Hamás i izraelská armáda byly během války obviněny z několika válečných zločinů a zločinů proti lidskosti. Rada bezpečnosti OSN identifikovala jasné důkazy o válečných zločinech spáchaných jak Izraelskými obrannými silami, tak Hamásem. Podle komise OSN pro izraelsko-palestinský konflikt existovaly jasné důkazy o tom, že válečné zločiny mohly být během války spáchány.

K 2. říjnu 2025 bylo ve válce v Pásmu Gazy hlášeno celkové zabití téměř 68 000 lidí (66 148 Palestinců a 1 700 Izraelců, včetně 179 novinářů (171 Palestinců, 2 Izraelci a 6 Libanonců) a přes 470 humanitárních pracovníků, včetně 326 zaměstnanců OSN). Na palestinské straně bylo zraněno 168 tisíc osob a na izraelské přes 7 tisíc. Dle výzkumů je ale počet přímých obětí války v Pásmu Gazy přibližně 100 tisíc a tato válka patří mezi nejkrvavější války 21. století dle poměru zabitých bojovníků k civilistům a také dle míry úmrtnosti v poměru k velikosti populace.

V červnu 2024 zařadil generální tajemník OSN „izraelské ozbrojené a bezpečnostní síly”, Hamás a Palestinský islámský džihád na seznam organizací, které v roce 2023 závažně porušily dětská práva během válečných konfliktů. Jako důvody zařazení uvedl v případě Izraele zabíjení a mrzačení dětí a útoky na školy a nemocnice, v případě Hamásu a Palestinského islámského džihádu zabíjení, mrzačení a únosy dětí. Mluvčí prezidenta Palestiny toto rozhodnutí uvítal, izraelský premiér naopak rozhodnutí odsoudil. Během války bylo zabito 37 izraelských a nejméně 17 100 palestinských dětí. Izraelské síly, Hamás i Palestinský islámský džihád byly na seznam zařazeny i pro rok 2024.

Vzhledem k disproporčnosti konfliktu byla většina zločinů spojených s Hamásem hlášena v říjnu 2023, zatímco obvinění vůči Izraeli byla spojena zejména s lety 2024 a 2025 a jeho ofenzivou v Pásmu Gazy.

V únoru 2026 Úřad Vysokého komisaře OSN pro lidská práva uvedl, že kroky Izraele během války nasvědčují k záměru provádět etnickou čistku.

Mezinárodní soudní dvůr v Haagu

Obvinění z páchání genocidy ze strany Izraele

V lednu 2024 projednal Mezinárodní soudní dvůr v Haagu žalobu Jihoafrické republiky na Izrael, ve které byl obviněn z páchání genocidy vůči Palestincům. Dne 26. ledna soud předběžným opatřením nařídil Izraeli, aby učinil veškeré kroky k zabránění genocidy a aby zlepšil humanitární situaci v Pásmu Gazy. Soudkyně Joan Donoghueová navíc uvedla, že některá tvrzení Jihoafrické republiky jsou „věrohodná“. Soudkyně dodala: „Soud se domnívá, že existuje reálné a bezprostřední riziko, že než soud vydá konečné rozhodnutí, bude způsobena nenapravitelná újma na právech, která soud shledal jako hodnověrná.“ Benjamin Netanjahu podle listu The Times of Israel nařídil členům svého kabinetu, aby se zdrželi reakce na předběžné rozhodnutí soudu. On sám prohlásil, že tvrzení, že „Izrael páchá genocidu na Palestincích, je nejen nepravdivé, ale i pobuřující“.

Postupně se k žalobě Jihoafrické republiky na Izrael připojily následující státy: Nikaragua, Kolumbie, Libye, Mexiko, Palestina, Španělsko, Turecko, Chile, Maledivy, Bolívie, Irsko a Kuba. Svůj záměr žalobu podpořit veřejně projevily Belgie, Egypt a Belize.

V květnu 2024 Mezinárodní soudní dvůr v Haagu nařídil Izraeli zastavit vojenskou ofenzivu ve městě Rafah a otevřít hraniční přechod Rafah pro neomezený přísun humanitární pomoci. Izrael měl také umožnit do Pásma Gazy přístup vyšetřovacímu týmu, který by se zabýval sběrem důkazů v případu údajného páchání genocidy na Palestincích.

Otázka legality okupace Palestiny V červenci 2024 Mezinárodní soudní dvůr v Haagu vydal právně nezávazný posudek, že Izrael okupací Západního břehu Jordánu včetně východního Jeruzaléma a Pásma Gazy a využíváním tamních přírodních zdrojů porušuje mezinárodní právo. Soud uvedl, že izraelská výstavba osad a související infrastruktury je projevem záměru trvalé přítomnosti na daných územích. Přítomnost Izraele označil za nelegální. Posudek nicméně Izrael k ničemu nezavazuje a Izrael ho odmítl. Podle premiéra Netanjahua „Židé nejsou okupanty, protože jsou ve své vlastní zemi”. Izraelská opozice rovněž označila výrok soudu za „další důkaz vnějšího vměšování“ a „kontraproduktivní“ krok pro bezpečnost regionu. Soud se případem zabýval na popud rezoluce Valného shromáždění OSN z konce prosince 2022.

