Denne artikel er om et virus. For sygdommen se COVID-19. For udbruddet af denne virus, se coronaviruspandemien i 2019-2020.
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), Citat: "...the human pathogen tentatively named 2019-nCoV. Based on phylogeny, taxonomy and established practice, the CSG formally recognizes this virus as a sister to severe acute respiratory syndrome coronaviruses (SARS-CoVs) of the species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirusand designates it as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)...In this study, we present an assessment of the novelty of 2019-nCoV and detail the basis for(re)naming this virus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, which will be used hereafter..." Citat: "..."We now have a name for the disease and it's Covid-19," WHO chief Tedros Adhanom Ghebreyesus told reporters in Geneva...The virus itself has been designated SARS-CoV-2 by the International Committee on Taxonomy of Viruses..." tidligere midlertidigt navngivet 2019-novel-coronavirus eller 2019-nCoV og uformelt kendt som Wuhan-coronavirus, er en ny type Corona-virus i familie med SARS. SARS-CoV-2 er en smitsom virus, som kan forårsage COVID-19, en luftvejsinfektion, som kan udvikle sig til Langvarig COVID-19.
SARS-CoV-2 blev oprindeligt identificeret i midten af december 2019 i millionbyen Wuhan i det centrale Kina efter mange mennesker fik lungebetændelse af ukendte årsager, primært knyttet til dem, der arbejdede på Huanan Seafood Market (華南 海鮮 市場), hvor der sælges levende dyr. Kinesiske forskere isolerede derefter den nye coronavirus SARS-CoV-2, som har vist sig at være mindst 70 % identisk med gensekvensen hos SARS-CoV. Den har dog endnu ikke vist sig at være så alvorligt eller så dødbringende som SARS. 20. januar 2020 bekræftede de kinesiske myndigheder og WHO, at virussen kan smitte fra menneske-til-menneske, Og med 7.700 personer smittet og 170 dødsfald erklærede WHO d. 30. januar 2020 den potentielt dødelige SARS-CoV-2 for en international sundhedskrise. I slutningen af januar vurderede kinesiske myndigheder virusset til at være en kategori B-sygdom på linje med AIDS, SARS og polio. Ikke desto mindre håndterede myndighederne det som en kategori A-sygdom, som Kina ellers kun har to af, nemlig kolera og byldepest.Claus Block Thomsen: "Virusset har nået vesten", Politiken 24. januar 2020
Oprindelse Den 22. januar 2020 udgav Journal of Medical Virology en rapport med en genomisk analyse, som overvejer at slanger i Wuhan-området er citat: "the most probable wildlife animal reservoir" for virussen. Mere forskning på området er dog påkrævet.
En homolog rekombinationshændelse kan have blandet en "clade A"-virus (flagermus SARS-lignende vira CoVZC45 og CoVZXC21) med RNA-binding af en indtil videre ukendt Beta-CoV.
thumb|SARS-CoV-2's formodede genomorganisation. (GenBank-nummer MN908947) Isolaten Wuhan-Hu-1 (GenBank-nummer MN908947ncbi.nlm.nih.gov: Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome Citat: "...This sequence has been updated. See current version...") af SARS-CoV-2 viser store fylogenetiske ligheder med to coronavirus-isolater fra kinesiske flagermus, som blev karakteriseret i 2015 og 2017.
Isolatens virusgenom omfatter 29.875 bp med 281 bp henholdsvis 325 bp lange uoversatte områder ved 5'-enden og henholdsvis 3'-enden. De formodede kodende områder fordeler sig på 10 proteiner: et 7096 aminosyre langt ORF1ab-polyprotein, et 1282 aminosyre langt overflade-glykoprotein kaldet spike, et 75 aminosyre hylsterprotein (E), et 222 AS membranglykoprotein (M), et 419 AS nukleokapsid-fosfoprotein og yderligere 5 proteiner (ORF3a, ORF6, ORF7a, ORF8 og ORF10). Disse udgør genfølgen i SARS-virus og alle coronavira., open access
Varianter
Helgenomssekventering af SARS-CoV-2 og indføring i databaser kan give et overblik over genetiske mutation i virussens genom. GISAID-databasen indeholder sådanne genomdata og analyser af genomet ses også i forbindelse med Nextstrain.
