La comanda (o sotscomanda) de Perpinyà fou el convent urbà més important de l'orde del Temple a la Catalunya Nord, i la principal de les sotscomandes de la batllia del Masdéu que va compartir amb aquesta la capitalitat del Temple rossellonès. Com en gairebé totes les capitals de Catalunya, l'orde del Temple va tenir una comanda a la capital del Rosselló. És a dir, una comanda urbana on, com a Barcelona, l'orde desenvolupà activitats mercantils i polítiques pròpies de la ciutat, mentre que la del Masdéu es dedicà fonamentalment a l'explotació agropecuària i a l'administració territorial.Per aquesta comanda s'han utilitzat els estudis de Vinas, 1961 i 2002; Fuguet, 1995 i 2005; i, sobretot, Treton 2010. miniatura|Mapa de les comandes i sotscomandes del Temple a Catalunya (Fuguet, 1989, apèndix gràfic, 3d) Història miniatura|esquerra|Grup de cavallers del Temple. Detall d'un relleu lateral del sepulcre de l'Infante D. Felipe. Villalcázar de Sirga, Palència. Tot i que no es troba documentat un comanador templer de Perpinyà fins al 1209, des de molt aviat començaren a rebre propietats a la ciutat. El patrimoni urbà del Temple a Perpinyà començà a formar-se l'any 1139 amb la donació d'uns béns que els feu Guillem Gairard i el seu germà. A partir d'aleshores, l'orde desplegà la seva estratègia sobre les famílies notables de la vila per tal d'obtenir altres donacions (immobiliàries o econòmiques) de cara a instal·lar una casa o comanda a la ciutat. De seguida reberen altres beneficis dels comtes i de diferents membres de l'oligarquia urbana (de Ramon Esteve, Pere Ermengol, Bernat de Rennes, entre d'altres). Fou així com, a poc a poc el Temple s'anà inserint en el teixit urbàTreton, 2010, I, p. 104-105.
La direcció d'aquella important comanda de Perpinyà era confiada a administradors experimentats, la majoria dels quals eren frares sergents promocionats treballant a la comanda del Masdéu. Ho foren els dos últims comanadors de Perpinyà, Pere de Camprodon i Jaume d'Ollers, als quals el rei de Mallorca va confiar el càrrec d'administrar el seu patrimoni amb el títol de procurator regis, que venia a ser una mena de ministre d'Hisenda. A Perpinyà, com feia arreu, el Temple procurà participar en tota mena de negocis que li proporcionessin beneficis. Els principals foren: molins, pesos i mesures, forns, verdures i carn, cuir, draps...
Els molins Com en altres comandes catalanes, l'atenció dels templers a Perpinyà es dirigí al control dels molins pròxims a la ciutat, car l'explotació d'aquests gins, principalment bladers, els comportaria importants ingressos, ja que el veïnat tenia l'obligació de portar-hi a moldre el gra. Amb aquella meta, el 1146 compraren, per una quantitat insignificant (probablement saldava un deute) al comte Gausfred III dos molins pròxims a Sant Joan, i un altre al mateix indret, poc després. Després d'aquestes primeres adquisicions, vers els anys setanta se’n documenten d'altres; el 1172, el comte Girard II els cedí els seus molins de Malloles, a l'oest de la ciutat, i més endavant, ja en la segona meitat del , 1262, quan l'expansió urbana de la vila arribava a la banda de Sant Francesc, el rei Jaume I els concedia la facultat perpètua d'utilitzar l'aigua que passava pel canal vora els seus estables i horts; una concessió que a la llarga els ocasionaria més d'un problema.Treton, 2010, p. 103-108.
Drets sobre pesos i mesures Una altra font d'ingressos notable que obtingueren els templers a Perpinyà fou els drets sobre pesos i mesures de la vila. L'any 1150, el comanador del Masdéu havia obtingut els drets sobre les mesures de l'oli de Perpinyà i les havia cedit a un particular, però l'any 1232 les recuperà el comanador Guillem de GavaudanTreton, 2010, I, p. 111.
