Bergens historie opdeles i byens ældre og nyere historie. Byens ældre historie næste går helt tilbage til de første bosættelser i Norge, mens den nyere historie går fra omkring år 1000, hvor Bergen blev grundlagt. Kong Øystein Magnusson flyttede sin kongsgård til Bergen, der på dette tidspunkt blot var en lille bosættelse. Det gjorde byen til landets hovedstad, og efter at være blevet til købstad voksede byen yderligere. I takt med at handlen med Nordnorge steg, blev det den største by i Norge og i periode også hele Norden.
I sidste istid I den sidste istiden var Bergenshalvøya dækket af is i 100.000 år. Før denne glaciale periode havde der i 10-15.000 år været en mellemistid. Man antog tidligere at den sidste istid havde fjernet alle afsætninger fra dette tidligere periode, men på begyndelsen af 1970'erne blev der opdaget et felt langs Straumevegen ved Langegården på Fjøsanger, 10 moh., hvor det var muligt at studere tidsalder efter tidsalder i et snit gennem jordlagene fra mellemistiden. Havoverfladen var var 56 meter højere end i dag; det var mellem Puddefjorden og Nordåsvannet. Pollenanalyser viser at trægrænsen var 300 meter højere end i dag, og der var store mængder planter, som det i dag er for koldt til at de kan vokse.
For 10.000 år siden var den sidste istid over. Bergenshalvøya var isfri, undtaget nogle mindre bræer på Gullfjellet. På Vidden er der spor efter isen, der har bevæget sig mod vest og sydvest. I Arnadalen er der mærker af isens bevægelse mod nord, fordi kælving fra Ulriken og Gullfjellet har bevæget sit mod Arnavågen.
Første bosættelser I bydelen Årstad er der blevet fundet et fundament fra en af Norges ældste kongsgårde ved siden af Statsarkivet i Bergen, ved foden af fjeldet Ulriken. Nedenfor, ved Store Lungegårdsvann, ligger en gravhøj fra 400-tallet bevaret midt i et boligbyggeri. Byen Bergen blev imidlertid først grundlagt i 1070 af kong Olav Kyrre.
Vikingtid og magtcenter Alrekstaðir
thumb|Mindepladen ved indgangen til Alrekstad skole. thumb|Nonneseter kapel blev reddet af Fortidsminneforeningen 1891. (Foto: Nina Aldin Thune)
Absalon Pedersson Beyer fortæller i sin bog Om Norgis Rige (1567) at stedet ved Vågen, hvor byen først voksede frem, hed Fagervik eller Hasselvik. Han refererer til et sagn fra 900-tallet: «Og den tid Håkon Adalsteinsfostre havde sit kongelige sæde her på Alrekstad, det man nu kalder Aarestad, og fødder gik her nede i byen hvor nu gårde og kålvtår, da blev det sagt for kongen, at her hørtes i jorden lyd af mennesker, som om mange snakkede sammen. Da kongen det hørte, blev han underlig derved og mente at det skulle betyde noget ondt. Da svarede en gammel mand; nådigste herre, frygt intet, for det betyder intet ondt, men bemærker at til sin tid skal det bygges en fin stad, i hvilken skal bruges stor handel og vandel, som end sker på denne dag. Men efter kong Adelstens død, da var Bergen først bygget af kong Olav Kyrre, aar efter Christi byrd 1090.» Her tidfester Absalon Bergens grundlæggelse til 1090, men moderne forskere mener, at 1070 er mere sandsynlig.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s.13-14), utgitt af A/S Paal Kahrs, Garnæs trykkeri, Bergen 1964
I norrøn tid var Alrekstaðir navnet på området som nu hedder Årstad. Alrekstad var en af de kongsgårde langs den sydvestnorske kyst, hvor Harald Hårfagre og hans efterfølgere tog ophold på 900-tallet, før der opstod egentlige byer i Norge. Efter slaget ved Fitjar på Stord omkring år 960 var kong Håkon den gode på vej til Alrekstad, da han døde af banesår i Håkonshallen.
Ifølge Snorre Sturlasons saga om Håkon den gode, efter slaget ved Fitjar:
Kong Håkon gik ud på sit langskib sit og lod binde om det sår han havde fået, men blodet rendt sådan af det at de ikke kunne få det standset, og da det blev senere på dagen, blev kongen svagere; han sagde da at han ville sejle nordover til gården sin på Ålrekstad... Og efter lidt døde kong Håkon der på hella, samme sted som han var født.
