Este artículo trata de la historia del actual territorio de Colombia entre el período de 1550 y 1718.
Atendiendo los reclamos de Gonzalo Jiménez de Quesada, Carlos V concedió a Santafé el título de ciudad el 27 de julio de 1540. A pesar de no ser un virreinato en sí, el Reino de Nueva Granada fue organizado bajo la autoridad de la Real Audiencia de Santafé. La Real Audiencia fue creada por la Cédula Real del 17 de julio de 1549.
220px|miniatura|derecha|Paisaje Rural del Nuevo Reino de Granada según un grabado de Jorge Juan y Antonio de Ulloa.
La Real Audiencia de Santafé
Para establecer un gobierno civil en la Nueva Granada, una real audiencia fue creada en Santafé entre 1548-1549, un cuerpo que combinaba la autoridad ejecutiva y judicial, hasta que un presidente o gobernador fue establecido en 1564, asumiendo poderes ejecutivos. En este punto, la Nueva Granada era considerada una capitanía general del Virreinato del Perú. La jurisdicción de la real audiencia se fue extendiendo con el tiempo sobre las provincias circundantes que se iban constituyendo alrededor del territorio correspondiente a la Nueva Granada.
La autoridad de la Real Audiencia de Santafé comprendía los territorios de las provincias de Santa Marta, Río de San Juan, Popayán, Guayana y Cartagena. Aunque, las provincias de Caracas, Cumaná, Guayana y Maracaibo dependieron de la real audiencia, en diversas ocasiones, se alternaba en esta función, sobre todo en el ámbito judicial, con la Real Audiencia de Santo Domingo, dependiente del Virreinato de la Nueva España.
La real audiencia era un órgano supremo de poder, administraba la justicia, organizaba la administración pública y se le encargó "pacificar" el territorio. La primera sesión de la Real Audiencia de Santafé se hizo el 7 de abril de 1550 en una casona que daba a la hoy plaza de Bolívar, lugar del actual Palacio de Justicia. Los Magistrados de la Real Audiencia, eran conocidos como oidores. Molesto con la gestión de los oidores, Madrid enviaba a los visitadores. Esto probó ser bastante ineficaz, por eso solo duró entre 1545 y 1558. Madrid decidió enviar a Santafé de Bogotá un hombre fuerte para controlar la situación. Por eso, desde 1564 hasta 1717 en la Nueva Granada existió un presidente, quien controlaba a la real audiencia. En 1715, los oidores se rebelaron contra Don Francisco Meneses Bravo de Saravia, originando una crisis en el sistema presidencial, el golpe contra Meneses y la nueva situación política en España para la época, acabaron con la presidencia y dio origen al Virreinato de Nueva Granada.
Desarrollo histórico: la monarquía española (1538-1717)
La Casa de Contratación, después de cumplir con su labor primera con las Indias: Adelantar a los primeros que la conquisten. Entra a su segunda etapa, la colonización de las tierras y su explotación plena: mediante evangelización violenta, burocratización y civilismo de la Administración, nuevas subdivisiones administrativas, rígidos controles tributarios y económicos, esclavitud, abolición del trueque y las otras formas de vida indígenas, que sobreviven en la penumbra. Este choque entre las culturas autóctonas, los españoles, los negros y sus culturas serán el punto de referencia para muchas ventajas y problemas que surgen más tarde.
La España cultural y orden de llegada
España, es una nación que dentro de ella misma cuenta con otras culturas radicalmente diferentes, que fueron unificadas bajo la corona de Castilla en 1492, aunque cada una conservaba cierta independencia: Los Fueros Vascos de Guernica (País Vasco y Navarra), Las Cortes de Aragón (Aragón y Cataluña), entre otros, pues las comunicaciones viales eran bastante escasas y era imperativo que alguien administrara los ayuntamientos, lo que con el tiempo evolucionó en sentimientos regionalistas y nacionalistas. Esto produjo diferencias significativas que se reflejarían en América.
Aunque muchos lo nieguen, el orden de llegada de los españoles a Colombia influenció mucho al desarrollo cultural y económico. A pesar de que los primeros conquistadores eran de origen extremeño (Extremadura, Oeste de España), esto no tuvo tanta importancia en Colombia como en otras partes, como por ejemplo, México. Después de los extremeños, los que llegaron a las Indias fueron los Andaluces (Andalucía), destacados andaluces son Gonzalo Jiménez de Quesada y Sebastián de Belalcázar. Aunque en la Colonia, los primeros colonizadores eran en su mayoría de origen andaluz, estos se asentaron en la costa, sobre todo en Cartagena de Indias, y Santa Marta en menor medida. Esto se refleja hoy y durante toda su historia, en el particular golpeo, la contracción de palabras, uso más amplio del tuteo, la fuerza y calidez al hablar y la omisión de letras como la "s" y la "r" en el dialecto cartagenero común; esto también se reflejó en la comida, que ya de Andalucía venía enriquecida por los árabes; los tejados cartageneros, guardan religiosamente la delicadeza de la técnica mozárabe de alfarería, al igual que la orfebrería momposina, que es la mezcla entre los conocimientos previos de la filigrana zenú con las artes decorativas orientales.
Pero, ¿Por qué los andaluces primero?. Sencillo, la Casa de Contratación estaba en Sevilla, que es Andalucía, los Andaluces decidieron explorar América por esta coyuntura política y además porque les quedaba más cerca, además que los puertos que iban a América eran: Sanlúcar de Barrameda, Palos de la Frontera y ocasionalmente Cádiz, todos ellos en Andalucía.