També posseïren diverses taules del mercat de l'oli de la ciutat, un altre bon negoci. Si bé s'ignora quina autoritat els concedí aquells drets sobre les mesures de l'oli, no passa el mateix amb els drets sobre el pes del gra que l'obtingueren l'any 1172 del comte Girard II. Cap a finals del , vers el 1293, era tan important l'interès del Temple per aquests afers comercials que col·laborava en la construcció del nou mercat de blat cobert, que s'edificava vora la porta d'Elna. Jaume II de Mallorca havia ordenat la creació d'una plaça única destinada a la venda de cereals, amb l'exclusió de qualsevol altra plaça i l'afavorí promulgant mesures coercitives que afavorien el TempleTreton, 2010, I, p. 114.
Els forns El mateix comte Girard II del Rosselló, mitjançant testament deixà els forns de Perpinyà als templers, al temps que prohibia construir-ne de nous sense el consentiment dels frares. Tanmateix, l'aplicació escrupolosa d'aquest monopoli comportà més d'un conflicte amb altres institucions religioses i amb els ciutadans de Perpinyà. El control dels forns de Perpinyà pels templers constituí per a l'orde una important font d'ingressos.
Segons un capbreu de 1264, a Perpinyà hi havia cinc forns. Tres a la ciutat vella que explotava directament el Temple, mentre que els altres dos, situats a la vila nova, els tenia arrendats i en treien importants quantitats de diner.Treton, 2010, I, p. 116-119. La preservació d'importants prerrogatives lligades a la senyoria banal dels forns i de les mesures de Perpinyà constituïa un eix prioritari de la política urbana dels templers. Aquest fet apareix clarament en la salvaguarda que els atorgà Jaume I el 7 d'agost de 1255. En recompensa pels nombrosos serveis rebuts, el rei prenia sota la seva protecció la casa del Masdéu, i totes les cases del Rosselló que li estaven subjectes. De forma especial aquest guidaticum del rei s'aplicà a la casa de Perpinyà.
El comerç de verdures i carn Gràcies a la seva forta implantació territorial, els templers disposaven d'emplaçaments ben situats vora els principals punts comercials de la ciutat. Una mostra de l'interés que mostraren per aquest negoci és l'adquisició, l'any 1237 per part del comanador Pere de Malon, d'un porxo que hi havia al davant de la casa del Temple, i pròxim al mercat de fruites i verdures. El porxo, que era de fusta, fou engrandit i reforçat amb pilars i murs de pedra.Treton, 2010, I, p. 126.
També s'interessaren pel comerç de la carn. El 1270, el comanador va establir a tres homes de Perpinyà una caseta situada vora la plaça del blat perquè hi paressin taules per vendre carn.Treton, 2010, I, p. 126 Aquesta implantació permetia als templers estar en contacte amb els ramaders, els carnissers i els pellaires.
El cuir A mitjan , quan amb Jaume I retornava la tranquil·litat al Rosselló, el Temple s'interessà per la indústria del cuir. Entre altres coses, construïren una adoberia vora la porta de Malloles i donaren en emfiteusi a tres blanquers uns terrenys situats a prop de la "blanqueria Templi" a fi que edifiquessin la seva casa. Sembla que explotaren directament aquest negoci fins a la fi del segle.Treton, 2010, I p. 130-131.
Els teixits Al mateix temps que el Temple treia profit del negoci del cuir, Perpinyà esdevenia un important centre del comerç dels teixits de luxe importats de Flandes i de l'Artois que es distribuïen per tot Catalunya. El Temple també va voler prendre part en aquest negoci i l'any 1272 arrendava un obrador a Berenguer Cocorell, un dels paraires més importants del Rosselló. El lloguer d'aquest obrador constituí una operació financera molt profitosa pel Temple, car el segle següent el draper en qüestió assolia fama internacional.Treton, 2010, I, p. 132. miniatura|Plànol de Perpinyà . La imatge és un gravat que presenta una visió fantasiosa de la ciutat on es veu la casa del Temple de planta rodona (clara influència del Temple de París) amb un rètol a sota que diu: "Temple du Chevaliers de Melthe".(Fuguet, 1989, apèndix gràfic, núm. 88.) La urbanització del barri de Sant Mateu (o Sant Francesc) A començaments del , la ciutat comprenia només l'actual parròquia de Sant Joan, a la qual aviat s'ajuntà el barri del Puig. Aleshores la població s'estengué cap al sud i cap a l'oest, vers les actuals parròquies de Sant Mateu i de la Real. Els barris nous de la vila, extramurs, es van construir entre l'actual plaça dels Peluts i el carrer gran de la Real i l'església de Sant Mateu, i sobretot en els terrenys compresos des de la porta de Malloles fins al límit del barri de Sant Martí. Aquests terrenys pertanyien majoritàriament als templers que ja tenien en els seus plans la idea de construir cases i crear nous carrers. El primer assaig de concessions de solars per construir és de 1215, quatre terrenys. L'operació urbanística més important tingué lloc quan els templers compraren un mansum amb una trilla,Una trilla segons el DCVB, és "un tros de terra prop del poblat, clos i amb casa, generalment regadiu i plantat principalment d'arbres fruiters". bordes i obradors a Perpinyà el 1232; sobre aquesta trilla es construí el futur barri de Sant Mateu.
