LSm4 () jest protein koji je kod ljudi kodiran genom LSM4.
Sm-oliki proteini identificirani su u različitim organizmima na osnovu homolognih sekvenci sa porodicom Sm-proteina (vidi SNRPD2; MIM 601061). Sm- slični proteini sadrže motiv sekvence Sm koji se sastoji od dvije regije odvojene linkerom promjenjive dužine koji se savija kao petlja. Smatra se da sm-oliki proteini tvore stabilni heteromer, prisutan u tri-snRNP česticama, koje su važne za preradu pre-iRNK (prema OMIMu).
Kloniranje i ekspresija U potrazi za ljudskim Sm-sličnim proteinima, Achsel et al. (1999) našli su da su frakcionirani proteini prisutni u pročišćenim (U4 / U6.U5) tri-snRNP-ima i izolirali 7 Sm-sličnih proteina, koje su nazvali LSm2-LSm8. Koristeći djelomičnu sekvencu peptida za pretraživanja baze podataka, identificirali su i sekvencirali EST klonove. Koristeći dodatnu sekvencu, dobijenu PCR amplifikacijom HeLa cDNK biblioteke, sastavili su sekvence cDNK pune dužine za LSM2-LSM8.
Salgado-Garrido et al. (1999) pretražili su sekvence baze podataka za Sm proteine i identificirali 16 potencijalnih gena povezanih sa Sm u kvascima, kao i neke gene povezane sa Sm kod ljud i Archaebacteria. Koristeći višestruko poravnanje Sm domena, izgradili su Sm i Sm filogenetsko stablo proteina kvasca, čovjeka i Archaea.
Aminokiselinska sekvenca Simboli
C: Cistein D: Asparaginska kiselina E: Glutaminska kiselina F: Fenilalanin G: Glicin H: Histidin I: Izoleucin K: Lizin L: Leucin M: Metionin N: Asparagin P: Prolin Q: Glutamin R: Arginin S: Serin T: Treonin V: Valin W: Triptofan Y: Tirozin
1020304050 MLPLSLLKTAQNHPMLVELKNGETYNGHLVSCDNWMNINLREVICTSRDG DKFWRMPECYIRGSTIKYLRIPDEIIDMVKEEVVAKGRGRGGLQQQKQQK GRGMGGAGRGVFGGRGRGGIPGTGRGQPEKKPGRQAGKQ
Funkcija gena Koristeći elektronsku mikroskopiju, Achsel et al. (1999) su primijetili da pročišćeni LSm proteini tvore heteromer koji je stabilan čak i u odsustvu RNK i pokazuje strukturu u obliku krofne sličnu strukturi RNP jezgra Sm. Pokazali su da se pročišćeni LSm heteromer specifično veže za U6 snRNK na svom U-traktu s tri glavna terminala. Oni su također pokazali da LSm proteini olakšavaju stvaranje U4 / U6 RNK dupleksa in vitro i zaključili su da LSm proteini mogu imati ulogu u stvaranju U4 / U6 snRNP.
Koristeći eksperimente imunoprecipitacije, Salgado-Garrido et al. (1999) zaključili su da u kvascu postoji kompleks od sedam Sm-sličnih proteina vezanih za RNK. Lsm2-Lsm8 koprecipitiraju U4, U5 i U6 snRNK i direktno se povezuju s U6 snRNK prisutnom u slobodnom U6 snRNP. Pored toga, utvrđeno je da su proteini kvasca Lsm2-Lsm7 povezani s pre-RNase P RNA, ali ne i sa zrelom RNase RNA. Koristeći eksperimente imunoprecipitacije iz ekstrakata ljudskih ćelija, Salgado-Garrido et al. (1999) pokazali su da su proteini LSM3 i LSM4 specifično povezani sa snRNP kompleksima, koji sadrže U6 snRNK. Zaključili su da se Sm i Sm-slični proteini okupljaju u najmanje dva funkcionalno konzervirana kompleksa dubokog evolucijskog porijekla.
Prekidajući Sm i Sm-slične gene u kvascu, također su zaključili su da su poremećaji gena koji kodiraju Sm-slične proteine direktno povezani sa U6 snRNK (Lsm2-8) stvorili varijabilne fenotipove. Lsm2, Lsm3, Lsm4 i Lsm8 su neophodni za vegetativni rast. Lsm5, Lsm6 i Lsm7 nisu bitni za rast; međutim, njihovi poremećaji dovode do usporenog rasta, posebno na povišenoj temperaturi. Nivoi U6 snRNK bili su snažno smanjeni u sojevima koji prekrivaju poremećaje Lsm5, Lsm6 i Lsm7. Lsm1 i Lsm9 su neophodni za vegetativni rast, ali Lsm1 je potreban za optimalan vegetativni rast na 30 stepeni i osjetljiv je na temperaturu.
Ingelfinger et al. (2002) utvrdili su da su ljudski LSM1 do LSM7, ali ne i LSM8, izraženi u HeLa ćelijama unutar citoplazmatskih žarišta. Žarišta su također sadržavala enzim za razgradnju (DCP1 / 2) i egzonukleazu XRN1. Koekspresija divljih i mutiranih LSM proteina, kao i prijenos energije fluorescentne rezonancije, ukazali su da LSM proteini tvore kompleks sličan onome koji se nalazi u kvascu. Zaključili su da žarišta sadrže djelimično ili potpuno sastavljene mehanizme za razgradnju iRNK.Achsel, T., Brahms, H., Kastner, B., Bachi, A., Wilm, M., Luhrmann, R. A doughnut-shaped heteromer of human Sm-like proteins binds to the 3-prime end of U6 snRNA, thereby facilitating U4/U6 duplex formation in vitro. EMBO J. 18: 5789-5802, 1999. [PubMed]: 10523320Ingelfinger, D., Arndt-Jovin, D. J., Luhrmann, R., Achsel, T. The human LSm1-7 proteins colocalize with the mRNA-degrading enzymes Dcp1/2 and Xrn1 in distinct cytoplasmic foci. RNA 8: 1489-1501, 2002. [PubMed]: 12515382Salgado-Garrido, J., Bragado-Nilsson, E., Kandels-Lewis, S., Seraphin, B. Sm and Sm-like proteins assemble in two related complexes of deep evolutionary origin. EMBO J. 18: 3451-3462, 1999. [PubMed]: 10369684
Reference
Dopunska literatura
Kategorija:Geni Kategorija:Ljudski proteini Kategorija:Geni na hromosomu 19