Al principi de la conquesta musulmana d'Egipte, Egipte formava part de l'Imperi Romà d'Orient, amb capital a Constantinoble, tot i que havia estat conquerit una dècada abans per l'Imperi Sassànida dirigit per Còsroes II (606-629). L'emperador Heracli reconquerí Egipte després d'una sèrie de campanyes contra els sassànides, per perdre'l deu anys més tard contra el primer califat. Abans de la invasió musulmana d'Egipte, l'Imperi Romà d'Orient ja havia perdut, en mans dels àrabs, el Llevant i el regne gassànida, aliat àrab dels romans. Tot això deixà l'Imperi Romà d'Orient molt exposat i vulnerable als invasors.
Egipte romà d'Orient Al principi del , Egipte formava part de l'Imperi Romà d'Orient. La classe dirigent, que en general parlava grec, es contraposava al poble, que parlava copte. El país era governat des d'Alexandria i des de l'antiga capital de Memfis, on es trobava la gran fortalesa de Babilònia, al marge oriental del Nil. A més, diverses ciutats fortificades arreu del país eren usades pels romans com a centres militars i recaptatoris.
L'aïllament geogràfic no era l'únic motiu de separació amb la resta de l'imperi. El credo de Calcedònia professat per Constantinoble defensava la doctrina de la doble naturalesa de Crist, amb una naturalesa divina i una d'humana. Els cristians egipcis, per contra i tal com mantenen actualment les esglésies ortodoxes orientals, defensaven el miafisisme com a posició cristològica, de manera que Crist tindria una sola naturalesa. Malgrat el Concili de Calcedònia, celebrat l'any 451, havia afavorit les posicions romanes, Egipte es mantingué miafisita. Així, malgrat que els defensors de la doble naturalesa de Crist ocupaven les principals esglésies d'Alexandria, els egipcis miafisites foren capaços de construir o reconstruir els seus propis monestirs i esglésies, sota l'autoritat del patriarca Anastasi d'Alexandria.
El fracàs de la invasió sassànida de l'Imperi Romà d'Orient va revertir els dos imperis a l'statu quo ante bellum amb la retirada dels sassànides de tots els territoris ocupats i el retorn de la Vera Creu als romans d'Orient i l'exhauriment dels dos imperis, que van quedar vulnerables a l'expansió de l'islam.
Invasió musulmana d'Egipte Creuament de la frontera miniatura|Piràmides de Gizeh. El desembre del 639 Amr ibn al-As es dirigí a Egipte amb 4.000 soldats. La majoria pertanyien a la tribu musulmana d'Ak, malgrat que al-Kindí menciona que una tercera part dels soldats pertanyien a la tribu àrab dels Ghafik. A més dels àrabs, entre els soldats hi havia alguns romans i perses convertits a l'islam. Poc després, el califa Úmar reconsiderà les seves ordres, pensant que era massa atrevit conquerir un país com Egipte amb només 4.000 homes. Així, va escriure una carta a Amr ordenant-li la retirada, però afegint:
El missatger, Uqba ibn Amr, es trobà amb l'exèrcit a Rafah, una mica abans de la frontera egípcia. Imaginant el contingut de la carta, Amr accelerà el pas de l'exèrcit, i digué al missatger que rebria la carta del califa al final del dia, quan l'exèrcit acampés. Uqba, que no coneixia el contingut de la carta, hi va estar d'acord. Finalment l'exèrcit acampà a Shajratein, una petita vall prop de la ciutat d'Al-Arix, ja dins territori egipci. Amr va rebre allà la carta de Úmar, i després consultà amb els seus companys quina havia de ser la seva resposta: van decidir que, ja que havien rebut la carta en sòl egipci, podien continuar. Amr contestà al califa:
Quan Úmar rebé la resposta, decidí esperar noves notícies, i començà a agrupar nous soldats a Medina, per tal de ser enviats cap a Egipte com a reforços. El dia de la festa del sacrifici, l'exèrcit musulmà anà de Shajratein fins a Al-Arix, una petita ciutat sense exèrcit. La ciutat no oposà resistència, i els ciutadans es rendiren en els termes habituals. D'aquesta manera, els soldats musulmans hi pogueren celebrar la festa del sacrifici.
