Otvoreni okvir čitanja 67 hromosoma 10 (C10orf67), znan i kao C10orf115, LINC01552 i BA215C7.4, jest neokarakterizi ljudski protein-kodirajući gen. Nekoliko studija ukazuje na moguću vezu između genetičkih polimorfizama ovog i nekoliko drugih gena s hroničnim upalnim barijernim bolestima, poput Crohnove bolesti i sarkoidoze. Aminokiselinska sekvenca Dužina polipeptidnog lanca je 551 aminokiselina, a molekulska težina 63 656 Da.
1020304050 MMALVRDRRAHYVMSIVIRWVHCFSSSLRGTFGTRWEAMKAKATELRVCC ARRKREAREFKPPQMRGSTRLNISDDLKIGFFSTDHATQTDSSEILSVKE LSSSTQKLAQMMKSLQVDFGFLKQLLQLKFEDRLKEESLSLFTILHDRIL EIEKHYQQNEDKMRKSFNQQLADAIAVIKGMYQQFFEVEEENVSLQDAST VKTNILLRKLKEKEEVIKELKEELDQYKDFGFHKMESFAKETSSPKSNLE KENLEYKVENERLLQIISELEEEIQINLKENSGLEDELISMKEMAEKDHK TIQKLMDSRDRLREELHYEKSLVQDVINKQKEDKEMRKKYGSLSVKVARS AKGREASLSPWPKSPPSTTALRPHSATMSVSSAGAQKAKMPKKALKEDQA VVEDKHGLESQIEALKANLENEKKKVERFRKEADRLNKSWEKRFFILRNS FHVLKNEMFTRHTLFRQFAVLADTSFNYIKVKPLLVQSRTTMTAISSSSH CTSSIDGKHVDVVSDQAALQLSPKGKLSESPKEESLEEPSMRQSSPAETV D
Gen thumb|Mapa hromosoma 10 sa lokacijom C10orf67 (označena crveno) Gen obuhvata 142.366 parova baza i nalazi se na lokusu 10p12.2 na minus (–) ili smislenom lancu hromosoma 10. Uz bok je uzvodno od gena ARMC3 i nizvodno od gena KIAA1217. Ovi geni su sa približno 150.000 bp, odnosno 350.000 bp iz C10orf67. center|thumb|1001x1001px|Ovaj segment prikazuje približno 1.700.000 parova baza hromosoma 10. Zelene linije označavaju početak transkripcije, dok crveni dijamanti označavaju završetak transkripcije. C10orf67 se transkribira u suprotnom smjeru od njegovih bočnih gena koji se nalaze na Nonsens lancu.
Transkript Postoje 23 alternativno prerađena egzona, koji kodiraju 13 varijante transkripta. Primarni transkript, sa samo 2943 bp, nije dobro konzerviran među ortolozima, već varijanta X2, 3417 bp, ima daleko veći identitet s ortolognim proteinima. Ova varijanta transkripta X2 sadrži 15 egzona što daje polipeptid od 551 aminokiseline.
Protein
Opća svojstva SvojstvoPreproteinCijepani proteinZreli proteinAminokiselinska dužina 551515515Izoelektrična tačka9,38,68,3–8,9*Molekulska težina63 kDa59 kDa~59–61 kDa** *Ovisno od posttranslacijske modifikacije (PTM-a)
**Od ne-PTM-a – svi mogući PTM-i
Izoelektrična tačka je značajno veća od prosjeka za ljudske proteine (6,81). thumb|Softverski generirana predviđena tercijarna struktura C10orf67. Na osnovu proteinskog šablona koji pokriva 74% proteinske sekvence sa 96% identiteta. |500x500px
Struktura Desno je prikazana predviđena tercijarna struktura proteina. Obilježena je dugim alfa-heliksima s nekoliko regija zavojnica i beta lancima lokaliziranim na kraju proteina, nasuprot krajevima N – i C-kraja.
Ekspresija thumb|Ekspresija C10orf67 u raznim tkivima. |500x500px C10orf67 je umjereno eksprimiran (50–75%) u većini tkiva u tijelu. Međutim, studija o NCBI GEO raspravlja o uticaju interleukina-13 (IL -13) na ekspresiju gena otkrivši da je ekspresija proteina pala na nulu u prisutnosti IL-13 u epitelu dišnih putova.
Subćelijska lokalizacija Protein sadrži mitohondrijski signalni peptid koji ga lokalizira u mitohondrijski matriks. Softverska analiza za potćelijsku lokalizaciju potvrdila je ovaj nalaz. Međutim, predviđeno je da će se neki ortolozi lokalizirati u jedru. Iako visoka izoelektrična tačka ljudskog proteina pruža daljnje dokaze za lokalizaciju u mitohondrijama, zbog visokog pH mitohondrijskog matriksa.
