El terme ocupació de Lituània per l'Alemanya nazi es refereix a l'ocupació de Lituània per part de l'Alemanya Nazi des del començament de la invasió de la Unió Soviètica fins al final de la batalla de Memel (22 de juny de 1941 al 28 de gener, de 1945). Al principi als alemanys se'ls donava la benvinguda com "llibertadors" dels règim soviètic repressiu que ocupava Lituània abans de l'arribada alemanya. Amb esperances de restablir la seva independència o recobrar una mica d'autonomia, els lituans organitzaren el seu Govern Provisional. Aviat les actituds lituanes cap als alemanys canviaren envers la resistència pacífica.
Rerefons Pacte Molotov-Ribbentrop miniatura|Various territorial changes of Lithuania 1939–1941
L'agost de 1939, la Unió Soviètica i Alemanya nazi signaven el Pacte de no-agressió germano-soviètic. El seu protocol addicional secret dividia l'Europa Central i de l'Est en esferes d'influència. Lituània s'assignà inicialment a l'esfera alemanya, probablement a causa de la seva dependència econòmica del comerç alemany. Després de l'ultimàtum alemany a Lituània de 1939 quant a la Regió de Klaipėda (per als alemanys Territori de Memel), Alemanya representava el 75% de les exportacions lituanes i un 86% de les seves importacions. Per solidificar la seva influència, Alemanya suggeria una aliança militar alemanya lituana contra Polònia i prometia retornar la Regió de Vílnius, però Lituània mantenia la seva política de neutralitat estricta. Quan Alemanya envaí Polònia el setembre de 1939, la Wehrmacht prengué el control del Voivodat de Lublin i la part oriental del Voivodat de Varsòvia, que es trobaven en l'esfera soviètica d'influència. Per compensar la Unió Soviètica per aquesta pèrdua, un codicil secret al Tractat germano-soviètic d'amistat, cooperació i demarcació transferí Lituània a l'esfera soviètica d'influència, que serviria de justificació per permetre a la Unió Soviètica d'ocupar Lituània el 15 de juny, 1940 i establir la República Socialista Soviètica de Lituània.
Ocupació soviètica Gairebé immediatament després del Tractat germano-soviètic d'amistat, cooperació i demarcació, els soviètics pressionaren els lituans perquè signessin el Tractat lituanosoviètic d'Assistència Mútua. Segons aquest tractat, Lituània guanyava aproximadament 6880 km² de territori a la Regió de Vílnius (incloent-hi Vílnius, la capital històrica de Lituània) a canvi de cinc bases militars soviètiques a Lituània (un total de 20.000 soldats). Els territoris que Lituània rebia de la Unió Soviètica eren els antics territoris de la Segona República Polonesa, discutida entre Polònia i Lituània des dels temps de la Guerra lituanopolonesa de 1920 i ocupada per la Unió Soviètica després de la Invasió soviètica de Polònia el setembre de 1939. El Tractat soviètic lituà es descrivia a The New York Times com a "sacrifici virtual d'independència." Pactes similars foren proposats a Letònia, Estònia, i Finlàndia. Finlàndia fou l'únic estat que rebutjà aquesta mena de tractat i això feu esclatar la Guerra d'Hivern. Aquesta guerra retardà l'ocupació de Lituània: els soviètics no interferiren en els afers domèstics de Lituània i els soldats russos es mantingueren a les seves bases. Mentre Guerra d'Hivern acabava en març i Alemanya efectuava ràpids avenços en la batalla de França, els soviètics intensificaren la retòrica antilituana i acusaren els lituans de segrestar soldats soviètics des de les seves bases. Malgrat els intents lituans de negociar i resoldre els assumptes, la Unió Soviètica emeté un ultimàtum el 14 de juny, de 1940. Els lituans acceptaren l'ultimàtum i els militars soviètics prenien control de ciutats més importants abans de 15 de juny. L'endemà, ultimàtums idèntics foren emesos a Letònia i Estònia. Per legitimar l'ocupació, els soviètics planejaren eleccions a l'anomenat Seimas Popular, el qual proclamà llavors la República Socialista Soviètica de Lituània. Això permeté d'afrimar a la propaganda soviètica que Lituània s'unia voluntàriament a la Unió Soviètica.
