250px|thumb|right|Los árboles filogenéticos tienen forma de dendrogramas. Cada nodo del dendrograma se corresponde con un clado.
La taxonomía (del griego , y ) es, en un sentido general, la clasificación ordenada y jerárquica. Usualmente se emplea el término para designar a la taxonomía biológica, el modo de ordenar a los organismos en un sistema de clasificación compuesto por una jerarquía de taxones anidados. La taxonomía biológica es una subdisciplina de la sistemática biológica, que estudia las relaciones de parentesco entre los organismos y su historia evolutiva. Actualmente, la taxonomía actúa después de haberse resuelto el árbol filogenético de los organismos estudiados, esto es, una vez que están resueltos los clados, o ramas evolutivas, en función de las relaciones de parentesco entre ellos. El científico especialista en taxonomía se denomina taxónomo.
En la actualidad existe el consenso en la comunidad científica de que la clasificación debe ser enteramente consistente con lo que se sabe de la filogenia de los taxones, ya que solo entonces dará el servicio que se espera de ella al resto de las ramas de la biología (ver por ejemplo Soltis y Soltis, 2003), pero hay escuelas dentro de la biología sistemática que definen con matices diferentes la manera en que la clasificación debe corresponderse con la filogenia conocida.
Más allá de la escuela que la defina, el fin último de la taxonomía es organizar al árbol filogenético en un sistema de clasificación. Para ello, la escuela cladística (la que predomina hoy en día) convierte a los clados en taxones. Un taxón es un clado al que fue asignada una categoría taxonómica, al que se otorgó un nombre en latín, del que se hizo una descripción, al que se asoció a un «ejemplar tipo», y que fue publicado en una revista científica. Cuando se hace todo esto, el taxón tiene un nombre correcto. La nomenclatura es la subdisciplina que se ocupa de reglamentar estos pasos y que se atengan a los principios de nomenclatura. Los sistemas de clasificación que nacen como resultado funcionan como contenedores de información, por un lado, y como predictores, por el otro.
Una vez que está terminada la clasificación de un taxón, se extraen los caracteres diagnósticos de cada uno de sus miembros, y sobre esa base se confeccionan claves dicotómicas de identificación, las cuales se utilizan en la tarea de la determinación o identificación de organismos, que ubica a un organismo desconocido en un taxón conocido del sistema de clasificación dado. La determinación o identificación es, además, la especialidad, dentro de la taxonomía, que se ocupa de los principios de elaboración de las claves dicotómicas y otros instrumentos dirigidos al mismo fin.
Las normas que regulan la creación de los sistemas de clasificación son, en parte, convenciones más o menos arbitrarias. Para comprender estas arbitrariedades (por ejemplo, la nomenclatura binominal de las especies y la uninominal de las categorías superiores a especie, o también la cantidad de categorías taxonómicas y los nombres de las mismas) es necesario estudiar la historia de la taxonomía, que nos ha dejado como herencia los Códigos Internacionales de Nomenclatura a cuyas reglas técnicas deben atenerse los sistemas de clasificación.
La nueva crisis de biodiversidad, los avances en el análisis del ADN y la posibilidad de intercambiar información a través de Internet han dado un enorme impulso a esta ciencia en la década de 2000, y han generado un debate acerca de la necesidad de hacer reformas sustanciales a los Códigos, que aún se están discutiendo. Algunos ejemplos de nuevas propuestas son la taxonomía libre de rango, las marcas de ADN y la publicación por internet.
Definiciones de la taxonomía según diferentes escuelas thumb|La taxonomía en la actualidad (según la escuela cladista) decide qué nodos del árbol filogenético (clados) se convertirán en taxones y en qué categorías taxonómicas se ubican.
Según la escuela cladista, que predomina hoy en día, la taxonomía es la ciencia que debe decidir qué clados del árbol filogenético se convertirán en taxones, y en qué categoría taxonómica debería estar cada taxón.
Hay otras escuelas de clasificación. Quizás la más importante, dentro de las "minoritarias", sea la que considera que los grupos parafiléticos también deberían tener la posibilidad de ser convertidos en taxones, si los grupos que los conforman son lo suficientemente similares entre sí y lo suficientemente disímiles del clado que queda afuera (escuela evolucionista, Simpson 1961, Ashlock 1979,Presentación de un método explícito y fácil de seguir para construir una clasificación taxonómica evolucionista. Cronquist 1987, Mayr y Ashlock 1991, Stuessy 1983, Stevens 1986, 1988).
Un ejemplo clásico de un grupo parafilético que algunos taxónomos consideran un taxón, es el de las bacterias, parafiléticas con respecto a los eucariotas. Uno de los exponentes actuales de esta escuela es el investigador Cavalier-Smith.
Otra escuela que fue encabezada por investigadores como Sokal, es la que clamaba que era imposible conocer la filogenia de los organismos con la información que se recolectaba, debido a que los razonamientos se hacían circulares (la morfología determinaba las relaciones de parentesco, y con las relaciones de parentesco se interpretaba la morfología) y la información no era completa como para saber las «verdaderas» relaciones filogenéticas. Estos investigadores optaban por hacer clasificaciones basadas exclusivamente en cantidad de caracteres similares entre los organismos, sin inferir ninguna historia evolutiva detrás de ellos (Sneath y Sokal 1973). Esta escuela, llamada escuela fenética, quizás haya perdido fuerza con el auge de los análisis de ADN y con la mejor interpretación del registro fósil que hay hoy en día. Esto se debe a que los grupos monofiléticos son más útiles en un sistema de clasificación que las agrupaciones basadas en similitudes de rasgos (Farris 1979, Donoghue y Cantino 1988) y, en la actualidad, se puede afirmar con más precisión qué grupos son monofiléticos. Hay que tener en cuenta que la Sistemática le debe a esta escuela muchos métodos de análisis numéricos (como Sneath y Sokal 1973, Abbott et al. 1985 Una introducción a varios métodos fenéticos.), la diferencia es que se utilizan como ayuda para determinar la filogenia de los organismos.
