Un editor de molècules és un programa informàtic per crear i modificant representacions d'estructures químiques.
Els editors de molècules poden manipular representacions d'estructures químiques en un espai bidimensional o espai tridimensional simulat, a través de computació gràfica 2D o computació gràfica 3D, respectivament. La sortida bidimensional s'utilitza com il·lustracions o per consultar bases de dades químiques. La producció tridimensional s'utilitza per construir models moleculars, generalment com a part dels paquets de programari de simulació molecular.
Els editors moleculars de bases de dades com Leatherface,Kenny, P.W.; Sadowski, J. (2005) Structure modification in chemical databases Chemoinformatics in drug discovery (editor: Oprea, T.I.), 271-285 (Wiley). RECAPLewell, X.Q.; Judd, D.B; Watson, S.P.; Hann, M.M. (1998) RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry J. Chem. Inf. Comput. Sci. 38, 511-522. i Molecule SlicerVieth, M.; Siegel, M.G.; Higgs, R.E.; Watson, I.A.; Robertson, D.H.; Savin, K.A.; Durst, G.L.; Hipskind; P.A. (2004) Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs J. Med. Chem. 47, 224-232. permeten que un gran nombre de molècules es modifiquin automàticament segons regles com ara com "desprotonar àcids carboxílics" o "trencar enllaços exocíclics" que pot especificar un usuari.
Els editors de molècules generalment admeten llegir i escriure almenys un format de fitxer o notació de línia. Els exemples de cadascun inclouen Molfile i especificació d'entrada de línia d'entrada molecular simplificada (SMILES), respectivament.
Els fitxers generats pels editors de molècules es poden mostrar mitjançant eines de gràfics moleculars.
Programes autònoms Programa Desenvolupador(s) Llicència Plataformes Info Accelrys Draw Accelrys Windows Versió gratuïta disponible; inclou names2structure i structure2name, noms d'InChI i SMILES canòniques ACD/ChemSketch ACD/Labs Windows Una interfície d'emmagatzematge químicament intel·ligent que permet dibuixar gairebé qualsevol estructura química, inclosos els orgànics, organometàl·lics, polímers i estructures de Markush. versió gratuïta disponible Amira (programari) Visage ImagingZuse Institute Berlin Windows, macOS, Linux Versió de prova de 14 dies disponible Ascalaph Designer Agile Molecule Linux, Windows gratuït ArgusLab Mark Thompson (author) Windows gratuït Avogadro Avogadro project team Linux, macOS, Windows Editor de molècules en 3D, visualitzador BALLView BALL project team -LGPL Linux, macOS, Windows visualitzador, editor, eina de simulació Bioclipse Bioclipse Developers multiplataforma Java, Eclipsi basada en Rich Client Platform (RCP) BKChem Beda Kosata multiplataforma Editor de molècules 2D escrit en Python ChemDoodle iChemLabs Linux, macOS, Windows Sistema complet d'edició química per a l'elaboració d'estructures químiques, reaccions, espectres i molt més. Prova gratuïta disponible. ChemDraw PerkinElmer macOS, Windows Edita estructures i reaccions químiques. Deneb AtelGraphics Linux, Windows Versió de prova disponible; interfície d'usuari gràfica fàcil d'usar per als paquets SIESTA, VASP, QE, etc. Elemental (programari) Dotmatics Windows, iOS programari gratuït per a PC, iPhone, iPad ICEdit InfoChem Windows Edita estructures i reaccions químiques Chemtool Linux, Unix Editor 2D per a fórmules estructurals químiques, escrites en C amb GTK ChemWindow Bio-Rad disponible com a part de l'entorn de programari KnowItAll; Programes de domini públic per a la investigació acadèmica i l'ensenyament Gabedit Abdulrahman Allouche Linux, macOS, Windows Editor de molècules en 3D, visualitzador