C8orf48 je protein koji je kod ljudi kodiran genom C8orf48. C8orf48 je jedarni protein za koji je posebno predviđeno da se nalazi u jedrovoj lamini. Utvrđeno je da C8orf48 stupa u interakciju s proteinima koji su uključeni u regulaciju različitih ćelijskih odgovora poput ekspresije gena, lučenja proteina, proliferacije ćelija i upalnih odgovora. Ovaj protein je povezan s rakom dojke i papilarnim karcinomom štitnjače. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 319 aminokiselina, а molekulska težina 36.790 Da.. 1020304050 MAICPELAQTDKSALANLSDETETLKNSTDEVQTSSSFSSSGGRQSSPLT SGSKLEREKQTPSLEQGDTQSELLDYKNYEKKLSKKWINYLKLKDSNFER HQPDTKLPTEITRVSDEELNALQSYCTMKINLIHRRGDSKKKTSSRHKKL HLGLDVEASERDAFSCTVPDELLNRIYFKNMRTTPKQEAAAKQHISYQCP YCNRKRAELALSAFLKQKKTLLESFLLQERIDEHLHTKDFLTRIGEAHQD FPRLSDDPRIIWKRLTEKSHIRYSGFERSETEQKLQRDGNSACHLPFSLP FLKRLTLIKPELVIVNDNV
C: Cistein D: Aspartat E: Glutamat F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
Struktura thumb|320x330px Protein C8orf48 ima dva predviđena signala jedarne lokalizacije, jedan koji se proteže od 135-149 aminokiselina, a drugi od 204-221. Sekundarna struktura proteina C8orf48 sastoji se prvenstveno od alfa-heliksa i zavojnica . Ima rlo malo beta-listova, jer ukupno tri područja pokazuju moguću strukturu beta lista.
Tercijarna struktura C8orf48 dobivena je prema programu iTASSER. left|thumb|Predviđena tercijarna struktura
Gen C8orf48 se nalazi na na pozitivnom lancu hromosoma 8, sekvenca 8p22 i proteže se od 13,566.843 do 13,568.288 bp. Ima jedan egzon, bez introna. Ovaj protein nema izoforme niti ima alternativne prerade.
Protein Protein C8orf48 ima 319 aminokiselina. Molekulska težina ovog proteina je 36,9 kDa, a izoelektrična tačka 8,86. Predviđa se da je protein C8orf48 jedarni protein koji se posebno nalazi u jedrovoj lamini. Nema nikakve peptide niti transmembranske domene. Utvrđeno je da je ovaj protein dosta prisutan i kod ljudi..
Posttranslacijske modifikacije C8orf48 ima različite predviđene posttranslacijske modifikacije. Ove modifikacije uključuju O-glikozilaciju, glikaciju, N-vezanu glikozilaciju, fosforilacijska mjesta, Yin-Yang mjesta, sumoilaciju i SUMO interakcije.
Subćelijaka lokalizacija Rezultati PSORT II utvrdili su da protein C8orf48 nema signalni peptid, kao ni transmembranske domene. Predviđanje je da je C8orf48 najvjerojatnije jedarni i potencijalno citoplazmatski protein. Kada se uspoređuju ortolozi C8orf48 vide se vrlo slični rezultati, predviđa se da je protein lokaliziran u jedru, a zatim u citoplazmi. Daljnja analiza podćelijske lokalizacije izvršena je upotrebom CELLO-a. Ovi rezultati također podržavaju ideju da je C8orf48 lokaliziran u jedru.
Ekspresija Utvrđeno je da je ovaj gen nadeksprimiran u tkivima sjemenika i mišića debelog crijeva, kao i u 76 razvojnih faza. Utvrđeno je da se C8orf48 najčešće eksprimira u mjehuru, kostima, srcu, grkljanu, sjemenicima i štitnjači. Ovisno o stadiju razvoja, C8orf48 se često može naći u embrionskom tijelu.
none|thumb|500x500px
GEO profili thumb|440x440px|Diferencirana tkivna ekspresija C8orf48 U studiji koja se odnosi na višestruki mezenhimni mijelom stromnih ćelija koštane srži pokazaano je da je ekspresija C8orf48 niža u bolesnim ćelijama, u usporedbi sa zdravim. Suprotno je pokazano u GeoProfile-u o endometriozi, jr je u ovoj studiji otkriveno da su razine C8orf48 veće u bolesnom nego u zdravom stanju. Ostale studije pokazuju različitu ekspresiju ćelija raka dojke, papil štitnjače i alfa-utišanog receptora estrogena. U kontrolnim uzorcima nivoi C8orf48 bili su niži od onih kod nokdauniranog receptora za estrogen.
Regulacija ekpresije
Transkripcijski faktori koji djeluju na C8orf48 prikazani su u tabeli. Većina transkripcijskih faktora uključena je u rast, proliferaciju ili regulaciju ćelijske migracije. To implicira da C8orf48 može imati ulogu u ćelijskom ciklusu. Nekoliko transkripcijskih faktora predstavilo se više puta, i na pozitivnom i na negativnom lancu. Ovi transkripcijski faktori uključuju protein koji se veže za MAX i receptor alfa povezan sa estrogenom (preferira se sekundarna vezanost DNK) koji su uključeni u ćelijski rast.