Det findes [mindst] titusindvisMichael Le Page (23. januar 2021) "What are the new coronavirus variants?". New Scientist. S. 9 af varianter af virusset. I Norden har man fundet varianter af virusset; således har man i Norge konstateret "over 40"Nå har viruset mutert 12.000 ganger. Men mutasjonene har ikke gjort det farligere. (27. november 2020) Aftenposten variationer.
En person med svækket immunsystem fik igennem sit COVID-19-sygdomsforløb en længere række af mutationer, særligt i spike-proteinet.
Før Omicron-varianten viste sig i mennesker i Sydafrika i 2021, kan den have udviklet sig i dyr. Det usædvanligt store antal mutationer sammenlignet med den originale variant - omkring 50, inklusive mere end 30 i Spike-proteinet, dvs. næsten tre gange så mange som Delta-varianten - antyder en udvikling i en usædvanlig vært, jf. minksagen og zoonose.
Notable varianter Cluster 5: I Danmark er der indtil 5. november 2020 fundet fem typer af varianter af SARS-CoV-2 i mink. Statens Serum Institut (SSI) har navngivet dem som cluster 1-5. Blandt disse varianter er der konstateret syv forskellige mutationer i virussets såkaldte spike-protein på virussets overflade. Der har været ændringer i aminosyrerne H69del/V70del, Y453F, I692V og M1229I.
B.1.1.207 er en variant som har en P681H mutation, som også findes i VOC-202012/01 fra Storbritannien.
B.1.1.7Dansk studie mener britisk mutantvirus er vesentlig farligere (28. februar 2021) også kendt som VOC 202012/01Dansk studie: Britisk mutasjon gir økt risiko for å havne på sykehus (26. februar 2021) eller 20B/501Y.V1. Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i prøve fra den sydvestlige del af England. Varianten blev [først] kaldet VUI – 202012/01.
B.1.1.317
B.1.1.318Variants of concern or under investigation: data up to 3 March 2021 4 March 2021 www.gov.uk, accessed 5 March 2021Latest update: New Variant Under Investigation designated in the UK 4 March 2021 www.gov.uk, accessed 5 March 2021
B.1.351
Udviklingslinje B.1.429 også kendt som CAL.20CMutert virus skaper uro blant eksperter i California (26. februar 2021)Emergence of a novel SARS-CoV-2 strain in Southern California, USA Wenjuan Zhang, Brian Davis, Stephanie S Chen, Jorge Sincuir Martinez, Jasmine T Plummer, Eric Vail 20 January 2021 doi.org/10.1101/2021.01.18.21249786 via www.medrxiv.org, Accessed 21 January 2021
Udviklingslinje B.1.525BBC: Ny virusvariant i Storbritannia
B.1.617 er den dominerende variant i Indien
B.1.617.2. varianten kendes som “delta” og er mere smitsom
udviklingslinje P.1 blev opdaget i Tokyo d. 6. januar 2021 af Kokuritsukansenshōkenkyūjo (NIID). Variant fra denne udviklingslinje blev først identificeret i fire personer, der ankom Tokyo efter at have rejst fra Amazonas (delstat i Brasilien), d. 2. januar 2021.
