thumb|Micrografía de barrido que muestra Staphylococcus aureus. thumb|Candida albicans, una levadura parte de la microbiota normal. La microbiota normal o microbioma es el conjunto de microorganismos que se localizan de manera normal en distintos sitios de los cuerpos de los seres vivos pluricelulares, tales como el cuerpo humano. La Microbiota puede ser definida como los microorganismos que son frecuentemente encontrados en varias partes del cuerpo, en individuos sanos.Kenneth Ryan et al "Sherris Medical microbiology - An Introduction to Infectious Diseases" 4th edition, Editorial McGraw-Hill Medical, 2003. Esta microbiota normal está en relación simbiótica mutualista con el hospedador, ya que también se obtienen ventajas de ellos tanto como ellos la obtienen del individuo; estos ayudan en la digestión del alimento, producen vitaminas y protegen contra la colonización de otros microorganismos que pueden ser patógenos, lo cual es llamado antagonismo microbiano.
En el cuerpo humano viven aproximadamente 100 billones de microorganismos, los cuales se benefician de nosotros y nosotros de ellos. A pesar de tener más bacterias que células propias, el microbioma solo son 200 gramos aproximadamente de toda la masa del cuerpo humano. Existe la creencia que todas las bacterias son malignas, pero una gran parte realizan funciones vitales como la intervención en la expresión de genes y prevención de enfermedades; es por eso que el microbioma también ha sido llamado "órgano perdido" o "genoma extendido".
Microbiota normal humana En particular, el equilibrio entre las comunidades microbianas que conforman la microbiota del tracto gastrointestinal y de la vagina es de vital importancia para la salud del ser humano. Hay pocos parámetros fisiológicos e inmunológicos que no están profundamente afectados por la presencia y naturaleza de la microbiota normal del cuerpo, siendo la resistencia del huésped a las infecciones uno de los factores más prominentes.
Concepto thumb|Crecimiento de Escherichia coli. El término "flora" es erróneo, ya se ha establecido que las bacterias y otros microorganismos no son plantas; sin embargo, se usa para definir a los habitantes microscópicos en el humano. El término microbiota hace referencia a la comunidad de microorganismos vivos residentes en un nicho ecológico determinado; conformando ecosistemas microbianos. Los más comunes son los Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Candida albicans, algunos de los cuales pueden causar enfermedades en casos especiales, por lo que se les llama patógenos oportunistas. Es de diferenciar que a veces, un microorganismo patógeno está incluido en esta relación, en este caso se refiere al hospedero como portador.Richard A. et al "Lippincott's Illustrated Reviews: Microbiology" 2° Edición, Editorial Lippincott Williams & Wilkins, 2006. eso es el concepto.
La microbiota humana se divide en dos categorías: Microbiota autóctona: Engloba a aquellos microorganismos que colonizan al hospedero durante un tiempo prolongado, pueden participar en las funciones fisiológicas y han evolucionado junto a la especie Microbiota alóctona: Que incluye a los microorganismos que se pueden encontrar en cualquier hábitat y en cualquier sistema, normalmente no contribuyen a la fisiología del hospedero y están presentes de forma transitoria o latente.
Así mismo, también se les clasifica por el tiempo de estancia en el hospedero siendo: Microbiota latente: Que son los microorganismos que preserva el hospedero durante casi toda la vida, no presentan fluctuaciones mayores en su población y suelen tener actividad simbiótica con el hospedero. Microbiota transitoria: Es aquella que presenta fluctuaciones continuas en su población y suele no ser indispensable para la supervivencia del hospedero. Entre los cambios que afectan la colonización por estos microorganismos se encuentran: el cambio de hábitat, la edad, la estación del año, el uso de antibióticos, etc.
Composición de la microbiota En un animal sano, los tejidos internos, por ejemplo, sangre, cerebro, etc; normalmente están libres de microorganismos. Sin embargo, los tejidos superficiales (piel y las membranas mucosas) están constantemente en contacto con organismos del medio ambiente y son fácilmente colonizados por especies de microbios diferentes. La microbiota normal está constituida por una multitud de bacterias, hongos, protozoarios y otros microbios, tan solo la microbiota intestinal humana constituye un complejo ecosistema integrado por más de 400 especies bacterianas. Asimismo, se localiza en ambientes específicos en el humano como son: piel, orofaringe, tracto gastrointestinal y genitourinario, entre otros. La población de microorganismos que convive en contacto directo con el hombre excede al número de células corporales del ser humano en una relación de 10:1 (por cada célula humana hay 10 microbios) Tomando en cuenta que el cuerpo humano se compone de aproximadamente 1013 el organismo humano lleva consigo a 1014 células no propias. En el intestino grueso de mamíferos, que es donde reside la mayor parte de esta microbiota, la cifra de microorganismos se eleva a 1012-1014 (equivalente aproximadamente a 1-1,5 kg en peso), incluso superior a la encontrada muchas veces en el suelo, subsuelo y los océanos. En 2008, el número total de especies bacterianas, del tracto gastrointestinal fue extendido a 40 000
Microbiota por superficies corporalesBacteriaPielConjuntivaNarizFaringeBocaGastrointestinalUretra ant.VaginaStaphylococcus epidermidis ++++++++++++++Staphylococcus aureus*++/-++++++/-+Streptococcus mitis++++/-++Streptococcus salivarius++++Streptococcus mutans*+++Enterococcus faecalis*+/-+++++Streptococcus pneumoniae*+/-+/-+++/-Streptococcus pyogenes*+/-+/-+++/-+/-Neisseria sp.+++++++Neisseria meningitidis*+++++Enterobacteriaceae*(E coli principalmente)+/-+/-+/-+++++Proteus sp.+/-++++++Pseudomonas aeruginosa*+/-+/-+/-Haemophilus influenzae*+/-+++Bacteroides sp.*++++/-Bifidobacterium bifidum ++Lactobacillus sp. +++++++Clostridium sp.* +/-++Clostridium tetani +/-Corynebacterineae++++++++++Mycobacterium++/-+/-++Actinomycetaceae++Spirochaetes+++++Mycoplasmatales++++/-+ Abreviaturas: sp. (significa cualquier especie del género) ++: Muy común. +=Común +/-=Raro *=Patógeno potencial
Origen de la microbiota normal El feto es estéril hasta que rompe la membrana en la que se encuentra. En su salida el bebé es expuesto a la flora normal del tracto genital de la madre (en este momento también es posible la infección de ciertas enfermedades de transmisión madre-hijo), junto a las bacterias en el ambiente, incluso a las incluidas en la respiración que pueda poner cualquier persona cerca del bebé. Con los días, la flora empieza a esparcirse según su exposición a organismos, ya que no hay competidores, el infante está expuesto a un alto rango de organismos, y los que mejor se adapten a cada sitio, serán los predominantes. Así por ejemplo, los cocos grampositivos aerobios prefieren la piel y los coliformes el intestino.
