Para la Copa Mundial de Fútbol de 2006, realizada en Alemania, la AFC tuvo un total de 4 cupos directos y uno de repesca contra el cuarto seleccionado de la Concacaf.
De los 44 equipos de la AFC afiliados a la FIFA, 39 participaron en el proceso clasificatorio para la Copa Mundial. , , y decidieron no participar, mientras que fue excluida.
Primera ronda
Los 25 mejores equipos del continente se clasificaron directamente, mientras los 14 restantes se batirían en duelos eliminatorios de ida y vuelta.
Sin embargo, los equipos de Nepal y Guam renunciaron a participar, por lo que el séptimo clasificado se designó por un lucky loser, es decir, el mejor perdedor de las 6 eliminatorias. 19 de noviembre de 2003Asjabad11:0 (6:0)23 de noviembre de 2003Kabul0:2 (0:0)23 de noviembre de 2003Taipéi3:0 (1:0)29 de noviembre de 2003Macao1:3 (0:1)26 de noviembre de 2003Daca0:2 (0:1)30 de noviembre de 2003Dusambé2:0 (1:0)29 de noviembre de 2003Ulán Bator0:1 (0:1)3 de diciembre de 2003Malé12:0 (4:0)29 de noviembre de 2003Karachi0:2 (0:1)3 de diciembre de 2003Biskek4:0 (2:0)29 de noviembre de 2003Vientián0:03 de diciembre de 2003Colombo3:0 (1:0)
China Taipéi, Kirguistán, Maldivas, Sri Lanka, Tayikistán y Turkmenistán se clasificaron para la segunda etapa. Laos se clasificó como lucky loser.
Segunda ronda
Los 32 equipos participantes de esta etapa (los 25 clasificados directos más los 7 clasificados de la Primera Ronda) fueron divididos en 8 grupos de 4 equipos cada uno. Estos equipos se enfrentaron en un sistema de todos-contra-todos, en el cual se clasificó para la tercera ronda aquel que obtuviera el primer lugar.
Grupo 1 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Irán156501224border|22px Jordania126402106border|22px Catar96303168border|22px Laos06006333
18 de febrero de 2004AmánJordaniaborder|22px5:0 (2:0)border|22pxLaos18 de febrero de 2004TeheránIránborder|22px3:1 (2:0)border|22px31 de marzo de 2004VientiánLaosborder|22px0:7 (0:4)border|22pxIrán31 de marzo de 2004AmánJordaniaborder|22px1:0 (0:0)border|22px9 de junio de 2004TeheránIránborder|22px0:1 (0:0)border|22pxJordania9 de junio de 2004Dohaborder|22px5:0 (2:0)border|22pxLaos8 de septiembre de 2004VientiánLaosborder|22px1:6 (0:2)border|22px8 de septiembre de 2004AmánJordaniaborder|22px0:2 (0:2)border|22px13 de octubre de 2004Vientián Laosborder|22px2:3 (1:1)border|22px Jordania13 de octubre de 2004Dohaborder|22px2:3 (1:1)border|22pxIrán17 de noviembre de 2004TeheránIránborder|22px7:0 (3:0)border|22pxLaos17 de noviembre de 2004Dohaborder|22px2:0 (2:0)border|22pxJordania
Grupo 2 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Uzbekistán166510163border|22px Irak116321177border|22px Palestina762131111border|22px China Taipéi06006326
18 de febrero de 2004TaskentUzbekistánborder|22px1:1 (0:0)border|22pxIrak18 de febrero de 2004Doha (Catar)Palestinaborder|22px8:0 (4:0)border|22pxChina Taipéi31 de marzo de 2004TaipéiChina Taipéiborder|22px0:1 (0:0)border|22pxUzbekistán31 de marzo de 2004Doha (Catar)Palestinaborder|22px1:1 (0:1)border|22pxIrak9 de junio de 2004Amán (Jordania)Irakborder|22px6:1 (3:0)border|22pxChina Taipéi9 de junio de 2004TaskentUzbekistánborder|22px3:0 (2:0)border|22pxPalestina8 de septiembre de 2004TaipéiChina Taipéiborder|22px1:4 (0:2)border|22pxIrak8 de septiembre de 2004Rayyan (Catar)Palestinaborder|22px0:3 (0:2)border|22pxUzbekistán13 de octubre de 2004Amán (Jordania)Irakborder|22px1:2 (0:2)border|22pxUzbekistán13 de octubre de 2004TaipéiChina Taipéiborder|22px0:1 (0:0)border|22pxPalestina17 de noviembre de 2004Doha (Catar)Irakborder|22px4:1 (0:0)border|22pxPalestina17 de noviembre de 2004TaskentUzbekistánborder|22px6:1 (5:0)border|22pxChina Taipéi
Grupo 3 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Japón186600161border|22px Omán106312143border|22px India46114218border|22px Singapur36105313