Otázka obvinění UNRWA z napojení na teroristy Dne 28. října 2024 Kneset přijal dva zákony, které zakázaly činnost UNRWA v Izraeli a současně zakázaly vyvíjet vztahy mezi představiteli izraelské státní správy a agenturou a odebíraly personálu UNRWA imunitu. Zákazem zapojení izraelských složek se v důsledku výrazně omezí akceschopnost úřadu i na palestinských územích. Izrael na začátku listopadu zákony notifikoval v OSN. V účinnost vstoupily na začátku února 2025. Proti účinnosti zákonů podala organizace Adalah, právní centrum pro arabskou menšinu v Izraeli, odvolání k Nejvyššímu soudu, který ho ale zamítl. Již v říjnu 2024 některé státy OSN, například Norsko, požádaly Mezinárodní soudní dvůr (ICJ), aby vyjasnil povinnosti Izraele týkající se umožnění dodávek humanitární pomoci Palestincům. Zejména s ohledem na fakt, že UNRWA je agentura OSN a Izrael je členským státem OSN. Veřejné slyšení u ICJ začalo na konci dubna 2025. Na slyšení vystoupili zástupci čtyřiceti států, včetně členů Rady bezpečnosti OSN a arabských států.

V říjnu 2025 Mezinárodní soudní dvůr uvedl v poradním stanovisku, že stát Izrael nepředložil pro svá obvinění dostatek důkazů. Naopak úřad UNRWA označil za klíčového aktéra v distribuci humanitární pomoci na Izraelem okupovaných palestinských územích. Zastavení spolupráce s UNRWA a tím snížení dostupnosti pomoci označil za porušení mezinárodního humanitárního práva.

Mezinárodní trestní soud v Haagu Dne 20. května 2024 hlavní prokurátor Mezinárodního trestního soudu Karim Khan oznámil, že požádal o vydání zatykačů na lídry Hamásu a Izraele. Lídr Hamásu v Pásmu Gazy Jahjá Sinvár, šéf vojenského křídla Hamásu Muhammad Dajf, šéf politického křídla Hamásu Ismáíl Haníja, izraelský premiér Benjamin Netanjahu a izraelský ministr obrany Jo'av Galant podle prokurátora nesou odpovědnost za válečné zločiny a zločiny proti lidskosti spáchané v Pásmu Gazy a v Izraeli. Představitelé Hamásu jsou viněni ze zločinů vyhlazování, vraždy, braní rukojmích, sexuálního násilí, mučení, kruté zacházení a těžké urážky lidské důstojnosti. Představitelé Izraele jsou viněni ze zločinů úmyslného využívání hladovění civilních osob jako způsobu vedení boje, úmyslné způsobení velkého utrpení nebo vážné tělesné újmy či poruchy zdraví, vraždy, úmyslné vedení útoků proti civilnímu obyvatelstvu, vyhlazování, perzekuce a jiné nelidské činy.

Dne 21. listopadu 2024 Mezinárodní trestní soud rozhodl o vydání zatykačů na izraelského premiéra Benjamina Netanjahua a v té době čerstvě odvolaného ministra obrany Jo'ava Galanta. Soud tím také odmítl dříve podané námitky Izraele a jeho spojeneckých zemí. Tři představitelé Hamásu, kteří podle květnové žádosti vrchního žalobce měli také být povoláni před Mezinárodní trestní soud, byli v listopadu 2024 již mrtví. Soud nicméně vydal zatykač také na Muhammada Dajfu, u kterého nebylo možné spolehlivě ověřit zabití. Podle odůvodnění měl soud důvodné podezření se domnívat, že Muhammad Dajf „odpovídá za zločiny proti lidskosti: vraždy, vyhlazování lidí, mučení, znásilnění a další formy sexuálního násilí; stejně jako za válečné zločiny vraždy, krutosti, mučení; za braní rukojmích, těžké urážky lidské důstojnosti, znásilnění a další formy sexuálního násilí“. Soud měl rovněž důvodné podezření se domnívat, že izraelský premiér Benjamin Netanjahu a exministr obrany Jo'av Galant „nesou coby spolupachatelé trestní odpovědnost za následující zločiny: za válečný zločin úmyslného využívání hladovění civilních osob jako způsobu vedení boje a za zločiny proti lidskosti, vraždy, perzekuce a jiné nelidské činy“. A „každý z nich nese coby civilní lídr trestní odpovědnost za válečný zločin útoku zaměřeného proti civilnímu obyvatelstvu“.

