Został usunięty ze stanowiska w związku z uznanymi za gołosłowne zarzutami o działalność na rzecz Niemiec i defraudację pieniędzy skierowanym przeciwko Janowi Żychoniowi.
Od marca do czerwca 1940 służył jako referent wywiadowczy, a następnie szef Oddziału II (informacyjno-wywiadowczego) w Samodzielnej Brygadzie Strzelców Podhalańskich, uczestniczył w walkach w Norwegii i Francji.
W czerwcu 1940 został zastępcą dowódcy 7 kompanii w Batalionie Strzelców Podhalańskich 7 Brygady Kadrowej Strzelców. Od 1 marca 1941 do maja 1942 był zastępcą płk dypl. Stefana Mayera, komendanta "Oficerskiego Kursu Doskonalącego Administracji Wojskowej", który był zakamuflowaną polską szkołą oficerów wywiadu. Szkoła zlokalizowana była początkowo w Londynie, w tajnym lokalu przy Kensington Park Road W.11, w dzielnicy Bayswater w Londynie, a następnie w Glasgow. Przeszkolono w niej ok. 200 oficerów, w tym cichociemnych ze specjalnością w wywiadzie. Od czerwca 1942 służył w 2 oficerskim baonie szkolnym, następnie w zapasowym baonie Centrum Szkolenia Piechoty. Odsunięcie go od pionu wywiadu było związane z podtrzymywaniem zarzutów przeciwko Janowi Żychoniowi, który pełnił wówczas funkcję szefa Referatu Zachód Oddziału II Sztabu Głównego.