Joseph Gallieni va governar el territori de l'Alt Senegal des de l'octubre de 1886, després de la interinitat de Monségur.
L'octubre de 1886 el govern francès va designar comandant superior a un vell conegut de la regió de l'Alt Senegal, el tinent coronel Joseph Gallieni. Els tractats del Congrés de Berlín de 1884 i 1885 havien fet lliure la navegació pel riu i els territoris assignats a cada estat europeu depenien dels tractats amb els reietons indígenes, i calia doncs fer els màxims possibles abans que els fes una altra potència. Joseph Gallieni va prendre possessió el novembre de 1886 de mans de Monségur i immediatament va començar a negociar amb Ahmadou de Kaarta i Ségou per tenir el camp lliure contra Mahmadou Lamine i el seu fill Soybou. També va enviar una ambaixada a Samori Turé dirigida pel capità Péroz
Segon aixecament de Mahmadou Lamine Per aquests fets vegeu Mahmadou Lamine.
Missió del Ouassoulou (Wassulu) Mentre el capità Péroz havia anat al Bissandougou per negociar amb Samori amb la missió anomenada "del Ouassoulou" (tinent Plat, doctor Fras, 4 spahis i 8 tiradors) amb regals per l'almamy. El fill de Samori, Karamoko, que havia visitat França, a la tornada havia parlat al seu pare sobre el que havia vist fins al punt que Samori va quedar convençut de que mai podria guanyar i estava disposat a acceptar les propostes franceses. Péroz va arribar a mitjan febrer de 1887; les negociacions foren dures, tenses en alguns moments, però finalment el 23 de març de 1887 es va signar el tractat dit de Bissandougou que garantia a França el riu Níger fins a Siguiri i el Tankisso fins al seu naixement, i posava els estats sofes de la riba dreta del riu sota protectorat de França; a més es garantia la llibertat de comerç de França amb l'Ouassoulou (Wassulu). Péroz va retornar aleshores pel Tankisso i pel camí va descobrir les fonts del Bakhoy, posant sota sobirania francesa les províncies del Ménien, del Sakho i del Kolou, al nord de l'alt Tankisso; el tinent Plat va descriure l'itinerari dels països travessats.
A Kayes el tinent coronel Gallieni ja havia rebut la resposta de Ahmadou Tall, en la que aquest manifestava voler la pau amb França. Així doncs la situació estava garantida i ara només calia aprovisionar les posicions disperses franceses al riu Níger, tasca encomanada al comandant Vallière des de Dianou.
Progrés de Kayes Als primers mesos de 1887 una nova expedició va establir relacions amb diverses tribus i amb els maures Oulad Mbarek i va retornar per Nyamina a Bamako. El comandant de Kayes, Monségur, va fer una bona tasca a la ciutat; es va crear un hospital, un cementiri, jardins i el barri europeu es va rodejar de factories, despatxos i industries; la vila indígena es va reformar amb carrers rectes i sanejats; es va formar una zona de llibertat anomenada "Gallieni" i es va crear l'escola d'Ostatges on foren enviats els fills dels caps dels estats recentment sotmesos. L'avituallament de Kayes fins a Diamou es feia en tren; després, fins a Badumbé, en piragües pel riu Senegal excepte entre els ràpids de Gouina i de Kalé que es feia en un petit "Decauville"un petit tren i vagons utilitzat sovint a les mines o en recorreguts curts, que agafava el seu nom del cognom del fabricant que obligava a carregar i descarregar dues vegades; i de Badumbé a Bamako es transportaven en vehicles de ferro. El comandant superior va fer establir una bona carretera de terra de 5 metres d'ample des d'on acabava el ferrocarril fins a Bamako; els treballs dirigits pel tinent Ambrosini, van avançar ràpids i van arribar a Bafoulabé el febrer de 1887.