ICM-Chemist MolSoft Windows, macOS, Linux Editor de química d'escriptori d'interfície gràfica fàcil d'usar JChemPaint multiplataforma Editor de fórmules estructurals 2D escrites en Java HyperChem Hypercube, Inc. Windows Editor de molècules en 3D, visualitzador KnowItAll Bio-Rad Windows Programes de domini públic per a la investigació acadèmica i l'ensenyament lhendraw Lennard Wasserthal Linux clon de FOSS compatible amb chemdraw cdx / cdxml, funció de cerca MAPS (molecular software) Scienomics multiplataforma Build complex molecular (molecules, metal complexes, polymers...) and periodic (crystal, surface, interface, CNT, nanosystems...) systems, generate amorphous conformations. Read SMILES and 3D formats (pdb, xyz, cif...). MarvinSketch/View ChemAxon multiplataforma versions comercials i gratuïtes. Editor i visualitzador químic, versió d'escriptori (Java Beans) MarvinSpace ChemAxon multiplataforma versions comercials i gratuïtes. Visualització macromolecular tridimensional i edició de lligands, versió d'escriptori (Java Beans) MedChem Designer Simulations Plus Windows programari gratuït: inclou de franc S + logP, S + logD (7.4), TPSA, càrregues sigma PEOE, HBD, HBA i Regla de 5 càlculs. Molecular Operating Environment (MOE) Chemical Computing Group Windows, Linux, Mac; Llenguatge de programació SVL Plataforma per a aplicacions de modelatge molecular / descobriment de fàrmacs, amb esbós i edició molecular 3D, representació 2D i conversió de 2D a 3D. molsKetch multiplataforma editor multiplataforma, basat en Qt4 MOLTEMPLATE 3-clause Linux, macOS, Windows Generador de molècules basat en text general per a LAMMPS ODYSSEY Wavefunction, Inc. macOS, Windows SAMSON Inria Windows, Linux, macOS Plataforma de programari per a la nanociència computacional integrada. Personalitzat amb SAMSON Elements (mòduls per SAMSON) SketchEl multiplataforma editor, Java, disponible a SourceForge Smormo-Ed Linux, Windows, disponible a SourceForge Spartan Wavefunction, Inc. Linux, macOS, Windows StruMM3D Exorga, Inc. Windows Vimol BSD, Linux, macOS, Windows Potent, amb interfície tipus vim XDrawChem Linux, macOS, Windows basat en OpenBabel Zem (programari) Example Linux, macOS, Windows basat en OpenBabel
Miniaplicacions de Java Miniaplicació Desenvolupador(s) Llicència Info Accelrys JDraw Accelrys Comercial i freeware versions per nonprofit úsICEdit InfoChem Edita reaccions i estructures químiques JChemPaint Editor i miniaplicacions d'espectador Editor de Molècula del JME Peter Ertl freeware Disponible de Molinspiration; Freeware per noncommercial ús MarvinSketch ChemAxon Comercial i freeware versions. Implementació de miniaplicació d'editor química MarvinSpace ChemAxon Comercial i freeware versions. 3D lligand i visualització macromolecular que editen ACD de SDA/Estructura Dibuixar Miniaplicació Laboratoris/d'ACD Comercial i freeware versions ChemWriter Metamolecular Versió 1 necessitats Java endoll-dins, versió 2 necessitats cap endoll de navegador-ins SketchEl , available on SourceForge Chemis3D Didier Collomb MolEdit MolSoft HTML5 editor permet dibuixar 2D estructura química dins la pàgina d'un navegador de web ; necessitats cap endoll-ins (com Java); feines en qualsevol HTML modern5 navegador compatible amb JavaScript habilitat, incloent plataformes mòbils; lleuger, intuïtiu FLAMA: Flaix Editor Molecular Pavel Dallakian, Norbert Haider Freeware Per noncommercial ús
