I. A třídu Jihočeského kraje (jednu ze skupin 6. nejvyšší fotbalové soutěže) hrálo v sezóně 2003/2004 28 klubů ve dvou skupinách. Vítězství ve skupinách a postup si zajistily týmy FC Bavorovice a FK Týn nad Vltavou. Do I. B třídy sestoupily z každé ze skupin poslední dva týmy TJ Sokol Kamenný Újezd, FC Šumava Frymburk, FK Tábor „B“ a TJ Sokol Slavonice.
Systém soutěže Kluby se střetly v soutěži každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro, hrály tedy 26 kol.
Konečná tabulka - skupina A
Konečná tabulka - skupina B
Poznámky: Z = Odehrané zápasy; V = Vítězství; R = Remízy; P = Prohry; VG = Vstřelené góly; OG = Obdržené góly; B = Body; (S) = Mužstvo sestoupivší z vyšší soutěže; (N) = Mužstvo postoupivší z nižší soutěže (nováček)
Postup do Jihočeského krajského přeboru 2004/2005 Sestup do příslušné I. B třídy Jihočeského kraje 2004/2005
Literatura Kamil Popelář, Martin Werner: Fotbal 2003–2004 Velká ročenka českého a světového fotbalu
2003/2004 I. A třída Jihočeského kraje I. A třída Jihočeského kraje