L'origen del nom de Nicaragua no està del tot clar, i encara avui divideix els historiadors i estudiosos del llenguatge. Segons una versió, prové del náhuatl nic-anahuac (fins aquí els d'Anahuac), una altra versió, considera que prové d'una veu maia. Hi ha, a més, entre d'altres, la més difosa versió encara que també la menys recolzada pels experts, segons la qual el nom "Nicaragua" es deriva del nom de Nicarao, qui suposadament va ser un cap amerindi assentat al territori de l'actual departament de Rivas que va rebre els primers conqueridors espanyols a la vora de l'actual Llac Cocibolca, de Granada o Gran Llac de Nicaragua, al qual Gil González Dávila va anomenar "la Mar dolça".
miniatura|Mapa d'Amèrica Central el 1860.
Època colonial El primer europeu a posar el peu a Nicaragua va ser Cristòfor Colom, que es va refugiar d'una tempesta en doblegar la desembocadura del riu Coco al cap Gracias a Dios, a la costa del Carib, el 12 de setembre de 1502 en el seu quart i últim viatge.
El primer conqueridor que va visitar part de les regions costaneres del Pacífic nicaragüenc, a 1522 - 1523, va ser Gil González Dávila, que durant el seu recorregut va tenir contacte amb un poderós cacic indígena anomenat Nicaragua, Niqueragua o Nicarao, en els dominis es van batejar 9.017 persones i es van recollir 18.506 pesos d'or baix. Després González Dávila es va traslladar a un territori anomenat Nochari, situat unes sis llegües al nord de la cort del rei Nicarao, on habitaven cinc reis anomenats Ochomogo, Nandapia, Mombacho, Moratí i Gotega (Coatega). Allà es van batejar 12,607 persones més, i un poderós rei anomenat Diriangén vi amb un sumptuós seguici a entrevistar-se amb 'els espanyols, però al cap de pocs dies va tornar per atacar-los. L'expedició va aconseguir vèncer a les tropes de Diriangén, però va haver de retirar-se als dominis de Nicarao, on hi va haver un altre enfrontament amb els indígenes. Finalment, González Dávila va optar per marxar cap al sud, i al golf de Nicoya va reembarcar amb destinació a Panamà, sense haver deixat cap fundació.
En 1524, Francisco Hernández de Córdoba, enviat pel governador de Castella de l'Or Pedrarias Dávila, va fundar les dues primeres ciutats en el que seria més tard Nicaragua: Granada, a la vora del Llac Cocibolca, i Santiago de los Caballeros de León, a la vora del Llac Xolotlán.
Sota la governació de Pedrarias Dávila la terra que després seria anomenada Nicaragua va patir una alarmant despoblació pels abusos de Dávila, qui va fer gala un extremat salvatgisme en la cerca de recursos i esclaus per les mines de Potosí, i per servir de vaixells de càrrega. A l'anterior es van unir les epidèmies de malalties desconegudes, algunes d'origen europeu que aniquilaven als indígenes, i les pròpies de la terra, que feien efecte en els conqueridors. Els abusos que aquest governador cometia en la seva contínua recerca de la riquesa va forçar a fugir a la població. Indis i espanyols, van ser víctimes per igual dels mètodes d'exacció que Dávila va posar en pràctica. Dávila va morir amb 96 anys el 6 de març de 1531 i el va succeir Rodrigo de Contreras que va governar el territori des 1534 fins a 1542 seguint el camí d'abusos que Dávila havia iniciat.*
Durant el període colonial, Nicaragua va formar part de la Capitania General de Guatemala. Durant aquest període Nicaragua va ser la principal via de comunicació entre el Pacífic i l'Atlàntic, ja que tenia un sistema de transport lacustre que facilitava el moviment de matèries i persones a regions limítrofes. El Realejo va ser especialment un dels ports principals al Pacífic on es van construir gran part dels galeones entre Manila i Acapulco. El Realejo, entre els segles i principis del XIX, va servir com un dels ports principals en el comerç d'esclaus per les colònies al Pacífic com Perú, Equador, Colòmbia, Acapulco, etc. i com a punt de concentració de les riqueses que es van obtenir per mitjà del comerç bimetàl·lic (Plata per a la Xina mitjançant Manila, i or per a Espanya. Gran part d'aquests moviments, van passar Nicaragua, ja que era la més fàcil i millor protegida, tot i així Nicaragua va ser atacada per diferents nacions, Anglaterra en particular.
