náhled|Barevné rozdělení podle evropských regionů V roce 2006 se Intertoto Cup hrál poprvé podle nového formátu. Každá členská země UEFA mohla vyslat jen jediného zástupce, hrála se tři kola místo pěti, do Poháru UEFA postupovalo jedenáct týmů na rozdíl od dřívějších tří, ale nepostupovali rovnou do 1. kola, ale už do 2. předkola.
Zápasy 1. kolo
!style="background:#ff0000;" colspan="5"|Severní Evropa
!style="background:#00ff00;" colspan="5"|Střední Evropa
!style="background:#0000ff;" colspan="5"| Jižní Evropa
2. kolo 1./2. července a 8./9. července 2006
!style="background:#ff0000;" colspan="5"|Severní Evropa
!style="background:#00ff00;" colspan="5"|Střední Evropa
!style="background:#0000ff;" colspan="5"| Jižní Evropa
3. kolo 15./16. července a 22. července 2006
!style="background:#ff0000;" colspan="5"|Severní Evropa
!style="background:#00ff00;" colspan="5"|Střední Evropa
!style="background:#0000ff;" colspan="5"| Jižní Evropa
Reference
Externí odkazy
2006 Kategorie:Fotbal v Evropě v roce 2006