La guerra de Arauco fue un prolongado conflicto que se libró principalmente en el extremo sur del continente americano entre el y el , y que enfrentó al Imperio hispánico ―en un principio a través de las empresas privadas de conquista hispánica , pero que a partir de 1557 fue derivando paulatinamente a una creciente participación gubernamental, involucrando además a los hispano-criollos― contra los distintos linajes o clanes de los grupos mapuche (moluches, nagches, lafquenches, pehuenches, huilliches y cuncos). Dado el tipo de organización de estos grupos indígenas, carentes de un poder centralizado o sentido de unidad, se produjeron alianzas entre españoles y algunos linajes indígenas y entre linajes para combatir a los contrarios.
El conflicto se libró principalmente en la Araucanía, y hay divergencia respecto a su duración según la historiografía, siendo ubicado su inicio a mediados del y su final a mediados o finales del , o incluso en el .
La contienda comenzó en un principio como una reacción de los grupos indígenas de la zona a los intentos de los españoles de establecer ciudades y obligarlos a estar bajo el sistema de encomienda. Posteriormente, evolucionó con el tiempo en fases que comprendieron asedios prolongados, expediciones de caza de esclavos, incursiones de saqueo, expediciones punitivas y renovados intentos españoles de asegurar los territorios perdidos. El secuestro de mujeres y las violaciones de guerra eran comunes en ambos bandos.
Después de muchos éxitos españoles iniciales en la penetración de los territorios indígenas, la batalla de Curalaba en 1598 y la posterior destrucción de las siete ciudades marcaron un punto de inflexión en la guerra que condujo al establecimiento de una frontera clara entre los dominios españoles y la tierra de los linajes mapuche independientes. Desde el hasta finales del se celebraron una serie de parlamentos entre gobernadores reales de la Capitanía general de Chile y lonkos mapuche y la guerra derivó en choques y saqueos esporádicos por parte de ambos bandos.
Debido a lo dilatado que fue para los españoles este conflicto en el Nuevo Mundo, los cronistas de la época lo calificaron como el «Flandes indiano», en referencia a la guerra de los Ochenta Años.
Características mini|izq|Los mapuches (izquierda) ya se habían enfrentado con fuerzas del imperio Inca durante la tercera expansión de este último, evitando su conquista hacia el sur de Chile. Los conquistadores españoles, al no tener noticias de grandes civilizaciones o imperios como en México y Perú, además de encontrarse confiados por su victoria en la guerra hispano-inca, esperaban un pronto y fácil sometimiento por las armas de estos pueblos a la Corona y su posterior evangelización.
Según varios cronistas españoles y la posterior tradición popular chilena, los mapuches ("gente de la tierra" en idioma mapudungún) mantuvieron un espíritu de lucha permanente, lograron aprender rápido cómo enfrentar a los españoles, aprovecharon su geografía llena de bosques y montañas para organizar guerrillas. Estos conceptos se resaltan en la obra épica La Araucana, escrita a principios de la colonia por Alonso de Ercilla.
Estas razones ocasionaron una reñida guerra de guerrillas, sin mostrar un vencedor evidente, pues tras la resistencia mapuche, los conquistadores se vieron obligados varias veces a despoblar y retirarse de las zonas territoriales indígenas. La explicación a comportamientos militares tan distintos está en la geografía; el paisaje de estepa del Valle Central de Chile en la zona de Santiago no permitía la lucha de guerrillas ni se disponía de alimentos en la cordillera para refugiarse ahí. No era la misma situación en la zona sur, donde los montes y la selva valdiviana favorecían la lucha guerrillera y hacían difícil el triunfo hispano.
Hubo más de un momento en que la colonización de Chile estuvo a punto de detenerse.
La Guerra de Arauco fue un quebradero de cabeza para los reyes Carlos V, Felipe II, Felipe III, Felipe IV y el Virreinato del Perú, por su irresuelta situación constante en el tiempo y su alto costo pecuniario y de vidas.