Editors editables de JavaScript Programa Desenvolupador Navegador d'escriptori IE6-7-8 Altre navegador d'escriptori iPad iPhone Android Windows Phone AngularDrawChem Michał Malik Dibuixa estructures orgàniques i esquemes de reacció en SVG, disponible en línia i com a mòdul AngularJS; codi obert (MIT) ChemDoodle Web Components iChemLabs Components web de química HTML5, inclosos els espectadors, animacions, components interactius i editors; utilitza gràfics Canvas i WebGL. Font lliure i oberta sota llicència GPL v3.0 ChemDraw JS PerkinElmer La versió JavaScript de ChemDraw ChemWriter 3 Metamolecular Elemental (software) Dotmatics proprietary softwareICEdit InfoChem Edita estructures i reaccions químiques Ketcher GGA Software Services Escrit mitjançant SVG / VML a través de Raphaël.js. Inici de codi obert. LAI4D Lai4d Systems Eina CAD de llum 3D gratuïta (visualitzador i dissenyador) per a la web que inclou un tipus d'entitat de "molècula". Marvin JS ChemAxon La versió de JavaScript de MarvinSketch; té una mica menys de funcions que la versió basada en Java en l'actualitat Molinspiration WebME molecule editor proprietary software JSDraw Scilligence JSME Peter Ertl Admet arrossegar i deixar anar en navegadors d'escriptori compatibles amb HTML5 per importar i exportar arxius MOL i RXN. L'editor pot generar SMILES i InChI. WebMolKit Molecular Materials Informatics També la biblioteca principal de SketchEl2. La llicència és GPL.
Editors en línia Programa Desenvolupador Info AngularDrawChem Michał Malik editor de codi obert (MIT) per dibuixar estructures orgàniques i esquemes de reacció a SVG, disponible en línia i com a mòdul AngularJSICEdit InfoChemprova gratuïta, edita estructures i reaccions químiques LAI4D Lai4d Systems Eina CAD de llum 3D gratuïta (visualitzador i dissenyador) per a la web que inclou un tipus d'entitat "molècula". MolEdit MolSoft L'editor HTML5 permet dibuixar estructura química 2D dins de la pàgina del navegador web; no necessita connectors (com Java); funciona en qualsevol navegador compatible amb HTML5 modern amb JavaScript habilitat, incloses les plataformes mòbils; de pes lleuger, intuïtiu MolView Herman Bergwerf Programari lliure. Construït per a ordinadors d'escriptori, tauletes i telèfons intel·ligents. Integra algunes bases de dades en línia, incloses PubChem, RCSB, NCI / CADD Chemical Identifier Resolver i Crystallography Open Database. Marvin molecule editor and viewer ChemAxon Programari propietari. Dona suport tots els formats importants i característiques/de consulta de l'estructura. Aquesta implementació de Java també inclou prediccions basades en estructures il·limitades per a un rang de propietats (pKa, logD, estructura<>de nom, etc.). Molecular Editor and Image Sharer Basat en JChemPaint; permet emmagatzemar imatges generades en un servidor PubChem online molecule editor admet SMILES, SMARTS, InChI, i tots els formats d'arxius químics habituals. Ambinter Petita edició, manipulació i exportació de bases de dades químiques (Structure Data File SDF, SMILES, ...) – programari lliure (GPL)
Aplicacions d'editor per a mòbils Programa Desenvolupador iPad iPhone Android BlackBerry Info ChemDoodle Mobile iChemLabs Gratuït, integrat amb l'escriptori ChemDoodle. ChemJuice IDBS Chirys Draw Integrated Chemistry Design Chirys Sketch Integrated Chemistry Design Elemental (software) Dotmatics GratuïtICEdit InfoChem versió beta disponible per InfoChem 3D Molecules Edit & Test for iOS Virtual Space 3D Molecules Editor for iOS Virtual Space 3D Molecules View & Edit Lite for iOS Virtual Space Gratuït
Vegeu també ChemSpider
Notes i referències
Enllaços externs Entrada d'estructura molecular a la web The Chemical Structure Editor: Bridging Chemistry and Cheminformatics Primitives bàsiques per dibuixar un diagrama molecular
Categoria:Programari de química