C2orf16

C2orf16 jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C2orf16 sa hromosoma 2. Izoforma 2 ovog proteina (NCBI ID: CAH18189.1 od sada se naziva C2orf16) duga je 1.984 aminokiseline. Gen sadrži jedan egzon i nalazi se na poziciji 2p23.3. Aliasi C2orf16 uključuju otvoreni okvir čitanja 16 hromozoma 2 i sekvencu koja sadrži ponavljanja P-S-E-R-S-H-H-S na 2p23.3. Po ovom genu poznato je 68 ortologs, uključujući mišjje i ovčije, ali paralozi nisu pronađen.

Amiokiselininska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 1.984 aminokiseline, a molekulska težina 224.321 Da.

1020304050 MELTPGAQQQGINYQELTSGWQDVKSMMLVPEPTRKFPSGPLLTSVRFSN LSPESQQQDVKSLEFTVEPKLQSVKHVKLSSVSLQQTIKSVELAPGSLPQ RVKYGEQTPRTNYQIMESSELIPRPGHQFAKYAEMIPQPKYQIPKSANLI SIPIYHATESSEMAQGLAYKGIDTVEKSVGLTPKLTGRAKESLGMLLQPD LQVPKFVDLTPMVRDQGSKFLGLTPEKSYQILETMELLSQSRPRVKDVGE LYMKPLQQTVEYEGITPELKHYFTEAMGLTAEARIQANEFFGMTPKPTSQ ATGFAERSPRLCPQNLECVEVISEKRLQGEESVVLIPKSLHHVPDSASGM TPGLGHRVPESVELTSKSGVQVEKTLQLTPKPQHHVGSPGIISGLGHQVP ESVNLTCKQWLQMEESLEVPLKQTSQVIGHEESVELTSEARQHREVSMGL TKSKNQSMKSPGTTPGPLGRIVEFMRISPEPLDQVTESARTQLQVAQSEE VILIDVPKVVQSVKVTPGPPFQIVKSVTIPRPTPQMVEYIELTPKLQYVR PSEHHTGPCLQDVKSTKLITKPKHQILETVELTGFQIVKTMLIPGPSLQI VKSEELAPGPIPQVVEPIGVALESGIEAINCVDLLPRPHLQELIVPAELT PSPCTQVKSAELTSPQTSPFEEHTILTHKQGLQAVKSTVIKTEPPKVMET EDLNLGHVCQNRDCQKLTSEELQVGTDFSRFLQSSSTTLISSSVRTASEL GGLWDSGIQEVSRALDIKNPGTDILQPEETYIDPTMIQSLTFPLALHNQS SDKTANIVENPCPEILGVDVISKETTKRKQMEELENSLQRHLPQSWRSRS RTFQAESGVQKGLIKSFPGRQHNVWESHAWRQRLPRKYLSTMLMLGNILG TTMERKLCSQTSLAERATADTCQSIQNLFGIPAELMEPSQSLPEKGPVTI SQPSVVKNYIQRHTFYHGHKKRMALRIWTRGSTSSIIQQYSGTRVRIKKT NSTFNGISQEVIQHMPVSCAGGQLPVLVKSESSLSIFYDREDLVPMEESE DSQSDSQTRISESQHSLKPNYLSQAKTDFSEQFQLLEDLQLKIAAKLLRS QIPPDVPPPLASGLVLKYPICLQCGRCSGLNCHHKLQTTSGPYLLIYPQL HLVRTPEGHGEVRLHLGFRLRIGKRSQISKYRERDRPVIRRSPISPSQRK AKIYTQASKSPTSTIDLQSGPSQSPAPVQVYIRRGQRSRPDLVEKTKTRA PGHYEFTQVHNLPESDSESTQNEKRAKVRTKKTSDSKYPMKRITKRLRKH RKFYTNSRTTIESPSRELAAHLRRKRIGATQTSTASLKRQPKKPSQPKFM QLLFQSLKRAFQTAHRVIASVGRKPVDGTRPDNLWASKNYYPKQNARDYC LPSSIKRDKRSADKLTPAGSTIKQEDILWGGTVQCRSAQQPRRAYSFQPR PLRLPKPTDSQSGIAFQTASVGQPLRTVQKDSSSRSKKNFYRNETSSQES KNLSTPGTRVQARGRILPGSPVKRTWHRHLKDKLTHKEHNHPSFYRERTP RGPSERTRHNPSWRNHRSPSERSQRSSLERRHHSPSQRSHCSPSRKNHSS PSERSWRSPSQRNHCSPPERSCHSLSERGLHSPSQRSHRGPSQRRHHSPS ERSHRSPSERSHRSSSERRHRSPSQRSHRGPSERSHCSPSERRHRSPSQR SHRGPSERRHHSPSKRSHRSPARRSHRSPSERSHHSPSERSHHSPSERRH HSPSERSHCSPSERSHCSPSERRHRSPSERRHHSPSEKSHHSPSERSHHS PSERRRHSPLERSRHSLLERSHRSPSERRSHRSFERSHRRISERSHSPSE KSHLSPLERSRCSPSERRGHSSSGKTCHSPSERSHRSPSGMRQGRTSERS HRSSCERTRHSPSEMRPGRPSGRNHCSPSERSRRSPLKEGLKYSFPGERP SHSLSRDFKNQTTLLGTTHKNPKAGQVWRPEATR