Al , els anglesos es van establir a la Costa dels Mosquits, així anomenada pel nom dels habitants indígenes miskito, amb els que els anglesos es van mantenir en bones relacions. Van fundar allí la ciutat de Bluefields.
Fins a la fi del , l'actual territori nicaragüenc estava dividit en una governació (Nicaragua, amb capital a Lleó) i els corregimientos de Chontales, El Realejo, Matagalpa, Monimbó i Quezalguaque. En 1787, aquests corregimientos van ser suprimits i, juntament amb el corregimiento de Nicoya, annexats a Nicaragua, que va esdevenir una Intendència del regne de Guatemala.
En les Corts de Cadis, la Intendència de Nicaragua va estar representada pel llicenciat José Antonio López de la Plata, qui juntament amb el seu col·lega de Costa Rica Florencio del Castillo va aconseguir en 1812 que es creés la Província de Nicaragua i Costa Rica, com a unitat política i administrativa diferent de Guatemala. Aquesta província va desaparèixer a causa de la restauració absolutista de 1814 i va ser restablerta el 1820, en posar-se novament en vigència la Constitució de Cadis. L'Intendent de Nicaragua, Miguel González Saravia y Colarte, es va convertir en Cap Polític Superior de la província de Nicaragua i Costa Rica. La província es dividia en set partits: Costa Rica, El Realejo, Granada, León, Nicaragua (Rivas), Nicoya i Nueva Segovia.
Independència de Centreamèrica
Els esdeveniments independentistes de Mèxic, en concret la posada en marxa del Pla d'Iguala provocaven molta agitació en les províncies que havien pertangut al regne de Guatemala i que en el marc de la Constitució de Cadis ja havia deixat de ser una sola unitat política: Chiapas, Guatemala (amb El Salvador), Comayagua (Hondures), i la Província de Nicaragua i Costa Rica.
Amb la total indiferència de les classes populars, els grans terratinents i la jerarquia catòlica s'havien anat definint en dos gran grups i cada un editava un diari. El grup proindependentista, que editava el diari El editor constitucional, estava encapçalat per Pedro Molina, José María Castilla, Manuel Monfúfar i José Francisco Barrundia. L'altre grup era partidari d'estar a l'expectativa i veure què passava. Aquest editava el diari El amigo de la patria i l'encapçalava José Cecilio del Valle.
El territori de Chiapas, que fins a 1820 havia pertangut al regne de Guatemala, es va adherir al pla d'Iguala i es va annexionar a Mèxic. Cinc dies després, el 15 de setembre de 1821, es va realitzar una reunió de persones nobles de la Ciutat de Guatemala convocada pel Cap Polític Superior de Guatemala Gabino Gaínza, en la qual es va arribar a l'acord de declarar la independència però per fer-la efectiva després de l'aprovació en un Congrés de les províncies. Es va constituir una Junta Provisional Consultiva presidida per Gaínza, de la qual va formar part com a Ministre d'Hisenda el jurisconsult Miguel Larreynaga, nascut a Telica.
En un interval de temps, menys de 6 anys, Espanya perdia la majoria de les seves possessions a Amèrica; vers el 2 de desembre de 1821 només mantenia Cuba, Puerto Rico i uns pocs punts aïllats a la costa de Colòmbia. A la península el desordre imperava per tot arreu; les guerrilles operaven a Galícia, Catalunya i Castella, es produí fins i tot una revolta de la guàrdia reial i el país es trobava a la vora de la guerra civil, fins al punt que es produí, el 1823, la intervenció estrangera dels anomenats Cent Mil Fills de Sant Lluís. El que el 1763 era un fort imperi mundial es veia convertit en una mera ombra.
