miniatura|La cerimònia religiosa més coneguda dels muisques és la que tenia lloc en la Llacuna de Guatavita, coneguda com a "Cerimònia del Daurat", de la qual la Bassa Muisca és un dels vestigis arqueològics. La religió muisca és una manifestació religiosa practicada pels muisques des de l'època prehispánica fins a l'actualitat, ja que diversos grups de reconstruccionisme pagà busquen reviure la cultura muisca en les seves diferents dimensions, incloent la dimensió espiritual.
Mitologia La mitologia muisca en l'actualitat és una fusió dels relats deixats pels espanyols dels segles i amb les reinterpretacions que els actuals descendents dels muisques han fet de les seves creences. D'acord amb això, han dividit la història del món en nou edats, o eres:
Unquyquienxie La primera edat del món és anomenada Unquyquienxie, o Unquynxie, que significa "abans de totes les coses". En aquest moment només existia Fihizca, l'ànima i l'alè de l'Univers, enmig de la foscor i del silenci. Fihizca romania dormit, però quan va despertar, van sorgir en el seu pensament Bagüe, la Gran Àvia, i Chiminigaghoa, el Gran Avi.Gómez Montañez, Pablo Felipe, Los chuyquys de la Nación Muisca Chibcha: ritualidad, resignificación y memoria (Universidad de los Andes; Facultad de Ciencias Sociales; Bogotá, 2009), p. 80
Sas Quyhynuca miniatura|Pectoral muisca d'or que representa a les dues aus "tymanso" que van sortir de l'interior de Chiminigagua per crear als déus primordials. La segona edat del món és anomenada Sas Quyhynuca, o Sas Quyhyna, que significa "abans de tot" (literalment, "abans abans"). Durant aquesta edat, Bagüe i Chiminigaghoa es trobaven en el Tomsa, que és el melic de l'Univers. Bagüe i Chiminigaghoa van copular, i del frec dels seus cossos es va produir el so del xiuxiueig de la serp. D'aquest acte creador va sorgir Chiminigagua, que és la "Llum de la Llum", i que conté tots dos principis, el masculí i el femení.Gómez Montañez, Pablo Felipe, Los chuyquys de la Nación Muisca Chibcha: ritualidad, resignificación y memoria (Universidad de los Andes; Facultad de Ciencias Sociales; Bogotá, 2009), p. 81
Chiminigaghoa li va donar a Chiminigagua dues llavors de quinua, i Bagüe li va donar quatre llavors de blat de moro de diferents colors. Després, de l'interior de Chiminigagua van sortir dues aus negres anomenades tymanso, un mascle i una femella, dels becs de la qual van sortir uns rajos de llum que van escampar per tot l'Univers. La tymanso femella portava les llavors de blat de moro en el seu bec, i el tymanso mascle les de quinua. Primer va sortir la tymanso femella, que va fer un volt en espiral, solcant la immensitat, i va llançar la llavor de blat de moro negre, anomenat aba chyscamuy; i Chiminigagua va bufar sobre la llavor una part de la seva fihizca, és a dir, del seu alè, i així es va formar el remolí del Nord, del que va néixer Hicha, la deessa de la terra. Després, la tymanso va donar una segona tornada en espiral i va llançar la llavor de blat de moro groc, anomenat aba tyba, i Chiminigagua va bufar una part de la seva fihizca sobre la llavor i així es va formar el remolí de l'Est, del que va néixer Fiba, el déu de l'aire i del vent. Després, la tymanso va donar una tercera volta en espiral i va llançar la llavor de blat de moro blanc, anomenat aba fuquie pquyhyza, i Chiminigagua va bufar una part de la seva fihizca sobre la llavor, i així es va formar el remolí del Sud, del que va néixer Gata, el déu del foc. Finalment, la tymanso va donar una quarta volta en espiral i va llançar la llavor de blat de moro vermell, anomenat aba sasamuy, i en bufar Chiminigagua una part de la seva fihizca sobre la llavor, es va formar el remolí de l'Oest, del que va néixer Sie, la deessa de l'aigua.Gómez Montañez, Pablo Felipe, Los chuyquys de la Nación Muisca Chibcha: ritualidad, resignificación y memoria (Universidad de los Andes; Facultad de Ciencias Sociales; Bogotá, 2009), p. 82
