Počátky medicíny z obecného hlediska a morfologických oborů zvláště, jsou úzce spjaty s vývojem anatomie. První pitvy byly prováděny ve starém Egyptě jako součást přípravy těl zemřelých pro mumifikaci a zároveň vedly k získávání poznatků o anatomii člověka. Jako první lékař vůbec je označován Imhotep, žijící v době faraóna Džosera z III. dynastie kolem r. 2600 př. n. l.
Starověký Egypt je historiky považován za kolébku odborné lékařské literatury. Právě v údolí řeky Nilu byla nalezena řada lékařských textů, svědčící o vysoké úrovni medicíny v období let 1900 – 1100 př. n. l. Významné místo mezi těmito památkami uchovanými na materiálu z bahenní rostliny zvané papyrus, zaujímá tzv. Kahunský zvěrolékařský papyrus. Zůstává dodnes nejstarší medicínskou odbornou písemnou památkou obsahující první racionální poznatky o nemocech a léčení zvířat. Jeho vznik je kladen do doby kolem roku 1850 př. n. l. Jedná se o neúplný a nesouvislý úryvek textu o nemocech skotu, psů, ryb a domácích ptáků. Názvy nemocí nejsou dosud spolehlivě rozluštěny, pouze u dvou je jisté, že se jedná o mor skotu a hlavničku.
Současník Sokratův a Platonův, řecký filozof a lékař Hippokrates (460 – 367 př. n. l.) považoval za příčinu nemocí disharmonii mezi čtyřmi tělesnými šťávami – krví (sanguis), žlutou (chole) a černou (melos) žlučí a hlenem (flegmou) a dyskrazií, špatné směšování stavebních jednotek živého organismu s tělesnými šťávami (tzv. humorální patologie). Uváděl, že eukrazii přitom udržuje životní duch (physis, pneuma). Hippokrates byl zakladatelem lékařské etiky; absolventi lékařských fakult dodnes skládají přísahu (Hippocratis iusiurandum), která je založena na jeho medicínských zásadách.
Démokritos (460 – 371 př. n. l.), materialistický filozof ale považoval za příčinu nemocí pouze poruchu vztahů mezi stavebními částicemi těla, atomy (tzv. solidární patologie). Zastáncem humorální patologie a zakladatelem komparativní medicíny byl i významný přírodovědec a lékař Aristoteles (384 –322 př. n. l.) Jeho dílo obsahuje osm svazků „Historia Animalium“ pojednávající o zvířecích chorobách. Je pravděpodobně prvním, který pozoroval vliv kastrace na růst zvířat. Jeho největším omylem bylo, že považoval za místo intelektu srdce.
Kolem roku 280 př. n. l. se střediskem řeckého lékařství stal Chrám múz (Múseion) v Alexandrii, kde působili nejvýznamnější představitelé alexandrijské lékařské školy Hérofilos z Chalkédonu a Erasistratos z Julis, kteří již měli pozoruhodné anatomické znalosti získané pitvami zvířat a pravděpodobně i lidí.
Vztah k mrtvému tělu zvířete či člověka souvisí u evropských národů s vývojem kultury spočívající na židovsko-křesťanských základech. Židé již ve starověku zjišťovali, zda u poražených zvířat nejsou známky nemocí. Jednu z prvních pitev lidského těla provedli studenti rabího Ismaela roku 100 našeho letopočtu.
V době Říma působil asi největší ze starověkých lékařů Galén (asi 130 – 200 n. l.), pocházející z řeckého Pergamonu. Studoval filozofii a medicínu. Stal se lékařem v gladiátorské škole, zabýval se léčbou zraněných gladiátorů a pitval zabitá zvířata, zejména opice a prasata, protože pitvání lidí bylo tehdy zakázáno. Kromě jiného prováděl i vivisekci k demonstracím fyziologických funkcí orgánů a zasloužil se o rozkvět flebotomie. Výsledky studií na zvířatech aplikoval do lidské medicíny. Není proto divu, že někdy dospěl k nesprávným závěrům o struktuře lidského těla. Byl osobním lékařem císaře Marka Aurelia. Je považován za průkopníka experimentální a komparativní medicíny. Proslul především léčbou mixturami exotických substancí („galenika“) a pouštěním žilou. Z jeho četných prací se patologie bezprostředně týká spis „De Locis Affectis“. Jeho největší zásluhou je vyvrácení staletí dogmaticky uznávaného Aristotelova omylu. Popsal funkce mozku, kraniálních nervů, funkci rekurentního nervu a autonomní nervové soustavy. Byl ale zatížen teologickými názory, např. uváděl, že každá anatomická struktura je perfektně stvořena ke svému účelu a že příroda je neomylný stvořitel.