Otra escuela es la que propone una clasificación libre de categorías, cuyo exponente más extremo quizás sea el PhyloCode, aunque esta escuela nunca llegó a discutirse seriamente en el ambiente científico (Mallet y Willmott 2003).
Características de los sistemas de clasificación Independientemente de la escuela que la defina, el fin último de la taxonomía es presentar un sistema de clasificación que agrupe a toda la diversidad de organismos en unidades discretas dentro de un sistema estable, sobre las que les sea posible trabajar a los investigadores.
Los sistemas de clasificación están compuestos por taxones (del griego ταξα, taxa) ubicados en sus respectivas categorías taxonómicas. La decisión de qué clados deberían convertirse en taxones, y la decisión de en qué categorías taxonómicas debería estar cada taxón, son un poco arbitrarias, pero hay ciertas reglas no escritas que los investigadores utilizan para que el sistema de clasificación sea "útil". Para que un sistema de clasificación resulte útil debe ser manejable, y para ello debe organizar la información de la forma en que sea más fácil de recordar. Judd y colaboradores (2002) coinciden en que:
Cada taxón debe tener evidencia fiable de que forma un grupo monofilético: para convertir un clado en taxón debe haber muchas sinapomorfias que lo justifiquen, y debe haber una cantidad de caracteres diagnósticos que permitan diferenciarlo del resto de los taxones, lo cual ayudaría a la estabilidad del sistema de clasificación; Algunos sistemáticos apoyan la idea de que cada taxón debería tener caracteres morfológicos obvios que permitan identificarlo, lo cual ayudaría a la identificación por los no sistemáticos, y ayudaría a inferir muchos aspectos de su biología; Los taxones que componen un sistema de clasificación deben tener en lo posible entre 3 y 7 subtaxones, un número que puede manejar con facilidad la memoria humana (Stevens 1998). En las palabras de Davis y Heywood (1963:83): «Debemos ser capaces de ubicar a los taxones en taxones de categoría más alta de forma que podamos encontrarlos de nuevo». Otro criterio es la estabilidad de la nomenclatura. Los grupos que ya han sido nombrados en el pasado deberían continuar con el mismo nombre en lo posible.
Una vez decidido qué clados convertir en taxones, los sistemáticos deben decidir en qué categorías taxonómicas ubicarlos, lo cual es arbitrario. Por razones históricas se utilizan las categorías linneanas de clasificación: reino, filo o división, clase, orden, familia, género y especie (ver en la sección de historia de la taxonomía). Los mismos criterios utilizados para saber si nombrar un taxón pueden ser utilizados para saber en qué categoría taxonómica ubicarlo, en especial el de la estabilidad en la nomenclatura.
Los sistemas de clasificación que nacen como resultado de la taxonomía tienen dos utilidades:
Sirven como contenedores de información. Los científicos de todo el mundo utilizan los taxones como unidad de trabajo, y publican los resultados de sus trabajos en relación con el taxón estudiado. Por lo tanto los nombres científicos de los organismos son la clave de acceso a un inmenso cuerpo de información, disperso en muchas lenguas y procedente de muchos campos de la biología. Permiten hacer predicciones acerca de la fisiología, ecología y evolución de los taxones. Por ejemplo, es muy común que cuando se encuentra un compuesto de interés médico en una planta, se investigue si ese compuesto u otros similares se encuentran también en otras especies emparentadas con ella.
Nomenclatura La nomenclatura es la subdisciplina que aplica las reglas para nombrar y describir a los taxones. Los objetivos de la nomenclatura son, principalmente, dos:
Que cada organismo posea solo un nombre correcto. Que no existan dos taxones diferentes con el mismo nombre.
Las reglas de nomenclatura están escritas en los Códigos Internacionales de Nomenclatura. Hay uno para cada tipo de organismo: zoológica (usado en animales y protozoos), botánica (usado en plantas, algas y hongos), procariota (usado en bacterias y arqueas) y virus (usado en virus y agentes subvirales), ambos se actualizan frecuentemente como resultado de los congresos internacionales que reúnen a los científicos para tal efecto. Los códigos proveen el reglamento para que los taxones elegidos se publiquen válidamente. Para ello, deben poseer un nombre correcto (y una descripción si el taxón pertenece a la categoría especie), y publicarse en alguna revista científica o libro.
Los nombres correctos de los taxones son los que se atienen a los principios de nomenclatura, expresos en los Códigos de Nomenclatura Botánica y Zoológica, que son:
La nomenclatura botánica es independiente de la nomenclatura zoológica (cada una está representada por su propio código). Como consecuencia, el mismo nombre puede utilizarse para una planta o para un animal (aunque no es aconsejable). El nombre de cada grupo taxonómico debe estar acompañado de un tipo. El tipo es algo diferente si se habla de un nombre en la categoría especie o inferior, o de un nombre de una categoría superior a especie. Cuando se describe un taxón correspondiente a la categoría especie o inferior a especie, el autor debe asignar un espécimen específico de la especie para que sea designado como el espécimen tipo nomenclatural que debe estar almacenado en un lugar accesible (por ejemplo, si es una planta, en un herbario). Con respecto a los taxones superiores a especie, el nombre de cada taxón superior a especie posee como tipo el nombre de uno de los taxones de la categoría inferior.