Després va sortir el tymanso mascle, i després de fer un volt en espiral per la immensitat va escampar les dues llavors de quinua a l'interior de Tomsa. I Chiminigagua va bufar una part de la seva fihizca sobre les llavors de quinua, i en fer-ho van néixer Nyiagena, déu de l'or i del que està a dalt, i Chuecutagua, deessa de les maragdes i del que està a baix.Gómez Montañez, Pablo Felipe, Los chuyquys de la Nación Muisca Chibcha: ritualidad, resignificación y memoria (Universidad de los Andes; Facultad de Ciencias Sociales; Bogotá, 2009), p. 82
Zaita Caguequa La tercera edat del món és anomenada Zaita Caguequa, o simplement Zaita, que significa "el que va existir al principi de l'Univers". En aquesta edat, els déus van donar forma a Quyca ("el Món"), a Guatquyca ("el món de dalt") i a Tynaquyca ("el món de baix"), i baix Muysquyca ("la terra dels muisques") van posar grans troncs de guayacán. Després, els déus primordials van iniciar una dansa cerimonial al voltant de Tomsa, en què la seva concavitat va escopir cadascun una part de la seva fihizca. Quan el Tomsa va estar ple, es va batre amb una chuia fins que va estar al punt.
Després d'un temps, van començar a néixer del Tomsa els déus gegants. El primer va ser Chaquen, déu dels límits i dels termes que presideix les peregrinacions, les cerimònies, les festes sagrades i la guerra. El segon va ser Nemcatacoa, també anomenat Fo, déu de l'embriaguesa, la irreverència, la música i la dansa. El tercer va ser Guahaioque, déu de la mort. La quarta va ser Fahaoa, deessa de la boirina i dels núvols. La cinquena va ser Hichu, deessa del gel i de la neu. El sisè va ser Pquahaza, déu del raig. El setè va ser Cuchavira, déu de la medicina i de l'arc de Sant Martí, mediador entre déus i homes. A ell ho invocaven les dones quan obstaculitzen en labors de part. El vuitè va ser Chibchachum, també anomenat Chibchacum, déu protector dels muisques, i especialment dels governants i dels comerciants.
Zaitania La quarta edat del món és anomenada Zaitania, que significa "antiquísimament". En aquesta edat, Chibchacum va plantar a la terra dues llavors: una de quinua i una altra de blat de moro. Sobre cadascuna va infondre part de la seva fihizca (alè). De la llavor de quinua va néixer un home de pell daurada, al que Chibchacum va cridar Sua; i de la llavor de blat de moro va néixer una dona de pell platejata, a la qual Chibchacum va anomenar Chie. Eren molt forts i van tenir una llarga vida, però, després de molts Bxogonoas (eres), quan estaven a punt de morir, Chibchacum es va compadir d'ells i va decidir immortalitzar-los. A Sua ho va convertir en el déu del Sol, i a Chie en la deessa de la Lluna.
Sasbequia miniatura|Escultura que representa a Bachué, la mare dels muisques, transformant-se en serp. miniatura|Tunjos muisques de serps. La cinquena edat del món és anomenada Sasbequia, que significa "antigament", "més temps que el passat". Durant aquesta edat, Chibchachum va fer dues figuretes de fang, i les va llançar a la Llacuna de Iguaque. Temps després, va sortir de la llacuna una dona anomenada Bachué, a la qual els muisques es refereixen afectuosament com Furachogue ("dona bona"). Bachué portava de la mà a un nen de tres anys. Quan aquest nen va créixer, va copular amb Bachué i van tenir molts fills, als quals els van ensenyar a honrar als déus. Molt temps després, quan Bachué i el seu espòs havien envellit, es van transformar en dues grans serps i van tornar a la Llacuna de Iguaque, internant-se en el profund de les aigües.Gómez Montañez, Pablo Felipe, Los chuyquys de la Nación Muisca Chibcha: ritualidad, resignificación y memoria (Universidad de los Andes; Facultad de Ciencias Sociales; Bogotá, 2009), p. 82-83
Fanzaquia La sisena edat del món és anomenada Fanzaquia, que significa "antigament", "fa molt temps". Durant aquesta edat, els muisques havien oblidat els bons ensenyaments de Bachué. Vivien aconsellats per una dona d'estranya bellesa anomenada Huitaca, filla de la deessa Chie. Huitaca els aconsellava viure en la luxúria, el llibertinatge, les festes i les borratxeres. Però a més, els induïa a blasfemar contra el déu Chibchacum, per la qual cosa aquest es va indignar al punt que va decidir castigar els muisques amb una gran inundació.