Gen C2orf16 izoforma 2 gena ima 6,2 kb, jedan egzon na lokusu 2p23.3, i sadrži P-S-E-R-S-H-H-S ponavljanja na C-terminalnoj strani gena od 1.559. do 1.903. aminokiseline. Čini se da su ova ponavljanja nastala kao transpozibilni elementi. Primati pokazuju više ponavljanja P-S-E-R-S-H-H-S nego drugi sisarskii ortolozi.

Ekspresija Utvrđeno je da je C2orf16 visoko eksprimiran u sjemenicima i retinojsloj kiselini i mitogen-tretiranoj liniji ljudskih embriondkih matičnijh ćelija, ali nije poznato da se drugačije fenotipski izražava po dobima ili bolestima. Također se vidi da C2orf16 ima visoku ekspresiju u preImplantaciji ljudskih embriona od 4-ćelijskog supnja embriona do stadija blastocista.

Ne vidi se da C2orf16 ima ekspresiju osjetljivu na rapamicin. Takođe se vidi da C2orf16 značajno povećava ekspresiju u c-MYC nokdauniranim ćelijama raka dojke.

iRNK

Izoforme Postoje dvije izoforme C2orf16. Izoforma 1 je dugačka 5.388 aminokiselina kodiranih u pet egzona sa preko 16.401 parova baza. Izoforma 2 koristi alternativno početno mjesto transkripcije i znatno je kraća sa 1.984 aminokiseline kodirane u egzonu 1sa preko 6.200 baznih parova.

Regulacija ekspresije Predviđa se da se jedna miRNK veže za 3' UTR C2orf16, pristupni broj MI0005564.

Protein C2orf16 ima predviđenu molekulsku težinu od 224 kD i predviđenu izoelektričnu tačku od 10,08, koje vrijednosti su relativno konstantne između ortologa. Protein uključuje veći od prosječnog sastava serina, histidina i arginina i niži od prosječnog sastava alanina.

Kompozicijske karakteristike Klaster pozitivnog naboja pronađen je od aminokiselinskih ostataka 1.274 do 1.302.

Regija bogata arginin omnalazi se od aminokiselina 1.545 do 1.933, bogata serin od aminokiselina 1.568 do 1.934, a regija bogata histidin omnalazi se od aminokiselina 1.630 do 1853.

Matrična analiza otkriva jako ponovljeno područje od približno od 1.500 do 1.984 ostatka, što je ponavljanje P-S-E-R-S-H-H-S. mala traka tačaka na približno 1.200 aminokiselina označava polovinu ponavljanja PSERSHHS sekvence. thumb|280px|Matrična analiza nekarakteriziranog proteina C2orf16 izoforme 2. PSERSHHS sekvenca ponavljanja sekvence vizualizira se preko tamnijeg područja matrice između aminokiselina 1500 i 1984, a polovina PSERSHHS ponavljanja sekvence vidi se kao traka blizu aminokiseline 1200. C2orf16 izoforma 2 nema transmembranski domen, i predviđa se da se nakon translacije nalazi na jedru zbog dvije sekvence jedarne lokalizacije predviđene na ostacima 1,233 i 1,281. Među ortolozima nije nađena ni jedna konzervirana eksportna jedarna sekcvenca, što sugerira da C2orf16 nije namijenjen da nakon importa napusti jedro. Nisu predviđene modifikacije N- ili C-terminala.