Després, a partir de 1241 fins a 1282, els contractes d'establiments ad hedificandum es van multiplicar. La importància numèrica d'aquestes operacions es fa palesa en la gran quantitat de documents del cartulari del Masdéu ("Llibre de la Creu") que tracten de la construcció de cases a prop de la porta de Malloles.Vinas, 2002, p. 72; Treton, 2010, I, p. 137-143.
La definitiva construcció del que fou el nou barri de Sant Mateu no es va fer de manera uniforme sinó en dos moments. Primer es construí en el primitiu camí de Malloles, el qual, a començaments del XIII, es deia via Novella o carrer Nou i cap a mitjans del mateix segle carrer de Sant Francesc (ara és el carrer del Mariscal Foch). A partir d'aquesta via principal s'obriren carrerons transversals i paral·lels. Després, les construccions s'estengueren cap al Camp del Colomer, fins a l'hort de Sant Martí.
El barri de Sant Mateu comprenia els carrers —que encara existeixen ara— de la Llanterna, de la Panna (ara Aragó), de l'Hospital, del forn de Sant Francesc, limitats al nord pel carrer Nou. Crida l'atenció l'ordenació en quadrícula hipodàmica d'aquests carrers, fet que denota l'existència d'un pla urbanístic preestablert. VinasVinas, 2002, p. 72. constata que s'edificava a partir d'un plànol on els carrers de vegades apareixien abans que les edificacions.
L'any 1318, després que el Temple fos extingit, la major part dels seus béns, com arreu, foren cedits a l'Orde de l'Hospital de Sant Joan de Jerusalem. Les possessions del Rosselló passaren a formar part del Gran Priorat de Catalunya i es reorganitzaren en tres comandes, el Masdéu, Bajoles i Orla. La resta de sotscomandes dependents del Masdéu esdevingueren priorats. El priorat de Santa Maria del Temple de Perpinyà fou el més important; allí es custodiaren els arxius del Temple i de l'Hospital. Entre 1602 i 1631 regentà aquest priorat el banyolí fra Miquel Agustí, que fou probablement el més important dels priors del Temple de Perpinyà. Tingué especial cura per millorar el patrimoni immobiliari rossellonès, però sobretot és famós per haver estat l'autor del "Llibre del Prior".
A causa de la Guerra dels Segadors (1640), les propietats dels hospitalers de Perpinyà van sofrir notables estralls. Es coneix un memorial dels danys produïts per l'exèrcit espanyol a les cases del barri de Sant Mateu sobre les quals els hospitalers, com a hereus dels templers, percebien importants rendes. Diu el memorial que el barri fou incendiat i que cremaren 172 cases censalistes: "... Ponit que en lo insendi succehit als setze de juny prop passat en la vila de Perpinyà causat per lo exèrsit del Rey nostre señor que.s retiraren de Catalunya y de fet volgueren alotjarse en dita vila de Perpinyà cremaren en la parrochia de sant Mateu de aquella cent setanta dues cases en señoria directa de dita encomanda”... ".ACA, G. P, a. 37, l. 2, q. 1, "Transumpto fet de la Informatio rebuda ad futuram Rei memoriam de danys causats en la encomanda del Mas Déu per causa de la Guerra de 1640" (Publicat en part a Fuguet, 1995, p. 351).