Hubo muchos combates en que, alternativamente, la victoria se pasaba de bando a bando. Asimismo hubo intentos y períodos de paz aparente, seguidos de largos períodos de estado de guerra. Los españoles se convencieron, finalmente, de que cualquier intento de paz era inútil y que solo obtendrían la victoria por la fuerza.
Las pestes, tales como el tifus, la viruela, el denominado "chavalongo" y otras enfermedades traídas por los europeos, afectaron gravemente a los indígenas, entorpeciendo su participación en la guerra.
La guerra se fue desgastando en el último tercio debido, en parte, al mestizaje entre los españoles y mapuches, ya que el indígena en sus malones secuestraba mujeres españolas; y los conquistadores españoles, que no tenían muchas mujeres consigo, en sus "malocas" hacían lo mismo. En el fondo, los hombres de ambos bandos raptaban a las mujeres del enemigo.
Duración del conflicto Suele indicarse como fecha de inicio de este conflicto la batalla de Reinohuelén, aparentemente librada en 1536 entre parte de la expedición de Diego de Almagro y un cuerpo numeroso de soldados, en la confluencia de los ríos Ñuble e Itata; pero históricamente se asume que con Pedro de Valdivia se inició en 1546, con la batalla de Quilacura, el período de campañas militares que caracterizaron este conflicto.
Su término es, sin embargo, más difuso. Si bien a partir de 1609 cada gobernador de Chile celebraba "parlamentos" con los caciques indígenas, en los cuales se discutía el mantenimiento de la tregua entre ambas partes, los enfrentamientos fueron numerosos. Es más, aunque con la independencia de Chile se concluirían los conflictos de la Guerra de Arauco que sostenían los hispano-criollos con los mapuches, estos seguirían posteriormente como nuevos conflictos chileno-mapuches, que no terminaron completamente hasta 1883, con el proceso conocido oficialmente como Pacificación de la Araucanía u Ocupación de la Araucanía.
El conflicto en el periodo de la Conquista de Chile Antecedentes entre españoles y mapuches (1535-1546) thumb|Inés Suárez durante la destrucción de Santiago en 1541 según el óleo de 1897 de José Ortega. Batalla de Reinohuelén
Cuando en 1535 Diego de Almagro realizó el reconocimiento del territorio del actual Chile, envió una avanzada que llegó al río Itata, donde se dice que tuvo lugar en Reinohuelén el primer enfrentamiento entre españoles y mapuches. Debido a la superioridad de las armas y la sorpresa causada por la caballería (los historiadores clásicos chilenos suelen afirmar que los mapuches pensaron que los españoles montados eran un solo ser, aunque esto parece ilógico, pues si bien no conocían a los equinos si conocían a otros animales cuadrúpedos y su uso como carga), esta batalla derivó en una victoria española. Almagro luego regresaría al Perú buscando anexionar el Cusco a su jurisdicción pues la falta de riquezas y las duras penalidades de la travesía lo hicieron desistir de continuar su viaje al sur.
Destrucción de Santiago y guerra en los valles centrales
Luego, ya iniciado el período de la conquista de Chile, con la llegada de Pedro de Valdivia a Chile en 1541, el 11 de septiembre de ese mismo año, Michimalonco, un curaca de origen picunche, fue el gestor de las primeras penurias de los españoles en Chile, al atacar la recién fundada ciudad de Santiago. Entre 1540 y 1545 los promaucaes y otros grupos antes sujetos a los incas guerrearon contra los españoles y fueron derrotados.
En septiembre de 1543 arribó a Valparaíso un buque proveniente del Callao, que traía al comerciante español Francisco Martínez Vegaso con el objetivo de venderle ropa, armamento y provisiones a los conquistadores. Meses después llegó su hermano, Lucas Martínez Vegaso, a realizar el mismo negocio tras el naufragio de su embarcación en Topocalma.
