El retorn a Segona Divisió B va provocar una important davallada d'abonats de l'entitat. El Consell d'Administració, presidit per Albert Domínguez, feu un considerable i meritori esforç per cobrir el pressupost i millorar significativament el capítol d'ingressos atípics. El club fitxà el tècnic Waldo Ramos i col·locà el central Pere Gratacós, retirat del futbol actiu, com a ajudant de l'entrenador. El fisioterapeuta i llicenciat d'Educació Física David Capel substituí Carles Tome. Ismael Dos Santos es mantingué en el càrrec de preparador físic i coordinador del futbol base.

L'estiu i la pretemporada tornaren a ser moguts. El defensa gironí Ramon de Quintana s'enfrontà al club a través del seu pare. Al final el jugador acabà fitxant per l'Osasuna. Lluís Cembranos tornà al FC Barcelona. Johan Cruyff el tenia ben ullat i no tardaria a fer-lo debutar amb el primer equip. Àngel Campos protagonitzà un altre fet polèmic, quan signà contracte amb el Palamós, deixant la junta figuerenca amb un pam de nas. Alejo i Vilanova, des de Galícia, recomanaren el fitxatge d'un porter desconegut, Emilio López (Celta). La plantilla rebé l'arribada dels vallesans Manolo Sánchez, Ramón i Priego (Sabadell) aprofitant el descens burocràtic d'aquest equip. També s'incorporaren Sagué i Planagumà (Girona FC), Quique i Curós (Olot), Keko (Granollers), Espejo (Sporting, cedit), Boixassa (Escola Garrotxa, posteriorment cedit al Roses), i Àngel Cortada (que retornà de Vilobí on havia jugat cedit).

Els intocables Duran, Ferrer, Comas, Valentín i Márquez formaven l'espina dorsal d'un equip que aspirava de nou a l'ascens. Els acompanyava el serbi Stoja, l'únic estranger que continuava en el club, malgrat que en aquella categoria no estaven permesos, perquè tenia encara un any de contracte.

Començà la lliga, i la Unió aviat se situà entre els primers. El 3 d'octubre, el club reté un merescut homenatge als dos socis de més edat: Anna Cusí i Riera de Vall (90 anys) i Josep Costa i Llandrich (86 anys). Després d'empatar a casa amb el Manlleu (0-0), sorgí una frase que es reiterà sovint per justificar els resultats poc llustrosos: «L'equip no està adaptat a la categoria.»

El 31 d'octubre moria l'expresident Francesc Sargatal.

Waldo Ramos fou qüestionat pel seu mètode de treball i per la imatge que donava l'equip en el camp. El 21 de novembre Stoja ja no va jugar: «Ha plegat», va dir de manera seca un directiu. Arribà ràpidament un substitut, l'exlleidatà Bernal.

Dos fets marcaren Nadal: el porter Emilio havia tret definitivament l'opció de la titularitat a Quim Ferrer, que, molt professionalment, acatà la decisió del tècnic i continuà treballant a l'espera d'una oportunitat, que no va arribar. Per un altre costat, el 22 de desembre, la Lliga de Futbol Professional aprovà inicialment una presumpta reestructuració de Segona A en dos grups. La reestructuració va ser la taula de salvació a la qual s'agafà la Unió, els jugadors, els directius, els aficionats i els periodistes per a tornar l'equip on era pocs mesos abans.

En el darrer partit de la primera volta, el Figueres empatà a casa sense gols amb el líder, el Gramenet (28+10). Els figuerencs eren vuitens amb 21+1. A finals de gener arribaren Embela (Terol) i Engonga (Racing). El 30 de gener, l'equip guanyà el Santa Eulàlia d'Eivissa (0-1). La jornada següent empatà contra el Cartagena (0-0) i sumava deu partits d'imbatibilitat amb el peculiar honor de ser el conjunt que havia empatat més partits de tot el futbol nacional. El 27 de febrer la Unió guanyà 3-4 a Premià i se situà en tercer lloc (35+7). La victòria següent davant l'Andorra a Vilatenim (1-0) suposà la quinzena jornada d'imbatibilitat... però els rumors d'un possible cessament de Waldo reneixeren. El 3-0 en el camp del Yeclano el 13 de març va fer caure l'entrenador. Waldo Ramos fou destituït «perquè l'equip no fa espectacle.» La Unió estava en quart lloc, amb plaça de play-off d'ascens, amb 35+7. Davant el Sant Andreu (1-0, gol d'Embela) debutà el tècnic argentí Raúl Longhi, que abans havia entrenat el Nàstic i també l'Espanyol. La reestructuració sonava amb força de nou. El 27 de març el Figueres visitava Montilivi, 3.000 espectadors van anar a veure el partit. La Unió perdé per la mínima.

