Huancayo (en quítxua Wankayuq), fundada com a Santíssima Trinitat de Huancayo l'1 de juny de 1572, és la ciutat més important de la serra central del Perú al sud del Valle del Mantaro. És el districte capital del departament de Junín i de la província de Huancayo. La zona va ser habitada pels huancas, els qui després formarien part del Regne Huanca.
Van ser annexats a l'Imperi Inca, i va esdevenir un lloc amb una convivència de convulsió i repressió per part dels inques. L'1 de juny de 1572, va ser fundada com a «Poble d'Indis» per don Jerónimo de Silva i reclamada a la Santíssima Trinitat, i va prendre el nom de «Santíssima Trinitat de Huancayo». És famosa pel seu apel·latiu de Ciutat Incontrastable, també és coneguda per una fira artesanal que s'estableix tots els diumenges en la cèntrica avinguda de Huancavélica, així com pels paisatges originals, la vall, la seva història, i les seves artesanies.
La ciutat de Huancayo, segons l'Institut Nacional d'Estadística i Informàtica és la novena ciutat i la sisena àrea metropolitana més poblada del Perú, albergava l'any 2014 una població de 501.384 habitants.
Toponímia El nucli de la ciutat de Huancayo definit pels districtes metropolitans de Huancayo, El Tambo i Chilca segons l'Institut Nacional d'Estadística i Informàtica és la novena ciutat més poblada del Perú i albergava l'any 2007 una població de 336.349 habitants. No obstant això, el Pla de Desenvolupament Urbà de la Municipalitat Provincial de Huancayo del 2006 reconeix que l'àrea d'aglomeració urbana morfològicament ja es va estendre fins als districtes de Huancán, Pilcomayo, Sant Agustín i Sapallanga contant en total aproximadament 420.000 habitants projectats pel 2012. http://www.inei.gob.pe/biblioineipub/bancopub/Est/Lib0842/index.htm INEI
Etimologia La paraula wankayuq es compon de l'arrel wanka (‘pedra’) i el sufix derivatiu -yuq (‘el que té’), morfema comú en altres toponímies del Valle del Mantaro. En aquest sentit, una traducció del nom seria «El lloc de la pedra». Aquesta teoria s'acompanya amb una tradició oral d'aquesta ciutat que assenyalava que en la localització de l'actual Parc Huamanmarca, existia en els inicis de la població una pedra ovalada de considerables dimensions. Actualment no existeix aquesta roca ni indicis del seu emplaçament. Segons altres teories s'afirma que el nom originari de Huancayo era "Wuancamayo" per les dues veus quechuas "wanka" (pedra) i "mayu" (riu).
Història miniatura|Pileta de la Plaça de la Constitució. miniatura|Plaça de la Constitució. miniatura|Església Immaculada miniatura|Església La Mercè
Època prehispànica Antigament, la zona es trobava habitada per la nació Wanka cap al 1200 aC aproximadament, els quals van tenir fama d'aguerrits i indòmits guerrers. L'activitat principal era l'agricultura.
Els Wankas eren una nació de la qual no se sap gaire de la història. Es va desenvolupar a la Vall del Mantaro a la zona centre i sud, especialment al costat dret del riu Mantaro, cap a la zona de nord-oest situat en Ahuac, Huachac i altres pobles, on es troba el centre poblat i la fortalesa Wanka encara existent en el cim del turó Watury. Després de les guerres, opressió i invasió d'altres pobles s'inicia l'aïllament i el creixement d'aquests a la vall les restes de la qual encara queden com els situats en les localitats de Cotocoto (actual districte de Chilca) i Ocopilla (actual zona aquest del districte de Huancayo). Va ser la Cultura Wari, els qui van iniciar la invasió, el centre principal de la qual se situa en el que és avui el departament de Ayacucho) la primera que, cap al va començar una expansió cap al nord. Els pobles de la Zona centro de la vall Wanka van formar part del que es va conèixer com a Imperi Huari. D'aquesta època són les restes del poblat de Huari de Huarivilca. La caiguda d'aquest imperi va ser seguida del sorgiment d'una altra cultura, la Cultura Inca. Cap a 1460, sota el mandat de l'Inca Pachacútec, els Inques van prendre el control de la regió i del territori, del qual se'n van annexionar només en part al seu imperi, ja que el medi estratègic per obrir noves rutes de comerç era el trasllat d'altres pobles limítrofs al Valle del Mantaro per obrir aliances i el camí reial per a la mobilització i proveïment de l'exèrcit imperial.
