thumb|400px|right|alt=Et kort over Italien med Giro d'Italias rute i 2009 indtegnet med røde og grønne linjer|Overblik over etaperne. Røde linjer angiver etaperuter, mens de grønne angiver afstande mellem etaperne.
1. til 11. etape af Giro d'Italia 2009 fandt sted mellem 9. og 20. maj. Løbet fortsatte 21. maj med 12. etape. Den første etape var, som den havde været det siden 2007, en holdtidskørsel – en etape, hvor hvert hold kører sammen mod uret. Som de fleste Grand Tours har det for vane, startede løbet med en række flade etaper, der lå til sprinterne. På disse etaper konkurrerede blandt andre Alessandro Petacchi og Mark Cavendish om etapesejrene. Petacchi tog to etapesejre, mens Cavendish tog tre individuelle etapesejre samt var med i sejren på første etapes holdtidskørsel.
Tre kuperede etaper lå i slutningen af løbets første uge samt starten af dets anden uge. Disse etaper førte Giroen gennem Østrig og Schweiz, før den igen vendte tilbage til Italien. Hver af disse etaper tog mere end fem timer at køre – ifølge rytterne var den regn, der faldt hver dag, kombineret med de besværligheder, de forskellige op- og nedkørsler udgjorde, forhold, der gjorde etaperne usikre. Denne holdning blev potentielt gyldiggjort af de livstruende skader, Pedro Horrillo pådrog sig på ottende etape, da han styrtede på en nedkørsel. Den niende etape skulle have været et storslået criterium som fejring af Giroens 100-års-jubilæum, men endte i en kollektiv protest fra rytterne over sikkerhedsforholdene på etapen og de, der kom før den. Protesten betød, at etapen blev neutraliseret, og alle ryttere fik noteret samme tid som etapevinderen, uanset hvornår de sluttede.
Tiende etape var dette års Giros længste og mest bjergrige. Den blev, sammen med en etape senere i løbet, kaldt løbets kongeetape, den sværeste etape. Danilo Di Luca vandt etapen og udbyggede dermed sin føring før løbets anden halvdel.
TegnforklaringDe trøjer, der vises i tabellen til venstre på siden, viser hvem der kørte med trøjen på den specifikke etape, mens de, der vises til højre, viser hvem der vandt trøjerne efter etapen. 20px|alt=En lyserød trøje Angiver den førende rytter i det samlede klassement 20px|alt=En grøn trøje Angiver den førende rytter i bjergkonkurrencen 20px|alt=En lilla trøje Angiver den førende rytter i pointkonkurrencen 20px|alt=En hvid trøje Angiver den førende rytter i ungdomskonkurrencen s.t. angiver, at rytteren sluttede i samme gruppe som rytteren over ham, og blev derfor givet samme tid som ham.
1. etape thumb|alt=En gruppe på ni cykelryttere, der alle har den samme gule og hvide trøje med sort finish på, sidder bøjet over deres cykler før et løb. Tilskuere betragter dem fra begge sider.| ved start i Lido 9. maj 2009 – Lido, 20,5 kilometer (holdtidskørsel)
Giro d'Italia 2009 begyndte, som Giroen havde gjort det siden 2007, med en holdtidskørsel (TTT). Den 20,5 kilometer lange helt flade rute i Venedig afgjorde, hvem der skulle blive den første til at bære den lyserøde førertrøje.
var første hold på ruten, og de skulle også vise sig at vinde etapen. De sluttede alle sammen sammen, hvilket er ret usædvanligt – især for det vindende hold: kun , der kørte næsten et minut langsommere, kørte over mållinjen samlet. , der havde som erklæret mål at gentage deres TTT-sejr fra Giro d'Italia 2008, sluttede officielt kun seks sekunder efter , men kun med fem ryttere samlet, hvilket er minimum (den femte rytter, der krydser mållinjen, angiver holdets tid). Som den første rytter fra , der krydsede mållinjen, blev Mark Cavendish tildelt den første lyserøde trøje som førende i klassementet, ligesom han også blev givet den hvide trøje som førende i ungdomskonkurrencen.
|1. etapes resultat HoldTid1 21' 50" 2 + 6"3 + 13"4 + 22"5 + 27"6 + 35"7 + 38"8 + 40"9 + 42"10 + 49" || |Samlet stilling efter 1. etape RytterHoldTid 1 20px|Pink jersey20px|White jersey 21' 50" 2 + 0" 3 + 0" 4 + 0" 5 + 0" 6 + 0" 7 + 0" 8 + 0" 9 + 0" 10 + 6"
2. etape 10. maj 2009 – Jesolo til Trieste, 156 kilometerDenne etape var meget flad. Ruten indeholdt kun én kategoriseret stigning i lav højde nær etapens afslutning. Stigningen gav de første point i bjergkonkurrencen, og dermed blev den første grønne trøje uddelt til vinderen. Rytterne tog tre omgange på en 11 kilometer lang rundstrækning i Trieste, og pointene for stigningen blev uddelt på anden omgang over bjerget i Montebello.