18 de febrero de 2004MargaoIndiaborder|22px1:0 (0:0)border|22pxSingapur18 de febrero de 2004SaitamaJapónborder|22px1:0 (0:0)border|22pxOmán31 de marzo de 2004CochínIndiaborder|22px1:5 (1:2)border|22pxOmán31 de marzo de 2004SingapurSingapurborder|22px1:2 (0:1)border|22pxJapón9 de junio de 2004SaitamaJapónborder|22px7:0 (3:0)border|22pxIndia9 de junio de 2004MascateOmánborder|22px7:0 (4:0)border|22pxSingapur8 de septiembre de 2004CalcutaIndiaborder|22px0:4 (0:1)border|22pxJapón8 de septiembre de 2004SingapurSingapurborder|22px0:2 (0:1)border|22pxOmán13 de octubre de 2004MascateOmánborder|22px0:1 (0:0)border|22pxJapón13 de octubre de 2004SingapurSingapurborder|22px2:0 (0:0)border|22pxIndia17 de noviembre de 2004MascateOmánborder|22px0:0border|22pxIndia17 de noviembre de 2004SaitamaJapónborder|22px1:0 (1:0)border|22pxSingapur
Grupo 4 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Kuwait156501152border|22px China156501141border|22px Hong Kong66204515border|22px Malasia06006218
18 de febrero de 2004CantónChinaborder|22px1:0 (0:0)border|22pxKuwait18 de febrero de 2004KuantanMalasiaborder|22px1:3 (1:1)border|22pxHong Kong31 de marzo de 2004Hong KongHong Kongborder|22px0:1 (0:0)border|22pxChina31 de marzo de 2004KuantanMalasiaborder|22px0:2 (0:0)border|22pxKuwait9 de junio de 2004TianjinChinaborder|22px4:0 (1:0)border|22pxMalasia9 de junio de 2004KuwaitKuwaitborder|22px4:0 (3:0)border|22pxHong Kong8 de septiembre de 2004Hong KongHong Kongborder|22px0:2 (0:1)border|22pxKuwait8 de septiembre de 2004PenangMalasiaborder|22px0:1 (0:0)border|22pxChina13 de octubre de 2004KuwaitKuwaitborder|22px1:0 (0:0)border|22pxChina13 de octubre de 2004Hong KongHong Kongborder|22px2:0 (1:0)border|22pxMalasia17 de noviembre de 2004KuwaitKuwaitborder|22px6:1 (1:1)border|22pxMalasia17 de noviembre de 2004CantónChinaborder|22px7:0 (3:0)border|22pxHong Kong
Grupo 5 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Corea del Norte116321115border|22px Emiratos Árabes Unidos10631266border|22px Tailandia76213910border|22px Yemen56123611
18 de febrero de 2004SanáYemenborder|22px1:1 (0:0)border|22pxCorea del Norte18 de febrero de 2004Al AinEmiratos Árabes Unidosborder|22px1:0 (1:0)border|22pxTailandia31 de marzo de 2004SanáYemenborder|22px0:3 (0:0)border|22pxTailandia31 de marzo de 2004PionyangCorea del Norteborder|22px0:0border|22pxEmiratos Árabes Unidos9 de junio de 2004BangkokTailandiaborder|22px1:4 (0:1)border|22pxCorea del Norte9 de junio de 2004Al AinEmiratos Árabes Unidosborder|22px3:0 (2:0)border|22pxYemen8 de septiembre de 2004SanáYemenborder|22px3:1 (1:1)border|22pxEmiratos Árabes Unidos8 de septiembre de 2004PionyangCorea del Norteborder|22px4:1 (0:0)border|22pxTailandia13 de octubre de 2004PionyangCorea del Norteborder|22px2:1 (1:0)border|22pxYemen13 de octubre de 2004BangkokTailandiaborder|22px3:0 (2:0)border|22pxEmiratos Árabes Unidos17 de noviembre de 2004BangkokTailandiaborder|22px1:1 (0:0)border|22pxYemen17 de noviembre de 2004DubáiEmiratos Árabes Unidosborder|22px1:0 (0:0)border|22pxCorea del Norte
Grupo 6 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px 146420154border|22px 8622277border|22px 7621359border|22px 46114512
18 de febrero de 2004Biskekborder|22px1:2 (1:1)border|22px18 de febrero de 2004Muharraqborder|22px2:1 (0:0)border|22px31 de marzo de 2004Biskekborder|22px1:1 (0:0)border|22px31 de marzo de 2004Dusambéborder|22px0:0border|22px9 de junio de 2004Muharraqborder|22px5:0 (2:0)border|22px9 de junio de 2004Homsborder|22px2:1 (0:1)border|22px8 de septiembre de 2004Dusambéborder|22px0:1 (0:1)border|22px8 de septiembre de 2004Biskekborder|22px1:2 (0:1)border|22px13 de octubre de 2004Dusambéborder|22px2:1 (2:0)border|22px13 de octubre de 2004Damascoborder|22px2:2 (2:1)border|22px17 de noviembre de 2004Damascoborder|22px0:1 (0:0)border|22px17 de noviembre de 2004Manamaborder|22px4:0 (3:0)border|22px
Grupo 7 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px Corea del Sur14642092border|22px Líbano116321115border|22px Vietnam4611459border|22px Maldivas46114514
