UEFA Intertoto kup 2006. je bilo nogometno klupsko takmičenje koje je organizirala UEFA između 17. juna i 22. jula 2006. godine. Ekipe pobjednici u trećem krugu takmičenja su se kvalificirale u Kupu UEFA 2006/2007.UEFA Intertoto kup 2006, uefa.com ; pristupljeno: 28. 2. 2015.UEFA Intertoto Cup 2006, rsssf.com; pristupljeno: 28. 2. 2015.
Prvi krug
!colspan="5"|Južno-mediteranska regija
!colspan="5"|Centralno-istočna regija
!colspan="5"|Sjeverna regija
Drugi krug
!colspan="5"|Južno-mediteranska regija
!colspan="5"|Centralno-istočna regija
!colspan="5"|Sjeverna regija
Treći krug
!colspan="5"|Južno-mediteranska regija
!colspan="5"|Centralno-istočna regija
!colspan="5"|Sjeverna regija
^utakmica odigrana 16. jula 2006.
Reference
Vanjski linkovi UEFA Intertoto kup 2006. na zvaničnoj stranici UEFA-e UEFA Intertoto Cup 2006, rsssf.com
Kategorija:2006. u nogometu 2006