miniatura|De dalt a baix i d'esquerra a la dreta : 1 La fortalesa de Narva construïda davant de la d'Ivangorod al costat rus - 2 Friedrich Faehlmann (1839) fundador de la Societat científica estoniana - 3 Jaan Tõnisson (1868-1941?) un dels fundadors de l'Estat estonià - 4 El primer aniversari de la celebració de la independència el 24 de febrer de 1919 - 5 La Via Bàltica, manifestació per la independència dels països bàltics (1989) - 6 Edgar Savisaar comunista reformador que va negociar la transició cap a la independència - 7 Toomas Hendrik Ilves president d'Estònia el 2010. La història d'Estònia, país situat sobre la riba sud-est de la mar Bàltica que va accedir a la independència el 1918, comença al mil·lenni IX aC, quan les primeres poblacions nòmades penetren sobre el seu territori alliberat per l'última glaciació. Segons la teoria més estesa, el poble ugrofinès, del qual descendeix la major part dels estonians contemporanis, arriba a la regió vers el mil·lenni IV aC, tot introduint la ceràmica de la pinta comuna a diversos pobles lligats a la mateixa família lingüística.
Al començament del , les ribes sud del mar Bàltic constitueixen una de les últimes comarques paganes d'Europa. Les Croades Bàltiques (1200-1227), dutes a terme sobre el territori per un orde de soldats templaris alemany, els Germans Livonians de l'Espasa, realitzen la conquesta del país, els habitants del qual són convertits a la fe cristiana. Es constitueix un Estat dominat conjuntament per prínceps-bisbes i l'orde dels monjos soldats sobre el territori que correspon a Estònia i a Letònia modernes. Es crea una societat amb les classes socials particularment marcades: la minoria d'origen alemany constitueix l'elit política, militar, religiosa, intel·lectual i monopolitza el comerç i la propietat predial. Aquests germanobàltics dominen la població indígena, ugrofinesa, del territori estonià, la condició de la qual es degradarà amb el pas dels segles. Aquesta divisió perdura fins a 1917. Entre 1418 i 1562 la regió forma la Confederació Livoniana. El país és afectat per la Reforma Protestant al començament del i opta pel luteranisme. És el teatre de conflictes que l'oposen a veïns cada vegada més poderosos : Rússia, Lituània, la República de les Dues Nacions i Suècia. Finalment aquesta última s'annexiona la regió el 1595. De manera inicial, els sobirans suecs no qüestionen la supremacia de la noblesa bàltica d'origen germànic descendent dels cavallers livonians de l'espasa. Aquesta política canvia amb Carles XI de Suècia, però les temptatives de reformes són interrompudes per la derrota de Suècia enfront de Rússia en el transcurs de la Gran Guerra del Nord. A partir de 1710, el territori estonià esdevé durant dos segles una regió de l'Imperi Rus.
Al la noblesa predial germanòfona, a qui els dirigents russos deixen una gran autonomia, manté els pagesos ugro-finesos en el servatge. Aquest no és abolit més que al començament del segle que segueix, en part sota la pressió del poder rus, en part gràcies a alguns germanòfons il·lustrats. Alguns d'aquests últims, qualificats d'estoniòfils, s'interessen per la llengua, la cultura i la història dels autòctons. Diversos intel·lectuals, membres de la classe mitjana estoniana, que es comença a formar en aquesta època, prendran el relleu fent un treball de col·lecta de la memòria popular i afinant la llengua; aquests treballs permeten l'aparició dels primers diaris i obres de ficció en estonià. Al final del segle, la llengua estoniana, afectada per una temptativa de russificació, comença a substituir l'alemany, que fins aquí era només utilitzat per les elits. A la mateixa època la proporció de pagesos propietaris creix fortament. Al començament del apareixen els primers partits polítics estonians, les reivindicacions dels quals es limiten a una autonomia limitada i a la igualtat d'estatut amb els germanòfons que conserven una gran part dels poders.