Leonardo Scarselli sad foran feltet det meste af dagen efter et udbrud tidligt om morgenen. Feltet indhentede ham dog med 31 kilometer tilbage. David García vandt stigningen i Trieste, hvilket gjorde ham til den første vinder af en grøn trøje i årets løb, mens Alessandro Petacchi vandt en snæver sejr over Mark Cavendish i den afsluttende massespurt.
Et styrt på sidste omgang over Montebello-bjerget betød, at feltet blev splittet, og at kun 51 ryttere kunne konkurrere om etapesejren. Resten af feltet sluttede 13 sekunder efter de førende, og da styrtet fandt sted mere end tre kilometer fra målstregen, talte den tabte tid i den samlede stilling. Blandt dem, der tabte tid, kan nævnes forhåndsfavoritterne Levi Leipheimer og Ivan Basso.
2. etapes resultat RytterHoldTid 1 3h 43' 07" 2 20px|Lyserød trøje s.t. 3 s.t. 4 s.t. 5 s.t. 6 s.t. 7 s.t. 8 s.t. 9 s.t. 10 s.t.Samlet stilling efter 2. etape RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje20px|Hvid trøje 4h 04' 43" 2 + 14" 3 + 14" 4 + 14" 5 + 14" 6 + 16" 7 20px|Lilla trøje + 16" 8 + 20" 9 + 20" 10 + 27"
3. etape 11. maj 2009 – Grado til Valdobbiadene, 198 kilometerDenne etape var også flad, og den sluttede i en massespurt.
Et udbrud på fem ryttere, der havde et maksimalt forspring på syv minutter, tog pointene på den indlagte pointspurt og på dagens eneste kategoriserede stigning, men blev hentet med omkring 38 kilometer tilbage af etapen. Flere styrt efter 50-kilometermærket, kombineret med en række udbrudsforsøg, betød at feltet blev splittet, og Alessandro Petacchi tog sin anden etapesejr i træk efter en svækket massespurt, som Cavendish ikke deltog i, da han blev fanget bag styrtene.
Christian Vandevelde, kaptajnen fra , var hårdest ramt af styrtene, og han måtte trække sig fra Giroen med et brækket ribben og en stressfraktur i bækkenet. Styrtene gjorde også at Mark Cavendish ikke kom ind med hovedfeltet til målstregen; han nåede op på at være 15 sekunder efter gruppen, før han måtte give op og reelt opgive den lyserøde trøje. Petacchis anden etapesejr gav ham også løbets førertrøje.
|3. etapes resultatRytterHoldTid 1 20px|Violet jersey 4h 45' 27" 2 s.t. 3 s.t. 4 s.t. 5 s.t. 6 s.t. 7 s.t. 8 s.t. 9 s.t. 10 s.t. || |Samlet stilling efter 3. etape RytterHoldTid 1 20px|Pink jersey20px|Violet jersey 8h 50' 06" 2 20px|White jersey + 8" 3 + 18" 4 + 18" 5 + 31" 6 + 40" 7 + 44" 8 + 44" 9 + 45" 10 + 52"
4. etape 12. maj 2009 – Padova til San Martino di Castrozza, 162 kilometerDette var Giroens første bjergetape. Ruten indeholdt en høj stigning efter 123 km, og en bjergafslutning ved San Martino di Castrozza.
En gruppe på seks ryttere slap væk efter bare 5 km. Denne gruppe bestod af Serafin Martinez, Francesco Bellotti, Davide Viganò, Ian Stannard, Francesco De Bonis og Jens Voigt. De opnåede et forspring på 6 minutter og 30 sekunder, og med et tempo på 45 km/t på etapens første tre timer var det sandsynligt, at en af gruppens medlemmer skulle blive etapens vinder. Den høje hastighed betød, at flere ryttere måtte slippe, da gruppen nåede dagens sidste stigning, og kun Voigt og Bellotti var tilbage, da opstigningen begyndte. To kilometer oppe på stigningen angreb Voigt igen, idet han prøvede at køre alene i mål de sidste 8 kilometer.