V říjnu 2025 italská předsedkyně vlády Giorgia Meloniová uvedla, že ona a nejméně dva ministři její vlády, Antonio Tajani a Guido Crosetto, byli Mezinárodnímu trestnímu soudu nahlášeni kvůli spoluúčasti na genocidě.

Izraelské vyšetřovací komise Izraelská generální prokurátorka Gali Baharavová-Miaraová vyzvala na začátku června 2024 premiéra Benjamina Netanjahua, aby co nejrychleji umožnil zřízení státní komise, která by vyšetřila postup vlády ve válce proti Hamásu v Pásmu Gazy. Generální prokurátorka výzvu ke zřízení státní vyšetřovací komise zdůvodnila tím, že je to nejlepší způsob, jak se bránit obvinění u mezinárodních soudů. K výzvě se vyjádřil tajemník předsedy vlády, který uvedl, že na takové vyšetřování „ještě nedozrál čas“.

Na začátku září 2024 generální prokurátorka Gali Baharavová-Miaraová poslala premiérovi Netanjahuovi dopis, ve kterém ho znovu vyzvala k zřízení státní vyšetřovací komise. Podle jejího názoru „se okno pro zřízení vlastní komise rychle uzavíralo“.

Podle zprávy izraelské televizní stanice Channel 12 ze září 2024 měl ministr spravedlnosti Jariv Levin (Likud) oslovit generální prokurátorku Gali Baharavovou-Miaraovou s tím, aby formálně ustanovila trestněprávní vyšetřovací komisi ohledně role premiéra a ministra obrany ve válce s Hamásem. Ovšem poté, co by byla informace o zahájení vyšetřování této komise oficiálně předána mezinárodním soudům, měla být následně její činnost ukončena. Vláda tím chtěla formálně uspokojit požadavky Mezinárodního trestního soudu. Prokurátorka Gali Baharavová-Miaraová ovšem toto odmítla učinit jako „nehoráznou provokaci“ Mezinárodního trestního soudu. Ministr obrany Jo'av Galant měl následně kontaktovat prokurátorku s tím, aby alespoň podpořila zřízení vládní vyšetřovací komise. Ta to ale opět odmítla s tím, že „vyšetřovaný nemůže jmenovat svého vyšetřovatele“.

Ze strany Hamásu a palestinských militantních skupin náhled|Zakrvácená podlaha po útoku na kibuc Nachal Oz v Izraeli náhled|Fotografie některých unesených izraelských civilistů a vojáků (ofoceno 17. října, Praha - Palmovka).

Vyšetřovací komise OSN pro okupovaná palestinská území a Human Rights Watch obvinily palestinské ozbrojené skupiny z… páchání ohavných činů a zaměřování se při střelbě na civilisty a prohlásily, že… braní civilistů jako rukojmí se podle mezinárodního práva rovná válečným zločinům.

Během svého pohybu v Izraeli palestinští ozbrojenci nevybíravě zabíjeli, přičemž se zaměřovali na civilisty. Poté, co dosáhli svých cílů, zabíjeli dále systematicky civilisty včetně žen a dětí. Během masakru na hudebním festivalu v Re´im zabili 260 osob. Z videí pořízenými samotnými příslušníky Hamásu a zveřejněným sociálních sítích bylo zdokumentováno mučení, sexuální násilí a násilí na dětech. Podle izraelských vojenských forenzních týmů, svědectví očitých svědků a nahlášených fotografických, dokumentárních a video důkazů militanti Hamásu znásilňovali, napadali a mrzačili izraelské ženy a dívky během útoků na Izrael dne 7. října 2023. Vojenský personál oznámil, že těla obětí útoků ze 7. října vykazovala četné známky znásilnění a „vážná stádia zneužívání“. Hamas byl obviněn z genderově podmíněného násilí, válečných zločinů a zločinů proti lidskosti.

Tým členů OSN, který měl za úkol prověřit obvinění z páchání sexuálního násilí, pod vedením zvláštní zástupkyně OSN Pramily Patten, která má na starosti tuto oblast, ve své zprávě z března 2024 uvedl, že nalezli přesvědčivé důkazy o páchání sexuálních zločinů Hamásem při útoku ze 7. října 2023. Ve zprávě tým napsal, že byly nalezeny důkazy o tom, že některé ženy a nezletilí byli oběťmi znásilnění, hromadného znásilnění nebo sexuálně zaměřeného týrání. Tým ovšem nemohl působit v Pásmu Gazy a s ohledem na trauma obětí ani nemluvil s přeživšími. Zprávu sepsal po prostudování fotografií a videozáznamů.