fou un ministre purità, escriptor prolífic i pamfletista de Nova Anglaterra. Va deixar un llegat científic pels seus experiments amb la hibridació i la seva promoció de la inoculació per a la prevenció de malalties, encara que se'l recorda avui en dia sobretot per la seva implicació en el judici a les Bruixes de Salem.

Biografia miniatura|Richard Mather. miniatura|John Cotton (1585–1652). Mather va néixer a Boston, Colònia de la Badia de Massachusetts, fill de Maria (Cotton de soltera) i Increase Mather, i net de John Cotton i Richard Mather, que eren tots ministres puritans destacats. Mather va rebre el nom del seu avi matern John Cotton. Va estudiar a la Boston Latin School, i es va graduar a Harvard el 1678 als 15 anys. Després d'acabar la seva feina com a postgraduat, va posar-se a treballar amb el seu pare com a pastor ajudant a la North Church original de Boston. El 1685, Mather va assumir la plena responsabilitat com a pastor de l'església.

miniatura|Mather va viure a Hanover Street, Boston, 1688–1718 Mather va escriure més de 450 llibres i pamflets, i les seves ubiqües obres literàries en van fer un dels líders religiosos més influents d'Amèrica. Va establir el to moral a les colònies i va liderar la crida als puritans de segona i tercera generació, els pares dels quals havien marxat d'Anglaterra cap a les colònies de Nova Anglaterra perquè tornessin a les arrels teològiques del puritanisme. La seva obra més important va ser Magnalia Christi Americana (1702) que compren set llibres diferents, molts dels quals són narracions biogràfiques i històriques. miniatura|El panteó Mather al cementeri de Copp's Hill a Boston, Massachusetts.

Mather va influir en els inicis de la ciència americana. El 1716, va dur a terme un dels primers experiments documentats sobre hibridació de plantes, a partir de les seves observacions sobre varietats de blat de moro. Aquesta observació va quedar registrada en una carta al seu amic James Petiver:

El novembre de 1713, la dona d'en Mather, uns bessons acabats de néixer, i la seva filla de dos anys van morir durant una epidèmia de xarampió. Va quedar vidu dues vegades, i només el van sobreviure dos dels seus 15 fills; va morir l'endemà del seu 65è aniversari i fou enterrat al cementiri de Copp's Hill, a prop de la North Church.

Influència de Boyle sobre Mather Robert Boyle va tenir una enorme influència en tota la carrera de Mather. Va llegir La Utilitat de la Filosofia Natural Experimental de Boyle amb detall al llarg de la dècada de 1680, i les seves obres primerenques sobre ciència i religió en treien moltes idees, utilitzant un llenguatge pràcticament idèntic al de Boyle.

Increase Mather La relació de Mather amb el seu pare Increase Mather es creu que va ser tensa i difícil. Increase era pastor de la North Square Church i president de Harvard College; era un home d'èxit. Malgrat els esforços de Cotton, no va ser mai tan conegut ni van tenir tan èxit en la política com el seu pare. Sí que el va superar en producció com a escriptor, fent més de 400 llibres. Una de les demostracions més públiques de la seva tensa relació va ser durant els judicis per bruixeria, amb els quals Increase Mather no hi estava d'acord.Hovey, p. 531–32

Yale College Cotton Mather va ajudar a convèncer Elihu Yale perquè fes una donació per establir una nova universitat a New Haven que es va convertir en Yale College.

