Municipio de Winnebago puede referirse a alguno de los siguientes lugares en Estados Unidos:
Municipio de Winnebago (condado de Winnebago, Illinois), un municipio ubicado en el condado de Winnebago. Municipio de Winnebago (condado de Houston, Minnesota), un municipio ubicado en el condado de Houston. Municipio de Winnebago (condado de Thurston, Nebraska), un municipio ubicado en el condado de Thurston.