Otvoreni okvir čitanja 58 hromosoma 16 ili C16orf58, znan i kao FLJ13638, jest protein koji je kod ljudi kodiran genom C16orf58. Sam gen dug je 18892 bp, sa iRNK od 2760 bp i proteinskom sekvencom od 468 aminokiselina. Postoji konzervirani domen nepoznatog sastava, DUF647. Za ovaj gen još nije utvrđena funkcija, ali se predviđa je u endoplazmatskom retikulumu u citoplazmi.
Struktura
Dužina polipeptidnog lanca je 468 aminokiselina, a molekulska težina 51.018 Da.
Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MADDAGLETPLCSEQFGSGEARGCRAAADGSLQWEVGGWRWWGLSRAFTV KPEGRDAGEVGASGAPSPPLSGLQAVFLPQGFPDSVSPDYLPYQLWDSVQ AFASSLSGSLATQAVLLGIGVGNAKATVSAATATWLVKDSTGMLGRIVFA WWKGSKLDCNAKQWRLFADILNDVAMFLEIMAPVYPICFTMTVSTSNLAK CIVSVAGGATRAALTVHQARRNNMADVSAKDSSQETLVNLAGLLVSLLML PLVSGCPGFSLGCFFFLTALHIYANYRAVRALVMETLNEGRLRLVLKHYL QRGEVLDPTAANRMEPLWTGFWPAPSLSLGVPLHRLVSSVFELQQLVEGH QESYLLCWDQSQNQVQVVLNQKAGPKTILRAATHGLMLGALQGDGPLPAE LEELRNRVRAGPKKESWVVVKETHEVLDMLFPKFLKGLQDAGWKTEKHQL EVDEWRATWLLSPEKKVL Iako je dugo bilo poznato da postoji nekoliko lokacija koja će dati predviđanja o strukturi proteina, C16orf58 , tek nedavno određen je njegov gornji aminokiselinski sastav strukturu. Zaključeno je da ima bar jedan transmembranski domen, ako ne i više. Unutar strukture proteina postoji nekoliko proširenih područja s nenabijenim aminokiselinama, što bi mogli biti mogući transmembranski domeni ili hidrofobna jezgra. Sljedeće prikazuje naboj svake od aminokiselina u sekvenci proteina, + za pozitivne, – za negativne i 0 za nenapunjene. Veliki segmenti nenabijenih aminokiselina su podebljani. Ovi dijelovi nenabijenih aminokiselina konzervirani su u prošlosti u udaljeni ortolozima.
1 00—000-00 000-00000- 0+00+000-0 0000-0000+ 00000+0000 +0-0+-00-0 61 0000000000 0000000000 000-0000-0 000000-000 0000000000 0000000000 121 0000+00000 0000000+-0 00000+0000 00+00+0-00 0+00+000-0 00-00000-0 181 0000000000 000000000+ 0000000000 +00000000+ +0000-000+ -000-00000 241 0000000000 0000000000 0000000000 000000+00+ 0000-000-0 +0+000+000 301 0+0-00-000 00+0-00000 0000000000 0000+00000 0-00000-00 0-000000-0 361 0000000000 0+000+000+ 0000000000 000-00000- 0—0+0+0+0 00++-00000 421 +-00-00-00 00+00+000- 000+0-+000 -00-0+0000 000-++00
Rasprostranjenje
C16orf58 ima vrlo zanimljivu konzerviranost jer se daleki ortolozi nalaze u biljkama i gljivama. Međutim, nidu pronađeni kod gmizavaca, ptica ili vodozemaca. Sljedeća tabela prikazuje neke, ali ne sve, ortologe koji su pronađeni pomoću BLAST-a.
VrstaUobičajeni naziv organizmaPristup bazi NCBIIdentitet sekvence (%)E-vrijednostDužina (sminokiselina)Uobičajeni naziv gena Homo sapiensČovjekNP_0735811000,0468C16orf58 Equus caballusKonjXP_00149551085%0,0468 PREDVIĐENO: sličan UPF0420 proteinu C16orf58 Canis familiarisPasXP_547054850,0485Sličan CG10338-PAMus musculusMišQ91W34810,0466cDNK sekvenca BC017158Monodelphis domesticaOposumXP_001370394653e−160466PREDVIĐENO: hipotetski proteinDanio rarioZebricaNP_001103923534e−112432Hpotetski protein LOC555936Drosophila melanogasterVinska mušicaNP_609897403e−69395CG10338Arabidopsis thalianaGrbašticaAAF81284372e−68403Sličnan proizvodu gena CG10338 Drosophila melanogasterGallus gallusKokošNP_989823250,361434Receptorski tip proteina tirozin-fosfataza UXenopus tropicalisŽabaAAI220583134268Protein Stk19Saccharomyces cerevisiaeKvasacEDZ73379250,211578YDL140Cp-oliko proteinCaenorhabditis elegansPljosnata glistaNP_502300193,0414Hipotetski protein M18.6
Interakcije s proteinima
Iako je funkcija još uvijek nepoznata, dokazano je da C16orf58 komunicira s tri različita proteina:
MVD MVD je skraćenica od disfosfomevalonat dekarboksilaza, enzim koji funkcionira u biosintezi holesterola. BSCL2 BSCL2 je urođena Bernardinelli-Seipova lipodistrofija 2, ili seipin. Nalazi se u endoplazmatskom retikulumu i smatra se važnim u morfologiji lipidnih kapljica. TSC22D4 Treći protein u interakciji je TSC22D4, član porodice domena TSC22 4 i funkcionira kao translacijski regulator leucinskog zatvarača.
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Geni na hromosomu 16 Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Proteomika