La naturalesa i la resistència dels wankas, així com la política de culturització dels inques (basada en la imposició de llur religió i idioma) va causar que en aquesta zona no es donés una convivència pacífica sinó que més aviat fos una zona de constant convulsió i repressió per part dels cusqueños. Certa crònica tracta d'una derrota d'una resistència dels Wankas del centre, als quals l'Inca va mutilar els braços de més de sis-cents guerrers Wankas en senyal de dominació, no obstant això malgrat la resistència de la fortalesa de Watury, la vall va ser aprofitada per la fertilitat i aquesta zona va ser un dels passos principals del camí inca que es dirigia al nord cap a les ciutats de Cajamarca i Quito.
La tradició oral assenyala que existia un Tambo inca (granja de vaques que venien la llet normalment al pormajor) (posada en el trajecte del Camí reial dels Inques), situada a una jornada del camí de Jauja al sud. Enfront d'aquest tambo existia un penyó de forma ovalada de considerables dimensions usada com adoratori. En aquesta localitat s'utilitzaven les aigües de l'actual Riu Florit que desemboca en el riu Mantaro.
Època colonial i fundació de la ciutat Durant la colonització, les forces espanyoles comandades per Francisco Pizarro van iniciar el seu viatge rumb a la ciutat del Cusco (capital de l'Imperi Inca) pels Andes. En aquest viatge es va realitzar la fundació de la ciutat de Jauja i el seu establiment temporalment com a primera capital del nou territori, merament amb finalitats polítiques per tenir aliances amb tribus del lloc. En aquest moment va existir un acord entre els conqueridors i els indígenes Xauxas per aconseguir la derrota de les forces incaiques que defensaven el lloc centre i sud de la Vall del Mantaro. Mostra d'aquesta col·laboració és l'actual escut d'armes de la ciutat, que li va ser atorgat pel mateix Rei Felip II a pesar que en aquells moments, Huancayo encara no existia ni com a llogaret. Els indígenes van ajudar a les forces conqueridores a canvi d'un blasó. Va ser inicialment fundada com a poble, més endavant com a ciutat.
Després de la conquesta, els espanyols es van anar assentant a les valls que trobaven més adequades. Francisco Pizarro va fundar la ciutat de Jauja i la va establir estratègicament com la primera capital del Perú. El camí al sud que passava pel tambo camí al Cusco es va anar poblant a poc a poc.
L'1 de juny de 1572 va ser fundada com a "Poble d'Indis" per Don Jerónimo de Silva i Advocada (Dedicada) a la Santíssima Trinitat, prenent el nom de "Santíssima Trinitat de Huancayo". Després d'això, i a pesar que seguia sent un tambo o posada dels viatgers, el Virrei Don Francisco de Toledo la va fer centre d'encomana amb ayllus distribuïdes al seu al voltant: Ayllu Huamanmarca, Ayllu Caixes, Ayllu Tambo, Ayllu Auquimarca, Ayllu Gualahoyo, Ayllu Plateros, etc. Des d'aquests temps, la ciutat es va formar al voltant del camí inca, situació que es manté en l'actualitat. El camí inca es va convertir en Carrer Reial que travessa de nord a sud la ciutat i n'és el centre de la seva organització i vida.
El 8 de novembre de 1580, es va iniciar la construcció d'una petita capella anomenada "Santíssima Trinitat de Huamanmarca" (en reemplaçament de la roca que servia com adoratori). Aquesta església va ser acabada l'any 1619 però d'ella no existeixen restes. Els terratrèmols i el pas del temps van causar seriosos estralls en l'estructura. L'any 1861 estava totalment en ruïnes i finalment es va enfonsar amb el terratrèmol en 1876, les pintures van ser portades a la Capella de "La Mercè", situada 500 metres més al nord, els registres de naixement es conserven des de 1712, intactes en els arxius parroquials.
