miniatura|El samaruc, un peix endèmic La fauna dels Països Catalans es caracteritza per una major diversitat de tàxons que no pas les zones properes, ja que aquest territori es troba en una zona de confluència de continents. A més, la menor densitat relativa de població humana i, també de forma relativa, el menor grau d'influència humana i d'urbanització ha jugat a favor de la biodiversitat faunística.
L'arribada i establiment d'animals a aquest territori ha tingut diversos orígens: espècies provinents del continent africà, espècies de la resta d'Europa i espècies que venen de l'orient de la Mediterrània. En alguns casos aquestes espècies nouvingudes han hagut d'evolucionar de manera força aïllada, ja que s'han trobat amb un clima i característiques geogràfiques molt especials: serralades, rius i valls, el mar Mediterrani, que han fet de barrera i potencien els endemismes.
Catalunya i la Franja de Ponent tenen una bona part del territori situat a l'alta muntanya, on la flora i la fauna tenen moltes particularitats, de la mateixa manera que hi ha zones de molt alta i molt baixa pluviometria, amb la fauna diferenciada que hi correspon.
Al País Valencià, amb gran diversitat d'hàbitats, incloent la marjal, hi ha una gran riquesa d'espècies de mol·luscs, crustacis, aràcnids, insectes i vertebrats: hi ha unes 24 espècies de rèptils, 252 espècies d'aus i 61 de mamífers. http://books.google.cat/books?id=HcOsRPUrD0IC&printsec=frontcover&hl=ca#v=onepage&q=Fauna&f=false
La fauna vertebrada insular de les Balears abans de l'arribada dels humans es componia d'un conjunt molt reduït d'espècies, sota condicions evolutives ben particulars, bàsicament d'absència de vertebrats depredadors. La insularitat ha estat un element atractiu per a l'estudi de les biotes. L'arxiduc Lluís Salvador Habsburg-Lorena, a final del va estudiar la fauna de les Illes Balears, on, per exemple, la família dels coleòpters Tenebrionidae té el 65% d'endemismes.
Aigües continentals Fins a l'arribada de les noves tècniques moleculars d'estudi taxonòmic es pensava que la diversitat de peixos d'aigua dolça era molt menor als rius de l'est que a la resta de la península Ibèrica en contrast amb la major part d'Europa. Amb aquestes noves tècniques s'han identificat als rius i llacs de la península Ibèrica 45 espècies de peixos (estrictament d'aigua dolça) que pertanyen a 15 famílies, i es calcula que hi ha encara sis tàxons de peixos més que queden per descriure.
El percentatge d'espècies endèmiques als Països Catalans sobre el total del continent europeu és molt elevat, del 55%. En cipriniformes l'endemicitat puja fins al 80% (23 espècies endèmiques d'un total de 29).
L'alta taxa d'endemismes es considera en general com una resposta a fenòmens ambientals i històrics.
La fauna piscícola d'aigües continentals té un origen antic (Oligocè superior), fa almenys 26 milions d'anys, moment en el qual desapareixen les famílies tropicals de peixos que hi havia abans de l'Oligocè. Quan es va aixecar la serralada dels Pirineus, la península Ibèrica i, per tant, els Països Catalans queden pràcticament aïllats de la resta de fauna piscícola europea.
Al Miocè superior hi ha l'assecament del Mediterrani i la península va poder ser colonitzada per fauna africana o europea. Quan es va obrir l'estret de Gibraltar fa 5,5 milions d'anys, la fauna de peixos dels Països Catalans va tornar a quedar aïllada. Finalment, al llarg del segle XX arriben espècies invasores amb peixos perjudicials per als peixos autòctons. Al declivi faunístic hi han contribuït també les dessecacions, contaminacions, embassaments, construcció de noves lleres per als rius, etc.
Espècies catalogades com en perill Esturió (Acipenser sturio) Llepassa de riu (Salaria fluviatilis) Fartet o fartonet (Aphanius iberus), endèmic peninsular Samaruc (Valencia hispanica), endèmic peninsular Anguila (Anguilla anguilla) Espinós o jonqueter (Gasterosteus aculeatus)
Tant el fartet com el samaruc estan amenaçats per l'espècie invasora (introduïda amb la finalitat inicial de combatre els mosquits) Gambusia holbrooki. El fartet i el samaruc migren cap a aigües més salines. Actualment aquestes espècies endèmiques només es troben en una dotzena de localitats peninsulars, entre aquestes tres del País Valencià. El samaruc es troba molt restingit, però sembla que anys enrere es presentava des dels aiguamolls de l'Empordà fins al nord de la província d'Alacant. Actualment només n'hi ha a Peníscola, albufera de València i Pego-Oliva.
Rèptils i amfibis Moltes espècies d'aquest grup han quedat reduïdes a poblacions petites i fragmentades, d'altres subsisteixen sense gaires problemes. Són espècies amb poques capacitats de migració i, per tant, molt vulnerables als incendis, com per exemple la tortuga mediterrània. Les espècies aqüàtiques, en canvi, pateixen la contaminació de l'aigua i la competència d'espècies exòtiques invasores, com és el cas de la granota, la serp d'aigua, la tortuga d'estany i la tortuga de rierol. miniatura|Aquesta serp verda es trobava en un cirerer, probablement intentant caçar els ocells que s'hi atansaven La serp blanca o ratllada (Rhinechis scalaris) és una espècie que es troba a l'illa de Menorca, a la costa mediterrània de la França continental i per tota la península Ibèrica excepte al nord. La serp verda, o colobra bastarda (Malpolon monspessulanus) és la serp de més grans proporcions de l'herpetofauna dels Països Catalans. N'hi ha exemplars adults que ultrapassen dos metres del cap a la cua. És una serp força termòfila, que es localitza preferentment a la terra baixa, on ocupa diversos biòtops que comprenen els pedregars, zones arbustives, llindars de boscos, conreus, etc. Ocasionalment també es pot trobar dins d'àrees urbanes, especialment en els barris perifèrics. De fet, se la pot trobar en indrets secs i calorosos com són els de la zona de Lleida i en ambients costaners molt més humits (delta de l'Ebre, aiguamolls de l'Empordà, marjals de la Safor, etc.).
miniatura|esquerra|Gripau comú de dos mesos d'edat L'escurçó ibèric està absent a Andorra i les Balears, es troba a les serralades litorals i interiors del País Valencià i les comarques de Lleida, Tarragona i centre i sud de Barcelona.
El gripau d'esperons, tot i que hom el pot trobar en altres indrets, prefereix els terrenys sorrencs prop o força lluny de l'aigua, on només acudeix durant l'època de reproducció.
Llevat de la zona septentrional muntanyenca, es distribueix de manera discontínua per tot Catalunya, preferentment en aquells indrets on el sòl és sorrenc o bé en terres poc consistents o esponjoses. Els seus hàbits són crepusculars i nocturns i, llevat de l'època reproductora, és bàsicament terrestre. No és rar que, després d'una època de pluges sovintejades, hom pugui veure gran nombre de gripaus d'esperons bo i junts, formant masses que encatifen el sòl.
El gripau comú és essencialment terrestre i nocturn, però també se'l pot observar de dia, sobretot després d'haver plogut. És una forma ubiqüista que es troba amb abundor tant a la plana com a les zones muntanyenques de tot el Principat de Catalunya (des del nivell del mar fins als 2.500 m). Només manca a la plana central de Lleida i als Pirineus per sobre de l'altitud esmentada.