Som kongssæde var Alrekstad et vigtig udgangspunkt for byudviklingen i Bergen. Årstadgeilen som går fra studenthjemmet Alrek ned til Store Lungegårdsvann, er Bergens ældste gadeforløb. Navnet på Store Lungegårdsvand kommer af Lungegården, Vincens Lunges ejendom. I middelalderen hed søen Alrekstadvågen, efter kongsgården Ålrekstad.
I 26 år styrede Olav Kyrre landet fra Alrekstad, og kongsgården var landets hovedstad. Olav Kyrres regeringstid var præget af fred og fremgang for landet. Gården var placeret strategisk med Alreken (Ulriken) mod øst, Alrekstadvågen (Store Lungegårdsvann), i nord Alrekstadvannet (drikkevandskilden Svartediket), centralt i landskabet ligger «Skinnhosen» (i dag Puddefjorden), og her blev Bjørgvin grundlagt.
På en central kongsgård som Alrek må det have stået en trekirke i den ældste kristne tid her i landet, måske i Håkon den godes dage. Senere stod det en stenkirke her, Det Hellige Kors' kirke som først nævnes i 1395, men som måske blev opført allerede på 1100-tallet. Den blev revet ned i 1600-tallet, og stenene blev brugt til at bygge små murer langs Årstadgeilen. I 1277 testamenterede Magnus Lagabøte Alrekstad kongsgård til Nonneseter kloster. Eiendommen blev holdt i hævd til reformationen, da Vincens Lunge lod både kloster og kongsgård forfalde. På 1800-tallet var Årstadvollen eksercerplads. I 1898 købte Bergen kommune området.
Grundlæggelse og middelalder Grundlæggelse thumb|Scholeusstikket fra 1580 er et af de ældste billeder fra Bergen
Bergen (Bjørgvin) fik rettigheder som købstad af Olav Kyrre i 1070. Ifølge forskning fra 2004 blev grundlagt som handelssted allerede i 1020 eller 1030 af Olav den Hellige eller af Knud den Store, men handelspladsen blev først rigtig stor umiddelbart før 1070, fordi de lokale stormænd nølede med at tage de tildelte handelspladser i brug. I i Øystein Magnusson regeringstid blev byen bygget tidligt i 1100-tallet og aktiviteten i byen blev større. I 1135 omtales den som by i udlandet. Handel og varebytte med udlandet var grundlaget or byens udvidelse. Udvidelsen af handelen med udlandet og med Nordnorge i 1100-tallet gav Bergen en særstilling i Norge. Da Håkon Håkonsson i tillæg gjorde byen til hovedstad i 1250 og førte vestorienteret politik (mod øerne i Atlanterhavet) var Bergen klart etableret som Norges ledende by. Bergens rolle i udenrigshandelen blev styrket da tyske købmænd i 1294 fik forbud mod at drive handel nord for Bergen og i 1310 blev forbuddet udvidet til alle udlændinge.
thumb|Grænsen for Bergens jurisdiktion på bylovens tid (1276) antydet med blå streger på et kort fra 1907. Bybebyggelsen var på bylovens tid begrænset til en stribe på østsiden af Vågen mellem Holmen og Olavskirken. Udenfor byen lå blandt andet Munkeliv kloster og Nonneseter kloster.