Persecució soviètica Poc després que l'ocupació comencés, s'implementaren polítiques de sovietització. L'1 de juliol, totes les organitzacions polítiques, culturals, i religioses foren clausurades. i només es permeté l'existència del Partit Comunista de Lituània i la seva branca juvenil. Tots els bancs (incloent-hi tots els comptes de més de 1.000 litas), béns immobles de més de 170m2, empreses privades amb més de 20 treballadors o més de 150.000 litas de facturació bruta foren nacionalitzades.Lietuva, 1940-1990, pàg. 116-117, 119 Aquesta interrupció en la direcció i les operacions creà una important reducció de la producció. Els soldats russos i els oficials estaven frisosos de gastar els seus apreciats rubles apreciats i provocaren escassetats massives de béns. Per enfrontar els camperols petits contra els grans terratinents, la col·lectivització no s'introduí a Lituània. Tota la terra fou nacionalitzada, les granges es reduïren a 30 hectàrees, i la terra sobrant (aproximadament 75,000 hectàrees, uns 5,750 km²) fou distribuïda entre la petita pagesia.. Lietuva, 1940-1990, pàg. 120-121 En la preparació envers la col·lectivització final, es promulgaren nous impostos, entre un 30% i un 50% de la producció de granja. El litas lituà es deprecià artificialment 3-4 vegades el seu valor real i fou retirat abans del març de 1941. Abans de les eleccions al Parlament Popular, els soviètics arrestaren uns 2.000 dels activistes polítics més prominents. Aquests arrests paralitzaren alguns intents de crear grups antisoviètics. Aproximadament uns 12.000 foren empresonats com a "enemics del poble.". Quan els pagesos foren incapaços de complir amb els nous i exorbitants impostos, uns 1.100 dels pagesos més importants foren duts a judici.. Lietuva, 1940-1990, pàg. 123 Del 14-18 de juny de 1941, menys d'una setmana abans de la invasió nazi, uns 17.000 lituans foren deportats a Sibèria, on molts moririen a causa de les inhumanes condicions de vida (vegeu Deportació de juny).. Lietuva, 1940-1990, pàg. 140 Alguns dels molts presos polítics que hi havia foren massacrats per l'Exèrcit Roig que es retirava. Aquestes persecucions foren claus a l'hora de donar suport als nazis.
Invasió nazi i rebel·lió lituana
El 22 de juny, el territori de l'RSS de Lituània fou envaït per dos grups d'exèrcits alemanys que avançaven: el Grup d'Exèrcits Nord, que ocupà Lituània Lituània occidental i del nord, i el Grup d'Exèrcits del Centre, que s'apoderà de la Regió de Vílnius. Els primers atacs contra ciutats lituanes foren duts a terme per la Luftwaffe i es diu que van causar la mor d'uns 4.000 civils.Lietuva, 1940-1990, pàg. 162 La majoria de les aeronaus russes foren destruïdes a terra. Els alemanys avançaren ràpidament, i només trobaren esporàdica resistència dels soviètics i l'ajuda des dels lituans, que els veien com a llibertadors i esperava que els alemanys restablirien la seva independència o com a mínim l'autonomia.
Els lituans prengueren les armes en una rebel·lió antisoviètica i pro-independència. Grups d'homes s'organitzaren espontàniament i prengueren el control d'objectiuss estratègics (com ferrocarrils, ponts, equips de comunicació, magatzems de menjar i equip) protegint-los del potencial sabotatge soviètic. Kaunas fou presa pels rebels del Front Activista Lituà (Lietuvos Aktyvistų Frontas, LAF). Kazys Škirpa, líder del LAF, havia estat preparant la revolta com a mínim des del març de 1941. Els activistes proclamaren la independència lituana i establiren el Govern Provisional de Lituània el 23 de juny. Vílnius fou presa per soldats dels 29è Cos Territorial Lituà, antics soldats de l'Exèrcit lituà independent, que desertaren de l'Exèrcit Roig. Grups més petits, i menys organitzats emergiren en altres ciutats i al camp.
