy paljon läntisessä Etelä-Amerikassa ja Meksikossa.Ancient DNA from Montana Skeleton Holds Clues to Native American Ancestry Alaskan etelärannikon Prince Walesin Islandin Your Knees Cavesista löydetty 10 300 vuotta vanha ihmisen DNA on tyyppiä mtDNA D4h3a7 ja Y-DNA Q1a3a1a. Tyyppi D4h3a on nykyään intiaaneilla hyvin harvinainen; sitä esiintyy muun muassa Kalifornian chumasheilla ja Tulimaan Yamanoilla. Washingtonin osavaltiosta löydetty 8500 vuoden ikäinen Kennewickin mies on isälinjan tyyppiä Q1a2-M3 ja äitilinjan tyyppiä X2a. Jukatanin vedenalaisesta luolasta löydetty 10 000–13 000 vuoden vanha tytön jäännös "Naia" kuului äitilinjan mt-DNA:n haploryhmään D1, jota tavataan nykyään eniten Amazonin seuduilta.

Intiaanien perimästä noin kaksi kolmasosaa on tullut itäaasialaisilta. Yksi kolmasosa on tullut muinaiselta pohjoiseuraasialaiselta väestöltä, joka on sittemmin kadonnut risteydyttyään muihin väestöihin. Tämä väestö antoi geenejään myös eurooppalaisille, minkä seurauksena intiaanien ja eurooppalaisten välillä on havaittu yllättävä geneettinen yhteys.Reich 2018, s. 106–108. Joidenkin Etelä-Amerikan Amazonian intiaaniväestöjen perimästä parisen prosenttia on peräisin Australian, Uuden-Guinean ja Andamaanien väestöiltä. Tämä viittaa muinaiseen väestöön, joka saattoi tulla Amerikkaan pohjoisesta eri aikaan ja eri reittiä kuin muuttajien valtaosa.Reich 2018, s. 204–207.

Aika ennen Clovisin kulttuuria pienoiskuva|Amerikan kartta, joka näyttää löytöpaikkoja ajalta ennen Clovis-kulttuuria. Amerikassa on tehty monia jopa 13 500–50 000 vuotta vanhoja löytöjä, joiden on esitetty olevan merkkejä asutuksesta.Jyrki K. Talvitie, Anneli Ilmonen: Sulkakäärme ja jaguaarijumala, Meksikon ja Guatemalan intiaanit. Tampereen taidemuseon julkaisuja 73, , s. 50Ensimmäiset ihmiset, Ihmisen suku 1, s. 190. Löydöt ovat luita ja työkalun näköisiä kiviä, joissa on hiiltä, jonka on arveltu olevan peräisin nuotiosta. Kivi voi kuitenkin olla luonnon muokkaamaa ja puuhiili syntynyt salaman sytyttämästä tulipalosta. Luut taas saattavat olla eläin- eivätkä ihmisperäisiä. Varhaisimpien paleointiaanien työkaluvalikoiman sanotaan muistuttaneen Moustierin työkaluvalikoimaa, kuten myös esimerkiksi Ukrainan myöhäispaleoliittisen kulttuurin varhaisvaiheet. Jotkut löydöt, kuten Buttermilko Creek, Monte Verde ja Lindsay viittaavat siihen, että mantere asutettiin 14 000–15 500 vuotta sitten.Ensimmäinen amerikkalainen, National Geographic Suomi, 4/2015, 2.4-27.5 2015, s. 24-26

Tämä esi-Clovisiksi nimetty kulttuuri on kiistanalainen, eikä yli 13 500 vuotta vanhemmista löydöistä ole tieteellistä konsensusta. Joidenkin tutkijoiden mielestä muun muassa intiaanien geenistö, kielten runsaus ja asutuksen nopean leviämisen epätodennäköisyys viittaavat siihen, että Amerikka on saatettu asuttaa 20 000–40 000 vuotta sitten.

Ensimmäiset metsästäjät 200px|pienoiskuva|Clovisin ja muiden kulttuurien keihäänkärkiä, joita käytettiin muun muassa mammutin ja biisonin metsästyksessä. Äärimmäisellä vasemmalla muu työkalu. Clovisin kulttuurin leviäminen

Tutkijat ovat melko yksimielisiä siitä, että Amerikassa asui mammutinmetsästäjiä noin 13 000–13 500 vuotta sitten. He olivat niin sanottuja Clovisin kulttuurin paleointiaaneja. Clovisin ihmisten elämä oli liikkuvaa, ja he siirtyivät pieninä ryhminä riistan perässä vuodenaikojen mukaan. He metsästivät luisilla ja piikivisillä keihäillä mammutteja, mastodontteja, biisoneita, hevosia, kameleita ja muita eläimiä.

