Zwierzęta Na wyspie występuje szczególna rasa niewielkich, ale silnych koni o nazwie yonaguni-uma, uznana za gatunek chroniony. Jest tu także kilka innych chronionych gatunków, w tym japoński gołąb czarny (jap. yonaguni-karasubato, łac. Columba janthina) i największy w Japonii gatunek ćmy o nazwie pawica atlas (jap. yonaguni-san, łac. Attacus atlas ryukyuensis).
Wyspa jest bogatym naturalnym środowiskiem. Jedną z głównych atrakcji wyspy jest otaczające ją morze, bezpośrednio na drodze ciepłego prądu morskiego Kuro-shio. Występują tu m.in.: młotowate, marliny i żabnicokształtne.
W wodach wokół wyspy żyje stożek geograficzny (jap. anboina-gai, łac. Conus geographus). Jest to gatunek ślimaka z rodziny stożków. Niewielka, kolorowa muszla kryje drapieżnika unieruchamiającego swoje ofiary silnym jadem. Jest on niebezpieczny także dla człowieka.
Rośliny Na skałach wyspy Yonaguni rośnie dziko i jest też uprawiana ekologicznie „roślina, zioło długowieczności”, po japońsku chōmeisō lub lokalnie na wyspie sakuna (łac. Peucedanum japonicum). Sporządza się z niej sok w proszku (yonaguni-aojiru) zawierający m.in. korzystne dla zdrowia polifenole. Uważa się, że ma ona więcej zalet, niż znana z innych regionów Japonii ashitaba (pol. „liście jutra”, łac.