DNK glikozilaze pripadaju porodici enzima koji su uključeni reparaciju isijecanjem baza, koji su klasificirani u kategoriju EC 3.2.2. Popravak isijecanjem baza is the mechanismje mehanizam u kojem se oštećene baze u molekuli DNK otklanjaju i zamjernjuju. DNK glikozilaza katalizira prvi korak ovog procesa. Ona otklanja oštećenu dušičnu bazu, ostavljajući netaknutu okosnicu šećer-fosfat, stvarajući bespurinska / bespirimidinska mjesta, poznatija kao AP lokacije. To se postiže okretanjem oštećene baze iz dvostruke spirale, a zatim kidanjem N - glikozidnih veza.Bajrović K, Jevrić-Čaušević A., Hadžiselimović R., Ed. (2005): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, .Kapur Pojskić L., Ed. (2014): Uvod u genetičko inženjerstvo i biotehnologiju, 2. izdanje. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, .Hadžiselimović R., Pojskić N. (2005): Uvod u humanu imunogenetiku. Institut za genetičko inženjerstvo i biotehnologiju (INGEB), Sarajevo, .
Glikozilaze su prvi put otkrivene u bakterija, a od tada i u svim carstvima živog svijeta. Osim njihove uloge ueksciziji baza pri popravci DNK, ovi enzimi su upleteni u represije utišaavajućih gena u Arabidopsis thaliana, Nicotiana tabacum i drugim biljkama sa aktivnom demetilacijom. Ostaci 5-metilcitozina se izbacuju i zamijenjuju nemetiliranim citozinom, što omogućava pristup hromatinskoj strukturi enzima i proteina potrebnih za transkripciju i naknadnu translaciju.
Monofunkcijske/ bifunkcijske glikozilaze Postoje dvije glavne klase glikozilaza: monofuncijske i bifunkcijske.
Monofunkcijske imaju samo glikozilaznu aktivnost, dok bifunkcijske glikozilaze također posjeduju i AP lijaznu aktivnost koja im dozvoljava da reduciraju fosfodiesterske veze DNK, stvarajući jednolančani razmak bez potrebe za AP nukleazu. β-eliminacija AP lokacije putem glikosilaznih-lijaza daje 3 'α, β-nezasićeni aldehid, uz 5' fosfat, koji se razlikuje od proizvoda razlaganja putem AP endonukleaza. Neki glikozilaza-liajze mogu dalje obavljati δ-eliminaciju, koja 3 'aldehid pretvara u 3' fosfat.
Biohemijski mehanizam Prva kristalografska struktura DNK glikozilaze dobijen je za E. coli Nth. Ova struktura je otkrila da enzim obreće oštećene baze iz dvostruke spirale u džep aktivnog mjesta kako bi su ugradile akcize. Ostale glikozilaze su od pronalaska slijedile istu opću paradigmu, uključujući i ljudske UNG slici ispod. Da razloži N-glikozidne veze, monofunkcijska glikozilaze koristite molekule vode da napadnu ugljen 1 podloge. Bifunkcijske glikozilaze, umjesto toga, koristite amino ostatak kao nukleofil za napad na isti ugljik, prolazeći kroz stadij Schiff baznog međuprodukta.
Tipovi glikozilaza Otkrivene su Kristalne strukture mnogih glikozilaza. Na osnovu strukturnih sličnosti, glikozilaze se svrstavaju u četiri superfamilije. UDG i AAG porodice čine male, kompaktne glikozilaze, dok MutM/Fpg i HhH-GPD porodice obuhvataju veće enzime multiplih domena.
Široka varijacija glikozilaza omogućava prepoznavanje različitih oštećenja baza. Tabela ispod sumira osobenosti poznatih glikozilaza kod uobičajeno proučavanih organizama.
+ Glikozilaze bakterija, kvasaca i čovjeka Escherichia coli B. cereus Saccharomyces cerevisiae Čovjek Tip Supstrati AlkA AlkE Mag1 MPG Monofunkcijska 3-meA, Hipoksantin UDG Ung1 UNG Monofunkcijska Uracil Fpg Ogg1 hOGG1 Bifunkcijska 8-oxoG, FapyG Nth Ntg1 hNTH1 Bifunkcijska Tg, hoU, hoC, urea, FapyG Ntg2 Nei Nisu prisutne hNEIL1 Bifunkcijska Tg, hoU, hoC, urea, FapyG, FapyA hNEIL2 AP site, hoU hNEIL3 Nepoznato MutY Nisu prisutne hMYH Monofunkcijska A:8-oxoGNisu prisutne Nisu prisutne hSMUG1 Monofunkcijska U, hoU, hmU, fU Nisu prisutne Nisu prisutne TDG Monofunkcijska T:G raspar Nisu prisutne Nisu prisutne MBD4 Monofunkcijska T:G raspar AlkC AlkC Nisu prisutne Nisu prisutne Monofunkcijska Alkilpurin AlkD AlkD Nisu prisutne Nisu prisutne Monofunkcijska Alkilpurin
Također pogledajte Enzimi Kataliza Reparacija DNK
Reference
Vanjski linkovi
Kategorija:Enzimi Kategorija:Hidrolaze Kategorija:Glikozilaze Kategorija:EC 3.2.2