Transkripcijski faktorFunkcija Protein mijeloidnog cinkovog prsta MZF1Utvrđeno je da se eksprimira u hematopoetskim matičnim ćelijanma koje su predane diferencijaciji mijeloidne loze. Sadrži 13 C2H2 cinkovih prstiju raspoređenih u dva domena koji su razdvojeni kratkom sekvencom bogatom glicinom i prolinom.Cinkov prst sa domenima KRAB i SCAN-3Uglavnom se nalazi u jedru, iako se tokom gladovanja preseljava u citoplazmu. Ovo omogućava ekspresiju ciljnih gena uključenih u autofagiju i biogenezu/funkciju lizosoma. Djeluje kao supresor autofagije, a pronađeno je i da podstiče napredovanje i/ili migraciju ćelija raka kod različitih tumora i mijeloma.T-kutijski transkripcijski faktor TBX20 Utvrđeno je da je uključen u regulaciju genetičkog programa za migraciju ćelija motornih neurona lobanja.Kruppeloliki protein cinkovog prsta 219 Utvrđeno je da su uključeni u regulaciju diferencijacije hondrocita, sastavljanjem tvornice transkripcije sa Sox9.Protein cinkovog prsta 300 sa KRAB-om Istraživanja povezuju represiju transkripcije posredovanu KRAB-ZFP-ovima s proliferacijom, diferencijacijom ćelija, apoptozom i rakom. Vjeruje se da je nedavno evoluirao.Krueppeloliki plućni fator 2 (LKLF) KLF2 regulira ptomet T-ćelija promovišući ekspresiju S1P1, koji je receptor za vezivanje lipida. Ovaj transkripcijski faktor veže se za CACCC okvir u promotorskoj sekvenci. Receptor alfa srodan estrogenu (sklonost sekundarnog vezivanja DNK) Pokazalo se da ekspresija ovog receptora ima negativan prognostički značaj kod karcinoma dojke i jajnika. Navedeno je da je kritično za rast raka dojke negativnih na estrogenske receptore.AREB6 (Atp1a1 faktor vezivanja regulatornog elementa 6) Struktura AREB6 sastoji se od dvije skupine cinkovih prstiju u regijama N- i C-terminala i jednog homeodomena u sredini. Utvrđeno je da regulira ekspresiju gena Na, K-ATPaze α1, interleukinskih 2 i δ-kristalnih gena.MAX-vezujući protein Transkripcijski represor i antagonist Myc-ovisne transkripcijske aktivacije i rasta ćelija.Protein 1 u interakciji obogaćen leucinom (u FLII) 1 Transkripcijski represor koji potencijalno regulira TNF, EGFR i PDGFA. Moguće uključen u kontrolu proliferacije ćelija glatkih mišića nakon ozljede arterija.E2F transkripcijski faktor 1 Ima važnu ulogu u kontroli ćelijskog ciklusa i proteina koji potiskuju tumor. Također je utvrđeno da su meta transformacijskih proteina malih DNK tumorskih virusa. Konačno, može posredovati proliferaciju ćelija i p53 ovisnu/neovisnu apoptozu.Kruppelov faktor 7 (sveprisutan, UKLF) Članovi porodice na koju se odnosi odgovorni su za regulaciju proliferacije, diferencijacije i preživljavanja ćelija. Utvrđeno je da vjerovatno doprinosi progresiji dijabetesa tipa 2, inhibiranjem ekspresije insulina, sekrecije u beta-ćelijama gušterače i deregulacijom lučenja adipocitokina u adipocitima.Vezujući protein CCAAT/epsilon pojačivač (C/EBP) Važan za terminalnu diferencijaciju i funkcionalno sazrijevanje prekurskorskih ćelija granulocita. Utvrđeno je da su mutacije u genu koji kodira ovaj protein povezane sa specifičnim nedostatkom granula.Faktor transkripcije cinkovcog prsta / POZ-domena POZ domen je konzervirani motiv interakcije protein-protein koji se nalazi u transkripcijskim faktorima, onkogenim proteinima, proteinima ionskih kanala i nekim proteinima povezanim s aktinom.Transkripcijski faktor oligodendrocitne loze 2 Ima tendenciju ekspresije u tumorima oligodendrocita u mozgu. Ovaj protein je bitan regulator sudbine ventralnih neuroektodermnih progenitorskih ćelija i hromosomske translokacije t (14; 21) (q11,2; q22) povezane s akutnom limfoblastnom leukemijom T-ćelija.Osnovni faktor sličan krueppelu (KLF3) Jedan od njegovih povezanih puteva je transkripcijska regulacija kod raka, a možda bi mogao imati ulogu i u hematopoezi. Vezuje se za CACCC-kutiju gena eksprimiranih eritroidnih ćelija.
Homologija thumb|Neukorijenjeno filogenetsko stablo C8orf48|373x373px C8orf48 je konzerviran kod sisara, vodozemaca, gmizavaca, ptica i riba.NCBI BLAST. BLAST AND PSI-Blast: generation of protein database search programs. Ortologe C8orf48 nije bilo moguće pronaći u bakterijama, arhejama, biljkama i gljivama. Nisu pronađeni ljudski paralozi C8orf48. Određeni dijelovi domena DUF 4606 su u ortolozima visoko konzervirani.
Proteinske interakcije Proteini koji stupaju u interakciju sa C8orf48 uključuju deletirani protein u karcinomu jetre 1 (DLC1), inhibitor porodice MyoD (MDFI), protein cinkovih prstiju 14 (ZNF14) i sacroglikan zeta (SGCZ). Sve ove proteinske interakcije pronađene su eksperimentalno, putem dvohibridnog udruživanja, dvohibridnog niza ili dvohibridnog sita.
Klinički značaj C8orf48 je pronađen u studijama koje se odnose na različite tipove karcinoma. Različiti nivoi ekspresije C8orf48 pronađeni su u papilnom karcinomu štitne žlijezde i receptoru estrogena za alfa utišane MCF7 ćelija raka dojke.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 8 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika