El HMS Beagle fue un bergantín de la clase Cherokee de la Marina Real británica botado en el río Támesis el 11 de mayo de 1820 desde los astilleros Woolwich. Tenía 27,5 metros de eslora; 7,5 metros de manga; 3,8 metros de calado; diez cañones; 235 toneladas de carga; y una tripulación de ciento veinte hombres.
En julio de ese mismo año, tomó parte en la Revista Naval de celebración por la coronación del rey Jorge IV, siendo el primer barco en navegar bajo el nuevo Puente de Londres, para quedar luego en la reserva, a flote y atracado pero sin mástiles o aparejos.
Después fue adaptado como bricbarca y participó en tres expediciones. En la segunda, bajo el mando del comandante Robert FitzRoy, viajó a bordo el joven naturalista Charles Darwin cuyo trabajo hizo del Beagle uno de los buques más famosos de la historia.
Primer viaje (1826-1830)
En 1825 el Almirantazgo británico ordenó que dos buques fueran preparados para inspeccionar las costas meridionales de América del Sur. El 27 de septiembre de 1825 el Beagle atracó en el astillero de Woolwich para reparaciones y alistarse para sus nuevas tareas. Sus cañones fueron reducidos a seis y se le instaló un palo de mesana para mejorar su maniobrabilidad, por lo que su aparejo, fue modificado a bricbarca, buque de tres palos con velas cuadras en el trinquete y el mayor y cuchilla en el mesana.
En mayo de 1826 el HMS Adventure y el HMS Beagle estuvieron listos para cumplir la comisión. El HMS Adventure era un velero espacioso de 330 toneladas, sin cañones, excepto uno de saludo y una dotación de setenta y seis hombres. Fue puesto bajo el mando del Comandante Phillip Parker King quién además tenía el cargo de hidrógrafo y Comandante en Jefe de la expedición. El HMS Beagle con una dotación de sesenta y tres hombres estaba bajo el mando del comandante Pringle Stokes.
Las naves zarparon de Plymouth el 22 de mayo de 1826 rumbo a Río de Janeiro puerto en el que fondearon el 10 de agosto del mismo año, luego de hacer escala en Madeira, Tenerife y Saint Jago. El 2 de octubre prosiguieron hacia el Río de la Plata. El 19 de noviembre continuaron hacia el sur arribando a la entrada del estrecho de Magallanes el 20 de diciembre de 1826. En los primeros días de enero de 1827 fondearon en Puerto del Hambre, lugar que Parker King escogió como puerto base de la expedición.
El 12 de agosto de 1828 el comandante Pringle Stokes falleció luego de haberse disparado un tiro en su camarote doce días antes con el propósito de suicidarse. Parker King nombró en su reemplazo al teniente W.G. Skyring, segundo comandante del Beagle, pero en noviembre de 1828 el Comandante en Jefe de la Estación Naval Sudamericana en Río de Janeiro, contraalmirante Robert Otway, a bordo del HMS Ganges, nombró como comandante en propiedad del Beagle al teniente Robert Fitz-Roy, que se desempeñaba hasta ese momento como su Ayudante de Órdenes. Fitz-Roy tenía veintitrés años.
Durante este primer viaje y bajo el mando del comandante Stokes el Beagle efectuó trabajos hidrográficos en la parte occidental del estrecho de Magallanes, en los canales patagónicos chilenos: especialmente el golfo de Penas, la entrada norte del golfo Trinidad y el extremo norte de la isla Campana.
Bajo el mando del teniente Fitz-Roy efectuaron trabajos hidrográficos en la zona del canal Magdalena, en la parte sur de los archipiélagos que están al sur del estrecho de Magallanes, alcanzando las islas Diego Ramírez y el cabo de Hornos, descubrieron el canal Beagle. En febrero de 1830 un grupo de indígenas kawésqar robó un bote que el Beagle no pudo recuperar y en represalia Fitz-Roy embarcó a tres rehenes, kawésqar, y luego en mayo embarcó un cuarto joven de la tribu yagán que cambió por un botón de nácar y decidió llevarlos hasta Inglaterra y traerlos de regreso en una próxima oportunidad luego de que hubieran aprendido el idioma inglés y otras materias propias de la civilización occidental, les asignó los siguientes nombres y edades: York Minster 26, Boat Memory 20, Jemmy Button 14 (yagán), Fuegia Basket (una niña) 9.
El 6 de agosto de 1830 el Beagle y el Adventure zarparon de Río de Janeiro hacia Inglaterra fondeando el 14 de octubre del mismo año en Plymouth. El Beagle fue desmantelado y pasó a la reserva.
Segundo viaje (1831-1836)
thumb|Segundo viaje-Alrededor del mundo.|alt=|280x280px El teniente Fitz-Roy había supuesto que el levantamiento de las costas meridionales de Sudamérica continuaría y que a algún buque se le ordenaría este servicio en el cual esperaba devolver a los fueguinos a su tierra natal, sin embargo, al poco tiempo de su llegada a Inglaterra se enteró de que había ocurrido un cambio en las opiniones del Almirantazgo y que no había intenciones de continuar con el levantamiento. Ante esta situación fletó espacio en un pequeño buque mercante, el John of London, para que lo llevara a él y a otras cinco personas a la isla Grande de Tierra del Fuego donde desembarcaría a los tres fueguinos —Boat Memory había muerto de viruela al llegar a Inglaterra—, y posteriormente hasta Valparaíso para desembarcarlo a él y a su mayordomo James Bennett que lo acompañaría.
Estaba en estos preparativos, y Bennett ya había comprado unas cuantas cabras con las que pretendía poblar alguna de las islas de Tierra del Fuego cuando le contó sus planes a un tío, este fue al Almirantazgo y poco después le informó que sería nombrado comandante del HMS Chanticleer para ir a Tierra del Fuego. El Chanticleer, fue examinado, y no fue encontrado apto para esta comisión por lo que con fecha 27 de junio de 1831 se le designó comandante del HMS Beagle, nave que fue dada de alta pasando al servicio activo con fecha 4 de julio de 1831 para que fuera preparada para un largo período de servicio en el extranjero pues el Almirantazgo había decidido continuar con los trabajos hidrográficos en Sudamérica y tenía entre sus prioridades determinar la longitud exacta de Río de Janeiro, establecer la posición del bajo Abrojos y luego continuar con los levantamientos de la costa de la Patagonia oriental entre el río de La Plata y el estrecho de Magallanes, del canal Beagle y el seno Ballenero, terminar algunos trabajos en el estrecho de Magallanes y seguir a Concepción o Valparaíso. Debería obtener vistas de recalada de las costas, especialmente de los cerros con su respectiva altura y registrar las mareas y datos meteorológicos de los lugares por los que navegara. Determinar rutas hacia los puertos de las islas Malvinas e islas Galápagos. Finalmente debía dirigirse a Tahití y a Port Jackson en Australia que eran puntos conocidos para verificar la marcha de los cronómetros. Debería efectuar una inspección geológica de un atolón de coral en el océano Pacífico, determinando sus límites y flujos de marea y regresar a Inglaterra cruzando el cabo Buena Esperanza.
El Beagle fue inmediatamente trasladado hasta un muelle en Devonport donde se le cambió la cubierta superior siendo levantada considerablemente, ocho pulgadas a popa y doce pulgadas en la proa, lo que mejoró su comportamiento en la mar y mejoró notablemente la habitabilidad de la nave. Se le colocó un revestimiento de dos pulgadas de tablones de abeto en el fondo del buque y se le renovó el fieltro y el cobre. Este revestimiento añadió quince toneladas a su desplazamiento quedando con 235 toneladas y alrededor de 242 toneladas de arqueo. Le fue ajustado el timón, se le colocó un molinete de patente en lugar de un cabestrante, se le instaló una cocina Frazer con un horno adjunto en lugar de una cocina común con chimenea, se le instalaron pararrayos, inventados por el Sr. Harris, en todos los mástiles, bauprés y en la botavara del foque. Los palos, velas y jarcias eran los mejores de la época y para completar el equipamiento marinero se le proveyó de seis botes de calidad superior, especialmente construidos para la nave. Entre el instrumental se embarcaron veintidós cronómetros para determinar la longitud y cinco simpiesómetros para medir la presión atmosférica. thumb|left|El Beagle en 1832, durante su segundo viaje.
Fitz-Roy preocupado por recoger información útil durante el viaje, propuso a Hidrografía que se buscara una persona bien educada y científico con quién estaba dispuesto a compartir su alojamiento. El comandante Beaufort aprobó la sugerencia y realizó varias gestiones que terminaron por nombrar al Sir Charles Darwin, nieto del Doctor Darwin el poeta, joven de capacidad promisoria muy aficionado a la geología y a todas las ramas de la historia natural. Darwin aceptó embarcarse pero con las condiciones de que tendría la libertad de dejar el Beagle y retirarse de la expedición cuando él lo estimara adecuado y que pagaría una parte justa de los gastos de la cámara del comandante de la nave. Durante el viaje Darwin pasó mucho tiempo fuera del buque, regresando a bordo de acuerdo a fechas programadas cuando el Beagle regresaba a puerto. Hizo largos viajes hacia el interior de la Patagonia y en las costas de Chile. Desde el puerto de Valparaíso viajó a Mendoza, Argentina, a través de la Cordillera de los Andes. En esa provincia, en marzo de 1835 describió, en Paramillos de Uspallata, una secuencia sedimentaria, con más de 52 troncos fósiles del Triásico, en posición de vida. Un monumento recuerda su paso por ese lugar.
De los casi cinco años que duró la expedición, Darwin estuvo tres años y tres meses en tierra y dieciocho meses en la mar.
Además, Fitz-Roy obtuvo autorización para embarcar a un artista, el Sir Augustus Earle, a Sir George James Stebbing como persona capacitada para el mantenimiento de los cronómetros y reparación de los otros instrumentos de a bordo y al joven catequista Richard Matthews. La dotación definitiva de oficiales y hombres (incluidos los infantes de marina y los niños) era de sesenta y cinco, pero, con los supernumerarios mencionados, cuando el Beagle zarpó de Inglaterra, eran setenta y cuatro personas.
La nave zarpó de Plymouth el 27 de diciembre de 1831 y fondeó en Río de Janeiro el 4 de abril de 1832 luego de haber hecho escala en Tenerife, Cabo Verde, rocas San Pedro y San Pablo, Fernando Noronha, Salvador de Bahía, islotes Abrolhos y cabo Frío. Entre el 5 de abril y el 5 de julio permaneció en el área Río de Janeiro - Salvador de Bahía verificando la distancia meridiana entre ambos lugares y estableciendo sus longitudes exactas.