Od pádu říše římské až do doby renesance nebylo možné provádět jakékoliv anatomické vyšetřování a proto se lékařská věda v té době téměř nevyvíjela.
V dobách raného křesťanství byl postoj církevních institucí k pitvám nepříznivý, i když formálně nebyly zakázány. Vzdor mnoha církevním překážkám se sporadicky pitvalo. První zdokumentovanou pitvu lidského těla provedl v roce 1315 Mondino de Luzzi v Bologni. Anatomické pitvy byly prováděny především na lékařské fakultě v Bologni, kde byla v roce 1316 sepsána první velká učebnice anatomie. Se vznikem univerzit ve 13. a 14. století se však začalo více doporučovat studium mrtvého těla. Pitvy se postupně šířily po celé Evropě, staly se podstatnou částí výuky medicíny, začaly být využívány pro soudní účely při stanovení příčiny úmrtí a byly navíc i veřejnou atrakcí. Prováděly se často ve speciálních aulách – anatomických divadlech. Až o století později, papež Sixtus IV., který býval studentem v Boloni a Padově, povolil papežskou bulou univerzitám v Tübingenu, Boloni a Padově provádění pitev lidských těl pro studijní účely, ovšem se souhlasem vrchnosti a církevních úřadů.
První pitva v Americe (v roce 1533 v Hispaniole, dnes v Dominikánské republice) měla náboženské důvody. Pitvána byla siamská dvojčata, aby bylo určeno, zda je třeba pokřtít jednu nebo dvě duše. Pitva prokázala dvoje vnitřní orgány, což svědčilo pro dvě duše a otec dvojčat musel zaplatit za dvojí křest.
Ve středověku byla přetrvávající humorální patologie ovlivněna primitivními náboženskými názory a teprve na začátku novověku, použitím analytické metody, se patologie začala zbavovat vlivu spekulativního myšlení tehdejších filosofů. K pokroku značnou měrou přispěl rozvoj přírodních věd, studium anatomie (Leonardo da Vinci, André Vesalius), embryologie a poznání úlohy samčího a samičího pohlaví v reprodukci.
Pitva a anatomie se staly populárním kulturním fenoménem. Centrem středověké medicíny v období renesance byl Padov. První zdokumentovanou veřejnou pitvu provedl v českých zemích Ján Jesenský v roce 1600. William Harvey (1578–1657) z Kentu, který byl žákem profesora anatomie na Padovské univerzitě Hieronyma Fabricia (asi 1533–1619), proslul kombinací vědecké přesnosti s vysokou uměleckou kvalitou svých „Tabulae Anatomicae“ (1627). Objev krevního oběhu a popis funkce srdce a cév „Exercitatio Anatomica de Motu Cordis et Circulatione Sanguinis in Animalibus“ vydaný v roce 1628 byl historickým milníkem v dějinách medicíny. Zásady humorální patologie byly tímto objevem vyvráceny. Zastáncem názorů W. Harveye a šiřitelem jeho objevů byl kontroverzní experimentátor a filosof René Descartes (1596–1650), který aplikoval fyzikální a matematické principy do studia fyziologie. Věřil myšlence reflexního oblouku a schopnosti oční čočky zaostřovat změnou svého tvaru. Jeho nejznámější knihou je učebnice mechanické filosofie „De Homine“. Tělesné funkce redukoval na systém, který je možno studovat pomocí matematiky, fyziky a mechaniky. Tvrdil, že tělo je řízeno myslí (duchem) prostřednictvím šišinky (epifýza).
V práci Williama Harveye pokračovali zejména zakladatel mikroskopické anatomie (histologie) Marcello Malpighi (1628–694) v Pise a Padově, který popsal architekturu kapilární sítě v ledvinách, ledvinné glomeruly a další do té doby neznámé mikroskopické struktury. Marcello Malpighi pracoval již za pomocí složitého, vícečočkového mikroskopu (o zvětšení až 300x), který sestrojil holandský génius, jeden z nejznámějších vědců 17. století, Holanďan z Oosteindu u Delftu, Antoni van Leeuwenhoek (1632–1723) a jeho spolupracovníci. Van Leeuwenhoek podal první ucelenou zprávu o červených krvinkách, objevil příčně pruhovaný sval a popsal řadu bakterií a prvoků.