Annexió a l'imperi d'Iturbide Els punts bàsics del pla d'Iguala, que estava executant Iturbide a Mèxic, eren: independència del país, unitat de criolls i espanyols, catolicisme com a religió oficial i organització política com monarquia constitucional sota Ferran VII, eren recolzats, i fets seus, per l'oligarquia de Guatemala. Això produïa la independència del país però sense cap canvi social.
La similitud d'interessos i el fet de l'annexió de Chiapas a Mèxic, va portar a Gabino Gaínza, cap polític superior, a convocar una reunió el 5 de gener de 1822 per proposar la incorporació de Guatemala a Mèxic. La proposta va ser acceptada, i Guatemala va passar a integrar-se en l'Imperi Mexicà d'Agustín d'Iturbide.
L'11 d'octubre de 1822 la Diputació Provincial de Nicaragua i Costa Rica, reunida a León, va proclamar la independència absoluta d'Espanya i l'annexió a Mèxic. Encara que tots els pobles van donar suport a la independència, els partits de Granada i Costa Rica es van separar de la província, i van constituir Juntes governatives separades de les autoritats de León. Aviat es van exacerbar els ànims i a principis de 1823, va esclatar una guerra civil quan León va atacar Granada, sense èxit.
Províncies Unides de l'Amèrica Central
El 19 de març de 1823 el general mexicà Antonio López de Santa Anna va emprendre una campanya militar contra Iturbide i va aconseguir derrotar. Els partidaris de la independència total van cridar a l'organització d'un Congrés de les cinc províncies del regne de Guatemala. El general Vicente Filísola va convocar el congrés, al qual no va assistir Chiapas, amb la qual cosa es confirmava la seva definitiva separació de Guatemala. El congrés es va reunir a la Ciutat de Guatemala el 24 de juny de 1823 i l'1 de juliol es proclamava que
Naixien d'aquesta manera les Províncies Unides de l'Amèrica Central, un nou estat compost per la unió de les cinc províncies Nicaragua, Guatemala, Hondures, El Salvador i Costa Rica.
El congrés del nou estat va redactar la Constitució que es va proclamar el 22 de novembre de 1824 i va rebatejar el país amb el nom de República Federal Centreamericana i les províncies van passar a ser Estats. La constitució va ser jurada el 15 d'abril en els cinc estats. A Nicaragua la va jurar Manuel Antonio de la Cerda. A Nicaragua van trigar a consolidar les institucions, a causa de la guerra civil causada per la rivalitat entre les ciutats de Granada i León.
Període de Direcció Suprema Granada era el principal centre conservador del país, ja que hi residien els més importants terratinents, productors principalment de cafè i de sucre. A León, en canvi, predominaven les classes mitjanes artesanals i mercantils. Com a Granada era el bastió del conservadorisme polític, León era el principal centre del liberalisme de Nicaragua. La rivalitat ideològica entre aquestes dues ciutats marcarà la història del a Nicaragua.
El primer 'Cap Suprem de l'Estat de Nicaragua va ser el granadí Manuel Antonio de la Cerda, antic dirigent independentista, que va assumir el poder el 10 d'abril de 1825. El seu vicecap, Juan Argüello, va conspirar contra ell i el va enderrocar l'any següent. Va tenir lloc una nova guerra civil entre els partidaris de Cerda i els de Argüello. Argüello va establir la capital a León, però Granada es va negar a reconèixer la seva autoritat. El 27 de novembre de 1829, De la Truja va ser afusellat per ordre d'Argüello. Finalment, els enviats del govern federal de les Províncies Unides van aconseguir la pacificació de Nicaragua, després del nomenament com a Cap Suprem de Dioniso Herrera, que es mantindria en el poder entre 1830 i 1833. Pocs anys després, sent Cap Suprem José Núñez (1838 - 1841), Nicaragua va optar per separar-se de la Federació centreamericana.