Posttranslacijske modifikacije
Mjesta cijepanja Protein se u početku cijepa kako bi se uklonilo 36 aminokiselina N-terminalnog signalnog peptida, nakon što je lokaliziran u mitohondrijama.
Fosforilacija thumb|380x380px| Moguća mjesta fosforilacije C10orf67: Koncentracija mogućih mjesta fosforilacije je daleko veća u blizini C-kraja proteina i daleko niža u blizini N-kraja, koji sadrži signalni peptid. Postoji niz predviđenih mjesta fosforilacije, ali postoji i jedno eksperimentalno potvrđeno mjesto fosforilacije na treoninu 69. Ostala mjesta fosforilacije sažeta su u donjem dijagramu proteina.
Sumoilacija Postoji pet predviđenih sumoilacijskih mjesta unutar C10orf67. Sažeta su u sljedećoj tabeli: BrojPozicijaGrupaRezultat1K461NSFHV LKNE MFTRH0,912K401MPKKA LKED QAVVE0,913K224EVIKE LKEE LDQYK0,914K136KFEDR LKEE SLS L0,915K130KQLLQ LKFE DRLKE0,91 thumb|center|789x789px|Posttranslacijske modifikacije C10orf67. N-kraj je lijevo sa signalnim peptidom od 36 aminokiselina, a C-kraj je desno.
Homologija i evolucija
Evolucija C10orf67 nema poznatih paraloga, ali ima mnogo ortologa unutar eukariota i zadržava značajan identitet sa vrstama koje su udaljene kao beskičmenjaci. Nekoliko odabranih ortologa je dolje navedeno s nekim identifikacijskim podacima. Rod i vrsta Uobičajeno ime Vrsta organizma Datiranje od zajedničkog pretka (prije milliona godina)Pristupni broj (NCBI)Dužina sekvenceIdentitet % Izoelektrična tačka (pre-protein)Homo sapiensČovjekPrimat0XP_0168715185511009,3Pan troglodytesČimpanze6,65XP_009456334573959,27Macaca nemestrinaJužni svinjorepi makak29.44XP_01173676857288,19,17Bubalus bubalisVodeni bikSisar96XP_00608004256556,66,24Felis catusMačka96XP_01968963056055,17,68Sus scrofaDivlja svinja96XP_013835714515556,53Panthera pardusLeopard96XP_019316071 50453,96,24Ovis ariesOvca96XP_01204372451653,66,61Mustela putorius furoKuna96XP_01291437956650,89,34Castor canadensisDabar90XP_020038711617448,92Mus musculusMiš90NP_08187656043,65.89Myotis lucifugusMali smeđi šišmiš96XP_01431600159838,96,22Myotis brandtiiBrandtov šišmiš96XP_014394869 63938,36,7Elephantulus edwardiiKapastaslonovska verirovka 105XP_00688716449337,95,62Gallus gallusKokošPtica312XP_00364068743026,35,44Astyanax mexicanusMeksička tetraRiba435XP_00725306847526,14,76Lepisosteus oculatusPjegavi gar435XP_01520895747925,26,73Danio rerioZebrica435XP_69834646124,55,93Salmo salarAtlantski losos435XP_01399588745521,66,18Amphimedon queenslandicaRenieraBeskičmenjak951.8XP_01140287251324,17,05Branchiostoma belcheriBranhiostoma684XP_01964594156323,56,24
Evolucija thumb|450x450px| Brzina evolucije C10orf67 u odnosu na fibrinogen i citohrom c. Brzina evolucije C10orf67 uspoređena je s onom fibrinogena i citohroma c, koje predstavljaju brze i spore stope evolucije. Podebljane vrste u tabeli odabrane su da predstavljaju ortologe fibrinogena i citohroma c, radi određivanja brzine evolucije odgovarajućih proteina.
Brzina evolucije C10orf67 je vrlo zanimljiva jer slijedi logaritamski, a ne linearni trend, poput većine proteina.
Klinički značaj Sarkoidoza Iako je funkcija C10orf67 nepoznata, njegove interakcije s IL-13 dalje ukazuju na njegovu ulogu u sarkoidozi jer je poznato da bolest uključuje različite interleukine.
Kancer Dok nekoliko NCBI GEO profila koji ispituju uticaj različitih faktora na ekspresiju gena pokazuju da je C10orf67 eksprimiran u različitim nivoima u različitim tkivima raka, lokalizacija u mitohondrijama može dati određeni uvid u kliničku funkciju. Pokazalo se da mitohondrie imaju neki uticaj u proliferaciji ćelija. S obzirom na velike potrebe za energijom uzrokovane proliferacijom , postojalo je nekoliko hipoteza da mitohondrije mogu imati ulogu u ćelijskom ciklusu te da bi C10orf67, lokaliziran na mitohondrijama, mogao imati i tu ulogu.
Reference
Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 10 Kategorija:Proteomika