Za zrod patologie (anatomické patologie) jako samostatného oboru se považuje vydání spisu „De sedibus et causis morborum per anatomem indagatis“, („O sídlech a příčinách nemocí anatomicky zjištěných“), který vydal profesor teoretické medicíny a poté anatomie Giovanni Battista Morgagni (1682–1771) v roce 1761 v Benátkách, jeden rok před otevřením „první veterinární školy“ v Lyonu. Popsané zásady vzájemného vztahu klinických projevů nemoci a pozorování strukturálních změn v orgánech zemřelých osob představují první vědecký systém v medicíně a staly se základem moderní diagnostické medicíny. Morgagni prováděl i experimenty na zvířatech k průkazu dynamického charakteru patogeneze. Byl první, který koreloval klinické příznaky nervového onemocnění s anatomickou lézí v mozku. Před Morgagnim lékaři považovali chorobu za poruchu rovnováhy tělesných tekutin a teprve pod vlivem jeho učení začali spojovat orgánové změny se specifickou chorobou. Práce Morgagniho vedla k nosologickému přístupu v systémové patologii a byla mezníkem v chápání onemocnění.
John Hunter (1728–1793), skotský lékař a prosektor, proslul nejenom komparativními studiemi za účelem léčení zvířat, ale zastával myšlenku jediné medicíny, tzn. že u lidí i zvířat existují analogické, vzájemně přenosné nemoci. Zasadil se o založení první veterinární školy v Británii, proslulé „Royal Veterinary College“ v Londýně (1791). Jeho nejznámějším dílem je „On the Blood, Inflammation and Gunshot Wounds“, publikované v roce 1794, kde uvádí, že zánět není samostatnou chorobou, ale užitečným, příznivým procesem, který následuje po „nějakém násilí“ nebo nějaké chorobě“. Jeho názor, že predispozice k nádorovému růstu je ve tkáni, platí dodnes. Jeho žákem byl Edward Jenner, který první použil léze kravských neštovic pro přípravu vakcíny proti neštovicím lidí.
Velké ztráty v chovech skotu ve Franci a Belgii na začátku 18. století způsobené morem, nutnost zlepšení zemědělské produkce, založení vojenské školy Ludvíkem XV. (Napoleon Bonaparte byl absolventem této školy) a nutnost lékařské péče o koně, zejména pak kontrola vozhřivky, a další okolnosti vedly k založení první veterinární školy v Lyonu, která byla otevřena 1. ledna 1762. Další školy byly založeny později v Alfortu, Toulouse a Nantes.
Počátky veterinárního školství a položení základů k nové profesi veterinárního lékaře v Rakousko-Uherské monarchii na konci 18. století byly dosti komplikované vzhledem k napětí, které panovalo mezi císařovnou Marií Terezií a armádou. Josef II. založil k potřebám armády ve Vídni nemocnici a školu koňské medicíny a chirurgie v roce 1766, první v německy mluvících zemích. Jejím vedením byl pověřen Ludovico Scotti, absolvent Lyonské školy.
Aby zvýšil úroveň veterinární školy, byl pozván do Vídně německý lékař Johann Gottlieb Wolstein (1738–1820). V Alfortu absolvoval studijní program veterinární medicíny a procestoval celou Evropu ve snaze získat zkušenosti s chovem zvířat, zejména koní a veterinární medicínou vůbec. Stal se pak zakládající a vůdčí osobností vídeňské veterinární školy. Jeho zásluhou byla také založena veterinární škola v Budapešti v roce 1787.
Věhlasní francouzští kliničtí anatomové konce 18. a začátku 19. století již věnovali značnou část své klinické práce autopsiím za účelem zjišťování a ověřování klinicko-patologických korelací. Především Maria Francois Xavier Bichat (1771–1802), vojenský lékař za Francouzské revoluce byl první, který použil termín „tkáně“ v moderním slova smyslu a trval na tom, že patologické změny postihují spíše buněčné tkáně než orgány. Byl názoru, že všechny tkáně mají schopnost nezávislého růstu a že rakovina je „rebelie“ či „vzpurné“ přerůstání specifické tkáně, které vede k malignitě. V jeho základním díle „Anatomie générale appliquée á la physiologie et á la médecine“ je vyjádřena snaha sloučit anatomii, fyziologii a patologii v jeden obor.