La proteïna VP35 és un cofactor de la polimerasa que té un paper essencial en la síntesi de l'RNA viral del virus d'Ebola (EBOV) i en la supressió de la senyalització del sistema immunitari de les cèl·lules infectades per aquest mateix virus. La seva interacció amb diverses proteïnes que intervenen en la síntesi de l'RNA viral (com ara la LC8), fa que sigui considerada com una de les importants determinants de la virulència in vivo del virus de l'Ebola.
Localització subcel·lular VP35 es troba majoritàriament localitzada al virió, una partícula viral extracel·lular completament infecciosa.
També es troba VP35 al host cytoplasm, és un component cel·lular que correspon al contingut d'una cèl·lula hoste sense la membrana plasmàtica i, a les cèl·lules eucariotes, envolta el nucli hoste.
La següent imatge mostral'estructura del genoma del virus d'Ebola, així com dels minigenomes monocistrònics i tetracistrònics. Les regions de codificació de la proteïna del virus d'Ebola es mostren en quadres vermells (NP, VP35, VP30 i L), grocs (VP40 i VP24) o blaus (GP1,2). Les regions no codificants (NCR) es mostren en verd, amb les regions líder i tràiler indicades. El subíndex indica quina NCR viral es va utilitzar per unir les regions codificants. La regió de codificació del reporter (rep) es mostra en violeta.
miniatura|476x476px|Estructura simplificada del genoma del virus de l'Ebola.|center
Per tal de veure a on i com actuen diverses proteïnes cofactor de polimerasa com la VP35, la VP30 i L o encara la VP40, s'han transfectat cèl·lules amb plasmidis d'expressió per a les proteïnes nucleocàpsides del virus Ebola (NP, VP35, VP30, L), un minigenoma tetracistrònic (mg) i la polimerasa T7. La transcripció inicial (a), l'encapsidació (b), la replicació del genoma (c) i la transcripció (d) així com la traducció (e) es produeixen com en un assaig de minigenoma monocistrònic. Tanmateix, a més de l'ARNm reporter, els ARNm de VP40, GP1,2 i VP24 també es transcriuen des del minigenoma tetracistrònic, donant lloc a la formació de trVLP (f). Aquests trVLP infecten cèl·lules diana que han estat pretransfectades amb plasmidis d'expressió per a les proteïnes nucleocàpsides NP, VP35, VP30 i L, així com el factor d'unió del virus d'Ebola cel·lular Tim-1, donant lloc a la replicació i transcripció del genoma i la producció de trVLP que s'utilitza per infectar cèl·lules diana fresques.
center|miniatura|334x334px|trVLP assaig amb tetracistrònic meningioma.
Aquest assaig trVLP tetracistrònic permet modelar el cicle de vida del virus Ebola durant diversos cicles infecciosos. Els trVLP produïts en aquest sistema no contenen la informació genètica de les proteïnes nucleocàpsides NP, VP35, VP30 i L, que en conjunt constitueixen gairebé el 60% del genoma del virus de l'Ebola i són essencials per a la replicació viral. Més aviat, aquestes proteïnes s'han de proporcionar a les cèl·lules diana en trans dels plasmidis d'expressió, i qualsevol infecció de cèl·lules que no expressin les 4 proteïnes és abortiva. Tampoc no hi ha evidència de recombinació genètica per a filovirus, i no hi ha regions homòlogues compartides entre el minigenoma tetracistrònic i els plasmidis d'expressió de les proteïnes nucleocàpsides. Per tant, no hi ha cap prova pràctica ni cap base teòrica que pugui proporcionar la possibilitat de generar genomes del virus d'Ebola de longitud completa que podrien donar lloc a la producció de virus d'Ebola infecciosos, fent que aquest sistema sigui segur per al seu ús en condicions BSL2.
Història El virus d'Ebola va ser identificat per primer cop l'any 1976, quan es van donar dos brots consecutius de febre hemorràgica a diferents regions d'Àfrica Central. Un dels brots va ser identificat a un poblat de l'actual República Democràtica del Congo (abans Zaire) a prop del riu Ebola, que va donar nom al virus. L'altre brot es va produir a uns 850 km del poblat, en el que ara seria Sudan del Sud. Mostres de sang de pacients infectats amb Ebola van ser enviades a diversos laboratoris arreu del món per així poder identificar el patogen que produïa aquesta malaltia. Tot i que tant l'Ebola com el virus de Marburg, un altre virus de la mateixa família, produïen símptomes semblants (després d'estudiar ambdós virus es va veure que tenien la mateixa morfologia), es va descobrir que les proteïnes virals no eren iguals en els dos virus; per tant, es van distingir en dos virus diferents de la mateixa família.
El virus d'Ebola està format per ARN no segmentat. Són set els gens que conformen el seu genoma d'aproximadament 19kb (19.000 nucleòtids) i que codifiquen per les proteïnes següents: les proteïnes estructurals incloent la nucleoproteïna (NP), la glicoproteïna d'embolcall del virió i les proteïnes matrius VP24 i VP40; les proteïnes VP30 i VP35; i la proteïna polimerasa viral d'ARN.
L’EBOV-VP35 és una proteïna del virus de l'Ebola que va ser identificada per primer cop paral·lelament a l'estudi d'aquest virus. Les proteïnes de l'Ebola estan caracteritzades per la seva multifuncionalitat. La proteïna EBOV-VP35, per tant, té diverses funcions que s'han anat descobrint al llarg dels anys,i sobretot durant les últimes dècades que és quan se n'ha fet més recerca.
La proteïna EBOV-VP35 té un mecanisme específic d'inhibició del IRF3 (factor regulador de l'interferó 3); també lliga ARN bicatenari (dsRNA) que inhibeix la detecció del dsRNA viral mediada per RIG-I (receptor de reconeixement de patrons).