Caiguda de Pelúsion i Felbes A finals de desembre del 639 o a principis de gener del 640, l'exèrcit musulmà arribà a Pelúsion, ciutat quarter dels romans, que era considerada com la porta oriental d'Egipte. El setge durà dos mesos, i el febrer del 640 Huzaifah ibn Wala dirigí l'assalt final, capturant les fortificacions i la ciutat.Al-Kamil, page 451 - 452Al-Gawzi, Al-Montazim, page 532 - 534al-Tabari, history of the kings, page 862Abu Salih the Armenian, The churches and monasteries of Egypt and some neighbouring countries, tr. B.T.A.Evetts, page 168Kamil Salih, Pope Benjamin the First and the Arab invasion of Egypt, page 65 Armanousa, filla de Cir, que resistí els atacs musulmans a Pelúsion, fou feta presonera, i enviada posteriorment al seu pare a la fortalesa de Babilònia.Al-Maqrizi, Mawaiz wa al-'i'tibar bi dhikr al-khitat wa al-'athar, page 231
Les baixes de l'exèrcit àrab foren substituïdes gràcies a grups de beduïns del Sinaí, que s'uniren als invasors en la conquesta d'Egipte. Aquests beduïns pertanyien a les tribus de Raixida i Lakhm.Al-Maqrizi, Mawaiz wa al-'i'tibar bi dhikr al-khitat wa al-'athar La facilitat que Pelúsion caigué en mans dels àrabs, i la manca de reforços romans és sovint atribuïda a la traïció del governador d'Egipte, Cir, que era a la vegada el patriarca melquita d'Alexandria. Ell fou un dels autors del monotelisme, que més tard fou considerat herètic, i podria haver-se convertit a l'islam en secret.
Després de la caiguda de Pelúsion l'exèrcit musulmà assetjà Felbes, situada a uns 65 km de Memfis, i per primera vegada els romans hi oposaren una certa resistència. Dos monjos cristians, acompanyats pel governador Cir d'Alexandria i el general Aretion sortiren de la ciutat per negociar amb Amr ibn al-As. Aretion era el governador romà de Jerusalem, d'on n'havia escapat quan la ciutat fou conquerida pels musulmans. Amr els oferí tres opcions: que es convertissin a l'islam, que paguessin la jizya, o que lluitessin. Van demanar tres dies per reflexionar, i després, segons at-Tabarí, en demanaren dos més. Finalment, els dos monjos i el general romà decidiren rebutjar l'islam i el pagament de la jizya i lluitar contra els musulmans, desobeint així Cir, que volia rendir-se i pagar la jizya. Cir abandonà la ciutat cap a la fortalesa de Babilònia, mentre que els dos monjos i Aretion decidiren lluitar. La batalla comportà la victòria musulmana i la mort d'Aretion. El cap àrab intentà convèncer els egipcis per tal que l'ajudessin i rendissin la ciutat, basant-se en el parentiu entre egipcis i àrabs a través d'Agar. Després del rebuig dels egipcis a rendir-se, el setge de Felbes continuà fins a la seva caiguda, un mes més tard, a finals de març del 640. Amb la caiguda de Felbes, els àrabs es trobaven a només un dia de camí de l'extrem sud del delta.
Setge de Babilònia miniatura|Ruta seguida pels invasors àrabs d'Egipte. Havien pensat que la conquesta d'Egipte seria molt fàcil, però les seves expectatives no es compliren. Fins i tot a ciutats relativament poc importants com Pelúsion i Felbes els musulmans es trobaren amb una forta resistència. El setge de Pelúsion havia durat dos mesos, mentre que Felbes havia resistit un mes. Ambdues batalles eren el preludi del setge de Babilònia, que era una ciutat més important, on s'esperava una resistència més gran. Després de la caiguda de Felbes els musulmans avançaren cap a Babilònia, situada prop del Caire actual, i hi arribaren durant el maig del 640. Babilònia era una ciutat fortificada, amb murades d'uns 18m d'alçada i 2 metres d'amplada, reforçada amb nombroses torres i bastions. A més, els romans s'havien preparat per al setge: havien cavat un fossat a l'exterior de la ciutat, i un gran exèrcit s'havia situat entre el fossat i les murades de la ciutat. L'exèrcit musulmà, d'uns 4.000 homes, atacà les forces romanes, però durant els dos mesos següents els romans repel·liren tots els assalts.