El 1920, al final de la Primera Guerra Mundial que havia endegat l'esfondrament de l'Imperi Rus, Estònia aconsegueix, com els seus veïns bàltics, la seva independència després d'una guerra de curta durada contra l'Exèrcit Roig. Les terres agrícoles, encara en poder de la noblesa germanòfona són redistribuïdes als pagesos i s'hi instaura un règim parlamentari. Aquest, amenaçat durant la Gran depressió per l'ascens d'un moviment populista, es transforma en règim semiautoritari a partir de 1934. En vigílies de la Segona Guerra Mundial, les clàusules secretes del Pacte germano-soviètic signat entre l'Alemanya nazi i la Unió Soviètica, permeten a aquesta última d'ocupar Estònia. El país és destrossat pel seu ocupant. La minoria germanòfona abandona el país que dominava des de feia set segles per respondre a la crida de les autoritats nazis. Quan Alemanya declara la guerra a la Unió soviètica el 1941, Estònia és envaïda pels alemanys, i després reconquerida per l'Exèrcit Roig el 1944. Una part de la població fuig llavors de l'ocupant per temor de represàlies i se'n va definitivament del país. Estònia, malgrat una llarga resistència clandestina d'una part dels seus habitants, és transformada en una república socialista integrada en l'URSS. La societat estoniana i la seva economia són profundament transformades per l'invasor. Nombroses indústries són instal·lades i l'agricultura és col·lectivitzada. Una forta minoria russa s'instal·la per proveir de mà d'obra aquestes noves activitats. L'explosió de la Unió soviètica el 1991 permet a Estònia retrobar la seva independència al final d'un procés pacífic. El nou Estat es transforma ràpidament gràcies a un fort creixement de l'economia i la implantació d'institucions polítiques i econòmiques modernes. Preocupada per conservar la seva independència de cara a un veí rus que accepta malament el nou ordre de les coses, Estònia s'adhereix a l'OTAN i s'integra la Unió Europea el 2004.
Protohistòria El període Mesolític miniatura|Utensilis de la cultura de Kunda (museu d'història d'Estònia). Les primeres incursions humanes sobre el territori d'Estònia alliberat tardanament per l'última glaciació es produeixen al mil·lenni IX aC. En aquesta època, una part de les zones litorals són encara sota les aigües de la mar Bàltica, sobretot l'illa de Saaremaa: l'elevació general de la regió, alleujada del pes dels gels, les farà progressivament emergir en el transcurs dels mil·lennis següents.El fenomen encara es produeix en l'actualitat, amb una elevació d'una part de la costa estoniana de 6 mm per any. Les glaceres, en retirar-se, han deixat morrenes que bloquegen l'escolament de les aigües i són a l'origen dels llacs i aiguamolls que recobreixen un 20% del territori. La coberta vegetal es limita en aquell temps a una tundra. Els primers rastres d'establiment humà han estat descoberts sobre el curs inferior del Riu Pärnu; formen la cultura anomenada «de Kunda», pel nom de la ciutat més propera. Aquests precursors, vinguts del sud, són seminòmades que viuen a la vora dels llacs, dels rius, i posteriorment del mar; practiquen la collita, la caça i la pesca amb arpó, amb ham i amb xarxa.
El Neolític El començament del Neolític és marcat per l'aparició de la ceràmica, anomenada de Narva (pel nom de la ciutat prop de la qual es van efectuar les primeres troballes), les més antigues de les quals es remunten al 4900 aC. El clima d'aquella època s'ha tornat més suau i els boscos de caducifolis han estat substituïts per la tundra. Els primers atuells són realitzats amb argila espessa, barrejada amb palets, petxines i plantes. Les ceràmiques d'aquesta cultura han estat trobades al llarg de tota la costa i en les illes. Les eines de pedra i d'os són semblants a les produïdes per la cultura de Kunda.
miniatura|Ceràmica de la pinta (Museu d'Història d'Estònia).
