La historia de San Fernando (Cádiz) es la propia de una ciudad que, debido a su situación geográfica, siempre ha estado relacionada con el mar, motivo que ha hecho que sus pobladores siempre hayan realizado trabajos relacionados con este medio, como la pesca, la almadraba, las salinas, y, desde el , con la Armada.Los primeros pobladores de La Isla fueron los fenicios, que llegaron a finales del II milenio a. C.,y a los que siguieron los cartagineses y los romanos, que conocieron a la localidad como Antípolis (o Cimbis, aunque este término se asocia a la vecina Chiclana). Durante esta época la bahía gaditana vivió una era de esplendor, debido al emporio comercial de Gades (actual Cádiz), pero tras la llegada de los visigodos en el , la isla quedó prácticamente desierta. Con la llegada de los musulmanes la localidad volvió a recobrar algo de su antiguo esplendor, pero no fue hasta la Edad Moderna, y en especial, a partir del , cuando la Isla de León comenzó a vivir una etapa de gran progreso, como lo atestiguan las construcciones de la época. Pero es, sin duda alguna, el acontecimiento de mayor importancia el que se produjo durante la Guerra de Independencia Española, cuando la ciudad, sitiada por los franceses, resistió heroicamente el avance del invasor, y se convirtió en sede de las Cortes españolas y de la capitalidad de la nación.
Prehistoria
Anteriores al ser humano se han encontrado restos de seres prehistóricos como el Trilobites, y fósiles de cétaceos de la era pliocénica, localizados en Gallineras, Camposoto y, principalmente, en el Cerro de los Mártires, y que se conservan en el Museo Municipal de la ciudad.
Del humano primitivo se han encontrado restos en Punta Cantera, Torre Alta, Fadricas y en el Sector III de Camposoto, donde se ha encontrado restos de un poblado de esta era. Del periodo Neolítico se han encontrado restos en el lugar denominado como Pago La Zorrera, situado entre el Cerro de los Mártires y Gallineras.
Hay que decir que el terreno donde se asienta actualmente la ciudad de San Fernando no estaba formado en esta época.
Edad Antigua
Durante la Edad Antigua, la isla donde actualmente se asienta San Fernando fue poblada por fenicios, cartagineses y romanos, dejando todos un rico legado, especialmente los romanos.
Fenicios
Los fenicios de Tiro llegaron a las islas Gadeiras (Erytheia, Antípolis y Kotinousa) en torno al año 1100 a. C., fundando la ciudad de Gadir (actual Cádiz), el poblado de Doña Blanca (en lo que hoy es El Puerto de Santa María) y el Templo de Hércules Gaditano (en San Fernando). Los fenicios gaditanos mantuvieron contactos comerciales y económicos con los tartesios. El actual término municipal de San Fernando se encontraba dividido en época fenicia entre la isla de Kotinousa (en la que se encontraría el actual islote de Sancti Petri) y la isla de Antípolis (donde se situaría la actual ciudad). Durante la época de dominación fenicia se establecieron en San Fernando numerosas industrias alfareras (actividad que perduró hasta la época romana), debido a la importancia comercial y económica de Gadir. En la actualidad la ciudad cuenta con el mayor conjunto de hornos alfareros púnicos puestos en valor del mundo, destacando los Hornos Púnicos y Fenicios que se conservan en céntrica plaza de la localidad o los del museo municipal. También los fenicios se dedicaron a la explotación de salinas y de almadrabas, a la salazón del pescado (actividades que han llegado a nuestros tiempos) y a la extracción de púrpura. Y aunque no llegaron a esteblecen un poblado estable (para ello habían fundado Gadir), si que construyeron un templo, conocido como Templo de Hércules Gaditano, situado en el extremo sur de la isla de Kotinousa y en lo que hoy es el islote de Sancti Petri. Actualmente no existen restos del templo ya que fue destruido, probablemente para su uso como cantera de nuevas construcciones. thumb|250px|La bahía gaditana en la Antigüedad.