Segona interinitat de Monségur El 15 de maig de 1887 Gallieni va deixar el comandament interí a Monségur i va marxar cap a França. Monségur fou comandant superior suplent fins a la tornada de Gallieni el novembre. La seva darrera ordre fou al capità Fortin, al que va manar fortificar Bani, nus de les rutes de Gàmbia a Bakel i Kayes, després de saber que Mahmadou Lamine estava reclutant partidaris al Niani
Gallieni va recuperar el comandament a la seva tornada el novembre de 1887. El comerç tornava a estar actiu i s'havien creat escales al Senegal on els comerciants anaven en massa; als mercats es veien productes nois com la mantega de karité i el cautxú. Però altre cop a l'hivern Mahmadou Lamine tornava amb les seves predicacions aixecant la gent al Niani; aviat li van arribar guerrers de totes parts del Niani, del Sandougou i del Saloum; d'altra banda va aturar al governador de la colònia del Senegal amb ofertes de submissió; a finals d'any disposava de 4000 homes entre els quals gent de Toubakouta i els seus talibesestudiants islàmics del marabut que formaven un cos de 1500 homes fanàtics. Sobtadament el marabut va atacar Nétéboutou, capital del Ouli, la va saquejar i cremar i va matar el seu rei Malamine, un dels reis que recentment s'havia posat sota protectorat de França; els habitants foren agafats presoners. Tot seguit va ocupar Macadiacounda, una altra població forte del Ouli; el capità Fortin va enviar reforços manats pel rei de Bundu, Usman Gassi, revoltat contra el rei Amadi Cire Suma però al que França reconeixia. Usman Gassi va derrotar el marabut i el va rebutjar cap a Toubakouta, però tot i així els seus partidaris no paraven d'augmentar; Mahmadou-Lamine planeja envair el Bundu; els caps indígenes del Ouli, amenaçats pel marabut, van reclamar l'ajut francès.
Tercer aixecament de Mahmadou Lamine Per aquests fets vegeu Mahmadou Lamine.
Fort de Siguiri Mentre el tinent coronel Gallieni va organitzar una columna destinada a crear un fort a Siguiri. Eren 600 km i fins a Niagassola el camí era conegut però després ja no. També calia arranjar el pas del Laoussa més amunt de Bafoulabé, on s'havien de travessar tres marigots successius i una frondosa selva.
La columna es va concentrar a la riba dreta del Galougo, límit del ferrocarril; el tinent Vittu de Kerraoul fou enviat a buscar el camí millor al sud de Niagassola mentre el guàrdia d'artilleria Oswald es cuidava de fer practicable el pas del Laoussa; els telegrafistes també es van avançar per perllongar la línia telegràfica de Niagassola a Siguiri. Oswald va construir tres ponts (anomenats Gallieni, Faidherbe i Desbordes) que permetrien passar el Laoussa i després va obrir un camí ben fet al mig de la seva. El 28 de desembre de 1887 Gallieni va passar el Laoussa sense dificultat i va arribar sense problemes fins Niagassola. Allà fou informat d'emissaris de Samori que agitaven el Bouré i altres estats volent impedir l'establiment francès a Siguiri.
Gallieni va dirigir la columna fins al Níger per ocupar els gués de la rodalia de Siguiri i perseguir a les bandes de sofes que poguessin presentar-se i protegir la brigada telegràfica. La columna va seguir i va creuar el Kokoro per un pont penjat iniciativa de Kerraoul. Després de trobar diversos marigots que foren creuats amb dificultat passant per Bougourou, Sétiguia i Balato, va arribar a Siguiri el 23 de gener de 1888. La població estava buida igual que la rodalia havent fugit tothom a la riba dreta del Níger enfront a la població. D'acord al tractat de Bissandougou, Siguiri corresponia a França, ja que estava a la riba esquerra del riu. La manca de població feia que la columna tingués pocs queviures. No obstant els indígenes van anar retornant.en la mentalitat francesa era Samori qui els impedia tornar, però aquest estava fent la guerra bastant lluny contra el rei Tieba de Kénédougou (1877-1893) i era més probable que fos degut a la por del estranger ja que els francesos eren desconeguts per la immensa majoria i la seva fama de confiscadors i de fer treballar forçadament ben segur els havia precedit Gallieni va elegir un lloc pel fort, un altiplà que dominava Siguiri a uns 800 metres del riu, i van començar els treballs el 25 de gener; el fort fou acabat l'abril amb una muralla de 600 metres per 4 d'altura de forma pentagonal i amb bastions als angles amb un canó en cadascun; prop de les muralles es va establir un "village de liberté" pels refugiats emigrats de la riba dreta del Níger.