Vers el mil·lenni IV aC apareixen les ceràmiques de la pinta (la decoració consisteix en estries fetes amb una pinta) que coexistiran durant diversos segles amb les ceràmiques de Narva. Aquest tipus de ceràmica sembla una especificitat dels pobles de llengua ugrofinesa, ja que se la troba igualment a Finlàndia i als Urals on vivien sens dubte pobles que parlaven una llengua emparentada. És doncs possible que el poble, del qual descendeixen els estonians de llengua ugrofinesa, contràriament als seus veïns del sud (letons) i de l'est (russos), hagi arribat en aquesta època.J.P. Minaudier, op.cit, p.33-34. Les anàlisis genètiques efectuades contradiuen tanmateix en part aquesta última teoria, ja que, si bé els estonians tenen un patrimoni genètic ben particular, el comparteixen amb els letons i els lituans. Segons les teories més recents, basades en l'anàlisi de l'ADN, el bressol dels ugrofinesos, que se situava fins fa poc cap a Sibèria o al peu del massís de l'Ural, estaria més aviat localitzat a la regió del Dnièper i del Don. Aquest ha estat, junt amb la zona franco-cantàbrica, un dels dos refugis de la Humanitat a Euràsia durant l'última glaciació. miniatura|Atuell i destrals de la cultura de la ceràmica torçada.
Vers el 3200 aC, arriba una pobliació a la regió, sens dubte d'origen indoeuropeu, donat que utilitzen una llengua lligada a una branca completament a la ugrofinesa: la seva aparició es tradueix en l'aparició de la ceràmica cordada, destrals de pedra particularment ben acabades (atxes naviformes) i per l'inici d'una activitat agrícola i ramadera. Les primeres granges són construïdes en aquesta època. Sembla que després d'un període de coexistència que arriba fins al mil·lenni II aC, la llengua ugrofinesa s'imposa al territori d'Estònia, al nord i sud de Letònia, mentre que la parla dels nouvinguts s'imposa al territori d'Estònia i més al sud. De tota manera, cada llengua manlleva en aquesta època, sens dubte, una fracció del seu vocabulari a l'altra. Després d'això, cap altre moviment massiu de població no sembla haver tocat el territori d'Estònia. La població estoniana i la seva llengua semblen descendir, doncs, directament, dels habitants d'aquesta època.J.P. Minaudier, op.cit, p.35-36.
L'edat del bronze miniatura|Cementiri de l'edat del bronze. L'edat del bronze comença a la regió cap al 1800 aC. L'estil de vida continua sent de manera inicial sempre nòmada però es comencen a desenvolupar l'agricultura i la ramaderia. Apareixen objectes de bronze, procedents sens dubte procedent del sud. Entre el 1500 i el 1000 aC, els objectes de bronze són importats d'Escandinàvia, amb la qual s'ha pogut establir un corrent d'intercanvi gràcies als progressos de la navegació. La influència cultural dels pobles del nord de la Bàltica o potser un començament de colonització pot ser detectat per l'aparició sobre el sòl estonià de noves sepultures de tipus escandinau: aquestes són constituïdes per sarcòfags en pedra de forma circular o oval. La cremació apareix però coexisteix amb la inhumació. La llengua sembla haver pres en aquesta època certs termes escandinaus. A la regió que ocupa avui Tallin, l'ordi comença a ser cultivat en camps delimitats per murs de pedra a partir de l'any 1000 aC; la utilització de l'arada sembla escampar-se mentre que la cultura del lli per al teixit apareix sens dubte a la mateixa època. La població, fins aquí concentrada al llarg dels rius i dels llacs, s'escampa a l'interior del país. Apareixen els primers oppida, la qual cosa indica una inseguretat creixent vinculada a un començament d'acumulació de riqueses.J.P. Minaudier, op.cit, p.36-37.
L'edat del ferro