Cartagineses
Los cartagineses, principal potencia militar en el Mediterráneo entre los siglos VI y III antes de Cristo, llegaron a las Gadeiras en torno al año 400 a. C., para defender a Gadir de la presión de Tartessos. Pronto consiguieron derrotar a los tartesios y dominar Gadir. En San Fernando tampoco construyeron un poblado, aunque continuaron con las actividades comerciales fenicias y con la dedicación al culto del templo.
Romanos
Al finalizar la segunda guerra púnica, los romanos derrotaron a los cartagineses y se apoderaron de Hispania. En el año 206 a. C., las tropas de Escipión el Africano entraron en Gades sin la menor resistencia, tras el acuerdo entre los magistrados gaditanos y el lugarteniente de Escipión Lucio Marcio Séptimo. Durante la época de dominación romana, Antípois (nombre dado por los romanos a la isla de San Fernando), al igual que toda la bahía, vivió una época de esplendor y fama en todo el Imperio romano, debido a la exportación del sabroso Garum, y, en menor medida, explotaciones agrícolas, la industria de salazón de pescado y las manufacturas. Antípolis carecía de categoría jurídica y administrativa específica, por lo que se asocia con Ad Pontem (poblado situado junto al puente-acueducto, actual Puente Zuazo) o con el Ad Herculem (nombre que proviene del Templo de Hércules). El Templo de Hércules continuó siendo un lugar de culto, ahora al culto romano, a lo que se unió la faceta de centro administrativo. Cuenta una leyenda que Julio César, por entonces cuestor del pretor Cayo Antistio Veto, lloró amargamente ante una estatua de Alejandro Magno situada en dicho templo. Por aquella época se supone que existía una colosal estatua de más de veinte metros sobre en templo. Durante la guerra civil entre César y Cneo Pompeyo, el templo fue saqueado por el general del ejército pompeyano Marco Varrón, destacando tesoros como el Olivo de Pigmalión, que tras la victoria de César fueron devueltos a este. Los romanos construyeron un acueducto situado en el lugar donde hoy se encuentra el Puente Zuazo, y que abastecía a Gades de agua procedente de El Tempul.
Edad Media
La Edad Media es una época decadente para San Fernando, que pierde sus industrias y a la mayor parte de sus pobladores. A la caída del Imperio romano, durante la dominación visigoda y bizantina solo vivían algunas familias de pescadores. Esta época es una época de crisis para la ciudad, que permanece prácticamente desértica, en la que tan solo permanecen algunas familias de pescadores. Posteriormente, durante la era musulmana, surgieron núcleos en torno al castillo de Sancti Petri y en el Sector III de Camposoto. En 1262 el rey Alfonso X el Sabio reconquistó estas tierras, que pasaron a formar parte del Reino de Castilla.
Visigodos y bizantinos
Tras la caída del Imperio romano y las posteriores incursiones de los pueblos germánicos, se inicia una época de crisis y decadencia en la bahía gaditana, en especial de Gades. Tras el paso de suevos, vándalos y alanos, son los visigodos los que se asientan en la zona, aunque, como en todo el sur peninsular, tuvieron que enfrentarse con los bizantinos, que se consideraban herederos de los romanos. Los bizantinos dominaron la región desde el año 552 hasta el 620, cuando fueron expulsados por las visigodos. Durante esta época cayeron en desuso los alfares romanos y el resto de las industrias establecidas en época fenicia. Destacable es el paso por estas tierras de unos monjes misioneros, en el .
Musulmanes
En la primavera del año 711 los musulmanes, comandados por Táriq ibn Ziyad, derrotaron a los visigodos en la batalla de Guadalete. Tras la victoria musulmana, toda la región pasa a su control. Esta es otra época de declive y despoblamiento en la bahía de Qadis. Durante el califato de Córdoba, la isla de San Fernando pasa a formar parte de la cora de Saduna. A la caída del califato se integra a la Taifa de Arcos, la cual se anexiona en la Taifa de Sevilla en 1069. Posteriormente, en 1091, pasa a formar parte del Imperio Almorávide. En 1147 se incorpora al Imperio almohade. Durante los siglos y se construyeron los primeros núcleos de población considerados como urbanos, uno en torno al actual castillo de San Romualdo y otro alrededor del primitivo Real Carenero. Aunque en esta era se destruye una de las reliquias que se conservaban de la época de esplendor gaditano: la enorme estatua existente sobre el Templo de Hércules Gaditano es derribada por el caudillo almohade Ben Maimun, cuando buscaba los supuestos tesoros que en él se encontraban.