Gallieni va deixar al fort al capità Roiffé i 15 canoners, amb provisions per un any, i va retornar a Kayes. Els seus oficials van explorar la regió: Mademba el Bouré i els territoris malinkes a l'oest del Bakhoy (Sakho, Ménien, Bidiga, Goro, Gadougou i Baniakadougou); el tinent Famin va passar per Sétiguia, Goubanko, Kita, Fangalla, i els afluents del Bakhoy fins al Baoulé, i va descobrir el Kénié-Ko. El tinent Reichemberg va estudiar la ruta Siguiri-Bafoulabé per Nabou, la riba dreta del Bafing i Koundian, i va descobrir el riu Koba, afluent del Bafing per l'esquerra; el tinent Rouy, el curs del Kokoro i la part entre Kangaba i Niagassola; el tinent Bonaccorsi el Galougo via Balandougou, Kafoulabé, el Fontofa i el Konkodougou. I el tinent Vittu de Kerraoul va acabar de reconèixer el Falémé i el camí entre l'alt Gàmbia i l'alt Senegal per Tombé, Satadougou, Médina i Gondoho, (capital del país de Dentilia) des d'on va arribar a Kénieba i Tombokané.
Exploracions encarregades per Gallieni Gallieni també havia enviar exploradors al Futa Djalon i als territoris al nord del Bélédougou. Al primer va enviar al capità Oberdorf intentant establir el protectorat; una marxa militar de la companyia de tiradors manada per Audéoud tenia per objecte impressionar als naturals del país. Al Bélédougou va enviar al comandant Vallière amb la missió de netejar la zona de bandolers generalment maures que amenaçaven la penetració francesa cap al nord.
Vallière amb dos companyies de tiradors i una companyia de spahis va expulsar els maures de la vall Baoulé, sent ben acollit pels bambares i per la gent del Kodala, del Kaniaga, del Sarana i del Kala; va poder aixecar una carta de tota la regió en especial el curs del Baoulé. Va retornar a Bamako a final de febrer de 1888 i va tornar a marxar per reunir-se amb Gallieni a Siguiri; pel camí va rebre l'orde de castigar a Mambi, el cap de Kangaba, que, per inducció de Samori es va retirar a la tata de Minamba-Farba, a 1500 metres de la riba dreta del riu, incitant als indígenes a resistir als francesos. Vallière el va atacar a Minamba-Farba que fou assaltada però Mambi va poder escapar a temps. Però la derrota va fer refredar les ganes de revolta a la gent de la zona. El comandant Vallière va instal·lar à Kangaba una petita guarnició per reforçar la ruta Bammako-Siguiri, i després va marxar a Siguiri on va arribar el 15 de març de 1888.
Tercer intent cap a Tombuctú Gallieni havia ordenat al tinent Caron d'estar llest per anar en vaixell pel riu fins a Tombuctú. Caron era a la drassana de Manambougou, on havia preparat una segona canonera amb material local, que fou batejada com "Le Mage" de 25 metres i 1000 tones de capacitat; però quan va rebre l'ordre del comandant superior el juny de 1887, com que el motor de vapor havia de venir de França i no arribava a temps, va decidir prescindir d'aquest vaixell i anar amb la canonera més un vaixell de càrrega. Al passar per Bamako s'hi van unir el doctor Jouenne i el sotstinent Lefort. Va sortir de Bamako l'1 de juliol de 1887; fins a Diafarabé va trobar bona acollida dels bambares i aigua suficient per navegar; després va penetrar en territori de Macina on governava Ahmad al-Tidjani, nebot d'al-Hadjdj Umar. Ahmad dominava a Macina, Djenné, Guilgodi, Liptako i fins a Safay a 150 km més amunt de Tombuktú. Els peuls, bambares i bobos del seu imperi l'obeïen.
De camí a Macina Caron va enviar una carta al sobirà de Bandiagara demanant permís per passar pels seus territoris, però considerant molt possible un refús, va avançar fins a Mopti per seguir després encara que el permís fou denegat.