Judicis per bruixeria a Salem de 1692, la influència de Mather Abans dels judicis El 1689, Mather va publicar Memorable Providences que detallava les suposades malalties d'alguns nens de la família Goodwin de Boston. Mather va tenir un paper destacat en el cas de bruixeria contra la bugadera catòlica Goody Glover, que al final fou condemnada i executada. A més de pregar pels nens, que també incloïa dejuni i meditació, també n'observava i n'enregistrava les activitats. Els nens patien atacs d'histèria, que va detallar a Memorable Providences. En el seu llibre, Mather argumentava que como que les bruixes i els dimonis existeixen, hi ha "ànimes immortals". També afirmava que les bruixes s'apareixen espectralment en la seva pròpia forma. S'oposava a totes les explicacions naturals per als atacs; creia que les persones que confessaven l'ús de bruixeria tenien ple ús de les seves facultats mentals; avisava del perill de fer màgia degut a la seva connexió amb el dimoni; i argumentava que les visions i els somnis no s'havien d'utilitzar com a prova de bruixeria. Robert Calef, contemporani de Mather i crític seu, va considerar que el seu llibre era responsable d'haver creat les condicions per als judicis a les bruixes al cap de tres anys:

L'historiador del Charles Wentworth Upham compartia l'opinió que els afectats de Salem imitaven els nens de la família Goodwin, però en culpava tant Cotton com el seu pare Increase Mather:

El tribunal Mather va influir des de l'inici en la composició del tribunal per als judicis. Sir William Phips, governador de l'acabada de constituir Província de la Badia de Massachusetts, va nomenar el seu tinent governador, William Stoughton, com a cap d'un tribunal especial sobre bruixeria i després com a jutge en cap dels tribunals colonials, on va presidir els judicis per bruixeria. Segons George Bancroft, Mather havia influït perquè Stoughton, que era impopular en política, aconseguís el nomenament de tinent governador per sota de Phips gràcies a la intervenció del seu poderós pare, Increase. "S'havia fet intercessió per Cotton Mather per l'avançament de Stoughton, un home fred, orgullós, obstinat i cobejós de distinció". Aparentment Mather va veure en Stoughton, un solter que no s'havia casat mai, un aliat en afers relacionats amb l'església. Bancroft explica així que la reacció de Mather al nomenament de Stoughton:

Mather va afirmar que no havia assistit als judicis a Salem (encara que el seu pare sí que va assistir al judici de George Burroughs). Els seus contemporanis Calef i Thomas Brattle l'ubiquen a les execucions (vegeu més endavant). Mather va començar a difondre i celebrar els judicis molt abans que acabessin: "Si enmig de les moltes Insatisfaccions entre nosaltres, la publicació d'aquests Judicis pot promoure tal Agraïment pietós a Déu, perquè s'executi la Justícia entre nosaltres, m'Alegraré que Déu és Glorificat". Mather es considerava a si mateix historiador i no advocat, però segons un escriptor modern, els seus escrits presuposen la culpabilitat dels acusats i inclouen comentaris com anomenar Martha Carrier "una bruixa rampant". Mather es referia George BurroughsBurroughs era un ex-alumne de Harvard que havia sobreviscut atacs dels indis a Maine. Era ministre no ordenat i el van penjar el mateix dia que Martha Carrier, John Proctor, George Jacobs, i John Willard com un "home molt escarransit" les "tergiversacions, contradiccions, i falsedats" del qual feien que el seu testimoni no "valgués la pena de considerar".Stacy Schiff. "The Witches of Salem: Diabolical doings in a Puritan village", The New Yorker, September 7, 2015, p. 46-55.

Precaució en l'ús de visions com a prova Les noies afectades afirmaven que la semblança d'un dels acusats, que era invisible a tothom menys a elles, les estava turmentant; això es va considerar prova de bruixeria, malgrat les protestes de l'acusat i la seva professió de sòlides creences cristianes. El 31 de maig de 1692, Mather va escriure a un dels jutges, John Richards, que era membre de la seva congregació, expressant el seu suport als processos, però avisant; "no poseu més pes en les proves pures de visions del que puguin aguantar … És ben cert que els Dimonis han agafat de vegades les Formes de persones que no sols són innocents, sinó fins i tot molt virtuoses. Encara que crec que el Déu just llavors proporciona alguna manera perquè les persones que han patit aquesta difamació puguin reivindicar-se ràpidament".