Les funcions inhibidores d'aquesta proteïna s'han donat a conèixer a mesura que s'han anat completant experiments i investigacions. Ara se sap que l'EVOB-VP35 és capaç d'inhibir que PACT (activador PKR) activi el RIG-I, a través d'un enllaç directe; que l'EVOB-VP35 pot enllaçar ARN bicatenari i que pot disminuir l'activació del RIG-I quan es dona una infecció, entre altres funcions relacionades.
Una altra funció coneguda de l'EBOV-VP35 és que té la propietat de realçar la transcripció de la replicació del virus, ja que és un cofactor indispensable del complex polimerasa d'aquest.
Estructura Estructura primària La proteïna EBOV-VP35 consta d'una estructura composta per 340 aminoàcids i una massa molecular d'uns 37,36 kDa. L'aminoàcid N-terminal és la metionina i l'aminoàcid C-terminal és la isoleucina.
La proteïna VP35, en ser una proteïna amb múltiples funcions, té diferents zones diferenciades a la seva seqüència aminoacídica.
Els primers 49 residus pertanyen a una regió que fa la funció de xaperona de la nucleoproteïna (de l'aminoàcid 33 al 48 torbem la regió per on l'NP s'enganxa). Dins d'aquesta regió, a més, trobem una zona de residus polars del primer aminoàcid a l'aminoàcid 21.
També trobem una zona (motif) formada per una petita seqüència de l'aminoàcid 71 al 75, que és necessària per a la interacció amb l'hoste DYNLL1.
A més d'aquestes regions, l'EBOV-VP35 té un domini inhibidor situat entre l'aminoàcid 215 fins a l'aminoàcid C-terminal, que s'encarrega de la unió amb el dsRNA; i té un altre domini, que s'encarrega de l'homo-oligomerització, que va dels aminoàcids 83 al 145.
Estructura secundària i estructura terciària La regió amb funció de xaperona és una estructura majoritàriament desordenada, ja que trobem una excepció entre els aminoàcids 24 i 33 on té una estructura d'hèlix α.
Domini d'oligomerització El domini d'homo-oligomerització està format per estructures helicoidals; i destaca una zona de l'aminoàcid 96 al 116 on les hèlixs α formen una regió superenrotllada (coiled coil).
La unitat asimètrica d'aquest domini està composta per dotze cadenes proteiques disposades en una superestructura amb doble simetria rotacional. Cada cadena interior forma una hèlix α contínua. Els protòmers d'aquesta superestructura estan formats per l'associació antiparal·lela de dos trímers del domini. Aquests trímers formen conjunts de tres hèlixs α paral·leles. A cada trímer podem distingir dues meitats estructurals: l'extrem N-terminal i l'extrem C-terminal.
L'extrem amino-terminal forma un conjunt regular paral·lel d'hèlix α superenrotllades, i és una regió amb una simetria de rotació de 3 plegaments.
La zona central d'aquesta regió forma la capa hidrofòbica del conjunt d'hèlix α, i està ocupada pels residus hidrofòbics: Phe83, Val86, Leu90, Leu93, Val96, Leu107, Ile111 i Leu114. També es troben residus polars com Gln100 i Ser104. A més, els ponts salins que es formen entre el residu Arg 110 i els residus Glu108 i Glu115 estabilitzen encara més el conjunt del trímer. L'estructura d'hèlix α superenrotllada es comença a desencadenar a causa de residus de prolina. És gràcies a aquest desenrotllament que aquest primer trímer pot unir-se al segon.
L'extrem carboxil-terminal col·labora en la unió antiparal·lela entre el primer i el segon trímer gràcies als indicadors d'hexahistidina ordenats que formen extensions helicoidals a les hèlixs α centrals. Aquest extrem també té major plasticitat.
A més, l'oligomerització de la proteïna es pot veure afectada si aquesta regió superenrotllada sofreix un canvi en els seus residus de leucina, ja que aquest canvi provoca una oligomerització aberrant. En canvi, residus d'arginina en aquesta regió, l'estabilitzen gràcies a la seva implicació en la formació de ponts salins.
EBOV-VP35 IID El domini inhibidor de l'EBOV-VP35, també anomenat VP35 IID, està format per dos subdominis clarament identificables que junts formen una única unitat estable. El subdomini N-terminal d'hèlix α consta d'un conjunt de 4 hèlixs, i el domini C-terminal de làmina β està format per quatre cadenes beta antiparal·leles, una hèlix α i una hèlix de poli-prolina tipus II.
A la superfície electroestàtica d'aquest domini trobem dues zones bàsiques. La primera zona bàsica es troba al subdomini helicoidal, i la segona al subdomini de làmina beta i conté Arg305, Lys 309 i Arg312. Degut a la ubicació central de l'Arg312 aquesta segona zona bàsica es denomina la zona bàsica central.
Comparacions estructurals han trobat que el subdomini helicoidal té una topologia similar a la d'altres proteïnes de funcions no relacionades, com les proteïnes piruvat carboxilasa o tiocianat hidrolasa; en canvi pel subdomini de làmina beta no s'han trobat similituds estructurals amb altres proteïnes. Això, suggereix un plegament únic per aquest domini d'unió al dsRNA. També s'ha trobat que les seqüències que corresponen als dos subdominis no es troben en combinació amb altres dominis. Per tant, tots dos subdominis són claus per l'estructura del VP35 IID.
Estructura quaternària Informació sobre l'estructura quaternària de la proteïna EBOV-VP35 és no concloent, havent-se trobat tant en organització homo-trimèrica, com en organització homo-tetramèrica.
Funció