Na Wyżynie Ojcowskiej już w 1956 roku utworzono Ojcowski Park Narodowy. Jest najmniejszym z polskich parków narodowych, ma jednak bardzo zróżnicowaną szatę roślinną. Rosną w nim lasy liściaste z grabami, dębami i lipami. Występują tu również reliktowe lasy górskie (las jaworowy – Ojców i buczyna karpacka), w dolinach potoków pozostałości łęgów i łąki, na skałach murawy naskalne. Duża liczba jaskiń i schronisk powoduje, że bogata jest fauna nietoperzy. Stąd też nietoperz stał się symbolem Ojcowskiego Parku Narodowego. Zagrożeniem dla przyrody OPN są zachodnie wiatry przywiewające z pobliskiego Górnego Śląska zanieczyszczenia przemysłowe. Na Dolinach Podkrakowskich utworzono Park Krajobrazowy Dolinki Krakowskie, jest też kilka rezerwatów przyrody: „Dolina Eliaszówki”, „Dolina Kluczwody”, „Dolina Racławki”, „Dolina Szklarki”, „Michałowiec”, „Wąwóz Bolechowicki”.