Reconquista
Tras una expedición cristiana al mando del almirante genovés Benedetto Zacarías, que construyó una torre-vigía en el islote de Sancti Petri, las tropas castellanas de Alfonso X el Sabio incorporaron las tierras al Reino de Castilla, en el año 1264. Tras la reconquista la isla quedó desierta, por lo que gentes del norte de España (principalmente cántabros de Santander, Laredo y Castro Urdiales) vinieron a repoblar la Isla de León. Los repobladores construyeron un poblado en torno al castillo y al Puente Zuazo, conocido como Logar o Lugar de la Puente y mejoraron ambas construcciones.
En este siglo, el rey Juan II de Castilla cedió el Logar de la Puente (Castillo de San Romualdo) a la familia Zuazo. El segundo de los Zuazo, Pedro de Zuazo, promovió el desarrollo del lugar. A finales de siglo los Reyes Católicos ceden la isla a la familia Ponce de León, recibiendo el nombre de Isla de León. Mientras siguen llegando más repobladores.
Edad Moderna
Durante esta época la Real Villa de la Isla de León (San Fernando) comienza a crecer, antes de convertirse en la ciudad que es ahora.
Siglos y
La villa recibe en esta época en asalto y asedio de bandas piratas. Para mejorar las comunicaciones con Cádiz se construyen el Camino Real y el Puente Zuazo como es hoy, que se defiende con una serie de baterías defensivas, como la Batería de Zuazo. En el año 1562 se construyó el Real Carenero, la población trabajó allí y en la Almadraba de Hércules. En el año 1587, al igual que Cádiz, la villa es asaltada por el pirata Francis Drake. En el año 1596, es saqueada de nuevo por piratas ingleses. Para evitar ataques se construye Torre Alta, se fortifica el Puente Zuazo y el Caño de Sancti Petri se hace defensivo. Quizás por este último motivo la Almadraba de Hércules entra en crisis. En esa época tan solo había algunas casas diseminadas alrededor del Real Carenero y del Castillo de Sancti Petri. La villa era un coto de caza para los señores de Cádiz. En el año 1679 solo había 300 habitantes en la Isla. Al año siguiente se construye la primera iglesia de San Fernando, un convento de los Carmelitas descalzos.
thumb|230px|El Castillo de Sancti Petri. thumb|210px|Iglesia Mayor de San Pedro y San Pablo. Este siglo es el de mayor crecimiento para San Fernando, que comienza con un intento frustrado de invasión anglo-holandesa. Se fortifica la Alcantarilla y el Castillo de Sancti Petri en 1717. En 1729, la ciudad pasa a la jurisdicción de la corona, bajo la fuerte oposición de los gaditanos, que pierden así sus casas de recreo y sus cotos de caza. El Real Carenero pierde importancia y se construye en su sustitución el Arsenal de la Carraca, de mayor valor estratégico, donde se bota el buque Hércules. La calle Real comienza a ser una verdadera calle. En esta misma calle se construyen la Iglesia de El Carmen (1733), la Iglesia de San Francisco (1744) y la Iglesia Mayor de San Pedro y San Pablo (1769). En esa época la localidad pasa a llamarse Real Villa de la Isla de León y adquiere el título de villa.
En 1786 comienzan las obras de construcción de la Población militar de San Carlos, paso fundamental en el desarrollo urbano de San Fernando. A finales de siglo comienzan la construcción de nuevas iglesias, la Iglesia de la Divina Pastora y la Iglesia del Santísimo Cristo de la Vera Cruz.