Subćelijska lokalizacija Predviđeno je nakon transkripcije C2orf16 lokaliziran u jedru.

Struktura thumb|Predviđena 3D struktura izoforme 2 C2orf16 sa tri glavna domena proteina. Domen 3 sadrži sekvencu ponavljanja P-S-E-R-S-H-H-S. Predviđa se da 3D struktura C2orf16 ima tri glavna domena. Domen 1 je od aminokiselina 1 do 662, domen 2 je od aminokiselina 674 do 1.487, a domen 3 je od aminokiseline 1.488 do 1.984. Predviđeno je da će domen 1 i 2 biti povezani preko niza od 12 aminokiselina koje inače nisu organizirane u sekundarnu strukturu, što omogućava fleksibilnost između domena 1 i 2. Predviđeno je da domen 2 ima domene u interakciji s proteinima za transkripcijske faktore. Predviđeno je da domen 3 slijedi strukturu "loptice na niti" i ima mnogo mjesta za moguću fosforilaciju.

Proteinske interakcije Pokazalo se da C2orf16 ima fizičku interakciju sa protoonkogenom Myc pomoću tandemskog afinitetnog prečišćavanja.

Filogenija ortologa Poznato je 68 ortologa za C2orf16. Čini se da se protein pojavio u evolucionoj istoriji sisara prije 320 miliona godina, oko divergencije sisara od reptila. Ova historija bi objasnila zašto ortolozi ne postoje kod vodozemaca, gmizavaca, ptica, niti drugih daljih srodnih vrsta.

Bilo koji ortolozi iz vrsta koje su udaljenije od ljudi od drugih sisara vjerovatno nisu povezani u funkciji, međutim, PSERSHHS ponavljanje je prisutno u koščljoriba, rakova, stramenopilima uključujući Phytophthora infestans (krompirska plamenjača), biljke i prokariote.

Transpozonsko ponavljanje je možda ponovo uvedeno kod sisara pomoću virusnog vektora.

Ponavljanje sekvence

Vidi se da je sekvenca ponavljanja P-S-E-R-S-H-H-S konzervirana u ortolozima za C2orf16 i u organizmima koji su tako udaljeni kao Oomycete (sluzave plijesni) i biljke, uključujući hloroplaste Acacia ashbyae. Dio ponavljanja S-P-S-E-R je najkonzerviraniji što se može uočiti i na poravnavanju sekvenci uklučenih u njihov prikazani logo.

Konzervacijska analiza ponavljanja pokazuje da je početni SPS visoko konzerviran, vjerovatno za fosforilaciju(S) i strukturu (P), a R je gotovo potpuno konzerviran, mutirajući u lizin u nekim ortolozima, što implicira da je za ponavljanje neophodan pozitivan naboj.

3D oblik sekvence ponavljanja je nejasan jer se predviđa da će biti ili kuglice na žici ili stukturno antiparalelni beta-list .

Funkcija Predviđa se da izoforma 2 C2orf16 ima moguću funkciju u regulaciji mitoza zbog svoje jedarne lokalizacije, predviđeno mjesto vezanja faktora transkripcije, fizička povezanost sa Myc, i povećana ekspresija u c-MYC nokdaun ćelijama raka dojke.

Klinički značaj Postoje četiri zabilježena patenta za C2orf16, po jedan koji uključuje: kancerogene mutacije PPP2RIA i ARID1A, predidpoziciju zaAlzheimerovu bolest, diverzitet virusne vakcine i varijacije broja kopija odnos prema uobičjenoj varijabli imunodeficijencije. Također se pokazalo da C2orf16 ima povećanu ekspresiju u nekim linijama raka dojke, kao i da je uključen u Myc uobičajeni onkogen, što čini C2orf16 mogućim onkogenom za ciljanje u liječenju raka.

Reference

Kategorija:Geni na hromosomu 2 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika