mini|Kolaboracionistička Litvanska sigurnosna policija (1941–1944) spaljuje sinagogu. Holokaust u Litvaniji označava sistemsko istrebljenje Jevreja u dijelu Reichskommissariata Ostland koji je zauzimao prostor Litvanske Sovjetske Socijalističke Republike (osnovane 1940) pod okupacijom Trećeg rajha. Od približno 208.000 ili 210.000 Jevreja procjenjuje se da ih je između 190.000 i 195.000 ubijeno prije kraja Drugog svjetskog rata, najviše u periodu od juna do decembra 1941. godine. U holokaustu je stradalo preko 95% svih litvanskih Jevreja što je najveći udio stradalih u svim zemljama u kojima je provođen zločin holokausta. Historičari ovako veliki udio stradalih pripisuju masovnom kolaboracionizmu nejevrejskih lokalnih litvanskih paramilitarnih grupa, dok su motivi te kolaboracije predmet rasprava.Daniel Brook, "Double Genocide. Lithuania wants to erase its ugly history of Nazi collaboration—by accusing Jewish partisans who fought the Germans of war crimes.", Slate, July 26, 2015 Holokaust predstavlja najveći pomor stanovništva u tako kratkom periodu u historiji Litvanije.
Događaji u zapadnim okupiranim dijelovima Sovjetskog Saveza koji su se odvijali u prvim sedmicama okupacije predstavljali su dramatično razbuktavanje politike provođenja holokausta.
Važnu komponentu holokausta u Litvaniji činio je i uspjeh u raspirivanju već postojećeg antisemitizma kroz koji su nacističke snage narativno povezale lokalnu jevrejsku zajednicu sa sovjetskom okupacijom Litvanije iz 1940. godine. Nacisti su se u ostvarenju cilja uništenja Jevreja u značajnoj mjeri oslanjali na organizaciju, pripreme i provedbu naredbi litvanskih kolaboracionista.
Još i danas, tema holokausta i uloge koje su Litvanci imali u provođenju genocida, uključujući i neke istaknute litvanske nacionaliste, kontroverzna je tema u litvanskom društvu.Stanislovas Stasiulis "The Holocaust in Lithuania: The Key Characteristics of Its History, and the Key Issues in Historiography and Cultural Memory." East European Politics and Societies 34#1 (2020): 261-279.
Pozadina Do Drugog svjetskog rata područje današnje Litvanije bilo je jedno od središtva kulturnog i političkog života jevrejske zajednice u Evropi. Današnji litvanski glavni grad Vilnius bio je poznat i kao Jerusalem sjevera zbog mnogobrojnih vjerskih, kulturnih i naučno-obrazovnih institucija kojima je bio dom.
Nakon njemačko-sovjetske invazije na Poljsku u septembru 1939. Sovjetski je Savez 10. oktobra potpisao ugovor s Litvanijom kojim joj je predao grad Vilnius (danas glavni grad, a do tada u sastavu Poljske i sa poljsko-jevrejskim stanovništvom) u zamjenu za vojne koncesije. SSSR je anektirao Litvaniju 1940. nakon što su provedeni paravan izbori. Njemački napad na SSSR 22. juna 1941. započeo je godinu dana nakon sovjetske okupacije koja je kulminirala u masovnim deportacijama baltičkog stanovništva svega nedelju dana prije njemačke invazije. Nacističke snage Litvanci su dočekali kao oslobodioci pa su im i paramilitarne jedinice pružile podršku u borbi protiv sovjetskih snaga u povlačenju. Mnogi Litvanci su vjerovali kako će im njemačke snage dozvoliti da obnove neki oblik nezavisnosti (kao što su učinili u Slovačkoj i Nezavisnoj Državi Hrvatskoj). Dijelom i kako bi udobrovoljili okupacijske snage, dio stanovništva počeo je da iskazuje snažna antisemitistička osjećanja. Nacistička Njemačka iskoristila je ovu situaciju i u prvoj sedmici ofanzive dozvolila osnivanje Litvanske prelazne vlade i Litvanskog dobrovoljačkog fronta. U kratkom je periodu izgledalo kako je Litva funkcionirala na sličan način kao i Slovačka. Nezavisnije litvanske institucije ipak su ukinute nakon prvog mjeseca okupacije u augustu i septembru 1941. nakon čega su Nijemci preuzeli direktniju kontrolu.
Tok holokausta Procjene broja žrtava mini|Karta s procjenom broja žrtava holokausta u zemljama baltičke regije Procjene broja litvanskih Jevreja prije njemačke invazije kreću se na otprilike 210.000 stanovnika uz tvrdnju Litvanskog zavoda za statistiku da je 1. januara 1941. u zemlji bilo 208.000 Jevreja. Te procjene, uz službene podatke o iseljavanju u prvom periodu sovjetske uprave (približno 8.500 osoba), osobe pobjegle iz geta u Kaunasu i Vilniusu (1.500–2.000 osoba) i osobe koje su preživjele u logorima do dana kada ih je oslobodila Crvena armija (2.000–3.000), dovode do ukupnog broja od 195.000 do 196.000 ubijenih litvanskih Jevreja. Uprkos tome što su okvirne cifre poznate, kao i u drugim masovnim zločinima iznimno je teško ustanoviti konačan broj žrtava s apsolutnom preciznošću. Brojevi kojima istoričari raspolažu povremeno se i značajno razlikuju uz namanje cifre od oko 165.000 do većih brojeva koji dosežu 254.000 i koji vjerovatno uključuju i Jevreje sa drugih područja koji su stradali u Litvaniji.
U periodu rata postojala su ograničena nastojanja da se spasi progonjeno stanovništvo. U periodu od 16. jula do 3. augusta 1940. počasni konzul Nizozemske u Kaunasu Jan Zvartendijk je za 2.200 Jevreja osigurao treću destinaciju na karipskom ostrvu Curaçao (koloniji koja nije tražila ulazne vize) i u Surinamu (koji je tada još bio holandska kolonija). Funkcioner japanske vlade Čiune Sugiara, koji je služio kao zamjenik konzula u Kaunasu, izdao je 6.000 tranzitnih viza za putovanje japanskim teritorijem litvanskim Jevrejima čime je ugrozio svoj i živote članova vlastite porodice. Izbjegli Jevreji bili su građani ukupiranih dijelova Poljske i Litvanije.
Događaji u okviru holokausta u Litvaniji mini|Ubistva Jevreja koja su izvršile litvanske snage 27. juna 1941. za vrijeme pogroma u Kaunasu. U pozadini njemački vojnici i litvanski civili (uključujući žene i djecu) promatraju zločine. Današnji litvanski lučki grad Klaipėda (na njemačkom poznat kao Memel) kroz historiju je bio dio Hanzeatskog saveza pa je sve do 1918. pripadao Njemačkom Carstvu kao dio Istočne Pruske. U periodu litvanske međuratne nezavisnosti grad je uživao određeni nivo autonomije i bio je pod patronatom Lige naroda. Kada su grad 15. marta 1939. zauzele njemačke snage u njemu je živjelo otprilike 8.000 Jevreja koji su pobjegli u tada još slobodan dio Litvanije gdje ih je većina stradala nakon invazije u junu 1941. godine.
Hronološki se genocid u Litvaniji može podijeliti na tri faze od kojih je prva trajala od ljeta pa do kraja 1941, druga od decembra 1941. do marta 1943. i treća od aprila 1943. do jula 1944.
Većina litvanskih Jevreja stradala je u prvoj fazi holokausta u prvim mjesecima okupacije i prije kraja 1941. Sile osovine napale su Sovjetski Savez 22. juna 1941. što se poklopilo i s Junskim ustankom u Litvaniji. Prije dolaska njemačkih okupacijskih snaga Litvanski dobrovoljački front i sam je napao sovjetske snage, preuzeo vlast u nekoliko gradova, započeo širenje antisemitističke propagande i počinio masakre nad litvanskim Jevrejima i Poljacima. U noći sa 25. na 26. juni Algirdas Klimaitis je naredio svojim snagama od 800 ljudi da započnu Pogrom u Kaunasu. Komandant SS-a Franz Walter Stahlecker je 28. juna 1941. tvrdio kako je tom priliko ubijeno 3.800 žrtava u samome gradu i oko 1.200 u regionu oko grada. Klimaitisove snage uništile su nekoliko sinagoga i približno 60 jevrejskih kuća. U revizionističkim nastojanjima od 1990-ih godina broj žrtava koji navodi Stahlecker dovođen je u pitanje kao preterano velik.
Njemački odredi smrti (Einsatzgruppe), slijedile su nastupajuću njemačku armiju pa su već u junu i oni započeli organizovati ubistva Jevreja. Prvi zabilježeni zločin ovih odreda dogodio se 22. juna 1941. u pograničnom gradu Gargždaju koji je bio jedno od najstarijih jevrejskih naselja u zemlji i na svega 18 kilometara od Memela koji su Nijemci ponovo zauzeli. Otprilike 800 Jevreja ubijeno je u događaju koji je poznat kao Gargždajski masakr. U masakru je stradalo i pribiližno 100 nejevreja, mnogi jer su pokušali da pomognu svojim jevrejskim komšijama.
Zbog vrlo ranog i brzog progona mnoge litvanske jevrejske žrtve nikada nisu živjele u getima ili bile deportovane u koncentracijske logore koji su u to vrijeme tek osnivani. Većina žrtava ubijena je u jamama u blizini mjesta boravka u masovnim ubistvima kao što su Masakr u Kaunasu 29. oktobra 1941. koji je izvršen u šumi pored grada ili sličan zločin u Vilniusu. Do 1942. preživjelo je još otprilike 45.000 Jevreja, većinom oni koji su poslani u geta ili koncentracijske logore.
U drugoj fazi holokaust u Litvaniji je usporen i njemačke okupacijske snage odlučile su da koriste jevrejski prisilni rad za održavanje ratne ekonomije. U trećoj fazi holokaust je još jednom intenziviran i u njoj su likvidirani preostali zarobljenici logora i jevrejskih geta.
Dva su faktora doprinijela rapidnom uništenju jevrejske zajednice u Litvaniji. Prvi je bio značajan nivo podrške "dejevrejizaciji" među litvanskim masama dok je drugi bio rani njemački plan za kolonizaciju Litvanije koja je dijelila granice s Istočnom Pruskom.
Uloga litvanskih kolaboracionista mini|Član Litvanske bezbjednosne policije provodi grupu Jevreja kroz Vilnius mini|Njemački vojnici i Litvanci posmatraju sinagogu u plamenu, 9. august 1941. mini|lijevo|Obilježje na mjestu masovnih grobnica u okolici grada Jonava Dina Porat, vodeća historičarka Jad Vašema, piše kako su "Litvanci pokazali pripadnicima Einsatzgruppe kako ubijati žene i djecu, i možda ih i prilagodili na tu praksu... Nadiruće njemačke jedinice ubijale su većinom muškarce, dok su Litvanci ubijali neselektivno."
Administracija nacističke Njemačke usmjeravala je i podsticala ubijanje litvanskih Jevreja. Lokalni litanski kolaboracionisti okupatorskog režima izvršavali su pripremu, logistiku i provođenje ubistava pod nacističkim vodstvom. Nacistički brigadir SS-a Franz Walter Stahlecker stigao je u Kaunas 25. juna 1941. gdje je održao govore kojima se poticalo na ubijanje Jevreja. U početku je održao govore u zgradi sigurnosnih službi, nakon čega je održavao govore i u samome gradu. U izvještaju od 15. oktobra Stahlecker je pisao o uspjehu u prikrivanju najranijih akcija Vorkomando i kako sada izgleda kako se radi o inicijativi lokalne populacije. Grupe organizirane po partizanskom principu, civilne desničarske nacionalističke i antisovjetske jedinice, inicirale su kontakt s Nijemcima čim su oni stupili na litvanski teritorij. Jedinice pod komandom Algirdasa Klimaitisa, podržane od Nijemaca u Sigurnosnoj policiji i Sigurnosnoj službi započeli su antijevrejske pogrome u Kaunasu u noći sa 25. na 26. jun 1941. Preko hiljadu Jevreja stradalo je u događaju koji je bio prvi pogrom u okupiranoj Litvaniji. Tačan broj žrtava pogroma je nepoznat dok se cifre kreću od 1.500 do 3.800 žrtava pogroma kada se u njih pribroje i žrtve u okolici grada.
Dana 24. juna 1941. Litvanska bezbjednosna policija () došla je pod upravu Njemačke policije i obavještajne službe. Litvanske jedinice su uključene u brojne akcije usmjerene protiv Jevreja i protiv neprijatelja nacističkog režima. Nacistički komandanti ispunjavali su svoje izvještaje svjedočanstvima o zelotizmu litvanskih policijskih jedinica koji premašuje i motivaciju među samim njemačkim jedinicama. Najozloglašenija litvanska jedinica koja je provodila holokaust bila je Jpatingasis burus koja je masakrirala hiljade Jevreja i pripadnike poljske manjine u okolini Vilniusa. Druga organizacija uključena u provođenje holokausta bila je Litvanska radnička garda. Brojni Litvanci koji su podržavali nacističku politiku pridružili su se fašističkoj organizaciji Gvozdeni vuk. Tako je u cjelini, litvanska nacionalistička administracija bila usmjerena prema uništenju Jevreja kao doživljenih neprijatelja i potencijalnih rivala etničkim Litvancima pa zato ne samo da se nije odupirala nacističkom holokaustu već ga je efektivno prihvatala i kao sopstveni cilj.