Durant el maig del 640, Amr envià un destacament a atacar la ciutat d'el Faium, però els romans ho havien previst i reforçaren la vigilància en els camins que s'hi dirigien. També reforçaren les defenses de la ciutat propera de Lahun. Quan els àrabs hi arribaren veieren que el setge de Faium seria massa difícil, i es dirigiren cap al desert de Líbia, on saquejaren tot el ramat que pogueren. Després es dirigiren cap a Oxirrinc i l'ocuparen. Seguidament tornaren cap al Baix Egipte, seguint el curs del Nil.
Reforços de Medina Al juliol, Amr demanà reforços al califa, però el primer destacament, de 4.000 soldats, ja havia sortit cap a Egipte. L'exèrcit estava format principalment per veterans de la campanya de Síria. Fins i tot amb aquest nou exèrcit, la fortalesa no es va rendir. A l'agost, el califa Úmar acabà de preparar una nova força de 4.000 soldats d'elit, formada per quatre columnes. El cabdill era el famós guerrer Az-Zubayr ibn al-Awwam, veterà de la batalla del Yarmuk, i que havia format part d'una força d'elit de cavalleria sota la direcció de Khàlid ibn al-Walid. Úmar li havia ofert també d'ésser governador d'Egipte, però Zubayr ho refusà. Altres líders del nou exèrcit de reforç eren al-Miqdad ibn Amr, Ubayda ibn as-Sàmit i Kharija ibn Hudhayfa. Aquest exèrcit arribà a Babilònia durant el setembre del 640. La força combinada estava formada per uns 12.000 soldats.
Batalla d'Heliòpolis
Heliòpolis es trobava a uns 16 km de Babilònia. Era la ciutat del temple del Sol dels faraons, i era famosa pels seus monuments i institucions d'ensenyament. Per evitar un possible atac romà des d'Heliòpolis, l'exèrcit d'Amr atacà la ciutat. Un primer combat de la cavalleria, prop de l'actual barri de Abbaseya, malgrat que no fou decisiu, resultà en l'ocupació una fortalesa situada entre els barris actuals de Abdyn i Azbakeya. Les forces romanes, derrotades, es replegaren a les fortaleses de Babilònia i Nikiû. Per un lloc desprotegit de les murades d'Heliòpolis, Zubayr i alguns dels seus millors soldats les escalaren (de manera similar al que havia fet Khàlid ibn al-Walid al setge de Damasc l'any 634), i després de derrotar els guardes, obriren les portes a l'exèrcit principal. Així, Heliòpolis fou conquerida pels musulmans, i Amr tornà a Babilònia.
Ocupació del Faium i Babilònia Quan la notícia de la victòria musulmana a Heliòpolis arribà a el Faium, la guarnició romana de la ciutat l'evacuà durant la nit i fugí cap a Abuit. Des d'allà, baixaren pel Nil cap a Nikiu, sense avisar els egipcis que els abandonaven en mans de l'enemic. Quan les notícies arribaren al campament àrab, Amr envià un destacament a l'altra banda del Nil per tal que envaïssin Faium i Abuit, conquerint així tota la província de Faium sense resistència per part dels romans.
La guarnició romana de Babilònia s'envalentí i començà a atacar l'exèrcit musulmà, sense gaire èxit. Encara no hi havia gaire baixes en cap dels dos bàndols, fins que els cabdills musulmans idearen una nova estratègia, encerclant els romans en una de les seves sortides. Malgrat que pogueren recular cap a la fortalesa, la gran quantitat de baixes impedí nous atacs i els obligà a iniciar negociacions amb els àrabs. El general romà Teodor traslladà les seves bases a l'illa de Rauda, mentre Cir d'Alexandria, conegut popularment com a “Muqawqis” en la història musulmana, inicià les negociacions amb els musulmans, sense èxit. També s'intercanviaren emissaris entre Teodor i Amr, que s'arribaren a trobar en persona. Finalment, els musulmans assaltaren la fortalesa la nit del 20 de desembre: un grup de soldats, dirigits per Zubayr, escalà les muralles i obrí les portes des de l'interior. D'aquesta manera, la ciutat de Babilònia caigué en mans de l'exèrcit d'Amr el 21 de desembre del 641. Així i tot, el general Teodor i el seu exèrcit pogueren fugir durant la nit cap a l'illa de Rauda.
Rendició de la Tebaida