En 1544 fondeó en su rada el barco comandado por el almirante genovés Juan Bautista Pastene que iba en ayuda de Pedro de Valdivia, el cual lo nombraría lugarteniente en el mar, además de declarar a Valparaíso como el puerto de Santiago. Pastene salió rumbo al norte al día siguiente del nombramiento, 4 de septiembre, con los buques San Pedro y Santiaguillo, y no regresó hasta fines de 1547. Tocó tierra en la bahía de San Pedro, en Concepción, y posteriormente en Valdivia, tierra bautizada en honor de su capitán general. Luego volvió a Valparaíso.
Inicio de la "Guerra de Arauco": Campañas entre 1546 y 1656 Con el objeto de dar seguridad a la ciudad de Santiago y aumentar el territorio de su jurisdicción, Valdivia resolvió realizar y comandar personalmente una expedición hacia Arauco, hecho con el cual da comienzo formal a la llamada "Guerra de Arauco".thumb|200px|izquierda|Pedro de Valdivia en un retrato de 1854 por Federico Madrazo.
Batalla de Quilacura (1546)
En febrero de 1546, Valdivia parte hacia el inexplorado sur, llegando a los márgenes del río Biobío. En esta campaña partió con 60 jinetes, más miles de indios auxiliares. En el río Biobío, fue atacado por los mapuches en la Batalla de Quilacura. Viendo que le sería imposible continuar con tan escasas fuerzas por un terreno tan hostil, Valdivia decidió replegarse a Santiago, y vuelve cuatro años después y los derrota en las batallas de Andalién y de Penco.
Batalla de Andalién (1550)
Sucedió el 22 de febrero de 1550 en una zona pantanosa del río cerca de la actual Concepción llamado Andalién. Acamparon y de noche fueron atacados por sorpresa por un gigantesco ejército indígena al cual apenas lograron rechazar por el uso de armaduras, armas de fuego y caballos. Los españoles ganaron la batalla gracias a la superioridad de sus armas. En esta batalla Lautaro participó como escudero de Valdivia.
Batalla de Penco (1550)
Sucedió el 12 de marzo de 1550, en ésta el toqui Ainavillo planeó un ataque contra el fuerte español de Penco. Los conquistadores, ya conocedores de la presencia de Ainavillo arrasaron con sus fuerzas aún en desorden tras la primera carga. Los mapuches huyeron por un terreno imposible de transitar para la caballería o la infantería hispana.
Estas victorias le permitieron a Valdivia fundar Concepción, La Imperial, Valdivia, Villarrica y Los Confines.
Primera gran rebelión del pueblo mapuche Batalla de Tucapel (1553): Muerte de Pedro de Valdivia
El joven mapuche Lautaro, aprovechando sus conocimientos aprendidos en el ejército español (obtenidos al haber sido "paje" o sirviente de Valdivia), luego de fugarse enseñó a su pueblo las tácticas de guerra españolas e introdujo el uso del caballo dando origen a los primeros escuadrones de caballería mapuche. Luego de ganarse la confianza de los loncos condujo una rebelión contra los españoles.
Con sorprendentes tácticas para la época, neutralizó a la caballería española, y en la batalla de Tucapel (1553) capturó y dio muerte a Valdivia junto con todos sus hombres y miles de indios (diversas versiones relatan que tras esa batalla se extrajo el corazón de Valdivia y fue comido por los propios mapuches).
Tucapel será un hito en la historia de la guerra, ya que fue la primera batalla en campo abierto perdida por los españoles, donde se demostró la efectividad de las formas de luchar introducidas por Lautaro. Llegadas a Concepción estas nuevas y terribles noticias, se organizó un destacamento que fue dotado de cañones e infantería de primera al mando de Francisco de Villagra, quien enfrentaría el avance mapuche en la batalla de Marihueñu.
Campañas mapuches de Lautaro
thumb|350px|Tríptico El joven Lautaro de Pedro Subercaseaux.