Es va demanar una opinió sobre el tema als ministres de la zona, i es va rebre una resposta el 15 de juny de 1692. Sembla que Cotton Mather s'atribueix les diverses respostes quan escriu un anònim autolaudatori al cap d'alguns anys: "escrits a mesura dels seus desitjos, per Cotton Mather el jove, segons m'han informat". La "Resposta dels Diversos Ministres" discutia de forma ambivalent si s'havien d'admetre o no les visions i els somnis com a proves. La versió completa original de la carta es va tornar a imprimir a finals de 1692 en les últimes dues pàgines de Casos de Consciència d'Increase Mather. És un document curiós i continua sent una font de confusió i discussions. Calef en diu que és "perfectament Ambidextre, donant més i més Encoratjament per procedir en aquests mètodes foscos, i després avisa dels seus perills… sens dubte el Consell que llavors es dona, sembla sobretot una cosa que ha Compost ell, perquè porta alhora Foc per augmentar i Aigua per apagar la Conflagració". Sembla probable que els "Diversos" ministres que es van consultar no es devien posar d'acord, i així la construcció i la presentació del consell que en va fer Mather haurien estat crucials per a la seva interpretació.

Thomas Hutchinson va resumirla Resposta, "Les dues primeres seccions i la darrera d'aquest consell s'enduien la força de totes les altres, i els processaments van continuar amb més vigor que abans". Quan va reimprimir la Resposta al cap de cinc anys en la seva Vida de Phips (1697), publicada de forma anònima, Cotton Mather va ometre les crucials "dues primeres seccions i la darrera", encara que eren les que havien rebut més atenció a les seves "Meravelles del Món Invisible" que s'havia afanyat a publicar l'estiu i principis de la tardor de 1692.

El 19 d'agost de 1692, Mather va assistir a l'execució de George BurroughsTres fonts contemporànies independents l'hi col·loquen: Thomas Brattle, Samuel Sewall, i Robert Calef. Brattle s'hi refereix com a "C.M." a les Narratives de Burr (Scribner, 1914) p. 177. L'explicació de Calef també es reprodueix a les "Narratives" de Burr p. 360. Diary of Samuel Sewall (MHS, Boston, 1878) p. 363 (i quatre persones més que es van executar després que Mather va parlar) i Robert Calef el presenta en un paper directe i influent:

miniatura|Carta de Cotton Mather al jutge William Stoughton, 2 de setembre de 1692 El 2 de setembre 1692, després de l'execució d'onze dels acusats, Cotton Mather va escriure una carta al Jutge en cap William Stoughton felicitant-lo per "extingir d'un episodi demoníac dels més meravellosos que s'havien vist al món" i afirmant que "una meitat dels meus esforços per servir-vos no s'han explicat ni vist".

Sobre l'ús de les visions i els somnis com a prova, Upham conclou que "Cotton Mather no en va 'denunciar mai l'admissió' en cap escrit públic, no en va aconsellar mai l'exclusió absoluta; sinó que al contrari ho va reconèixer com a motiu de 'presumpció' … [i una vegada va admetre] que no s'hi podia oposar res. El caràcter, la raó, el sentit comú, van quedar erradicats". En una carta a un capellà anglès el 1692, l'intel·lectual de Boston Thomas Brattle, criticant els judicis, va dir de l'ús dels jutges de les visions com a prova:

El Governador Phips va excloure les proves de visions i somnis dels judicis a partir de gener de 1693, més o menys en la mateixa època que el nom de la seva pròpia dona (Lady Mary Phips) començava a circular relacionat amb la bruixeria. Aquesta exclusió va provocar immediatament una caiguda del nombre de veredictes de culpabilitat. Degut a una suspensió de Phips, ja no hi van haver més execucions. William Stoughton es va oposar vigorosament a les accions de Phips.

Bancroft destaca que Mather considerava que les bruixes eren "dels captaires pobres, i vils, i esparracats de la Terra", i Bancroft afirma que Mather considerava que la gent que estava en contra dels judicis de bruixeria eren partidaris de la bruixeria.

Després dels judicis