Noin 12 500 vuotta sitten sammunut Clovisin kulttuuri oli ehtinyt levitä nopeasti laajoille alueille. Clovisin ihmisiltä jäi terämäisiä uurtimia, kaapimia ja muuta tyypillistä myöhäispaleoliittista esineistöä. Heille näyttää olleen Ukrainan Kostenkin kulttuurin tapaan ominaista moninainen mammutin hyödyntäminen. Clovisin kulttuurin jäljiltä ei ole löydetty kiinteitä asuinpaikkoja, vaan lähinnä eläinten teurastuspaikkoja.Otavan suuri maailmanhistoria, Osa 1 Esihistoria. Päätoimittaja Erling Bjöl, suom. päätoim. Matti Klinge. Otava 1982. . s. 78.

Alaskan paleointiaanien leirit ajoittuvat 13 700 vuoden päähän. Sieltä he saapuivat joko Kanadan rannikkoa pitkin nykyisen Washingtonin osavaltion seudulle tai Kanadan jääkäytävää pitkin nykyiseen Montanaan, missä on tehty kaksi ristiriitaista ajoitusta Anzicin kalliosuojaan tehdystä okraa sisältäneestä haudasta. Toinen ajoitus on 13 470 vuoden ja toinen 12 840 vuoden päähän. Myös eräs vanhimmista kohtalaisen hyvin ajoitetuista Clovisin löytöpaikoista, Länsi-Nevadan Fishbone Cave, ajoittuu 12 –13 540 vuoden päähän ja Kalifornian rannikon Santa Rosa Islandin löytö 12 900 vuoden päähän. Paleointiaanien levittäytymisen tiheästi koko mantereelle uskotaan vieneen 500–1 500 vuotta.

Suurten eläinten joukkotuho jääkauden lopulla

Aasiasta vaelsi muun muassa arobiisoneja Alaskaan ja läntisille Kanadan Kalliovuorille sekä Yhdysvaltain luoteisimpaan kolkkaan jääkauden aikana, kun jäätikkö ei ollut laajimmillaan. Paul S. Martinin esittämän teorian mukaan mantereen lukuisat pleistoseenikauden suuret eläimet hävisivät melko äkkiä ihmisten metsästäessä ne sukupuuttoon. Hänen mukaansa ihminen levittäytyi Yhdysvaltoihin luoteesta noin 400 vuoden sisään ja koko Amerikkaan noin 1 000 vuodessa. Vaellusvauhti olisi ollut tällöin 11–15 km vuodessa.

Grand Canyonin alueella on ajoitettu normaalia tarkemmilla ajoituksilla shastan maalaiskiaisen ja harringtonin vuorivuohen katoaminen 10 900–11 100 vuoden päähän, aikaan johon on ajoitettu alueen varhaisimmat Clovis-löydöt ja jääkauden lopun suuri ilmastonmuutos.Diamond 2003, s. 50 Monet suuret eläimet hävisivät Pohjois-Amerikasta noin 7 000–12 000 radiohiilivuotta sitten. Näitä olivat esimerkiksi hevonen, kameli, mammutti, mastodontti, jättiläismaalaiskiainen, laama, jättiläismajava, glyptodon, jättiläispekari, metsämaan myskihärkä, sapelihammaskissa ja gepardi. Joidenkin eläinten osalta häviäminen kävi melko nopeasti. Esimerkiksi jättiläismaalaiskiainen katosi Pohjois-Amerikasta noin 11 000 radiohiilivuotta sitten, Ohiosta jo 11 400 radiohiilivuotta sitten eli 13 300 vuotta sitten. Etelä-Amerikasta jättiläislaiskiaiset hävisivät 10 500 radiohiilivuotta sittenhttp://www.pnas.org/cgi/content/full/102/33/11763 ja Länsi-Intian saaristosta 4 400 radiohiilivuotta sitten.http://www.geo.arizona.edu/palynology/geos462/05quatfaun.html Suuret eläimet ovat saattaneet hävitä Amerikasta nopeasti, eikä sen syystä olla varmoja. Toiset ovat väittäneet, että suurten eläinten häviäminen Amerikassa olisi ollut hitaampi prosessi.