Favoritterne til det samlede klassement og de bedste bjergryttere udgjorde en forfølgergruppe, der indhentede Voigt med 3 kilometer tilbage. Angreb fra den columbianske rytter Mauricio Soler havde betydet, at gruppen kunne indhente de sidste rester af udbruddet. Han angreb igen med 2 kilometer tilbage, fik hurtigt et hul til sine konkurrenter og så ud til at kunne tage etapesejren. Vinderen af Giro d'Italia 2007, Danilo Di Luca, timede sin spurt til målstregen perfekt. Han overhalede Soler og tog etapesejren. Seksten ryttere sluttede med samme tid som Di Luca, ti var seks sekunder efter, og yderligere 26 var under et minut efter hans vindertid. Thomas Lövkvist, der sluttede i samme gruppe som Di Luca, fik et lille forspring i den samlede stilling efter etapen. Di Luca blev dog senere testet positiv for EPO og blev frataget sin sejr. Etapesejren blev senere givet til nummer to på etapen, Stefano Garzelli.
4. etapes resultat RytterHoldTid 1 Di Luca blev testet positiv for EPO under Giroen, og blev efterfølgende frataget sine resultater. 1 4h 15' 04" 3 s.t. 4 s.t. 5 s.t. 6 s.t. 7 s.t. 8 s.t. 9 s.t. 10 s.t.Samlet stilling efter 4. etape RytterHoldTid 1 20px|Pink jersey20px|White jersey 13h 05' 28" 2 20px|Green jersey + 2" 3 + 6" 4 + 26" 5 + 26" 6 + 28" 7 + 32" 8 + 42" 9 + 42" 10 + 49"
5. etape 13. maj 2009 – San Martino di Castrozza til Alpe di Siusi, 125 kilometerDette var en af de korteste regulære etaper i 2009-udgaven af Giroen, men dens profil var ret usædvanlig. Rytterne startede, hvor de sluttede dagen før, på bjergtoppen ved San Martino di Castrozza, for derefter at køre omkring 400 højdemeter op ad en kategoriseret stigning ved Passo Rolle og så køre over 1700 højdemeter ned. Herefter kørte de næsten lige så mange højdemeter op igen til en anden bjergafslutning på Alpe di Siusi.
Et syv mand stort udbrud stak over Passo Rolle-stigningen og tog et maksimalt forspring på 4 minutter og 30 sekunder i dalen mellem bjergtoppene. Giovanni Visconti var for en stund førende i løbet på den strækning, idet han startede løbet lige under tre minutter efter manden i den lyserøde trøje, Thomas Lövkvist. Feltet, der blev ført frem af Liquigas, fangede dem med omkring 15 kilometer tilbage af løbet, hvilket banede vejen for at Sylwester Szmyd og Ivan Basso kunne forsøge af splitte feltet før afslutningen. Seks ryttere kunne følge med til slut, og det endte med en sejr til Denis Mensjov på toppen af Alpe di Suisi. De andre seks i den førende gruppe holdt sig tæt på vinderen, og kun Carlos Sastre tabte mere end ti sekunder. Danilo Di Luca blev den nye mand i lyserødt efter sin andenplads på etapen.
Damiano Cunego, Lance Armstrong og Stefano Garzelli, der alle var blevet udråbt til favoritter før løbet, tabte alle mere end to minutter på etapen, idet de ikke kunne følge Liquigas-holdets tempo på vej op til Alpe di Suisi. Da de – sammen med Michael Rogers – havde vist svaghed på stigningen, regnede flere med, at kun Mensjov, Di Luca, Lövkvist, Basso, Levi Leipheimer og Sastre kunne tage den samlede sejr. Sejren betød, at Mensjov havde taget etapesejre i alle tre Grand Tour-løb, ligesom sejren var den første for i Giro d'Italia nogensinde.
|5. etapes resultatRytterHoldTid 1 3h 15' 24" 2 20px|Grøn trøje + 2" 3 20px|Lyserød trøje + 5" 4 s.t. 5 + 9" 6 s.t. 7 + 19" 8 + 22" 9 s.t. 10 s.t. || |Samlet stilling over 5. etape RytterHoldTid 1 20px|Lyserød trøje20px|Grøn trøje 16h 20' 44" 2 20px|Hvid trøje + 5" 3 + 36" 4 + 43" 5 + 50" 6 + 1' 06" 7 + 1' 16" 8 + 1' 17" 9 + 1' 27" 10 + 1' 41"
6. etape 14. maj 2009 – Brixen til Mayrhofen (Østrig), 248 kilometerDenne etape var en af de længste i denne udgave af Giroen. Den første halvdel af etapen var bakket uden kategoriserede stigninger. Den anden halvdel indeholdt to korte stigninger med en flad 22 kilometer lang dal imellem sig. Efter at være kommet ned fra den anden stigning, Gelospass, havde rytterne 11 kilometer til målet i Østrig.