Chibchachum va fer néixer els rius Sopó i Tivitó, els cabals dels quals va unir al riu Funza (riu Bogotà) fins que la sabana va quedar completament inundada. En aquest moment, quan tot semblava perdut pels muisques, va arribar de l'Orient un home de pell blanca, amb barba igualment blanca, anomenat Botxica, qui amb un bàcul d'or, en llançar-ho cap a unes roques, va obrir una sortida per a l'aigua, el Salt del Tequendama, de manera que la Sabana de Bogotà va quedar lliure de la inundació. Bochica, per castigar a Huitaca, la va convertir en una òliba, i a Chibchachum ho va condemnar a carregar la terra sobre les seves espatlles, per la qual cosa cada vegada que canvia d'espatlla per descansar, la terra tremola.Fray Pedro Simón, Noticias historiales (Casa Editorial de Medardo Rivas; Bogotá, 1891) Segunda Parte, Cuarta Noticia, Capítulo IV, p. 289
Bochica, també conegut per altres noms com Nemquerequeteba o Zuhe, va recórrer gran part del territori muisca predicant doctrines morals i ensenyant les arts de la civilització, fins que va arribar a Suamox (Sogamoso), on va establir el Zybyn sagrat de Iraca, i va deixar allí al seu successor. Poc abans de morir, va ser traslladat al cel, i des de llavors Suamox va ser considerada una terra santa, i les relíquies que va deixar Botxica, com una petjada del seu peu, van ser venerades pels muisques.
Sasia La setena edat del món és anomenada Sasia, que significa "antigament". En aquesta edat es van establir els successors de Botxica i els Zipas i Zaques mítics. A aquesta edat corresponen personatges com Goranchacha (el Fill del Sol), Hunzahúa, Tomagata (el "Cacic Rabón"), Tutasúa, Menquetá i Meicuchuca, entre d'altres.
Fanxie La vuitena edat del món és anomenada Fanxie, que significa "encara", i correspon als temps moderns, incloent als últims Zipas i Zaques, així com als governants de Iraca i Tundama que estaven al moment de l'arribada dels espanyols.
Fasynga La novena edat del món és anomenada Fasynga, que vol dir "el futur", "la qual cosa està per venir".
Sacerdoci Els chyquy Els sacerdots muisques eren anomenats chyquy. http://muysca.cubun.org/chyquy Eren els responsables de dirigir les principals cerimònies religioses. Sempre eren homes i no se'ls permetia casar-se ni tenir cap mena de contacte sexual. Vivien reclosos en els temples, i si algun violava la seva castedat, era destituït del seu ministeri. Eren molt respectats per la comunitat i consultats per solucionar tota classe de problemes. Menjaven i dormien molt poc, i feien freqüents dejunis. Passaven la major part de les nits mastegant hayo i parlaven molt poques vegades, només en el necessari. La pràctica del mambeo era molt important entre els chyquy, ja que els ajudava a romandre en constant estat de vigília.Piedrahita, Lucas Fernández de. Historia General de las conquistas del Nuevo Reino de Granada. Libro I, capítulo 3. Iuan Baptista Verdussen Pág. 20. Amberes - 1688.
La successió del poder entre els sacerdots era igual que entre els governants civils.Rodríguez Cuenca, José V., Cosmovisión, chamanismo y ritualidad en el mundo prehispánico de Colombia. (Universidad Nacional de Colombia; Bogotá, 2011), p. 161