En 1616 el cronista Felipe Huamán Poma d'Ayala va passar per Huancayo, va relatar que ell havia trobat un tambo i cases d'espanyols dedicats al arrieratge (lloc on es tragina amb animals de càrrega).
El temple matriu, va ser construït en un terreny que van donar veïns notables. Les obres van començar el 18 de març de 1799 i va ser acabat el 18 de març de 1831. Actualment és la Catedral de la ciutat situada a la Plaça Constitució. En aquesta plaça, anomenada abans «del Comerç», es va jurar la «Constitució Liberal de Cadis» el 1813. És per això que es va modificar el seu nom.
Guerra de la independència Durant l'etapa de la Independència, Huancayo va proclamar i va jurar la independència nacional el 20 de novembre de 1820 (8 mesos abans de la proclamació de la independència pel general José de Sant Martín). En el seu trajecte per prendre la capital del virregnat des dels Andes, el general Juan Antonio Álvarez d'Arenals i el seu exèrcit van passar per la vall rumb a Pasco. A Huancayo es va reaprovisionar i va continuar el seu viatge cap al nord. Després de la partida d'aquest contingent, la ciutat va quedar desprotegida. Enmig d'aquesta situació, un batalló de soldats independentistes sota el comandament del major José Félix Aldao, arriba a la ciutat perseguit pels exèrcits reials. Davant aquesta situació, els habitants de la ciutat van organitzar una milícia armada amb poques armes de foc i moltes llances i fones.
La quantitat de milicians sumava al voltant de 5.000 entre natius huancas, criolls i mestissos. En aquestes condicions es va donar, el 29 de desembre de 1820 en el lloc conegut com a Azapampa (situat al sud de la ciutat en l'actual districte de Chilca), l'enfrontament en contra de l'exèrcit reial fortament armat i que comptava a més amb cavalleria i artilleria. El resultat d'aquest enfrontament va ser tràgic pels independistes, es va desenllaçar una carnisseria despiadada de la qual pocs milicians van fugir.
Després d'obtindre la independència, el Governador Provisional José de Torre Tagle li confereix a Huancayo el Títol de «Ciutat Incontrastable», el 19 de març de 1822, ratificant-se aquest títol pel govern provisonal de José de la Mar el 5 de febrer de 1828.
El general Simón Bolívar va arribar a aquesta vall el mes d'agost de 1824, quan ja era dictador suprem del Perú. En aquesta ocasió va premiar molts herois i va brindar reconeixement als soldats patriotes, que van ajudar a la independència total dels diferents estats sudaméricans. També expulsa de la regió els frares franciscans del convent de Ocopa per considera'ls segons el seu parer «reialistes recalcitrants».
Època republicana Després de la batalla de Yungay, on va guanyar l'expedició xileno-peruana a la Confederació Peruana Boliviana, durant la gestió de l'autoproclamat president del Perú, Agustín Gamarra, es va realitzar una Assemblea Constituent que va votar una carta política conservadora en 1839.
El 31 d'octubre de 1854, el Mariscal Don Ramón Castella, enmig dels enfrontaments caudillistes que van caracteritzar les primeres dècades de vida de la nova República, s'enfronta a José Rufino Echenique vencent-lo en la batalla del turó de Cullcos (llom d'animal) anomenat actualment "Cerrito de la Llibertat" situat a l'est de la ciutat. Castella va triar la ciutat de Huancayo com a seu del seu govern, des d'on va decretar una de les seves més famoses disposicions. El 3 de desembre de 1854, en un immoble situat a l'antiga plaça del Comerç (avui "Plaça Constitució" en la cantonada dels carrers Real i Giraldez, centre neuràlgic de la ciutat) va decretar l'abolició de l'esclavitud al Perú així com la fi del tribut indígena. Aquest immoble va ser declarat Monument Nacional per Llei Nº 12064. No obstant això, a causa d'una ampliació del parc, va ser demolit l'any 1967.