+ OversigtFirst detectionKlassificeringAndre navneNotable mutationer StedDatoB.1.1.207P681H B.1.1.7VOC-202012/01, 20I/501Y.V1N501Y, 69–70del, P681H B1.1.298Cluster 5, ΔFVI-spike (SSI), Covid-19-minkvarianter, DCGC-3024/2020, en af fem danske mink-varianter (cluster1-5)Y453F, I692V, M12291I, B.1.351501.V2, 20H/501Y.V2, VOC-202012/02N501Y, K417N, E484KB.1.525VUI-202102/03 (PHE), tidligere UK1188E484K, F888LB.1.429Q677H, S:Q677H, 677, Q677, B.1.429+S:Q677HDetection of the recurrent substitution Q677H in the spike protein of SARS-CoV-2 in cases descended from the lineage B.1.429 - nCoV-2019 Genomic Epidemiology - VirologicalP.1Stammer fra B.1.1.28N501Y, E484K, K417TVoloch, Carolina M.; et al. (2020). "Genomic characterization of a novel SARS-CoV-2 lineage from Rio de Janeiro, Brazil" full text (see figure 5). Retrieved 15 January 2021. – via medRxiv.Q677P677 eller Q677P stammer fra B.1.429Study Identifies Seven New Covid-19 Variants in U.S. Carrying ‘677’ MutationStudy finds 7 COVID-19 variants originating in U.S. with the same mutation“Pelican”, “Robin” (Robin 1, Robin 2), “Yellowhammer”, ”Bluebird”, ”Quail” og “Mockingbird”Robin + Yellowhammer + Bluebird + Quail + Pelican + Mockingbird = New US Covid Variants could be more infectious – Magnetic MediaB.1.1.7B1.1.7, “Cluster B117” B1.526526B1 (526-537) (STJ72853), P.1; P.2.
WHO navngivning af varianter I nyhedsmedierne blev flere varianter navngivet efter det land, som varianten først blev konstateret i, for eksempel den "britiske variant" eller "engelske variant" for (B.1.1.7) og senere blandt andre også en "sydafrikansk" (B.1.351) og en "indisk" (B.1.617.2). Den Indiske regering beklagede i maj 2021, at mutationer fik landenavne. Den 31. maj besluttede WHO at mutationerne i stedet skulle benævnes med bogstaver fra det græske alfabet, således kom den "britiske variant" til af hedde "alpha", den "sydafrikanske variant" blev til "beta" og den "indiske variant" benævnt som "delta".
Notable missense-mutationer
Missense-mutationer: D614G: En af de betydelige ændringer i SARS-CoV-2-genomet under COVID-19-pandemien forekom i receptorbindingsdomænet, nærmere bestemt spike-proteinets D614G-mutation. D614-varianten dominerede oprindeligt men blev udkonkurreret af G614-varianten.
E484KMichael Greenwood (15 January 2021). "What Mutations of SARS-CoV-2 are Causing Concern?". News Medical. Retrieved 16 January 2021., mutationen dannes på spike-proteinet på overfladen af virusset. Denne ændringen findes hos den [såkaldte] sydafrikanske variant og hos den [såkaldte] brasilianske variant, skriver medierne.
N501YResearchers Discover New Variant of COVID-19 Virus in Columbus, Ohio 13 January 2021, wexnermedical.osu.edu, accessed 16 January 2021Distinct Patterns of Emergence of SARS-CoV-2 Spike Variants including N501Y in Clinical Samples in Columbus Ohio Huolin Tu, et al. 15 January 2021 via www.biorxiv.org, accessed 16 January 2021, doi.org/10.1101/2021.01.12.426407
S477G/N
P681H 50px Available under CC BY 4.0.
Nomenklatur af varianter
+ Nomenklatur This table is an adaptation and expansion of . Pango udviklingslinjer Rambaut et al. Nextstrain klade, 2021 GISAID klade Notable varianter A.1–A.6 19B S inkluderer "sekvens null" (sequence zero) B.3–B.7, B.9, B.10, B.13–B.16 19A L O B.2 V B.1 B.1.5–B.1.72 20A G Udviklingslinje B.1 hos Rambaut et al. B.1.9, B.1.13, B.1.22, B.1.26, B.1.37 GH B.1.3–B.1.66 20C Inkluderer CAL.20C 20G 20H I 501.V2 også kendt som (20C/501Y.V2 or) 20H/501Y.V2 eller B.1.351 lineage B.1.1 20B GR Inkluderer B.1.1.207 20D Inkluderer P.1 og P.2PANGO lineages-Lineage B.1.1.28 cov-lineages.org, accessed 4 February 2021 20F 20IInkluderer VOC-202012/01 også kendt som (20B/501Y.V1 eller) 20I/501Y.V1 eller udviklingslinje B.1.1.7 B.1.177 20E (EU1) GV Fra 20A
Se også
ACE2 mRNA-vaccine
Kilder/henvisninger
Eksterne henvisninger
Kategori:Virussygdomme Kategori:Coronaviridae