22 stycznia 1536 doszło do kaźni uwięzionych: Jana z Lejdy i jego dwóch współpracowników szarpano szczypcami, wyrwano im języki, a następnie spalono; ich kości umieszczono w klatkach powieszonych na wieży miejscowego kościoła św. Lamberta (klatki te znajdują się w tym miejscu do dziś). Miasto pozostawało okupowane aż do 1541, a ograniczony samorząd odzyskało dopiero w 1553.
Marcin Luter dostrzegł w wydarzeniach komuny naturalną konsekwencję poglądów wyrażanych przez anabaptystów, a wszelkie działania rewolucyjne uznał za karę zsyłaną przez Boga na Rzeszę za popełniane tu grzechy i diabelską próbę zniszczenia reformacji. Władcy europejscy byli zaszokowani wypadkami, do których doszło w Münsterze, a anabaptyści spotkali się z surowymi prześladowaniami. Późniejsi liderzy anabaptystów odżegnywali się od użycia siły i od wizji bliskiej apokalipsy.
Komuna w kulturze Wydarzenia z Münsteru z lat 1534–1535 budziły zainteresowanie licznych twórców. Zainspirowały powieści (m.in. The Unfortunate Traveller Thomasa Nashe’a, Bockelson.