Toto je seznam měst v Japonsku.
Zdaleka největší aglomerací v Japonsku je Tokio, kde 1. ledna 2006 žilo 36 769 213 obyvatel, což představuje asi 30% obyvatelstva celé země.
V následující tabulce jsou uvedena města nad 100 000 obyvatel (názvy v latince i kandži), výsledky sčítání obyvatelstva (SO) z let 1995, 2000 a 2005 (1. října) a prefektury, do nichž města náleží. Počet obyvatel se vztahuje na město v politických hranicích bez předměstí. Města jsou seřazena podle velikosti.
Hvězdičkou (*) jsou označena správní střediska prefektur.
(SO = sčítání obyvatelstva)