El 10 d'abril passà un fet sense precedents: el València B visità l'Estadi de Vilatenim. El cel estava tapat, la temperatura no era excessivament baixa. Tot semblava normal. Començà el partit i queien algunes gotes que de mica en mica es tornaren més grosses, compactes i blanquinoses. De cop, caigué la calamarsada més gran que s'havia vist en molts anys. Per la ràdio s'anuncià que «l'àrbitre suspèn el partit en el minut 19 perquè el camp ha quedat totalment tapat per l'aigua gelada.» A la Rambla no hi havia caigut ni una gota. El partit es reprengué el 20 d'abril, però acabà com va començar (0-0).

Amb la Unió lluitant per una plaça de promoció, Márquez fallà un penal en el minut 90 en el camp del Llevant amb 2-1 en el marcador. Per guanyar-se de nou l'afició, Márquez fou el màxim protagonista del partit següent davant el Manacor (3-0), fent dos dels tres gols, i l'equip tornà al quart lloc de la classificació.

A la darrera jornada, els nois de Longhi empataren al camp del campió, la Gramenet (1-1), amb gol de Márquez al minut 81.

A la lliga regular, el Figueres acabà 4t classificat, amb 46 punts, 14 victòries, 18 empats i 6 derrotes, amb 42 gols a favor i 28 en contra.

El Consell d'Administració de la Unió Esportiva Figueres va programar a les acaballes de la temporada 1993-94 els actes de celebració del 75è aniversari de la fundació de l'entitat. Xavier Xinxó, secretari general de l'entitat, coordinava aquells actes amb el suport de diversos consellers de la Societat. El 12 d'abril de 1994 va ser el dia escollit per a la celebració dels primers esdeveniments. Era dimarts, i el president Albert Domínguez va inaugurar una exposició retrospectiva a la sala de l'Antic Escorxador, a partir del fons fotogràfic i documental de Ricard Falcó. El mateix dimarts, l'Ajuntament va lliurar a l'entitat la Fulla de Figuera de Plata de la ciutat, i a l'expresident Emili Bach, la Medalla de Plata al Mèrit Esportiu. El secretari general de l'Esport de la Generalitat, Josep Lluís Vilaseca, va anunciar l'atorgament a Bach de la medalla de Forjador de l'Esport. En aquella mateixa sessió, presidida per l'alcalde Marià Lorca, Albert Domínguez va lliurar la insígnia d'Or de l'entitat al pintor Josep Martínez Lozano, que va oferir una aquarel·la commemorativa al club. En acabar la temporada, la Unió va organitzar un Fòrum de debat al Museu de l'Empordà. A finals de març de 1995, el mateix Museu va acollir una històrica subhasta d'art, en què van participar la majoria de pintors de reconegut prestigi de la comarca.

Gramenet, Manlleu, Llevant i Figueres, per aquest ordre, es barrejaren amb els quatre primers classificats dels altres grups de Segona B per decidir el nom dels quatre ascensos a Segona Divisió A. La Unió empatà el primer partit a casa amb l'Alavès (1-1) amb gol de Ramón; empatà també a Huelva amb el Recreativo tot i jugar amb nou jugadors (0-0), el guanyà a Vilatenim (1-0) amb gol també de Ramón, i empatà a Vitòria amb una defensa èpica i amb un camp de Mendizorroza abocat sobre l'Alavès (0-0). Figueres i Getafe CF s'ho havien de jugar tot en un doble enfrontament. A l'Alt Empordà continuà la sequera (0-0). El partit el televisà el Canal 33, igual que el decisiu de tornada. En el camp de Las Margaritas de Getafe CF, el públic cridava consignes anticatalanes. L'afició figuerenca no fallà i es desplaçà amb autocar fins a Madrid. EI partit resultà vibrant, però la pressió ambiental pesà massa sobre l'àrbitre López de la Fuente. Márquez fou objecte d'un penal de llibre que el col·legiat, proper a la jugada, no s'atreví a assenyalar. L'empat inicial es tornà dramàtic. El Getafe CF ascendí i el Figueres es mantingué per segon any consecutiu a Segona B. La Unió només havia encaixat un gol en tot el play-off. La festa del 75è aniversari quedà coixa.

Fets destacats 1993

5 de setembre: primera jornada de lliga, a Alcoi, contra el CE Alcoià, amb empat a 2 gols. 15 de setembre: El Figueres cau eliminat de la Copa del Rei a l'estadi d'Anoeta de Sant Sebastià contra la Reial Societat, a la tornada de la tercera ronda.