Amb tot, a les zones d'horta se n'observa una certa regressió, causada probablement per l'ús desmesurat d'insecticides, que el priven de les seues preses alhora que l'afecten directament en engolir insectes emmetzinats.
miniatura|Sargantana ibèrica La sargantana ibèrica és freqüent en camps, murs enderrocats, parets d'edificis, marges de carreteres i, fins i tot, la podrem veure als arbres. D'altra banda, també sovinteja en llocs propers als estatges humans, on, segons sembla, les poblacions, pel fet de tenir pocs depredadors, poden ser més nombroses i florents que no pas les que viuen al camp, en terreny descobert. La sargantana ibèrica abunda amb major freqüència en terrenys rocosos o pedregosos, on troba de manera simultània plataformes on prendre el sol i refugis on amagar-se en cas de perill. En zones rurals habita també en cases i murs de pedra que li proporcionen les mateixes característiques; es troba també en àrees de bosc, prada i matoll, encara que algunes activitats humanes associades a l'agricultura extensiva la poden haver fet desaparèixer d'algunes zones. Les sargantanes ibèriques no mostren un autèntic comportament territorial. Els exemplars d'aquesta espècie no hibernen realment, sinó que es mantenen actius la major part de l'any. Només l'existència d'episodis realment freds a l'hivern poden forçar-los a no abandonar els seus refugis durant un temps. Per aquesta raó, l'espècie està absent a les àrees més fredes de la península Ibèrica com el nord-oest d'Astúries i Galícia, així com a les àrees de muntanya per sobre dels 1.650 msnm.
En algunes àrees dels Països Catalans és reemplaçada per la sargantana roquera (Podarcis muralis), bé que es donen nombroses zones de contacte entre ambdues espècies.
Endemismes Ferreret (Alytes muletensis): endemisme de la serra de Tramuntana a Mallorca. La fauna vertebrada insular de les Balears abans de l'arribada dels humans es componia d'un conjunt molt reduït d'espècies, sota condicions evolutives ben particulars, bàsicament d'absència de vertebrats depredadors. La insularitat ha estat un element atractiu per a l'estudi de les biotes. L'arxiduc Lluís Salvador Habsburg-Lorena, a final del va estudiar la fauna de les Illes Balears. Per exemple, a les Balears, la família dels coleòpters Tenebrionidae té el 65% d'endemismes.
El ferreret és una de les poques espècies d'amfibis del món que ha millorat d'estat de conservació: en pocs anys ha passat de ser considerat en perill d'extinció a vulnerable.
Actualment hi ha unes 100 espècies catalogades de rèptils i amfibis als Països Catalans.
Entre els rèptils, la sargantana dels Columbrets abans era considerada una subespècie: Podarcis hispanica atrata i actualment una espècie: Podarcis atrata, i ha passat de categoria de no amenaçada (NA) a vulnerable (VU).
A les Balears s'ha descatalogat del Catàleg Nacional d'Espècies Amenaçades (CNEA) la serp d'aigua (Natrix maura), la qual ja no es considera autòctona de les illes sinó introduïda pels humans. A més, es considera un perill per a la supervivència del ferreret, ja que n'és un depredador.
Les aus miniatura|Les perdius xerres són uns dels ocells comuns als Països Catalans miniatura|Voltor comú, espècie molt abundant als Països Catalans miniatura|Voltors alimentant-se d'una cérvola a la Reserva Natural de Caça de Boumort, Lleida Els ocells conformen la biodiversitat més gran de vertebrats en tot el món. La capacitat de moviment i en molts casos la migració fan que estiguin presents en grans àrees biogeogràfiques. Tanmateix, algunes espècies són fidels a la seva zona de nidificació com és el cas del virot (Puffinus mauretanicus), o es troben amb barreres biogeogràfiques que impedeixen el contacte amb espècies del seu gènere en el continent, tal com passa amb el xorrec (Sylvia balearica). Aquestes dues espècies són un exemple d'endemisme.
El voltor negre (Aegypius monachus) és el rapinyaire més gran d'Europa i és un dels pocs voltors que s'hi poden trobar, juntament amb el voltor comú, l'aufrany i el trencalòs. Pot arribar als 110 cm de llargària i als 295 cm d'envergadura.
El voltor comú (Gyps fulvus) és una espècie d'ocell de l'ordre dels accipitriformes i de la família dels accipítrids. És una de les majors rapinyaires que es pot trobar a la península Ibèrica: supera en envergadura (fins a 260 cm) fins i tot l'àguila imperial ibèrica.