18 de febrero de 2004HanóiVietnamborder|22px4:0 (2:0)border|22pxMaldivas18 de febrero de 2004SuwonCorea del Surborder|27px2:0 (1:0)border|22pxLíbano31 de marzo de 2004MaléMaldivasborder|22px0:0border|22pxCorea del Sur31 de marzo de 2004Nam DinhVietnamborder|22px0:2 (0:0)border|22pxLíbano9 de junio de 2004DaejeonCorea del Surborder|22px2:0 (1:0)border|22pxVietnam9 de junio de 2004BeirutLíbanoborder|22px3:0 (1:0)border|22pxMaldivas8 de septiembre de 2004MaléMaldivasborder|22px2:5 (0:2)border|22pxLíbano8 de septiembre de 2004Ciudad Ho Chi MinhVietnamborder|22px1:2 (0:0)border|22pxCorea del Sur13 de octubre de 2004MaléMaldivasborder|22px3:0 (1:0)border|22pxVietnam13 de octubre de 2004BeirutLíbanoborder|22px1:1 (1:1)border|22pxCorea del Sur17 de noviembre de 2004BeirutLíbanoborder|22px0:0border|22pxVietnam17 de noviembre de 2004SeúlCorea del Surborder|22px2:0 (0:0)border|22pxMaldivas
Grupo 8 Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px 186600141border|22px 76213810border|22px 76213812border|22px 26024411
18 de febrero de 2004Asjabadborder|22px2:0 (1:0)border|22px18 de febrero de 2004Riadborder|22px3:0 (3:0)border|22px31 de marzo de 2004Colomboborder|22px0:1 (0:0)border|22px31 de marzo de 2004Asjabadborder|22px3:1 (2:1)border|22px9 de junio de 2004Yakartaborder|22px1:0 (1:0)border|22px9 de junio de 2004Riadborder|22px3:0 (3:0)border|22px8 de septiembre de 2004Colomboborder|22px2:2 (0:1)border|22px8 de septiembre de 2004Asjabadborder|22px0:1 (0:0)border|22px13 de octubre de 2004Colomboborder|22px2:2 (0:1)border|22px13 de octubre de 2004Yakartaborder|22px1:3 (0:2)border|22px17 de noviembre de 2004Yakartaborder|22px3:1 (1:1)border|22px17 de noviembre de 2004Dammamborder|22px3:0 (2:0)border|22px
Tercera ronda
Los ganadores de los 8 grupos fueron emparejados en dos grupos, donde se realizará una liguilla de todos-contra-todos. Los dos primeros de cada grupo se clasificaron para la Copa Mundial de Fútbol de 2006. Los equipos que obtuvieron el tercer lugar se enfrentarán para definir al representante de Asia ante el equipo que obtenga el cuarto puesto de las clasificatorias de la Concacaf.
En las tablas, los equipos en negrita se encuentran clasificados para la Copa Mundial de Fútbol; los que están en cursiva participan en la repesca.
Grupo A Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px 146420101border|22px 10631295border|22px 56123711border|22px 46114413
9 de febrero de 2005Seúlborder|22px2:0 (1:0)border|22px9 de febrero de 2005Taskentborder|22px1:1 (0:0)border|22px25 de marzo de 2005Kuwaitborder|22px2:1 (1:0)border|22px25 de marzo de 2005Dammamborder|22px2:0 (1:0)border|22px30 de marzo de 2005Kuwaitborder|22px0:0border|22px30 de marzo de 2005Seúlborder|22px2:1 (0:0)border|22px3 de junio de 2005Riadborder|22px3:0 (1:0)border|22px3 de junio de 2005Taskentborder|22px1:1 (0:0)border|22px8 de junio de 2005Kuwaitborder|22px0:4 (0:2)border|22px8 de junio de 2005Riadborder|22px3:0 (1:0)border|22px17 de agosto de 2005Seúlborder|22px0:1 (0:1)border|22px17 de agosto de 2005Taskentborder|22px3:2 (1:2)border|22px
Grupo B Equipo Pts PJ PG PE PP GF GCborder|22px 15650194border|22px 13641173border|22px 4611447border|22px 36105511
9 de febrero de 2005Saitamaborder|22px2:1 (1:0)border|22px9 de febrero de 2005Manamaborder|22px0:0border|22px25 de marzo de 2005Pionyangborder|22px1:2 (0:1)border|22px25 de marzo de 2005Teheránborder|22px2:1 (1:1)border|22px30 de marzo de 2005Pionyangborder|22px0:2 (0:1)border|22px30 de marzo de 2005Saitamaborder|22px1:0 (0:0)border|22px3 de junio de 2005Teheránborder|22px1:0 (1:0)border|22px3 de junio de 2005Manamaborder|22px0:1 (0:1)border|22px8 de junio de 2005Bangkok (Tailandia)border|22px0:2 (0:0)border|22px8 de junio de 2005Teheránborder|22px1:0 (0:0)border|22px17 de agosto de 2005Yokohamaborder|22px2:1 (1:0)border|22px17 de agosto de 2005Manamaborder|22px2:3 (0:2)border|22px
Cuarta ronda