Byen overtog efter Trondheim (Nidaros) som hovedstad for Norgesvældet frem til 1314, da denne funktion blev flyttet til Oslo. I 1100-tallet var Bergen den folkerigeste by i Norden. År 1300 regner man med at det kan have vært ca. 7.000 indbyggere i Bergen, ca. 3.000 i Nidaros, ca. 2.000 Oslo og ca. 1.500 i Tønsberg.Jon Vidar Sigurdsson: Det norrøne samfunnet (s. 219), forlaget Pax, Oslo 2008, Kåre Lunden angiver folketallet i byen umiddelbart før den sorte død til 2500, da Oslo på samme tid havde 1500 indbyggere og Tunsberg med Berget havde 1500. Lunden mener, at Bergens særstilling i folketal kom senere. På denne tid havde mellemstore byer i Europa 5.000 – 10.000 indbyggere, og Bergen var den eneste norske by af en sådan størrelsesorden. London og Paris havde omkring 25.000 indbyggere i 1050. Palermo i emiratet Sicilien og Córdoba i al-Andalus var sandsynligvis de eneste europæiske byer med over 100.000 indbyggere omkring år 1000-1100.De Long, J. B., & Shleifer, A. (1993). Princes and merchants: European city growth before the industrial revolution. The Journal of Law and Economics, 36(2), 671-7 Den danske kulturhistoriker Troels-Lund anser at den frem til 1600-tallet var "afgjort Nordens største By". Han anslår at den havde ca. 15.000 indbyggere, efterfulgt af København med 13.000, mens Trondheim, Norges næststørste by, havde ca. 5.000 indbyggere.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s. 21-22) I 1814 var Bergen storbyen som sendte fire repræsentanter til Eidsvoll, mens Christiania (Oslo), Trondheim og Kristiansand sendte to hver. Men to år senere passerede Christiania Bergen, både i folketal og indflydelse.Gustav Brosing: Bergen – en by i vekst (s.95)
Byvåben
Bergens byvåben er baseret på byens gamle segl, der regnes som Norges ældste og nævnt første gang i 1293. Byseglet havde to sider, den ene med en borg stående på syv fjelde, omkranset af indskriften «DANT BERGEIS DIGNUM MONS VRBS NAVIS MARE», og den anden med et vikingeskib omkranset af indskriften «SIGILLVM COMMVNITATIS DE CIVITATE BERGENSI». Fra midten af 1300-tallet blev et segl som kun viste borgen på de syv fjelde taget i brug.
Det nuværende byvåben kombinerer de to sider fra det ældste segl, og er cirkelrundt med rød bund og guldramme. I rammen står indskriften «SIGILLVM COMMVNITATIS DE CIVITATE BERGENSI» fra det gamle segl, og inde i cirkelskiven er der en tretårnet borg i sølv som står på syv fjelde i guld.
Bjørgvin bispedømme
thumb|Mariakirken i Bergen.
Bjørgvin bispedømme er et af landets fem oprindelige bispedømmer. Bispesædet blev oprettet på Selja i 1000-tallet og flyttet til Bergen i 1170. Bispedømmet omfatter i dag Sogn og Fjordane og Hordaland fylker, efter at Sunnmøre blev en del af del nye Møre bispedømme i 1983.
Bergen domkirke er en langkirke fra 1150, som i dag fungerer som byens domkirke. Kirken er en langkirke i sten med sideskib og sakristi. Første gang den omtales er i 1181, da den blev kaldt Olavskirken i Vågsbunnen. Den var også viet til Olav den hellige.
Mariakirken (eller Tyskekirken) er en langkirke fra 1180, som regnes som Bergens ældste kirke. Kirken er også den ældste bevarede bygning i Bergen. Den ligger bag den nordligste del af Bryggen som brændte ned til grunden i 1955. Kirken var i lang tid bedre kendt under navnet Tyskekirken. Kirken er hovedsagelig bygget af fedtsten. Det er identificeret fem forskellige typer fedtsten i Mariakirkens originale murværk. Stenbruddet Urda i Bømlo har leveret to af stentyperne. Lyse stenbrud har leveret meget sten og noget fra Hana i Vaksdal. Kirken har 310 siddepladser. Basilika med to vesttårn, bygget 1140-80, romansk stil med gotisk kortilbygning.
Man antager, at kirken blev bygget i 1100-tallet, sandsynligvis mellem 1130 og 1170. Den brændte ved bybrændene i 1198 og 1248. Efter 1248 blev koret forlænget. Det oprindelige kor er den del som ligger vest i koret. Den tilhører den bygningstradition som var dominerende i Bergen i 1100-tallet, hvilket var klassisk romansk. Kortypen findes bl.a. i Lund domkirke, som var Norges ærkebiskopkirke (1104–1152), hvor Mariakirken blev bygget.
Slaget i Bergen 1181
Efter at være kommet til Bergen i slutningen af juni 1180, overvintrede Sverre og birkebeinerne i byen. Befolkningen blev tiltagende fjendtlig, og birkebeinerne måtte holde sig indenfor byens grænser. De vidste derfor ikke meget om, hvad der foregik rundt omkring i Vestlandet.
Den 24. februar 1181, i den anden uge af langfasten efter den ældre kalender (efter moderne kalender marts 1181), opdagede Sverres vagter i nattemørket langskib på vej ind i Vågen. Alarmen gik, og birkebeinerne troede, at det var Magnus Erlingsson som kom med en hær. De forvirrede birkebeinerne var spredt rundt i byen, sådan at Sverre var tvunget til at drage op til Alrekstad for at finde sine mænd. Der fik han at vide, at det ikke var en hær, men en bondehær som var kommet til Bergen.