La batalla de Raseiniai començà el 23 de juny com els soviètics intentaren muntar un contraatac, reforçat per tancs, però foren severament derrotats pel 27è.Lietuva, 1940-1990, pàg. 163 Es calcula que la revolta implicà entre 16.000 - 30.000 persones.Lietuva, 1940-1990, pàg. 171 i es diu que van perdre la vida uns 600 lituans i uns 5.000 activiste soviètics. El 24 de juny, els alemanys entraven tant a Kaunas com a Vílnius sense haver de combatre.. Lietuva, 1940-1990, pàg. 165 En una setmana, els alemanys patiren unes pèrdues de 3.362 homes, però controlaven el país sencer.Lietuva, 1940-1990, pàg. 164
Ocupació alemanya Administració miniatura|esquerra|Mapa administratiu del Reichskommissariat Ostland Durant els primers dies de guerra, l'administració militar alemanya, principalment ocupada en la seguretat de la regió, toleraà els intents lituans d'establir les seves pròpies institucions administratives i deixà un cert nombre d'assumptes civils en mans dels lituans. El Govern Provisional a Kaunas intentà establir la proclamada independència de Lituània i desfer el dany del règim soviètic d'un any. Durant les sis setmanes de la seva existència, el Govern emetia aproximadament 100 lleis i decrets, però en gran part no es van complir. Les seves polítiques es poden descriure com a antisoviètiques i antisemites. El Govern organitzà forces de voluntaris, conegudes com el Tautinio Darbo Apsaugos Batalionas (TDA), per servir de base per al restablert Exèrcit lituà, tot i que el batalló fou ràpidament emprat per l'Einsatzkommando 3 i el Rollkommando Hamann per a execucions massives de jueus lituans al Fort novè. Alhora, unitats de bergants liderades per Algirdas Klimaitis arrasaren la ciutat i la seva rodalia.
Els alemanys no reconeixien el govern lituà, i al final de juliol formaren la seva pròpia administració civil - el Reichskommissariat Ostland, el qual estava dividit en quatre Generalbezirk. Adrian Von Renteln esdevingué el comandant del Generalbezirk Litauen i es feu càrrec de totes les funcions governamentals. El Govern Provisional dimitia el 5 d'agost; alguns dels seus ministres es convertiren en Assessors Generals (lituà generalinis tarėjas) a càrrec de l'autogovern local. Els alemanys no tenien prou gent per proveir de personal l'administració local; per això, la major part de les oficines locals estaven encapçalades pels lituans. Les decisions de política serien preses per alemanys d'alta graduacó i de fet serien implementades per lituans de baixa graduació. Els Assessors Generals eren principalment una institució per guardar les aparences, sense cap poder real, als quals els alemanys solien culpar de decisions impopulars. Tres dels assessors renunciaen al caps d'uns mesos, altres quatre foren deportats al Camp de concentració de Stutthof quan es queixaren de diverses polítiques alemanyes. A nivell global, l'autogovern local es desenvolupà força a Lituània i ajudà a sabotejar o obstaculitzar unes quantes iniciatives alemanyes, incloent-hi la creació d'una unitat de les Waffen-SS o proporcionar homes pel treball forçat a Alemanya.
Persecucions El Generalplan Ost pel que fa a Lituània preveia que el 85% de la població lituana seria deportada a Sibèria i la resta germanitzada, convertint-se en una àrea de població alemanya en els 25 anys posteriors a la guerra.
L'Holocaust miniatura|Mapa de l'informe de Stahlecker titulat "Execucions de jueus dutes a terme per l'Einsatzgruppe A". S'hi mostra el nombre de jueus assassinats al Reichskommissariat Ostland. El nombre estimat de jueus assassinats a Lituània és de 136,142. miniatura|esquerra|Forces d'autodefensa lituana (amb braçalets blancs) arrestant jueus, juliol del 1941.
Abans de l'holocaust, Lituània era la llar d'aproximadament 210,000 o 250,000 jueus i era un dels centres més grans de teologia jueva, filosofia, i aprenentatge que precediren fins i tot els temps del Gaon de Vilna. L'Holocaust a Lituània es pot dividir en tres etapes: massives execucions (juny - desembre de 1941), període del gueto (1942 - març de 1943), i liquidació final (abril de 1943 - juliol de 1944).