W 1995 do kolejnej dużej epidemii doszło w pobliżu Kikwit w Zairze. Dochodzenie epidemiologiczne pozwoliło ustalić, że przypadkiem pierwotnym był pacjent, który pracował w lesie w pobliżu miasta. Zanotowano 315 zachorowań spowodowanych Ebola-zaire, 250 śmiertelnych (81%).
Rok później choroba dwukrotnie pojawiała się w Gabonie. W wyniku infekcji wirusem ze szczepu Ebola-zaire w okolicach miejscowości Mayibout (prowincja Woleu-Ntem) i Booué (prowincja Ogowe-Ivindo) zmarło 66 spośród 97 chorujących osób. W obu przypadkach ogniska pierwotne powstały prawdopodobnie przez kontakt z chorymi szympansami. Wirus Ebola został też zawleczony do Republiki Południowej Afryki, gdzie zachorował lekarz zajmujący się chorymi w Gabonie oraz pielęgniarka, która się nim zajmowała w Johannesburgu. Kobieta zmarła.
W roku 1996 ponownie wykrywano także przypadki wystąpienia wirusa szczepu Reston w Stanach Zjednoczonych i na Filipinach.