Los andaluces, que al principio administraban, fueron lentamente relegados por otras gentes a las labores de Encomienda, Mita, y Comercio.
Después de los andaluces, casi 50 años después, llega una oleada de Toledanos, Castellanos y Madrileños, quienes se asientan en zonas más acordes a las temperaturas medias de sus regiones de origen, es decir, el interior. Es por eso, que los dialectos del interior son de tono más pausado y en ciertos casos conservan raíces peninsulares fuertes, como el voseo y el ustedeo, a esto se le suma, que los indígenas iban también haciendo sus aportaciones, y esto se nota sovbremanera en el altiplano Cundiboyacense, con neologismos contribución de los Muiscas, como "chicha", "chusca" y "chimba", entre otras que comienzan por "ch".
Luego de estas dos oleadas, el orden se volvió irregular, sobre todo cuando se instiuyó el virreinato y el monopolio andaluz sobre el comercio americano se rompe.
El mestizaje
Con la llegada masiva de españoles a las nuevas tierras americanas, comenzó el proceso del mestizaje: mezcla de etnias en América. Los primeros conquistadores, encontraron interesantes y exóticas a las indígenas amerindias y tuvieron hijos con ellas, estos hijos fueron los primeros productos del mestizaje.
A principios de la colonia, los españoles, los indígenas y posteriormente los negros vivían separados y no sostenían relación alguna. A la mayoría de los mestizos se les consideraban como "gente vil" y se les negaba el derecho de ocupar cargos altos. El papel del mestizo en la Colonia fue un factor de inestabilidad, no tenían un lugar definido en la sociedad y era rechazado tanto por los indígenas como por los españoles.
Con el tiempo, los primeros matrimonios interraciales se fueron dando, y para 1600 los mestizos como tal ya conformaban una parte de la sociedad. A la mezcla de españoles con indígenas, se sumó la de los negros, quienes también pusieron su cuota a este proceso. Los párrocos llevaban tres registros separados: uno para los "españoles", otro para los "indios" y un tercero para las "castas de mezcla"
Para acrecentar las diferencias dentro del mestizaje crearon varias expresiones despectivas, por ejemplo y en relación con la sensibilidad olfativa se decía que "el blanco" despedía olor a "pezuño", el caso de los cuadrúpedos patihendidos (vacunos, ovejas, cerdos, etc.); que "el indio" aportaba olor a "posca"; la mezcla de agua y vinagre y, la mezcla con negro destacaba un olor a "grajo", fuerte sudoración de las axilas.
La evangelización
Con el establecimiento oficial de los primeros obispados, misiones eclesiásticas la política de la corona era clara: evangelizar a toda costa la población indígena de América. La Corona Española era la defensora del catolicismo en el mundo, producto de la influencia política que ejercía y que se vio manifestada con claridad en el Concilio de Trento y, y para mantener ese título espiritual, se dedicó a imponer el catolicismo a los habitantes originales de sus colonias.
Al principio, los españoles intentaron imponerla mediante la represión directa a cada indio, haciendo que obedeciera, pero esto era demasiado dispendioso, y tenía la tendencia a la violencia como respuesta por parte de los indios, que fue lo que ocurrió en la cultura Tayrona y el intento de expulsión por parte de los manicatos a los españoles
Por tanto, con más personal eclesiástico a la mano, y la asignación de gobernadores civiles a las divisiones administrativas, los militares y la iglesia planearon una nueva estrategia: evangelizando a los caciques y líderes espirituales a la fuerza. Tomando menos tiempo, menos gente y más efectividad, pues los indios obedecían los designios de sus caciques, que después de dispendiosas visitas de los españoles, contaban a sus súbditos del "sueño" que tuvieron donde vieron al "nuevo dios", que era "el dios de nuestros amigos españoles" y que todos, por ello debemos obedecer y ceder al "mandato divino". Muchos se negaron y continuaron con sus costumbres, y otros como los Mayas de la zona de Chiapas combinaron sus tradiciones con lo cristiano, esto también se dio en Cuba, donde el catolicismo con visos animistas existe
Finalmente, para 1650, en los territorios colombianos toda forma de religión precolombina había desaparecido.
La estructura administrativa. La ley indiana
Con el objeto de reglamentar organizadamente a las Américas, se reunieron en Burgos, por orden de Felipe V el Prudente, las Cortes Generales de Castilla y León, con representantes especiales de la Chunta Aragonesa para definir un marco legal estable para las Indias. Estas leyes de Burgos, prohibieron la explotación indígena -cosa que no se cumplió-, establecieron las encomiendas, las mitas y el resguardo. Este conjunto de leyes fue conocida como la Ley Indiana.
En esta convención, se reglamentaron los dictámenes previos y la mayoría de las capitulaciones hechas por la Casa de Contratación y el Consejo de Indias, además de establecer un margo general a la actuación de los funcionarios coloniales, estructuró las divisiones administrativas en Virreinatos, Capitanías Generales y estos a su vez en gobernaciones, villas y corregimientos.
Colombia quedó dividida en las Gobernaciones de Cartagena, Santa Marta y Popayán, pero el centro del país la Gobernación de Bogotá tomó el nombre de Nuevo Reino de Granada. También quedaron las Gobernaciones de Coro, Quito.
Sistema tributario colonial
La tributación colonial, a pesar de ser asfixiantemente centralizada, era regulada por las regiones, lo que conducía a abusos de las autoridades locales.
Los impuestos se dividían en dos grupos, los impuestos sobre el comercio transatlántico, compraventa y las rentas, sobre los de bienes de consumo y los eclesiásticos.