Mientras el feto humano se desarrolla en un ambiente estéril, el neonato se ve expuesto a microorganismos del medio ambiente y el tracto genital de su madre, en este momento también es posible la infección de ciertas enfermedades de transmisión madre-hijo, se han reportado contagios del virus del papiloma humano de esta manera. Lo primero que se coloniza es la piel del recién nacido, seguida de la bucofaringe, el aparato digestivo y otras mucosas. Las bacterias que comienzan a colonizar el tracto digestivo del lactante son las productoras de ácido láctico provenientes de la leche materna.
No obstante, según su posición en el cuerpo, es la complejidad predecir qué microorganismos habitarán el lugar, ya que algunas partes del cuerpo no son muy afectadas o no son nada afectadas por el medio externo y el estilo de vida. Los menos compleja puede ser la todo lo externo: piel, ojos, oídos, cuero cabelludo, axilas; un nivel intermedio vendrían a ser las fosas nasales, tráquea, laringe, y bronquios. En el nivel más complejo están el tracto gastrointestinal, bucal y vaginal.Juan Basualdo et al “Microbiología Biomédica” 2° Edición, Editorial Atlante, 2006. Al final, lo más probable es que su flora sea la misma que sus padres, personas de su misma edad y cultura. En la mayoría de los casos, después de algunos meses del nacimiento, la representación de especies microbianas en la flora neonatal es muy similar al patrón de colonización en el adulto.
Microbiota de la leche humana thumb|Comparación entre la leche humana. Leche del principio (izq) y leche del final (der). La leche materna es una fuente importante de bacterias comensales, mutualistas o probióticas para el intestino infantil. Entre las bacterias predominantes destacan diversas especies de estafilococos, estreptococos y lactobacilos. El contenido de microorganismos en la leche materna es muy reducido y eso explica el hecho de que la microbiota intestinal de los lactantes tiene poca diversidad y que esta aumente con el inicio del destete.
Colonización La colonización es el proceso mediante el cual los microorganismos se instalan en un determinado sitio,e inicia inmediatamente después del nacimiento. Esta puede ser por un breve periodo de tiempo (horas o días) o de forma permanente. La colonización nunca afecta las funciones normales del organismo hospedero y participan varios factores como el tipo de alimentación recibida y el grado de exposición al medio ambiente.
La colonización tiene a su cargo una especificidad de tejido, las bacterias escogen donde quieren vivir. A la preferencia bacteriana por un sitio determinado se le llama Tropismo tisular. Una explicación para el tropismo tisular es que el hospedero proporciona los nutrientes esenciales y factores de crecimiento para la bacteria, además de oxígeno, potencial de oxidorreducción el pH adecuado y la temperatura para el crecimiento así como ácidos grasos, lisozima, acidez del jugo gástrico/orina para su control y distribución de entre sus microecosistemas. La mayoría de las bacterias pueden colonizar un tejido específico, ya que pueden adherirse al tejido o el sitio de una manera específica que implica interacciones químicas complementarias entre las dos superficies, un efecto conocido como Adherencia específica. Esta involucra interacciones bioquímicas entre los componentes de la superficie bacteriana (ligandos o adhesinas) y receptores de la célula huésped molecular. Los componentes de bacterianos que proporcionan adhesinas son parte molecular de sus cápsulas, fimbrias, o las paredes celulares. Los receptores de las células o tejidos humanos suelen ser moléculas de glucoproteína se encuentra en la célula huésped o de la superficie del tejido. Algunas bacterias producen biopelículas en la superficie tisular. Estas bacterias producen polímeros que permiten la adherencia de otras bacterias a esta superficie. Un ejemplo de esta es la formación de placa bacteriana
La colonización y el establecimiento de la microbiota normal es un proceso continuo que ocurre durante toda la vida de un individuo sano, de tal manera que la flora de un recién nacido será diferente a la de un adulto o un anciano, esto puede explicarse mediante el cambio en la dieta, hábitos, vida sexual, niveles hormonales, entre otros.
Función de la microbiota La microbiota intestinal contribuye al estado de salud del huésped, por sus funciones en nutrición, protección, desarrollo y proliferación celular e inmunomodulación. La velocidad de colonización y el tipo de microorganismo que coloniza tiene una gran repercusión en el desarrollo del sistema inmune, la regulación de la permeabilidad y el mantenimiento del equilibrio intestinal en el recién nacido, así como la determinación de la susceptibilidad a las infecciones microbianas y de la sensibilidad a los antígenos o alérgenos de la dieta.