1994

14 de març: la junta directiva destitueix l'entrenador Waldo Ramos. 16 de març: el club fitxa l'entrenador Raúl Longhi pel que resta de temporada. 1 de maig: últim partit de la lliga regular, en què el Figueres aconsegueix un punt al camp de la UDA Gramenet per accedir a la lligueta de play-off d'ascens a Segona Divisió A. 24 de maig: el Figueres cau eliminat de la Copa Catalunya a quarts de final contra el FC Andorra. 11 de juny: últim partit de la lligueta d'ascens a Segona Divisió A, en què el Figueres empata a 0 gols al camp del Getafe CF. El resultat impedeix el retorn del Figueres a la divisió de plata.

Plantilla

Baixes Destinació Àngel Campos Lloret20px|Palamós CF Palamós CF Ramon de Quintana Dalmau20px|CA Osasuna CA Osasuna César López Jaso20px|Utebo FC Utebo FC Jordi Codina Güell Russet20px|Vila-real CF Vila-real CF Vladan Dimitrijevic20px|Albacete Balompié Albacete Balompié Javier Marín Salvador20px|CE Premià CE Premià Pedro Fuertes Amorós18px|Saragossa Real Zaragoza Alejo Indias Álvarez20px|Celta de Vigo Celta de Vigo Imanol Urbieta Illarramendi20px|Real Unión Real Unión Luis Cembranos Martínez20px|FC Barcelona B FC Barcelona B José Antonio Vera Navarro20px|FC Andorra FC Andorra Jordi Roura Solà20px|UE Sant Andreu UE Sant Andreu Carlos Ovidio Bango Cuervo20px|Sporting Gijón Sporting de Gijón José Manuel Monsalvete Herrera20px|UD Melilla UD Melilla David Ros Ocaña20px|CE Premià CE Premià Ángel González Castaños20px|EC Granollers EC Granollers Dejan Marković20px|CD Logroñés CD Logroñés Goran Kopunović20px|Ferencváros Ferencváros Joaquín López López20px|CE Premià CE Premià Edelmiro Rangil Plazas20px|UDA Gramenet UDA Gramenet Pere Gratacós Boix Antonio Marín Estany Gilberto Navarro Ortiz

Resultats 20px|Amistosos logo Amistosos

18px|Copa Catalunya Copa Catalunya

Copa del Rei

17px|RFEF logo Segona Divisió B Fase regular - Grup 3

17px|RFEF logo Segona Divisió B Lligueta d'ascens a Segona Divisió A - Grup A

Classificació Lliga regular Pos.EquipJGEPGFGCDGpts.1r20px|UDA Gramenet UDA Gramenet 38 24 10 4 67 27 +40582n20px|AEC Manlleu AEC Manlleu 38 19 10 9 57 40 +17483r20px|Llevant UE Llevant UE 38 18 11 9 56 34 +22474t20px|UE Figueres UE Figueres38141864628+18465è20px|FC Cartagena FC Cartagena 38 17 11 10 45 30 +15456è20px|CE L'Hospitalet CE L'Hospitalet 38 16 13 9 65 37 +28457è20px|UE Sant Andreu UE Sant Andreu 38 16 12 10 62 34 +28448è20px|Benidorm CF Benidorm CF 38 12 18 8 40 36 +4429è20px|CE Alcoià CE Alcoià 38 12 17 9 53 42 +114110è20px|Yeclano CF Yeclano CF 38 14 11 13 42 34 +83911è20px|Nàstic de Tarragona Nàstic de Tarragona 38 15 9 14 56 47 +93912è20px|Elx CF Elx CF 38 13 12 13 42 34 +83813è20px|València CF B València CF B 38 12 13 13 51 50 +13714è20px|FC Andorra FC Andorra 38 11 13 14 45 51 -63515è20px|Girona FC Girona FC 38 11 11 16 36 60 -243316è20px|CE Premià CE Premià 38 11 11 16 49 60 -113317è20px|UE Rubí UE Rubí 38 9 15 14 42 55 -133318è20px|Penya Esportiva Santa Eulària Penya Esportiva Santa Eulària 38 5 9 24 29 75 -461919è20px|CD Cieza CD Cieza 38 8 3 27 32 85 -531920è20px|CE Manacor CE Manacor 38 6 7 25 22 78 -5619 <small>En groc, els equips que disputaren la lligueta de promoció a Segona Divisió A, i en vermell, els que descendiren a Tercera Divisió.

Lligueta d'ascens - grup A Pos.EquipJGEPGFGCDGpts.1r20px|Getafe CF Getafe CF 6 3 3 0 9 3 +692n20px|UE Figueres UE Figueres615021+173r20px|Deportivo Alavés Deportivo Alavés 6 1 3 2 4 6 -254t18px|Recreativo de Huelva Recreativo de Huelva 6 1 1 4 4 9 -53 <small>En verd, els equips que ascendiren a Segona Divisió A.

Estadístiques individuals