L'Armada de Mèxic va ser creada des de la consumació de la independència, el 1821, encara que va ser al quan va adquirir més importància i atenció per part dels governs. El 26 de gener de 1912 es va publicar en el Diari Oficial de la Federació l'Ordenança General de l'Armada. El 31 de desembre de 1994 (aquesta data està mal referenciada) va ser creada la Secretaria de Marina (a partir de 1940) com a entitat rectora de l'Armada de Mèxic, fins aleshores havia depès de la Secretaria de Guerra i Marina.
Antecedents Es coneix com a comerç, en termes històrics, el principal generador de la creació de la navegació al món, així com de la marina de guerra, ja que després d'això, es va generar la necessitat de protegir les mateixes embarcacions dels pirates que volien apoderar-se dels béns que hi transportaven per qüestions de riquesa i valor econòmic. Aquest fenomen és el més estudiat i conegut al món, ja que moltes vegades a la història s'apunta cap als pobles europeus com a pioners, ja que circumdaven el Mar Mediterrani. Al llarg de la història, amb el desenvolupament de noves tècniques i eines de navegació, es van començar a utilitzar els vaixells com a instrument dels exèrcits per transportar soldats a llocs allunyats del seu territori i protegir les poblacions de possibles atacs de pirates, tots principalment vinculats al tema militar terrestre.
La primera batalla naval registrada de la història va ser la batalla del Delta del riu Nil, en temps de Ramsès III (segle 12 aC).
Una altra famosa batalla naval va ser la batalla de Salamina entre grecs i perses, durant les anomenades Guerres Mèdiques (any 480 aC), relatada per Heròdot en les seves històries.
L'activitat naval a Mèxic s'inicia amb les activitats marítimes que els pobles indígenes van desenvolupar a Mesoamèrica, en la cultura i coneixements que es van heretar d'Espanya -on s'ajunten els coneixements de diverses cultures que van navegar pel Mar Mediterrani-, així com la dels primers navegants que van recórrer en les seves expedicions les costes d'Àfrica i l'Índia. Amb l'avanç cada vegada més rellevant dels coneixements i experiències que havien après els uns dels altres, quan finalment es van creuar l'Oceà Atlàntic va arribar a les costes del continent americà.
Abans de l'arribada de les primeres exploracions espanyoles el 1521, el territori mexicà es trobava dirigit per petites nacions diferents en qüestions de política i cultura. Les cultures principals i més poderoses es trobaven assentades en l'altiplà mexicà, la qual cosa els situava lluny del mar, ja que eren separats del litoral per les grans formacions rocoses de la Sierra Madre Oriental i la Sierra Madre Occidental. Els pobles costaners, que es trobaven per aquell temps menys desenvolupats i que, a més, molts dels quals havien de pagar tribut als altres, van practicar la navegació fluvial i marítima amb l'únic propòsit de pesca i en alguns casos qüestionis comercials; és cert, doncs, que fins al moment no es disposa de cap referència fidedigna que esmenti l'ocupació d'embarcacions militars. Tanmateix, no es dona per fet que aquestes no haguessin existit, ja que es pot arribar a pensar que alguns pobles costaners podrien haver utilitzat petites embarcacions amb el propòsit de transportar soldats a una àrea de batalla o inclusivament es podria parlar dels asteques que, per ser una cultura principalment guerrera i dependent del seu exèrcit al qual devia el seu poder, usava aquestes embarcacions para per sortir a combatre des de Tenochtitlan pel llac de Texcoco.
Si ens remuntem a la més antiga civilització de Mesoamèrica, que va existir aproximadament en els anys 1500 aC i que va desaparèixer cap al 900 aC, va ser la cultura Olmeca; d'aquesta cultura es tenen molt pocs vestigis arqueològics, si parlem en termes marítims, la informació és molt reduïda. Malgrat això, els Olmeca eren una civilització establerta a les costes mexicanes, en una zona que va anar densament fluvial i pantanosa que avui coneixem com els estats de Tabasco i Veracruz, per la qual cosa molts suposen que van utilitzar la navegació a través de les canoes, fet que va ser confirmat pels arqueòlegs mexicans Ramón Pinya Chan i José Luis Covarrubias, que en el seu llibre titulat El Puieblo del Jaguar, els Olmecas Antics, expliquen que a La Venda s'havien trobat unes representacions a estil de canoes, fcosa que les va fer suposar que navegaven del riu Tonalá amb direcció al mar.
Temps després, els maies van desenvolupar una gran quantitat de coneixements científics en diferents camps de l'astronomia, de la matemàtica, l'arquitectura, la medicina així com l'enginyeria, aquests coneixements han sorprès gran part de la comunitat científica actual i que encara són objecte d'estudi en diferents camps de la ciència moderna, trobat en els objectes arqueològics. Els mayas fins i tot van arribar a ser coneguts com a navegants i artesans navals, ja que van ser aquestes embarcacions les que es van trobar per primera vegada amb els espanyols en una de les primeres expedicions en el nou continent, no po res J. Eric S. Thompson va cridar a la cultura maya com "Els Fenicis del Nou Món". Bernal Díaz del Castillo escriu en les seves cartes que en Catoche, situat a l'extrem nord-est de Yucatán, haver vist "deu canoes molt grans plenes d'indis que venien a rem i vela", explica després com eren aquelles canoes, "aquestes són canoes fetes a manera de artesas i són grans i de maderos gruixuts i cavats... i moltes d'elles en què caben quaranta indis". Cristòfor Colom va escriure després del seu quart viatge, la qual cosa sembla la trobada espanyola amb una d'aquestes "canoes" que va trobar prop de les anomenades Illes de la Badia a Hondures, descrivint-la del llarg d'una galera i d'uns cinc colzes d'ample, la qual cosa avui seria com d'uns 2,5 m aproximadament. Avui se sap que les rutes marítimes dels maies abastaven la regió de la Huasteca, Centreamèrica i algunes illes del Carib, transportant mercaderies de diversos llocs que visitaven per a la seva venda.
Un altre exemple dels antecedents de la història mexicana naval és el dels asteques, als quals es pot reconèixer com una cultura aquàtica d'assentament lacustre, ja que la seva civilització es va desenvolupar enmig del llac de Texcoco, per la qual cosa van tenir la necessitat de transportar-se sobre chinampas unides entre elles amb la finalitat d'aconseguir blocs comunicats per canals. Els espanyols van quedar simplement meravellats amb l'estètica de Tenochtitlán. Bernal Díaz del Castillo descriu l'arribada d'espanyols a Iztapalapa el 8 de novembre de 1519 escrivint el següent: "ens quedem admirats i dèiem que parescía a les coses d'encantament que expliquen en el llibre de Amadís, per les grans torres i cúes i edificis que tenien dins de l'aigua, i tots de calicanto, i àdhuc alguns dels nostres soldats deien que si allò que veien si era entre somnis, i no és de maravillar, que jo ho escrigui aquí desta manera, perquè hi ha molt per a ponderar en això i no sé com ho expliqui, veure coses mai sentides ni vistes ni àdhuc somiades com vam veure…"
Els indígenes i espanyols serien els protagonistes d'una de les paradoxes més interessants en la història de Mèxic, perquè va ser a la regió coneguda com a altiplà, que es troba a 2.300 msnm, que es va iniciar la història de la construcció naval en el continent d'Amèrica, quan Cortès va decidir manar a construir en Tlaxcala tretze bergantins que després servirien per posar en lloc a la gran Tenochtitlán generar-se una batalla naval en el mateix llac de Texcoco entre les embarcacions espanyoles i les canoes asteques, corresponent la victòria als espanyols el 13 d'agost de 1521. Hernán Cortés, després de la derrota del 30 de juny de 1520 coneguda com la de La Nit Trista, i la seva experiència guanyada en la batalla durant la qual molts dels seus cavalls i soldats van morir en els talls de les calçades, va creure convenient que la millor manera per atacar i guanyar amb èxit la batalla era utilitzar una mobilitat militar combinada per dues forces, és a dir enviar un atac per aigua i un altre per terra. miniatura|Estat primitiu del llac de Texcoco, lloc on van navegar les 12 bergantins de Cortès. Va manar de fer, doncs, a Tlaxcala, 12 bergantins (encara que aquest canviaria d'idea i després serien tretze), iniciant-se la seva construcció cap a octubre de 1520 i concloent-se aproximadament pels mesos de febrer o març del següent any. Sembla gairebé impossible i estrany la de fabricar, en Tlaxcala, que era un poblat molt terra endins la quantitat més gran de les parts dels navilis, ja que després de la creació de les mateixes havien de ser transportades pel que serien gairebé 100 km per un terreny muntanyenc, fins a arribar a Texcoco de Mora que es trobava llavors a les ribes del llac de Texcoco. La reposada es troba que els tlaxcalteques, llavors, eren el principal i únic suport que tenien en aquests dies els espanyols. Malgrat això, gràcies a l'ajuda dels mateixos que els hi oferien el millor possible, i dels fusters i ferrers la forassenyada idea es va tornar realitat. Abans del començament de les obres, ja Cortesa havia enviat a Santa Cruz a Veracruz perquè li portés a Tlaxcala dels vaixells que havien estat desmantellats algunes parts com les ancores, el clavaó, les estopes, les veles, els cables i unes eixàrcies, així com d'uns calders que servirien per fer la brea; amb això, els mariners van fer una resina anomenada peix, que és necessària per a les juntes i el calafateig de les embarcacions en uns pujols propers a Tlaxcala en Huejotzingo. El fuster, Martín López, que s'especialitzava en obres navals i que ja havia construït 4 bergantins que havien estat cremades pels indígenes en La Nit Trista, va dirigir l'encàrrec que li hi havia impost Cortès, per octubre de 1520. López va arribar a Tlaxcala amb les eines necessàries per després començar a buscar a les muntanyes que es trobaven a prop la fusta d'alzina, pi i roure que caldria per a la seva construcció.
Els bergantins al final de la seva construcció van ser provats en el riu Zahuapan el qual els indígenes havien estancat per complir aquell propòsit. Al final d'aquestes proves els bergantins van ser desbaratats una altra vegada per així aconseguir el seu transport de Tlaxcala a Texcoco de Mora, on tornarien a armar-se i serien dotats d'artilleria. L'operació de la defensa de les peces en el seu transport a Texcoco (ja que era un volum molt considerable de fusta i aparells), va estar a càrrec de Gonzalo de Sandoval, que devia creuar muntanyes, passant per terres enemigues, pel que es va fer de dos-cents soldats espanyols, 20 escopeters així com ballesters i 15 de cavalleria, més gran part de l'exèrcit tlaxcalteca.
A la seva arribada a Texcoco van començar a cavar amb la finalitat de crear un pou a manera de dic que serviria per armar els bergantins, construint també una rasa que comuniqués al dic amb el llac. Les mesures de els bergantins, segons C. Harvey Gardiner, podrien haver estat d'aquestes característiques, per tal com comptaven amb pocs recursos: aproximadament una eslora d'entre 11,76 m i 13,44 m això, per a l'embarcació que comandaria a les altres. Si tenim en compte l'amplària del canal de Texcoco, devia ser de 3,92 m i la màniga màxima d'uns 2,24 a 2,52 m com a màxim, un calat aproximat d'entre 56 i 70 cm i una altura lliure d'1,12 m.